检索结果-内蒙古大学图书馆

江苏农业科学 2016年第10期44卷 95-95,96,97页

作者：张仕林许玉超帅强邓鹏王建军南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室江苏南京210095 上海蔬菜研究所上海201899 南京新农科创投资有限责任公司江苏南京211134

探讨洋葱不同组织总RNA提取的最优方法,以期为今后开展洋葱的分子生物学研究奠定基础。以洋葱品种W470发育旺盛时期的叶片、根、鳞茎为材料,比较Ta KaRa试剂盒法、TIANGEN试剂盒法、TRIzol法、p BIOZOL法等4种RNA提取方法提取洋葱RNA的... 详细信息

探讨洋葱不同组织总RNA提取的最优方法,以期为今后开展洋葱的分子生物学研究奠定基础。以洋葱品种W470发育旺盛时期的叶片、根、鳞茎为材料,比较Ta KaRa试剂盒法、TIANGEN试剂盒法、TRIzol法、p BIOZOL法等4种RNA提取方法提取洋葱RNA的效果。凝胶电泳结果显示,除了TIANGEN试剂盒法不能提取洋葱根的总RNA,其他方法在洋葱不同组织中均可提取到不同质量的RNA。对不同方法提取洋葱RNA浓度、纯度进行检测发现,Ta KaRa试剂盒法提取洋葱叶片的总RNA浓度为342.31μg/g,p Biozol法提取洋葱鳞茎、根的总RNA浓度分别为1 119.39、171.85μg/m L。经RT-PCR验证,Ta KaRa试剂盒法提取的洋葱叶片总RNA、p BIozol法提取洋葱鳞茎、根的总RNA均成功扩出洋葱β-actin基因片段。由结果可知,Ta KaRa试剂盒适合提取洋葱叶片的总RNA,p BIOZOL法适合提取洋葱鳞茎、根的总RNA且质量能够满足后续试验要求。

关键词：洋葱总RNA RNA提取 RT-PCR

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洋葱转录组SSR信息分析及其多态性研究

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园艺学报 2015年第6期42卷 1103-1111页

作者：李满堂张仕林邓鹏侯喜林王建军南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室南京210095

采用生物信息学方法分析洋葱(Allium cepa L.)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为洋葱分子标记辅助育种提供有力工具。利用MISA工具筛选了洋葱转录组测序获得的106 932条unigenes(84.04 Mb),并对其SSR位点信息... 详细信息

采用生物信息学方法分析洋葱(Allium cepa L.)转录组中的SSR位点信息,并设计简单重复序列(SSR)引物,以期为洋葱分子标记辅助育种提供有力工具。利用MISA工具筛选了洋葱转录组测序获得的106 932条unigenes(84.04 Mb),并对其SSR位点信息进行了分析,共筛选得到5 959个SSR位点(占总unigenes的5.10%),其发生频率为1/14.1 kb。SSRs位点中主导类型是以AAG/CTT(占总SSRs的10.20%)为主的三核苷酸重复,占总SSRs的37.27%;其次是单、二核苷酸重复,其出现频率分别为30.91%和24.75%。利用Primer5共设计出5 258对SSR引物。随机选择20对引物进行PCR扩增,其中12对扩增出清晰可重复的条带,9对在24个不同类型洋葱材料中表现出多态性。利用UPGMA作图,将24个洋葱材料分为4类。

关键词：洋葱转录组 SSR 引物多态性

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萝卜硝酸还原酶基因的克隆与表达分析

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南京农业大学学报 2015年第2期38卷 205-211页

作者：武悦徐良王娟娟龚义勤谢洋柳李旺南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室/园艺学院江苏南京210095 全国农业技术推广服务中心北京100125

[目的]为揭示萝卜（Raphanus sativus L.）硝酸还原酶基因（RsNR）的分子特征,降低硝酸盐含量,对萝卜RsNR基因进行分离与表达特性研究。[方法]基于本实验室转录组测序所得unigene序列分离RsNR基因cDNA,利用生物信息学方法进行序列分析,... 详细信息

