检索结果-内蒙古大学图书馆

中华预防医学杂志 2022年第11期56卷 1618-1624页

作者：庄思琪毛怡心邓富昌雒月云石婉荧李霞曹亚强徐继承唐宋徐州医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室徐州221004 中国疾病预防控制中心环境与健康相关产品安全所环境与人群健康重点实验室北京100021 南京医科大学公共卫生学院全球健康中心南京211166

目的基于健康老年人群的肠道菌群组成特征,探索宏基因组测序与16S rDNA测序在后续分析上的差异。方法采用定群研究设计,对山东济南76名健康老年人进行5次重复测量,采集粪便样本并提取基因组DNA,分别进行宏基因组与16S rDNA测序,比较两... 详细信息

目的基于健康老年人群的肠道菌群组成特征,探索宏基因组测序与16S rDNA测序在后续分析上的差异。方法采用定群研究设计,对山东济南76名健康老年人进行5次重复测量,采集粪便样本并提取基因组DNA,分别进行宏基因组与16S rDNA测序,比较两种测序肠道菌群的组成与多样性;采用Pearson相关分析物种丰度与α多样性的相关性,普氏分析判断β多样性的相关性。结果76名老年人年龄(65.07±2.75)岁,体重指数为(25.03±2.40)kg/m^(2);男、女各38名;5次重复测量共得到345人次的粪便样品。相较于16Sr DNA测序,宏基因组测序在各个水平的注释物种数更多,且水平越低,两种测序物种数量相差越大;两种测序的物种丰度存在差异,但在门(r=0.88,P<0.001)、属(r=0.77,P<0.001)水平上物种丰度呈高度相关,其中拟杆菌门、厚壁菌门等是共同的优势物种;老年人肠道菌群多样性分析显示,两种测序的α多样性指数存在显著正相关(r=0.70,P<0.001),两组β多样性也呈显著相关(M^(2)=0.84,P<0.05);结论宏基因组测序注释效率远高于16S rDNA测序;两种测序方法在门水平物种丰度、物种α多样性上具有较高的一致性。

关键词：老年人肠道微生物多样性高通量测序

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TRPV3基因突变导致表皮功能障碍和角质细胞异常分化的作用机制研究

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国际遗传学杂志 2023年第2期46卷 85-94页

作者：潘素跃陈东宇樊文龙胡敏王朴黄巧杨晓雨王红心何玉清广东医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室广东医科大学医学系统生物学研究所东莞东莞市寮步医院皮肤科东莞

目的运用生物信息学方法筛选与瞬时感受器电位香草素受体亚家族3(transient receptor potential vanillin 3,TRPV3)突变密切相关的一组基因和信号通路, 探讨TRPV3突变对局灶型掌跖角化症和Olmsted综合征表皮功能和角质细胞增殖分化的影... 详细信息

目的运用生物信息学方法筛选与瞬时感受器电位香草素受体亚家族3(transient receptor potential vanillin 3,TRPV3)突变密切相关的一组基因和信号通路, 探讨TRPV3突变对局灶型掌跖角化症和Olmsted综合征表皮功能和角质细胞增殖分化的影响。方法对转染TRPV3突变体的HEK293T细胞进行Sanger DNA测序。筛选与TRPV3突变相关的差异基因, 利用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis, WGCNA)筛选与样本特征相关性最大的模块, 两者取交集后得到差异共表达基因, 并进行富集和功能注释。基于STRING数据库构建蛋白质相互作用网络, 利用多算法筛选出与TRPV3突变相关的关键基因。结果用野生型或TRPV3突变体转染HEK293T细胞24 h后, 发现各细胞系的活细胞数减少, 尤其是Gly573Cys、Gly573Ser和Trp692Gly。综合WGCNA和差异分析筛选得到共30个与TRPV3突变相关的差异共表达基因, 其中GO显示其主要富集在RNA聚合酶Ⅱ对转录的正调控和核酸模板转录的正调控等功能;京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路分析发现主要富集在丝裂原活化蛋白激酶信号通路、TRP通道的炎症介质调节、细胞衰老和鞘脂代谢等途径。将CytoHubba 4种算法的结果进行交叉, 共鉴定出4个关键靶基因, 包括FOS、EGR1、ATF3、EGR2。结论本研究发现TRPV3突变抑制细胞活性, 与Olmsted综合征和局灶型掌跖角化病等皮肤角化性疾病密切相关, 并通过生物信息学方法筛选得到与TRPV3突变相关的差异共表达基因, 可为后续研究TRPV3突变引起相关疾病的发病机制和治疗提供参考依据。

