检索结果-内蒙古大学图书馆

中华预防医学杂志 2012年第9期46卷 845-849页

作者：朱晶晶赵杨陆凤胡志斌陈峰南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系现代毒理学教育部重点实验室 210029

目的探讨随机森林算法在肺癌高维病例-对照资料分析中的应用效果。方法选取500例医院来源肺癌患者作为病例组，以517名社区来源对照人群作为对照组，每名研究对象均常规采集静脉抗凝血5ml，位点基因型通过GoldenGate定制芯片平台分型，... 详细信息

目的探讨随机森林算法在肺癌高维病例-对照资料分析中的应用效果。方法选取500例医院来源肺癌患者作为病例组，以517名社区来源对照人群作为对照组，每名研究对象均常规采集静脉抗凝血5ml，位点基因型通过GoldenGate定制芯片平台分型，经筛选获得399个SNP位点，先利用随机森林算法进行降维，再用传统的logistic回归对降维后的变量进行分析，并采用受试者工作特征曲线（ROC）曲线下面积（AUC）分析多个SNP位点与肺癌的遗传易感性。结果经随机森林算法筛得50个平均重要性得分最高且错误率最低的变量，其中环境变量（吸烟、年龄分组、性别）的重要性得分均位于前20，分别为4．05、3．12、1．16；在调整3个环境变量后，经阳性结果错误率（FDR）法进干亍多重性校正，结果仍有统计学意义的SNP位点有6个（FDR—P〈0．05），而如果直接采用传统logistic回归分析，则无法发现有统计学意义的SNP位点。对于2个ROC曲线（分别为只包含环境变量模型ROC曲线、包含环境变量和SNP位点模型的ROC曲线）AUC（分别为0．6491±0．0172、0．6811±0．0166）的似然比检验结果表明，6个SNP位点与肺癌的关联性有统计学意义（χ^2=43．82，P=3．6×10^-11）。结论利用随机森林算法先剔除高维数据的噪声位点，再利用logistic回归分析，可提高检验效能，优于直接利用logistic回归分析。

关键词：肺肿瘤多态性,单核苷酸人工智能随机森林

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DNA损伤相关遗传变异与中国人群肺癌易感性的关联研究

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中华预防医学杂志 2016年第8期50卷 721-727页

作者：李志华王玉琢刘佳朱猛杜江波袁晶陈卫红张正东胡志斌邬堂春沈洪兵南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系 210000 华中科技大学同济医学院公共卫生学院劳动卫生与环境卫生学系环境与健康教育部重点实验室国家环境保护部环境与健康重点实验室南京医科大学公共卫生学院教育部现代毒理学重点实验室

目的探索DNA损伤相关的遗传变异和中国人群肺癌发病风险的关系。方法采用病例-对照研究设计，收集2003—2009年就诊于江苏省肿瘤医院以及江苏省人民医院的新发肺癌病例作为病例组，共1 341例。选取同期在相同医院或参加社区健康体... 详细信息

