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CYP72B1基因和AUR3基因响应光、生长素和油菜素内酯的转录调控机制研究

生物化学与生物物理进展 2009年第9期36卷 1215-1221页

作者：张长青王进朱怀球高翔南京大学生命科学学院医药生物技术国家重点实验室南京210093 金陵科技学院园艺学院南京210038 北京大学理论生物中心北京100871 南京大学模式动物研究所南京210061

为研究光、生长素和油菜素内酯在基因层次上的互作机制,开发了转录调控元件识别工具OCMMat,其中,在对共表达基因信息和直系同源基因信息进行整合时,利用了转录调控元件在直系同源基因启动子中的富集性.利用该方法发现,CYP72B1基因和AUR... 详细信息

为研究光、生长素和油菜素内酯在基因层次上的互作机制,开发了转录调控元件识别工具OCMMat,其中,在对共表达基因信息和直系同源基因信息进行整合时,利用了转录调控元件在直系同源基因启动子中的富集性.利用该方法发现,CYP72B1基因和AUR3基因启动子含有3个相同的调控模序GAGACA、AAGAAAAA、ATCATG,它们分别承担了AuxRE元件、GT元件和GT辅助元件的功能.其中,ATCATG模序是目前尚未报道过的调控元件,与AAGAAAAA模序的距离相对恒定.基于调控元件识别结果,构建了CYP72B1基因和AUR3基因响应光、生长素和油菜素内酯的转录调控模型,模型显示:光信号和生长素、油菜素内酯信号在CYP72B1基因和AUR3基因的转录调控元件上相互交叠,而生长素和油菜素内酯信号则在转录因子ARF水平上相交.

关键词： CYP72B1基因 AUR3基因转录调控元件识别 GT元件 AuxRE元件

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汉防己甲素联合柔红霉素对K562/A02细胞株P21蛋白和P糖蛋白表达的影响

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中国实验血液学杂志 2009年第5期17卷 1179-1182页

作者：陈宝安李静程坚高峰吴亚男朱敏生丁家华高冲孙新臣许文林王雪梅东南大学临床医学院附属中大医院血液科江苏南京210009 南京大学模式动物研究所江苏南京210000 东南大学临床医学院附属中大医院肿瘤科江苏南京210009 江苏大学附属人民医院血液科江苏镇江212002 东南大学生物科学与医学工程学院生物电子学国家重点实验室江苏南京210000

本研究旨在探讨汉防己甲素(TET)对人慢性髓系白血病(CML)急性红白血病细胞株K562/A02多药耐药的逆转作用,及其逆转耐药与细胞周期依赖性激酶抑制因子(p21)、P糖蛋白(P-gp)及其基因的关系,为TET的临床应用提供新的理论基础。K562/A02细... 详细信息

本研究旨在探讨汉防己甲素(TET)对人慢性髓系白血病(CML)急性红白血病细胞株K562/A02多药耐药的逆转作用,及其逆转耐药与细胞周期依赖性激酶抑制因子(p21)、P糖蛋白(P-gp)及其基因的关系,为TET的临床应用提供新的理论基础。K562/A02细胞实验分组为:①单用柔红霉素(DNR)对照组;②DNR+TET0.5mg/L组;③DNR+TET1.0mg/L组;④DNR+TET2.0mg/L组。采用Westernblot法检测实验各组K562/A02细胞P21的表达。采用流式细胞仪(FCM)检测实验各组细胞P-gp的表达,采用半定量PCR(RT-PCR)测定细胞MDR1基因mRNA表达水平。结果表明:K562/A02细胞中P21蛋白的表达随着TET浓度的增加而增强,P-gp蛋白的表达随着TET浓度的增加而减低。K562细胞中mdr1基因几乎无表达,K562/A02细胞中mdr1基因高表达,随着TET浓度的增加K562/A02细胞mdr1基因表达不断降低。结论:TET对K562/A02耐药具有逆转作用且呈浓度依赖性,其逆转耐药可能与其上调P21蛋白的表达、下调mdr1及P-gp的表达有关。