关键词：局灶型掌跖角化症差异表达基因加权基因共表达网络分析

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气温对山东省四城市卒中死亡影响归因风险评估

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中国预防医学杂志 2024年第12期25卷 1543-1549页

作者：何芬芬赵珂董意麟刘超刘成榕张珮瑶刘浩宇郭晓雷薛付忠贾贤杰蚌埠医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室安徽蚌埠233030 山东省疾病预防控制中心山东大学齐鲁医学院公共卫生学院生物统计学系国家健康医疗大数据研究院

目的探讨山东省中部地区不同温度暴露对卒中及亚型死亡的相对和归因贡献。方法收集山东省中部地区四区(县)2013—2019年逐日卒中死亡、气象和空气污染资料。应用基于quasi-Poisson回归的分布滞后非线性模型定量分析各区县温度对卒中死... 详细信息

目的探讨山东省中部地区不同温度暴露对卒中及亚型死亡的相对和归因贡献。方法收集山东省中部地区四区(县)2013—2019年逐日卒中死亡、气象和空气污染资料。应用基于quasi-Poisson回归的分布滞后非线性模型定量分析各区县温度对卒中死亡影响的滞后与累积相对风险(relative risks,RRs)。采用随机效应模型结合极大似然估计合并效应值并进行最佳线性无偏预测;定量估算不同温度区间造成的人群归因分数(attributable fraction,AF),并按性别和年龄分层,以确定敏感人群。结果2013—2019年山东省中部地区4区县因卒中死亡30721例,其中缺血性卒中(ischemic stroke,IS)19594例(63.78%),出血性卒中(hemorrhagic stroke,HS)11127例(26.22%)。日均气温与卒中及亚型死亡均呈非线性关系,并存在一定滞后性;以最低死亡风险温度为参照,极冷与极热对HS死亡无显著影响;而极热对卒中和IS死亡的累积效应在Lag 0~7 d达最高值,RR分别为1.54(95%CI:1.24~1.91)和1.87(95%CI:1.46~2.40),尚未发现极冷对两者的影响;在Lag 0~14 d卒中和IS死亡归因于非适宜温度暴露的AF分别为19.78%(95%CI:6.44%~20.20%)和24.56%(95%CI:7.47%~34.95%);中冷造成大部分卒中死亡负担(AF=15.42%,95%eCI:3.19%~23.44%)。分层结果显示,男性和<65岁人群对极冷更敏感,在Lag 0~21 d时RR分别为2.09(95%CI:1.02~4.30)和2.71(95%CI:1.06~6.90),女性和≥65岁人群对极热更敏感,在Lag 0~7 d时RR分别为2.28(95%CI:1.55~3.63)和1.64(95%CI:1.27~2.11);与极冷相比,中冷对男性影响更大,在Lag 0~14 d时AF为24.98%(95%CI:14.62%~31.92%)。结论低温和高温均可增加卒中死亡负担,但两者滞后模式不同;与其他温度范围相比,中等低温效应的可归因比例最高,男性更易受到低温影响,而高温对老年人影响更大,应予以适时重点预防。

关键词：温度缺血性卒中出血性卒中死亡率人群归因分数

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新疆出血热病毒基因组抗原表位及其实验室检测价值的评价

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中华检验医学杂志 2023年第2期46卷 127-136页

作者：张花花赵国玉李阳史深安冉袁江玲刘东亮窦景锐雒涛孙素荣张渝疆新疆医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室乌鲁木齐830054 新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心消毒与感染控制中心乌鲁木齐830002 乌鲁木齐市妇幼保健院乌鲁木齐830001 新疆大学生命科学与技术学院新疆生物资源与基因工程重点实验室乌鲁木齐830046

目的掌握克里米亚-刚果出血热病毒(CCHFV)核蛋白(NP)和糖蛋白(GP)片段的精细抗原表位谱分布,明确优势抗原表位在克里米亚-刚果出血热(CCHF)实验室检测中的价值。方法2014—2021年在新疆大学生命科学院实验室将CCHFV YL04057株采用改良... 详细信息