目的探索DNA损伤相关的遗传变异和中国人群肺癌发病风险的关系。方法采用病例-对照研究设计，收集2003—2009年就诊于江苏省肿瘤医院以及江苏省人民医院的新发肺癌病例作为病例组，共1 341例。选取同期在相同医院或参加社区健康体检的健康人群作为对照组，共1 982名。每位研究对象采集5 ml外周血，并用同一调查问卷收集流行病学信息。运用Illumina Infinium？芯片对DNA损伤相关的35个单核苷酸变异（SNVs）进行基因分型。应用单因素和多因素logistic回归模型，计算每个位点的OR（95%CI）值。采用HaploReg V4.1和Regulome DB数据库对重点位点进行注释。结果病例组和对照组的年龄分别为（61.06 ± 10.15）、（61.32 ± 11.07）岁，差异无统计学意义（t=-0.72，P=0.473）。病例组吸烟人数比例高于对照组（61.08%比48.54%, χ2=50.04, P〈0.001），且重度吸烟者所占比例也高于对照组（42.28%比24.07%, χ2=122.32, P〈0.001）。对符合质控标准的34个SNVs，在调整年龄、性别和累计吸烟剂量后，发现2个SNVs与肺癌发生的相关性的差异有统计学意义，分别为rs9267576位点的C〉A变异（CA基因型/CC基因型，OR=1.56, 95%CI： 1.01~2.40）和rs3130683的A〉G变异（AG基因型/AA基因型，OR=1.87，95% CI：1.13~3.09）。以rs3130683、rs9267576和其他协变量采用逐步回归法建立logistic回归模型，最终仅rs3130683保留在模型中，表明rs9267576与肺癌发生的关联可能由rs3130683的效应所致。功能注释结果表明，rs3130683位于启动子和增强子区，是人类白细胞抗原HLA-C、-DQB1、-DRB1、-DRB5的表达数量性状基因座（eQTL）。癌症基因组图谱（TCGA）数据分析结果表明，HLA-C、HLA-DQB1、HLA-DRB1和HLA-DRB5在肺癌组织中的表达水平均低于癌旁组织，分别有81.3%、88.8%、90.7%、90.7%的肺癌组织表达下调，P值分别为6.68×10-15、2.21×10-13、2.20×10-16、2.58×10-13。结论 rs3130683（A〉G）变异与中国人群肺癌易感性有关，其可能通过影响人类白细胞抗原表达量影响肺癌的发生。

关键词： DNA损伤肺肿瘤单核苷酸变异 PM2.5

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中国国家出生队列研究质量控制策略与措施

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中华流行病学杂志 2021年第4期42卷 575-578页

作者：夏彦恺蒋涛刘聪杜江波林苑蒋杨倩赵杨周昆刘晓宇靳光付马红霞胡志斌沈洪兵南京医科大学公共卫生学院教育部现代毒理学重点实验室 211166 南京医科大学生殖医学国家重点实验室全球健康研究中心 211166 南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系 211166 南京医科大学公共卫生学院儿少卫生与妇幼保健学系 211166

出生队列是研究孕前和孕期各种环境暴露因素与胎儿、婴幼儿、青少年健康之间关系的有效方法。出生队列建设周期长、环节众多,研究质量可能受到多种因素的影响。本文对中国国家出生队列建设过程中的各项质量保证和质量控制措施进行梳理,... 详细信息

出生队列是研究孕前和孕期各种环境暴露因素与胎儿、婴幼儿、青少年健康之间关系的有效方法。出生队列建设周期长、环节众多,研究质量可能受到多种因素的影响。本文对中国国家出生队列建设过程中的各项质量保证和质量控制措施进行梳理,归纳总结建设经验。以期为相关队列研究提供经验,减少相关因素对队列研究的影响,提升队列研究质量。中国国家出生队列在质量保证的顶层设计方面采取一系列措施保障研究质量,包括研究中心筛选、成员管理系统开发、标准化操作流程制定及工作人员规范化培训;在质量控制方面,包括针对队列数据产生过程的实时、及时、定时质控,针对生物样本采集、处理及保存的全周期质控,以及针对参与工作人员的培训、督查和量化考核的全面立体质控。

关键词：出生队列质量控制队列

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云端信息平台在中国国家出生队列建设与研究中的应用

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中华流行病学杂志 2021年第4期42卷 586-590页

作者：杜江波陶诗瑶林苑赵杨吕红夏彦恺陆春城吴炜马红霞靳光付胡志斌沈洪兵南京医科大学公共卫生学院流行病学系 211166 南京医科大学生殖医学国家重点实验室全球健康研究中心 211166 南京医科大学公共卫生学院儿少卫生与妇幼保健学系 211166 南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学公共卫生学院教育部现代毒理学重点实验室 211166

大型出生队列是持续、动态地收集个体生命早期暴露信息,探讨暴露与生命远期健康结局因果关联的一种重要的队列研究类型。但由于其设计复杂、实施难度大,如何保证出生队列建设的高质量高效率是国内外流行病学研究者面临的主要挑战。2016... 详细信息