[目的]为揭示萝卜（Raphanus sativus L.）硝酸还原酶基因（RsNR）的分子特征,降低硝酸盐含量,对萝卜RsNR基因进行分离与表达特性研究。[方法]基于本实验室转录组测序所得unigene序列分离RsNR基因cDNA,利用生物信息学方法进行序列分析,采用RT-qPCR方法对不同浓度KNO3（0、5、20、30和50mmol·L^-1）和不同时间（0、4、8、12和24h）处理的萝卜中RsNR基因表达进行检测,并测定硝酸盐含量和硝酸还原酶活性（NRA）。[结果]获得萝卜RsNR基因cDNA序列（GenBank登录号：KM272859）,开放阅读框为2742bp,编码913个氨基酸,RsNR与油菜NR基因（D38219）氨基酸序列相似性为95%。在30mmol·L^-1NO3^--N诱导下,萝卜叶片和根中RsNR基因表达量最高。在30mmol·L^-1NO3^--N诱导初期,叶片和根中RsNR表达量4h达到最大值,随后呈下降趋势;随着硝酸盐处理浓度升高,NRA、硝酸盐含量和RsNR基因表达量均呈先升后降趋势,0～4h内叶片和根中三者均上升,4～24h内NRA和RsNR基因表达下降,而硝酸盐含量呈上升趋势。[结论]NO3^--N可能在转录水平上调控萝卜RsNR基因表达,进而影响其硝酸盐含量和NRA。

关键词：萝卜基因表达硝酸还原酶基因(NR) NO3^--N处理

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番茄中受TYLCV诱导上调表达基因tetraspanin3的功能分析

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南京农业大学学报 2015年第6期38卷 896-900页

作者：裴延飞刘廷利连梓伊杨郁文陈天子王金彦张保龙柳李旺南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室/园艺学院江苏南京210095 江苏省农业科学院江苏省农业生物学重点实验室江苏南京210014

[目的]本文旨在研究tetraspanin3基因在抗番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)病中的作用及对番茄生长发育的影响。[方法]通过MEG 5.0软件构建进化树,分析tetraspanin3基因的进化;采用实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测tetraspanin3在番茄各个器官中... 详细信息

[目的]本文旨在研究tetraspanin3基因在抗番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)病中的作用及对番茄生长发育的影响。[方法]通过MEG 5.0软件构建进化树,分析tetraspanin3基因的进化;采用实时荧光定量PCR(RT-q PCR)检测tetraspanin3在番茄各个器官中的表达量及对TYLCV诱导的响应;通过病毒诱导基因沉默技术(VIGS)将番茄中的tetraspanin3沉默,测定基因沉默后番茄的抗病性并观测沉默植株表型。[结果]构建的进化树显示:番茄的tetraspanin3基因与葡萄同源基因在一个独立的进化分支上。tetraspanin3基因在各器官中均有表达,在茎、老叶、花中表达量较高,在根、果实中表达量较低,在新叶中的表达量处于中间水平。tetraspanin3受TYLCV诱导后上调表达。沉默tetraspanin3后的植株出现了叶片扭曲,并且在接种TYLCV后,TYLCV病毒量降低50%以上。[结论]tetraspanin3与番茄叶片的生长发育有关,并且对TYLCV侵染番茄植株起正调控作用。

关键词：番茄黄化曲叶病毒跨膜蛋白病毒诱导的转基因沉默功能分析

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芹菜核酸内切酶CELI基因的克隆及其表达分析

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南京农业大学学报 2014年第4期37卷 39-45页

作者：田畅王枫蒋倩徐馨琰刘君熊爱生南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室/园艺学院江苏南京210095

CELI是一种单链特异性核酸酶(singlestrand specific nuclease),主要应用于清除DNA或RNA双链分子存在的单链.测定不同品种芹菜中CELI基因非生物胁迫诱导表达情况,以进一步研究芹菜中核酸内切酶的功能及应用.以芹菜(Apium raveolensL.)... 详细信息