关键词：多药耐药汉防己甲素柔红霉素 K562/A02细胞 P21蛋白 P糖蛋白

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拟南芥TCH4基因启动区转录调控元件的计算识别

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遗传 2008年第5期30卷 620-626页

作者：张长青王进高翔南京大学医药生物技术国家重点实验室南京210093 南京大学模式动物研究所南京210061

TCH4基因在植物次生生长、疾病抵抗和逆境适应方面具有重要作用,能被多种激素、环境和机械信号诱导表达。利用拟南芥TCH4的直系同源基因和芯片数据进行了启动子序列分析,结果共识别出9个转录调控元件。它们均包含有已知元件序列,并且在... 详细信息

TCH4基因在植物次生生长、疾病抵抗和逆境适应方面具有重要作用,能被多种激素、环境和机械信号诱导表达。利用拟南芥TCH4的直系同源基因和芯片数据进行了启动子序列分析,结果共识别出9个转录调控元件。它们均包含有已知元件序列,并且在部分共表达基因和对应的直系同源基因启动子中排列顺序一致。根据已有TCH4基因启动子研究,其中4个已被报道,另5个为本研究新发现。根据预测结果进行知识整合,构建了TCH4基因转录调控机制模型。

关键词： TCH4基因转录调控元件生物信息学

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DNA聚合酶对PCR方法检测基因点突变的干扰分析

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环境化学 2008年第1期27卷 49-52页

作者：朱含开赵庆顺尹大强南京大学环境学院污染控制与资源化国家重点实验室南京210093 南京大学模式动物研究所医药生物技术国家重点实验室南京210061 同济大学长江水环境教育部重点实验室上海200092

以野生型斑马鱼p53基因外显子7为目的片段,运用变性高效液相色谱(DHPLC),比较分析三种常用的商品DNA聚合酶对聚合酶链式反应(PCR)技术检测基因点突变的影响.DHPLC检测结果显示,Pro-mega Shanghai公司Taq DNA聚合酶,Promega公司Taq DNA... 详细信息

以野生型斑马鱼p53基因外显子7为目的片段,运用变性高效液相色谱(DHPLC),比较分析三种常用的商品DNA聚合酶对聚合酶链式反应(PCR)技术检测基因点突变的影响.DHPLC检测结果显示,Pro-mega Shanghai公司Taq DNA聚合酶,Promega公司Taq DNA聚合酶和BD Biosciences公司高保真酶Advan-tage-HF2的分子突变频率分别为14.3%,5.95%和0.76%.通过DNA直接测序法确认表明,Promega公司Taq DNA聚合酶和BD Biosciences公司高保真酶Advantage-HF2的碱基突变频率分别为3.61×10-4和7.69×10-5.研究表明,不同的DNA聚合酶对PCR技术的检测结果有明显影响,高保真酶Advantage-HF2所造成的碱基错配率明显低于其它两种商业化Taq酶.

关键词： p53基因 TaqDNA聚合酶高保真酶Advantage-HF2 点突变

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EPS8蛋白的表达、多克隆抗体制备及其亚细胞定位

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湖南师范大学自然科学学报 2008年第2期31卷 100-104页

作者：罗畅丁小凤孙一兵韩梅湖南师范大学生命科学学院蛋白质化学与发育生物学教育部重点实验室南京大学模式动物研究所中国南京210089

EPS8(EGFR pathwaysub strate 8)是epidermal growth factor receptor(EGFR)重要的激酶活性底物之一,近年有研究表明其与神经胶质瘤密切相关.为了对该基因进行深入的功能研究,成功地将EPS8基因构建于原核表达载体pGEX-4T-2,转化BL21(DE3... 详细信息

