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Complete mitochondrial genome of the Five-dot Sergeant Parathyma sulpitia(Nymphalidae:Limenitidinae) and its phylogenetic implications

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Zoological Research 2012年第2期33卷 133-143页

作者：田丽丽孙晓燕陈梅盖永华郝家胜杨群安徽师范大学生命科学学院分子进化与生物多样性研究室安徽芜湖241000 中国科学院南京地质古生物研究所现代古生物学与地层学国家重点实验室南京210008

The complete mitochondrial genome of the Parathyma sulpitia （Lepidoptera, Nymphalidae, Limenitidinae） was determined. The entire mitochondrial DNA （mtDNA） molecule was 15 268 bp in size. Its gene content and organization were the same as those of other lepidopteran species, except for the presence of the 121 bp long intergenic spacer between trnSI（AGN）and trnE. The 13 protein-coding genes （PCGs） started with the typical ATN codon, with the exception of the coxl gene that used CGA as its initial codon. In addition, all protein-coding genes terminated at the common stop codon TAA, except the nad4 gene which used a single T as its terminating codon. All 22 tRNA genes possessed the typical clover leaf secondary structure except for trnSI（AGN）, which had a simple loop with the absence of the DHU stem. Excluding the A＋T-rich region, the mtDNA genome of P. sulpitia harbored 11 intergenic spacers, the longest of which was 121 bp long with the highest A＋T content （100%）, located between trnSI（AGN） and trnE. As in other lepidopteran species, there was an 18-bp poly-T stretch at the 3＇-end of the A＋T-rich region, and there were a few short microsatellite-like repeat regions without conspicuous macro-repeats in the A＋T-rich region. The phylogenetic analyses of the published complete mt genomes from nine Nymphalidae species were conducted using the concatenated sequences of 13 PCGs with maximum likelihood and Bayesian inference methods. The results indicated that Limenitidinae was a sister to the Heliconiinae among the main Nymphalidae lineages in this study, strongly supporting the results of previous molecular data, while contradicting speculations based on morphological characters.

关键词： Parathyma sulpitia Lepidoptera Nymphalidae Limenitidinae Mitochondriat genome

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Complete mitochondrial genome of the laced fritillary Argyreus hyperbius(Lepidoptera:Nymphalidae)

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Zoological Research 2011年第5期32卷 465-475页

作者：王晓灿孙晓燕孙倩倩张大秀胡静杨群郝家胜安徽师范大学生命科学学院分子进化与生物多样性研究室安徽芜湖241000 中国科学院南京地质古生物研究所现代古生物学与地层学国家重点实验室江苏南京210008

We investigated the complete mitochondrial genome（mitogenome） of Argyreus *** 151 56 bp long genome harbored the gene content（13 protein coding genes,22 tRNA genes,2 rRNA genes and an A＋T-rich region） and the gene arrangement was identical to all known lepidopteran *** sequence nucleotide organization and codon usage analyses showed that the genome had a strong A＋T bias,accounting for A＋T content of 80.8%,with a small negative AT skew（？0.019）.Eleven intergenic spacers totaling 96 bp,and 14 overlapping regions totaling 34 bp were scattered throughout the whole *** has been observed in other lepidopteran species,12 of the 13 protein-coding genes（PCGs） were initiated by ATN codons,while the COI gene was tentatively designated by the CGA codon.A total of 11 PCGs harbored the complete termination codon TAA,while the COI and COII genes ended at a single T *** of the 22 tRNA genes showed typical clover structures except that the tRNASer（AGN） lacks the dihydrouridine（DHU） stem which is replaced by a simple *** intergenic spacer sequence between the tRNASer（AGN） and ND1 also contained the ATACTAA motif,which is conserved in all other lepidopterans as ***,the 349 bp A＋T-rich region was not comprised of large tandem repetitive sequences,but harbored a few structures common to other lepidopteran insects,such as the motif ATAGA followed by a 20 bp poly-T stretch,a microsatellite-like（AT）9 element preceded by the ATTTA motif,and a 5 bp poly-A site present immediately upstream of *** mitochondrial genomic sequence features found in this study not only contribute to genetic diversity information of the group,but also are useful in future studies of the endangered nymphalid butterfly in population genetic dynamics,species conservation,phylogeography and evolution.