大型出生队列是持续、动态地收集个体生命早期暴露信息,探讨暴露与生命远期健康结局因果关联的一种重要的队列研究类型。但由于其设计复杂、实施难度大,如何保证出生队列建设的高质量高效率是国内外流行病学研究者面临的主要挑战。2016年,国家重点研发计划资助的中国国家出生队列(China National Birth Cohort)建设正式启动。该队列在设计实施过程中,不断积累经验,充分运用网络和信息化手段,探索并建立了一套“云端信息平台”,以支撑覆盖全国16家单位的出生队列建设。经过四年的发展,该系统平台在“出生队列人群招募和随访管理、数据的实时交互、队列质量控制、多级权限管理和职能划分”等多个方面已经发展出一整套完善的建设方案。该平台的设计框架和功能要素对于我国今后出生队列乃至大型人群研究的信息化建设具有重要的参考意义。

关键词：出生队列信息化平台质量控制

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高维生物学数据两阶段组合降维策略研究

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中国卫生统计 2012年第5期29卷 626-629页

作者：荀鹏程钱国华赵杨于浩陈峰南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系 210029 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室 210029 昆山市卫生监督所 215300

目的探讨高维生物学数据的多阶段组合降维策略。方法以微阵列数据的判别分析为例,采用实际数据和模拟数据相结合的方法,提出"初步选维→进一步降维"的两阶段组合降维策略,并与后续的"判别→验证"相结合,形成了"... 详细信息

目的探讨高维生物学数据的多阶段组合降维策略。方法以微阵列数据的判别分析为例,采用实际数据和模拟数据相结合的方法,提出"初步选维→进一步降维"的两阶段组合降维策略,并与后续的"判别→验证"相结合,形成了"选维→降维→判别→验证"的判别分析思路。以后续判别分析的预测效果、预测结果的稳定性与敏感性等为指标,对2种单一降维(PCA,PLS)方法和4种组合降维方法(PCA+SIR、PCA+SAVE、PLS+SIR和PLS+SAVE)进行了考察。结果从判别模型的预测效果、预测结果的稳定性及敏感性来看,PLS优于PCA,PLS+SIR/SAVE的组合降维效果更佳。结论用t计分法选维,以"PLS+SIR/SAVE"法进行降维的两阶段组合降维策略,对于微阵列数据判别分析,是实用的、可行的。

关键词：两阶段组合降维偏最小二乘切片逆回归切片均方误差估计微阵列数据判别分析

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利用因果森林估计异质性人群下个体的处理效应

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中华流行病学杂志 2019年第6期40卷 707-712页

作者：何文静尤东方张汝阳于浩陈峰胡志斌赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室 211166 南京医科大学-哈佛大学公共卫生学院健康与风险评估联合实验室 211166 南京医科大学生物医学大数据重点实验室 211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系 211166 江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京211166 肿瘤个体化医学协同创新中心南京211166

目的探讨因果森林在异质性人群中估计个体处理效应的有效性及如何应用于实例数据以挖掘异质性人群特征。方法设计4种模拟方案,通过模拟试验验证因果森林在不同处理效应环境设置下对个体处理效应进行估计的效果,并应用于右心导管插入术... 详细信息

目的探讨因果森林在异质性人群中估计个体处理效应的有效性及如何应用于实例数据以挖掘异质性人群特征。方法设计4种模拟方案,通过模拟试验验证因果森林在不同处理效应环境设置下对个体处理效应进行估计的效果,并应用于右心导管插入术实例数据集进行分析。结果模拟试验结果表明,在4种不同效应值设置下,用因果森林方法所估计的个体处理效应值都能与总体效应相吻合,符合预期分布;实例数据分析结果显示绝大多数患者个体处理效应为正值,使用RHC会导致该样本人群180d死亡率增高,2月生存模型估计概率和白蛋白含量偏低的患者在使用RHC后更倾向于有较低的死亡风险。结论因果森林能够有效地估计个体处理效应,为个体是否接受某种处理提供建议。