EPS8(EGFR pathwaysub strate 8)是epidermal growth factor receptor(EGFR)重要的激酶活性底物之一,近年有研究表明其与神经胶质瘤密切相关.为了对该基因进行深入的功能研究,成功地将EPS8基因构建于原核表达载体pGEX-4T-2,转化BL21(DE3)获得融合表达产物,用GST-EPS8(-10-230aa)免疫新西兰大白兔获得兔抗EPS8多克隆抗体.采用Western Blot,用该抗体检测EPS8基因的真核表达产物,证明该抗体有较好的针对EPS8蛋白的专一性,可用于对EPS8的结构和功能研究.同时,用该抗体通过荧光免疫细胞对4种神经胶质瘤细胞系进行定位分析发现,EPS8蛋白主要分布于胶质瘤细胞的细胞质中.

关键词： EPS8 表达抗EPS8多抗亚细胞定位

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长型肌球蛋白轻链激酶4Ig结构域的表达及单克隆抗体的制备

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南京师大学报（自然科学版） 2008年第4期31卷 124-128页

作者：吕宁朱春花张文程朱敏生陈华群南京师范大学生命科学学院江苏省分子医学生物技术重点实验室江苏南京210046 南京大学模式动物研究所江苏南京210061

长型肌球蛋白轻链激酶(long myosin light chain kinase,L-MLCK)及其分子内结构域的功能还不清楚.在研究其功能时,特异性抗体是一基本工具,但目前国际上还没有制备成功特异性较好的抗体.为此,我们先在大肠杆菌***21中重组表达了鸡L-MLCK... 详细信息

长型肌球蛋白轻链激酶(long myosin light chain kinase,L-MLCK)及其分子内结构域的功能还不清楚.在研究其功能时,特异性抗体是一基本工具,但目前国际上还没有制备成功特异性较好的抗体.为此,我们先在大肠杆菌***21中重组表达了鸡L-MLCK的4Ig蛋白片段(MLCK4Ig),蛋白经纯化后作为抗原免疫小鼠.在小鼠血清中检测到特异性抗体的基础上,建立了2株杂交瘤细胞株,获得抗鸡MLCK4Ig的单克隆抗体.该抗体可以特异与鸡L-MLCK和鸡MLCK4Ig反应.本文并对该抗体的特性及应用进行了讨论.结果表明,我们部分解决了L-MLCK的抗体缺乏问题,为研究L-MLCK及MLCK4Ig片段的功能提供了重要工具.

关键词： MLCK 4Ig 蛋白表达单克隆抗体

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转聚磷激酶基因的大肠杆菌去除水体中的磷

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中国环境科学 2006年第6期26卷 742-745页

作者：王勤赵庆顺肖琳蒋丽娟杨柳燕尹大强南京大学环境学院污染控制与资源化研究国家重点实验室江苏南京210093 南京大学模式动物研究所医药生物技术国家重点实验室江苏南京210061

为探索有效的生物除磷方法,构建了聚磷激酶基因(ppk)的表达载体pET28a(+),并转化大肠杆菌(Escherichiacoli)BL21,获得了可过表达ppk基因的工程菌***-PCR结果表明,ppk基因在转化的大肠杆菌中得到了高效表达.聚磷试验结果表明,培养10h后,... 详细信息

为探索有效的生物除磷方法,构建了聚磷激酶基因(ppk)的表达载体pET28a(+),并转化大肠杆菌(Escherichiacoli)BL21,获得了可过表达ppk基因的工程菌***-PCR结果表明,ppk基因在转化的大肠杆菌中得到了高效表达.聚磷试验结果表明,培养10h后,转化了ppk基因的大肠杆菌细胞内聚磷含量比对照菌株高20倍,而培养液中可溶性磷浓度为对照菌株的约1/9.