关键词： Argyreus hyperbius Nymphalidae Lepidoptera Mitochondrial genome

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蜘蛛大壶状腺丝蛋白基因的克隆和原核表达

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生物工程学报 2007年第3期23卷 446-451页

作者：潘红春宋大祥周开亚朱国萍安徽师范大学生命科学学院分子进化与生物多样性实验室芜湖241000 南京师范大学遗传资源研究所南京210097

以悦目金蛛(Argiope amoena)丝腺SMARTRACEcDNA文库为模板进行RT-PCR,克隆了1条大壶状腺丝蛋白(major ampullate spidroin,MaSp)基因cDNA序列。该条cDNA序列编码的氨基酸序列可区分为两部分(1)富含丙氨酸的片段和富含甘氨酸的片段相间... 详细信息

以悦目金蛛(Argiope amoena)丝腺SMARTRACEcDNA文库为模板进行RT-PCR,克隆了1条大壶状腺丝蛋白(major ampullate spidroin,MaSp)基因cDNA序列。该条cDNA序列编码的氨基酸序列可区分为两部分(1)富含丙氨酸的片段和富含甘氨酸的片段相间排列构成的重复氨基酸序列区,并且富含甘氨酸的片段中有脯氨酸分布;(2)约100个氨基酸残基组成的C末端非重复氨基酸序列区。把MaSp基因cDNA序列亚克隆到质粒pET28b(+)中,构建原核表达质粒pET28b(+)-MaSp,表达质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),用IPTG诱导表达。SDS-PAGE、氨基酸组成测定和N末端氨基酸序列测定的结果表明,表达产物为重组MaSp,表达量约为40mg/L。还对C末端非重复氨基酸序列对重组MaSp在水媒介中溶解性的影响进行了探讨。

关键词：悦目金蛛大壶状腺丝蛋白基因原核表达 pET28b(+) BL21(DE3)

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从12SrRNA基因序列研究中国蛙科24种的进化关系

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动物学报 2001年第1期47卷 38-44页

作者：江建平周开亚南京师范大学生物多样性与分子进化研究室南京210097

测定了中国蛙科动物 2 4种和蟾蜍科的中华大蟾蜍线粒体 12SrRNA基因长约 40 0bp片段的序列。采用邻接法 ,对其数据的系统发生分析表明 2 4种可分成 3个支系 :第一个支系包括棘腹蛙、合江棘蛙、棘胸蛙、大头蛙、虎纹蛙、倭蛙、泽陆蛙共 7... 详细信息

测定了中国蛙科动物 2 4种和蟾蜍科的中华大蟾蜍线粒体 12SrRNA基因长约 40 0bp片段的序列。采用邻接法 ,对其数据的系统发生分析表明 2 4种可分成 3个支系 :第一个支系包括棘腹蛙、合江棘蛙、棘胸蛙、大头蛙、虎纹蛙、倭蛙、泽陆蛙共 7种 ,其中 3种棘蛙组成一个单系 ;第二个支系由 3种湍蛙 ,即戴云湍蛙、华南湍蛙和武夷湍蛙组成 ,应属于湍蛙亚科 ;第三支系包含余下的 14种蛙 ,其中 5种林蛙和 4种臭蛙分别组成一个单系 ;2种侧褶蛙先聚合后 ,再与弹琴水蛙聚合 ,2种粗皮蛙首先聚合在一起 ,再与由林蛙组成的单系群聚合。第三支系首先与第二支系相聚 ,然后它们与第一支系形成姐妹群 ,即由蛙亚科的 7个物种组成的第一支系 ,不与蛙亚科另 14个物种组成的第三支系直接聚合 ,表明第一支系的物种可能不属于蛙亚科。此外 ,分子证据提示把陆蛙属、大头蛙属、虎纹蛙属、棘蛙属、臭蛙属、粗皮蛙属和侧褶蛙属从原来的蛙属分出有其合理性。