CELI是一种单链特异性核酸酶(singlestrand specific nuclease),主要应用于清除DNA或RNA双链分子存在的单链.测定不同品种芹菜中CELI基因非生物胁迫诱导表达情况,以进一步研究芹菜中核酸内切酶的功能及应用.以芹菜(Apium raveolensL.)为试验材料,分别从‘六合黄心芹’和‘文图拉’中克隆出核酸内切酶CELI基因序列.通过生物信息学的方法对所得序列进行分析,通过实时定量PCR方法进行该基因在芹菜中表达分析.结果表明:来源于2种芹菜的CELI基因核苷酸序列高度保守,基因全长均为891 bp,分别编码296个氨基酸.2种芹菜的CELI基因核苷酸序列之间共有20个位点不同,导致3个氨基酸位点发生改变.2种芹菜该酶的蛋白质相对分子质量分别为33.88×103和33.92×103,pI值分别为6.51和6.37.进化分析显示,芹菜中的CELI与同属于伞形科的欧芹进化关系最近,伞形科CELI进化上更接近于菊科.实时定量PCR分析表明,芹菜中CELI基因在根、茎、叶、花不同组织及不同品种之间的表达量有明显差异.对2种芹菜分别进行4℃、38℃、0.2 mol· L-1 NaC1、200 g·L-1 PEG处理2h,表达分析显示,4种处理条件下芹菜中CELI基因表达量有明显差异,其中PEG处理表达量呈明显下降趋势.结论:通过逆境处理后的基因表达分析发现,芹菜中CELI基因对非生物胁迫有响应,‘六合黄心芹’中CELI基因的诱导表达量大于‘文图拉’.

关键词：芹菜核酸内切酶实时定量PCR 基因克隆表达分析

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3个芹菜品种Agnp-G3PDH基因的克隆及其序列和表达特性分析

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植物资源与环境学报 2014年第2期23卷 1-10页

作者：田畅蒋倩王枫李梦瑶贾晓玲熊爱生南京农业大学园艺学院作物遗传与种质创新国家重点实验室农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室江苏南京210095

从芹菜(Apium graveolens Linn.)品种‘六合黄心芹’(‘Liuhe Huangxinqin’)、‘津南实芹’(‘Jinnan Shiqin’)和‘文图拉’(‘Ventura’)中分别克隆获得非磷酸化甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因Agnp-G3PDH。3个品种的AgnpG3PDH基因序列均包... 详细信息

从芹菜(Apium graveolens Linn.)品种‘六合黄心芹’(‘Liuhe Huangxinqin’)、‘津南实芹’(‘Jinnan Shiqin’)和‘文图拉’(‘Ventura’)中分别克隆获得非磷酸化甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因Agnp-G3PDH。3个品种的AgnpG3PDH基因序列均包含1个全长1 491 bp的开放阅读框(ORF),编码496个氨基酸;存在84个碱基位点差异,导致14个氨基酸位点改变。由该基因编码的‘六合黄心芹’、‘津南实芹’和‘文图拉’的Agnp-G3PDH蛋白的理论相对分子质量分别为53 201.6、53 051.4和52 960.3,理论等电点分别为pI 7.49、pI 7.86和pI 8.12,氨基酸组成中碱性氨基酸数量大于酸性氨基酸数量;该蛋白质具有亲水性与疏水性双重特性,均为疏水性蛋白。多重比对结果表明:3个品种Agnp-G3PDH基因编码的氨基酸序列同源性达到99.09%,具有高度保守性;且与其他11种植物npG3PDH的氨基酸序列的相似度也较高。在基于np-G3PDH基因编码的氨基酸序列进化树上,3个芹菜品种聚在同一分支中,并与杨柳科(Salicaceae)种类毛果杨(Populus trichocarpa Torr.&Gray)聚在一起,表明它们的np-G3PDH进化关系较近。实时定量PCR分析结果表明:在3个芹菜品种的不同组织中Agnp-G3PDH基因的相对表达水平均有明显差异,其中,在‘津南实芹’的叶、‘文图拉’的花和‘六合黄心芹’的根中该基因的相对表达水平最高;经高温(38℃)、低温(4℃)和干旱(20%PEG)胁迫处理后3个品种Agnp-G3PDH基因的相对表达水平均极显著高于或低于对照,但经盐(0.2 mol·L-1NaCl)胁迫处理后仅品种‘津南实芹’Agnp-G3PDH基因的相对表达水平显著高于对照,品种‘六合黄心芹’和‘文图拉’Agnp-G3PDH基因的相对表达水平与对照无显著差异。表明该基因的表达具有组织特异性且与品种间的抗逆性差异有关。