关键词：聚磷激酶(PPK) 聚磷转基因大肠杆菌

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噬菌体展示筛选修饰nNOS活性多肽的研究

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中国生物工程杂志 2006年第5期26卷 44-48页

作者：潘明阳龚自力徐洪潘英朱敏生陈华群江苏省分子生物医学重点实验室华东医学生物技术研究所南京210002 南京大学模式动物研究所南京210061

多种疾病的病理过程涉及脑型一氧化氮合酶(nNOS)的活性改变。为了寻找特异的nNOS调控分子,将nNOS的钙调素结合区以大肠杆菌(***)表达,表达蛋白经纯化后作为靶分子用于12肽噬菌体展示库筛选。得到10个对nNOS具有特异性抑制作用的克隆,DN... 详细信息

多种疾病的病理过程涉及脑型一氧化氮合酶(nNOS)的活性改变。为了寻找特异的nNOS调控分子,将nNOS的钙调素结合区以大肠杆菌(***)表达,表达蛋白经纯化后作为靶分子用于12肽噬菌体展示库筛选。得到10个对nNOS具有特异性抑制作用的克隆,DNA测序显示一个氨基酸共同序列:KPHHHPMPPQVS,将其命名为NPI。合成的NPI多肽对从小鼠脑新鲜制备的nNOS具有抑制作用(抑制率为25%～35%),而对失去部分活性的nNOS却表现为剂量依赖的恢复活性效应。结果提出一种研发nNOS调节药物的新方法—噬菌体展示技术,同时NPI对nNOS活性的双向调节功能也为认识机体自身nNOS活性的调控过程提供新的启示。

关键词： nNOS 噬菌体展示库活性修饰

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变性高效液相色谱在大通量筛查基因突变中的应用

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环境化学 2006年第3期25卷 336-339页

作者：顾颖李延陈蔚丰尹大强赵庆顺南京大学环境学院污染控制与资源化国家重点实验室南京210093 南京大学模式动物研究所医药生物技术国家重点实验室南京210061

应用变性高效液相色谱(DHPLC)对已知序列的含外显子7的斑马鱼p53基因片段PCR产物进行突变检测,结果表明,通过克隆测序方法检测出的点突变,用DHPLC同样可以检出.且对该片段的最优化检测柱温为60℃,其特异性很好,敏感性大于95%.

关键词：变性高效液相色谱斑马鱼 p53基因点突变

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血管内皮细胞生长因子受体-3介导的信号通路在淋巴性肿瘤转移过程中的作用

血管内皮细胞生长因子受体-3介导的信号通路在淋巴性肿瘤转移过程...

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第四届中国肿瘤学术大会暨第五届海峡两岸肿瘤学术会议

作者：何玉龙南京大学模式动物研究所血管／肿瘤生物学实验室

淋巴管系统的主要作用包括维持组织体液平衡以及运输大分子及免疫细胞回血液循环。近年来在此方面有越来越多的研究,对于在胚胎发育过程中、以及在生理和病理情况下淋巴管新生的分子调控机制有了很多的了解。血管内皮生长因子C（VEGF—... 详细信息

淋巴管系统的主要作用包括维持组织体液平衡以及运输大分子及免疫细胞回血液循环。近年来在此方面有越来越多的研究,对于在胚胎发育过程中、以及在生理和病理情况下淋巴管新生的分子调控机制有了很多的了解。血管内皮生长因子C（VEGF—C）通过其受体VEGFR-3在调控淋巴管生长方面起关键作用。本研究的目的是要阐明肿瘤淋巴管新生的分子调控及肿瘤转移的机制: 1)肿瘤淋巴管的来源;2) 肿瘤淋巴管新生与肿瘤细胞经淋巴管转移的时相,3)肿瘤细胞与淋巴管内皮细胞在分子水平上的相互作用,肿瘤细胞如何进入淋巴管;4)抑制其受体VEGFR-3的信号传导,能否阻止肿瘤的淋巴管新生及肿瘤转移到淋巴结。在大多数肿瘤病人,其预后与肿瘤及其周围组织的淋巴管及血管新生程度显著相关。此研究对于阐述淋巴性肿瘤转移的机制及研制新型抗肿瘤转移药有重要意义。

关键词：血管内皮细胞生长因子受体-3 淋巴管新生肿瘤转移

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