目的掌握克里米亚-刚果出血热病毒(CCHFV)核蛋白(NP)和糖蛋白(GP)片段的精细抗原表位谱分布,明确优势抗原表位在克里米亚-刚果出血热(CCHF)实验室检测中的价值。方法2014—2021年在新疆大学生命科学院实验室将CCHFV YL04057株采用改良生物肽合成方法分段表达出由8个氨基酸组成的最小合成短肽,以CCHFV多克隆抗体或单克隆抗体14B7(IgM)或CCHFV阳性羊血清为抗体,用免疫印迹方法鉴定出NP和GP片段上具有抗原活性的最小抗原表位(BCE),并采用邻接法将获得的具有序列多态性的BCE与不同地区的CCHFV进行空间聚类,确定BCE组合方式与地理区域分布的相关性,探讨其在建立血清学诊断中的应用价值。采用原核表达质粒(pET-32a、pGEX-KG)和带有不完整谷胱甘肽(GST188)标签的原核表达质粒(pXXGST-ST-1)构建和表达NP片段上6个不同肽段长度的优势抗原表位,建立间接酶联免疫吸附测定(ELISA)检测方法,以经免疫荧光法(IFA)鉴定的CCHF羊血清为对照,统计分析不同肽段长度的抗原表位重组蛋白与IFA检测结果的特异度、敏感度和总符合率。结果CCHFV NP和GP片段共有30个具有抗原活性的BCE,其中NP片段抗原表位集中的核心中间片段NP_(2)(aa 170~305)有6个BCE,两端的NP1(aa 1~200)和NP3(aa 286~482)有9个BCE;GP片段的Gc(aa 1~558)和Gn(aa 533~708)片段有14个BCE和1个包含15个氨基酸的长抗原肽(AP),NP片段BCE氨基酸序列的同源性为97.1%,GP片段对应的同源性为89.1%。在GP片段9个具有序列多态性的BCE中,由GnEc1、GnE2、GnE4、GcE3、GcE6和GcAP-4(Ap)6个组合BCE可将15株来自全球不同地区的CCHFV聚类成亚洲Ⅰ、亚洲Ⅱ、非洲Ⅰ、非洲Ⅱ和欧洲5个地理类群。构建表达的PET-32a-NP(全长)、PGEX-KG-NP_(2)(aa 170~305)、pGEX-KG-NP_(2-1)(aa 235~275)、PGEX-KG-NP_(2-1-1)(aa 237~256)、pXXGST-1-NP_(2-1-2)(aa 250~265)和PGEX-KG-NP_(2-1-3)(aa 260~276)6个重组蛋白CCHFV NP兔多克隆抗血清(pAb)免疫印迹反应阳性,以33份经IFA CCHF检测的羊血清为参照,以NP_(2)和NP_(2-1)2个片段构建的重组蛋白为抗原建立的间接ELISA检测方法检测敏感度、特异度和总符合率最好,敏感度分别为73.4%(11/15)和66.7%(10/15),特异度分别为100%(18/18)和94.4%(17/18),总符合率分别为87.9%(29/33)和81.8%(27/33)。结论CCHFV NP和GP上分布着数量较多的具有抗原免疫活性的BCE,其中,优势抗原表位在CCHF实验室血清学诊断中具有较高的应用价值。

关键词：出血热病毒,克里米亚-刚果表位酶联免疫吸附测定核蛋白糖蛋白

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现实世界研究生态圈的构建与发展

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中国临床医学 2021年第5期28卷 723-731页

作者：邱婧君王斯悦李晨夏结来陈峰黄丽红王陵赵杨北京复星医药科技开发有限公司北京100005 北京大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系北京100191 空军军医大学军事预防医学系军队卫生统计学教研室西安710032 南京医科大学公共卫生学院生物统计学系南京211166 复旦大学附属中山医院生物统计室上海200032 CSCO生物统计学专家委员会RWE项目组

现实世界证据(real-world evidence,RWE)由现实世界数据(real-world data,RWD)产生,经现实世界研究(real-world study,RWS)转化而来。科学的RWE可为决策提供参考依据,其产生有赖于系统性地构建和发展良性生态圈。本文梳理了RWD、RWS在产... 详细信息

现实世界证据(real-world evidence,RWE)由现实世界数据(real-world data,RWD)产生,经现实世界研究(real-world study,RWS)转化而来。科学的RWE可为决策提供参考依据,其产生有赖于系统性地构建和发展良性生态圈。本文梳理了RWD、RWS在产生RWE中的角色及转化机制,试图探讨构建现实世界研究良性生态系统的必要性及构成要素,并简要展望生态圈的发展趋势、机遇及挑战。

关键词：现实世界证据现实世界研究现实世界数据生态圈生态系统

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测序数据罕见遗传变异关联性分析方法评价

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中国卫生统计 2020年第5期37卷 649-653页

作者：夏德润沃红梅顾珩汪凯张曼婷唐少文赵杨易洪刚南京医科大学公共卫生学院生物统计学系 210029 南京医科大学医政学院社会保障教研室 210029 南京医科大学公共卫生学院流行病学系 210029