关键词：芹菜 Agnp—G3PDH基因序列分析同源性非生物胁迫表达特性

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萝卜抽薹开花促进因子RsFPF1基因克隆与功能分析

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南京农业大学学报 2014年第4期37卷 31-38页

作者：许园园王燕柳李旺徐良王克磊张凤娇聂姗姗龚义勤南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室/园艺学院江苏南京210095 温州市农业科学院蔬菜科学研究所温州科技职业学院浙江温州325014

采用电子克隆与基因组步移策略分离出萝卜RsFPF1基因gDNA和cDNA及启动子序列,并进行表达特征分析及转基因功能验证。序列分析表明,RsFPF1基因长度为330 bp,编码109个氨基酸;蛋白同源分析表明,RsFPF1蛋白与拟南芥及白芥FPF1蛋白间亲缘关... 详细信息

采用电子克隆与基因组步移策略分离出萝卜RsFPF1基因gDNA和cDNA及启动子序列,并进行表达特征分析及转基因功能验证。序列分析表明,RsFPF1基因长度为330 bp,编码109个氨基酸;蛋白同源分析表明,RsFPF1蛋白与拟南芥及白芥FPF1蛋白间亲缘关系最近。RsFPF1基因5'上游启动子区序列长度为1 845 bp,采用PLACE和PlantCARE软件分析表明,该启动子序列含有典型调控元件及多个光响应顺式元件。半定量RT-PCR表达分析表明,开花前RsFPF1基因在茎尖表达量最高,开花后在花及花蕾中表达量最高。通过农杆菌介导的遗传转化获得转RsFPF1基因的烟草阳性植株,与野生型相比,转入RsFPF1基因的植株出现花期提前现象。结论:RsFPF1基因能够促进萝卜提早开花,其表达可能受光调控,在调控萝卜抽薹开花及花发生相关基因表达方面发挥着重要作用。

关键词：萝卜抽薹开花 RsFPF1基因启动子功能分析

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紫山药黄酮醇合成酶DaFLS1基因的克隆和表达分析

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江苏农业学报 2014年第6期30卷 1448-1455页

作者：闫瑞霞龚义勤殷剑美韩晓勇张培通柳李旺南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室/农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室/园艺学院江苏南京210095 江苏省农业科学院经济作物研究所江苏南京210014

为了解黄酮醇在紫山药中的合成特点,利用3'-和5'-RACE技术从紫山药中分离到黄酮醇合成酶Da FLS1基因编码序列(Gen Bank登录号:KJ022640)。Da FLS1基因编码序列全长为1 113 bp,其开放阅读框长度为1 005 bp,编码334个氨基酸。Da F... 详细信息