关键词：因果森林异质性个体处理效应

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随机森林在基因调控网络推断上的比较与应用

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中国卫生统计 2019年第6期36卷 951-954页

作者：张铭智尤东方何文静张汝阳陈峰胡志斌赵杨南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 211166 南京医科大学现代毒理学教育部重点实验室南京医科大学环境与人类健康国际联合研究中心南京医科大学-哈佛大学公共卫生学院健康与风险评估联合实验室南京医科大学公共卫生学院流行病学系江苏省恶性肿瘤生物标志物与防治重点实验室南京医科大学生物医学大数据重点实验室

基因调控网络(gene regulatory network,GRN)是当前功能基因组学所研究的重要内容之一,作为一种描述基因间相互作用关系的方式,在推断复杂疾病的致病原理过程中发挥着重要的作用。通过对基因调控网络的分析,我们能够更加深入地了解各基... 详细信息

基因调控网络(gene regulatory network,GRN)是当前功能基因组学所研究的重要内容之一,作为一种描述基因间相互作用关系的方式,在推断复杂疾病的致病原理过程中发挥着重要的作用。通过对基因调控网络的分析,我们能够更加深入地了解各基因的生物学功能、理解基因间的调控机理并推断出未知基因的功能,这对疾病诊断、临床实践、药物研发等方面有指导性的意义。

关键词：基因调控网络随机森林疾病诊断药物研发功能基因组学临床实践复杂疾病未知基因

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孕期心理状况与无医学指征剖宫产的关联研究

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南京医科大学学报（自然科学版） 2023年第1期43卷 66-72,121页

作者：李梅蒋杨倩吕红徐菠刘晓宇周昆韩秀梅蒋涛石中华杜江波林苑马红霞夏彦恺胡志斌吴炜南京医科大学生殖医学国家重点实验室江苏南京211166 南京医科大学公共卫生学院现代毒理学教育部重点实验室江苏南京211166 南京医科大学公共卫生学院流行病学系江苏南京211166 南京医科大学附属苏州医院(苏州市立医院)生殖医学国家重点实验室(苏州中心) 南京医科大学姑苏学院江苏苏州215002 南京医科大学公共卫生学院生物统计学系江苏南京211166 南京医科大学附属妇产医院(南京市妇幼保健院)产科江苏南京210004 南京医科大学公共卫生学院儿少卫生与妇幼保健学系江苏南京211166

目的:探讨孕期抑郁、焦虑和压力等心理因素对无医学指征剖宫产的影响。方法:采用前瞻性队列研究方法,以2016年10月—2019年1月在南京医科大学附属妇产医院纳入的1453例孕妇作为研究对象。采用焦虑自评量表、抑郁流行病学研究中心量表和... 详细信息

目的:探讨孕期抑郁、焦虑和压力等心理因素对无医学指征剖宫产的影响。方法:采用前瞻性队列研究方法,以2016年10月—2019年1月在南京医科大学附属妇产医院纳入的1453例孕妇作为研究对象。采用焦虑自评量表、抑郁流行病学研究中心量表和压力知觉量表分别评估孕妇孕早、中、晚期的心理状况。根据产科病例获取分娩方式并判断是否具有剖宫产医学指征,在无剖宫产医学指征的孕妇人群中,采用广义估计方程分析孕期心理因素与剖宫产的关联。结果:本研究最终纳入1453例孕妇作为研究对象,其中516例孕妇有剖宫产医学指征。余937例无剖宫产医学指征的孕妇中,139例孕妇选择剖宫产。调整母亲分娩年龄、孕前体重指数、产次、妊娠合并糖尿病和分娩孕周后,发现孕妇孕晚期伴有任一不良心理症状(高压力、抑郁或焦虑)可增加无医学指征剖宫产发生的风险(OR=1.69,95%CI:1.04~2.73,P=0.034),孕晚期抑郁与无医学指征剖宫产呈正相关(OR=1.32,95%CI:1.03~1.69,P=0.028),焦虑和压力与无医学指征剖宫产的关联无统计学意义。结论:孕晚期抑郁与无医学指征剖宫产发生的风险增加有关。建议在未来产检护理中,应重视孕产妇的心理疏导,尤其是孕晚期的心理健康。

关键词：压力抑郁焦虑无医学指征剖宫产孕期

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