目的评价常见罕见变异统计分析方法的统计学性质,包括一类错误和检验效能,从而为分析罕见遗传变异资料的统计方法选择提供理论依据。方法通过计算机模拟试验的方法,对SKAT(sequence kernel association test)和FPCA(functional principa... 详细信息

目的评价常见罕见变异统计分析方法的统计学性质,包括一类错误和检验效能,从而为分析罕见遗传变异资料的统计方法选择提供理论依据。方法通过计算机模拟试验的方法,对SKAT(sequence kernel association test)和FPCA(functional principal component analysis)等方法从一类错误和检验效能等方面进行统计学性质评价。结果SKAT方法在各种检验水准下,第一类错误率均控制在检验水准附近,且其检验效能均高于其它方法,其中SKATO(optimal unified association test)的检验效能最高。结论在罕见遗传变异统计方法中,SKATO是一种效能较高的罕见变异资料的关联分析方法。

关键词：罕见变异关联性序列核函数关联性检验泛函主成分分析

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基于PATRIC公共数据库不同标本来源的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌基因组特征比较

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中国感染控制杂志 2023年第1期22卷 14-22页

作者：张娜孟标金美玲陈佳丽杨晓静刘芳妮秦世宇刘雄王长军陈勇中国医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室辽宁沈阳110122 中国人民解放军疾病预防控制中心应急处置大队北京100071 安徽医科大学公共卫生学院流行病与统计学系安徽合肥230032 中国人民解放军疾病预防控制中心有害生物防制科北京100071 郑州大学公共卫生学院河南郑州450001 中国人民解放军疾病预防控制中心信息科北京100071 中国人民解放军疾病预防控制中心卫勤部北京100071

目的了解不同标本来源的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)在耐药基因、毒力基因和质粒携带数量等方面是否存在差异,为CRKP感染的预防控制提供参考。方法从Pathosystems Resource Integration Center(PATRIC)公共数据库中下载2011—2020... 详细信息

目的了解不同标本来源的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)在耐药基因、毒力基因和质粒携带数量等方面是否存在差异,为CRKP感染的预防控制提供参考。方法从Pathosystems Resource Integration Center(PATRIC)公共数据库中下载2011—2020年不同标本来源CRKP的全基因组测序数据,使用生物信息学分析软件进行耐药基因、毒力基因、质粒等鉴定分析,使用IBM SPSS 23.0和R v4.2.0软件进行比较。结果共纳入2356个CRKP全基因组数据,CRKP菌株携带耐药基因、质粒和毒力基因数量的中位数(四分位数间距)分别为18(16,20)、4(3,5)、60(57,68),不同标本来源的CRKP携带毒力基因、质粒以及关键毒力基因(iut A、iuc A、iuc B、iuc C、iuc D、rmp A、rmp A2、iro B、iro C、iro D、iro N)的数量差异均有统计学意义(均P<0.05)。粪便来源的CRKP菌株携带耐药基因、质粒和毒力基因的数量较多,其中位数(四分位数间距)分别为19(16,21)、5(3,6)、63(61,69);导管附着体液来源的CRKP携带iut A和iuc(iuc A、iuc B、iuc C、iuc D)的比率较高(19.0%,4/21);rmp A和rmp A2在肺泡灌洗液来源的CRKP中携带率最高,分别占7.9%(3/38)、15.8%(6/38);无菌体液来源的CRKP携带iro(iro B、iro C、iro D、iro N)基因的比率(6.5%,4/62)高于其他标本类型CRKP(比率范围:0~4.9%)。血标本来源的CRKP比其他标本来源CRKP携带更多的毒力基因(P=0.004)。结论血标本来源的CRKP菌株携带的毒力基因比其他标本类型来源的CRKP更多,可能与其临床高死亡率有关,建议高度关注血标本中CRKP菌株向高毒力菌株进化,通过加强医院感染控制措施,降低CRKP血流感染的发病率。

关键词：耐碳青霉烯类药肺炎克雷伯菌标本类型基因组毒力基因 PATRIC

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2011—2021年南宁市丙类传染病时空趋势分析

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职业与健康 2024年第3期40卷 370-374页

作者：刘昊晖农皓唐咸艳张洁广西医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室广西南宁530021 南宁市疾病预防控制中心应急办公室广西南宁530011 南宁市疾病预防控制中心微生物检验科广西南宁530011

目的对2011—2021年南宁市各医疗机构报告的丙类传染病进行时空趋势分析,了解南宁市丙类传染病流行特征,为科学制定防控政策提供依据。方法采用描述流行病学方法和地理信息系统(geographic information system,GIS)空间分析法,掌握2011... 详细信息