为了解黄酮醇在紫山药中的合成特点,利用3'-和5'-RACE技术从紫山药中分离到黄酮醇合成酶Da FLS1基因编码序列(Gen Bank登录号:KJ022640)。Da FLS1基因编码序列全长为1 113 bp,其开放阅读框长度为1 005 bp,编码334个氨基酸。Da FLS1蛋白质属于水溶性胞质不稳定蛋白质,无跨膜区和信号肽结构。保守区域分析结果显示,Da FLS1蛋白质属于α-酮戊二酸和二价铁离子依赖型的加氧酶家族[2OG-Fe(II)Oxygenase superfamily];Da FLS1氨基酸序列与水仙(AFS63900)同源性最近(75%),其次是洋葱(AAT68476,74%),与金鱼草(ABB53382)的同源性仅为66%。系统进化分析结果显示,紫山药与其他作物亲缘关系较远。Da FLS1在紫山药幼嫩叶片中表达水平最高,并且在紫山药幼叶中的表达有2个高峰期,而在其他组织中的表达量极低或不表达,即Da FLS1在紫山药中的表达情况符合黄酮醇合成酶基因(FLS)的特征。上述结果说明,得到的基因为紫山药黄酮醇合成酶基因Da FLS1,具有FLS基因的生物信息学特征和表达特征。

关键词：紫山药黄酮醇合成酶黄酮醇 Da FLS1基因

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利用转录组高通量测序进行萝卜抽薹开花相关miRNA及靶基因鉴定

利用转录组高通量测序进行萝卜抽薹开花相关miRNA及靶基因鉴定

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中国园艺学会十字花科蔬菜分会第十二届学术研讨会

作者：聂姗姗罗小波徐良李超张凤娇龚义勤谢洋柳李旺南京农业大学园艺学院作物遗传与种质创新国家重点实验室农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室南京210095

MicroRNA(miRNA)是一类内源的非编码小分子RNA,在植物生长发育过程起调控作用.本研究通过高通量测序技术,利用萝卜营养生长和生殖生长期叶片构建两个sRNA文库,以鉴定萝卜抽薹开花相关miRNA.结果显示,在两个文库中共鉴定出134个已知miRNA... 详细信息

MicroRNA(miRNA)是一类内源的非编码小分子RNA,在植物生长发育过程起调控作用.本研究通过高通量测序技术,利用萝卜营养生长和生殖生长期叶片构建两个sRNA文库,以鉴定萝卜抽薹开花相关miRNA.结果显示,在两个文库中共鉴定出134个已知miRNA和62个新型miRNA,分属于35和38个miRNA家族.差异表达分析鉴定到66个抽薹开花相关miRNA,包括42个已知和24个新型miRNA.利用qRT-PCR技术对9个miRNA及8个靶基因表达模式进行了验证;对43个miRNA家族的128个潜在靶基因进行了功能注释和分析,结果表明许多功能基因参与了萝卜抽薹开花过程和生长发育.本研究结果为解析miRNA介导的萝卜抽薹开花调控网络机制提供了重要参考.

关键词：萝卜抽薹开花微小RNA 靶基因高通量测序

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不结球白菜BcHSP70-1基因的克隆与进化及其表达分析

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西北植物学报 2013年第8期33卷 1508-1515页

作者：宋洪兵宋小明周晶晶刘环环李英侯喜林南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室南京210095

利用已报导的拟南芥和甘蓝型油菜同源基因序列设计克隆引物,从不结球白菜中克隆了BcHSP70-1基因。在BcHSP70-1基因测序后,对该基因编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位和跨膜结构域等生物信息学分析结果表明,BcHSP70-1编码的蛋白质是亲水... 详细信息

利用已报导的拟南芥和甘蓝型油菜同源基因序列设计克隆引物,从不结球白菜中克隆了BcHSP70-1基因。在BcHSP70-1基因测序后,对该基因编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位和跨膜结构域等生物信息学分析结果表明,BcHSP70-1编码的蛋白质是亲水蛋白,定位在细胞质中,该基因ORF全长1 950bp,编码649个氨基酸,有1个内含子和2个外显子,内含子为324bp;对BcHSP70-1直系同源基因外显子和内含子比对分析显示,内含子的差异更显著。实时定量PCR表达分析表明,BcHSP70-1的表达量在不同耐热性的栽培种中有较大差异,在不耐热的不结球白菜品种(NHCC002)中未见该基因组成性表达;与38℃高温胁迫相比,4℃低温胁迫下诱导的BcHSP70-1表达量更高。

关键词：不结球白菜基因克隆热激蛋白实时定量PCR

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