目的对2011—2021年南宁市各医疗机构报告的丙类传染病进行时空趋势分析,了解南宁市丙类传染病流行特征,为科学制定防控政策提供依据。方法采用描述流行病学方法和地理信息系统(geographic information system,GIS)空间分析法,掌握2011—2021年南宁市丙类传染病及几种主要传染病的流行特点。结果2011—2021年南宁市共报告丙类传染病10种714533例,占同期全市法定传染病报告数的73.29%,年均发病率873.57/10万;报告死亡66例,年均死亡率0.0807/10万;历年发病趋势呈“横向”波动(P<0.05),4—7月和9—10月是发病高峰,城市发病率高于乡镇,差异有统计学意义(P<0.05)。主要发病年龄是0~<5岁,占81.64%;职业以散居儿童为主,占62.31%,其次是幼托儿童,占24.45%。发病的主要病种依次为手足口病、其他感染性腹泻、流行性腮腺炎和流行性感冒,年均发病率分别为642.83/10万、123.74/10万、49.52/10万和44.67/10万。结论南宁市丙类传染病需要重点防控手足口病,其次是其他感染性腹泻病,0~3岁儿童是防控的重点对象,幼托机构、中小学校是防控的重点场所。

关键词：丙类传染病流行特征发病率

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中外循证医学课程教学模式的现状与启示:系统综述

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中华流行病学杂志 2020年第12期41卷 2141-2148页

作者：刘英丽李月王雨帆于树青李志霞袁蓓蓓唐少文吴涛詹思延孙凤河北医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室石家庄050017 河北省环境与人群健康重点实验室石家庄050017 北京大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系 100191 北京大学循证医学中心 100191 北京大学医学部教育处 100191 北京大学中国卫生发展研究中心 100191 南京医科大学公共卫生学院流行病学系 211166

目的本研究运用定性系统综述的方法对国内外循证医学课程不同教学模式进行评价,为提高我国循证医学教学水平提供依据。方法系统检索PubMed、Embase、Proquest、Cochrane和Web of Science英文数据库和SinoMed、CNKI、万方和维普中文数据... 详细信息

目的本研究运用定性系统综述的方法对国内外循证医学课程不同教学模式进行评价,为提高我国循证医学教学水平提供依据。方法系统检索PubMed、Embase、Proquest、Cochrane和Web of Science英文数据库和SinoMed、CNKI、万方和维普中文数据库,筛选循证医学不同教学模式的研究,总结其研究现状。结果共纳入论文52篇(中文21篇,英文31篇),共涉及PBL等13种教学模式,其中PBL教学模式是研究最多的教学模式,而且循证医学教学效果与不同教学模式密切相关。结论目前中外循证医学课程教学模式比较丰富,PBL是最常采用的教学方式,相关原始研究质量较高。

关键词：循证医学教学模式教学效果系统综述

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常见新型冠状病毒肺炎疫情预测方法及其评价

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中国卫生统计 2020年第3期37卷 322-326页

作者：黄丽红魏永越沈思鹏朱畴文陈峰复旦大学附属中山医院生物统计室 200032 复旦大学临床流行病学与循证医学中心复旦大学附属中山医院南京医科大学公共卫生学院生物统计学系

自新型冠状病毒肺炎疫情发生以来,一些学者利用疫情公开数据建立预测模型。所用预测方式包括曲线拟合、传染病动力学模型及人工智能算法三大类。传统的曲线拟合预测方式无法考虑传染病特征,预测结果并不可靠。传染病动力学模型是本次疫... 详细信息

自新型冠状病毒肺炎疫情发生以来,一些学者利用疫情公开数据建立预测模型。所用预测方式包括曲线拟合、传染病动力学模型及人工智能算法三大类。传统的曲线拟合预测方式无法考虑传染病特征,预测结果并不可靠。传染病动力学模型是本次疫情预测应用最多的一类,能够考虑传染病的传播速度、传播模式及各种防控措施等因素,但由于考虑的参数不可能全面,且参数可能在疫情不同阶段发生动态变化,因此预测效果往往不佳,但对早期预警、防控决策支持及防控效果评价具有重要应用价值。人工智能方法可以综合考虑不同防控措施以及多种因素的影响,如果考虑得当,预测效果将会有所提高。在综合利用动力学模型优势的基础上,尽可能多地考虑不同影响因素,利用人工智能构建仿真模型,将是一个新的发展趋势。

关键词：新型冠状病毒肺炎传染病模型统计预测动力学模型人工智能

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