关键词：蛙科分子系统学 MTDNA 12SRRNA基因进化关系两栖动物

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中国鹅5个品种遗传多样性的随机扩增多态DNA分析

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南京农业大学学报 2000年第1期23卷 58-62页

作者：郝家胜周开亚安徽师范大学生物学系芜湖241000 南京师范大学生物多样性与分子进化研究室南京210097

用 40个 10 寡核苷酸随机引物对中国鹅的 5个品种———狮头鹅、皖西白鹅、太湖鹅、浙东白鹅和四川白鹅进行了随机扩增多态DNA (RAPD)分析。结果表明 ,用筛选出的 14个引物共扩增出 174个DNA片段 ,其中的 48个 (占2 8 2 % )在 5个品种... 详细信息

用 40个 10 寡核苷酸随机引物对中国鹅的 5个品种———狮头鹅、皖西白鹅、太湖鹅、浙东白鹅和四川白鹅进行了随机扩增多态DNA (RAPD)分析。结果表明 ,用筛选出的 14个引物共扩增出 174个DNA片段 ,其中的 48个 (占2 8 2 % )在 5个品种间表现为多态性。根据扩增DNA片段的异同 ,计算了各品种和个体间的遗传多样性指数和遗传距离指数。同时 ,用分子进化遗传分析软件 (MEGA)以UPGMA法和NJ法对遗传距离指数进行了聚类分析。结果显示 ,中国鹅 5品种间的遗传分化可能与人工选择密切相关 ,而和地理分布没有明显的关联。

关键词：中国鹅品种遗传多样性 RAPD分析保存选育

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绒螯蟹属的生物多样性

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河北大学学报（自然科学版） 2000年第3期20卷 304-308页

作者：唐伯平周开亚宋大祥南京师范大学生物多样性与分子进化实验室江苏南京210097 河北大学生命科学学院河北保定071002

就绒螯蟹的亚种、种及属的划分和界定进行了讨论 ,介绍了绒螯蟹属的研究简史 ,以及近几年在绒螯蟹可持续利用研究和该属通过形态学、生物化学和分子生物学手段在物种多样性和遗传多样性研究方面所取得的主要成就 .

关键词：绒螯蟹绒螯蟹属甲壳纲可持续利用生物多样性人工养殖

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淡水豚类分子系统发生的研究

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兽类学报 1999年第1期19卷 2-10页

作者：杨光周开亚南京师范大学生物多样性与分子进化研究室

测定了白暨豚和恒河豚细胞色素ｂ基因３０７ｂｐ的ＤＮＡ序列，并与其它鲸类的相应序列合并，分析了淡水豚类（恒河豚、印河豚、白暨豚、亚河豚和弗西豚）的系统学位置和系统发生。淡水豚类不同属间的序列差异已达到或超过了其它齿鲸类... 详细信息

测定了白暨豚和恒河豚细胞色素ｂ基因３０７ｂｐ的ＤＮＡ序列，并与其它鲸类的相应序列合并，分析了淡水豚类（恒河豚、印河豚、白暨豚、亚河豚和弗西豚）的系统学位置和系统发生。淡水豚类不同属间的序列差异已达到或超过了其它齿鲸类科间的差异水平，因此它们分别归属于不同的科，即恒河豚科、白暨豚科、亚河豚科和弗西豚科。系统发生分析支持淡水豚类和海豚类之间具有下述的关系：（恒河豚科（（白暨豚科（亚河豚科，弗西豚科））海豚总科））。即淡水豚的４个科中，恒河豚科是最早分化的一支，其次是白暨豚科，然后是亚河豚科和弗西豚科的分化。白暨豚科和亚河豚科＋弗西豚科组成海豚总科的姊妹群，并与海豚总科一同组成海豚下目。恒河豚与其它淡水豚类间无直接的亲缘关系。淡水豚类是并系的。把恒河豚类独立为恒河豚总科是合理的。初步认为有理由把白暨豚类也作为一个总科级的支系。恒河豚和印河豚间的序列差异极小，两者可能只是同一个种的２个亚种。

关键词：淡水豚类细胞色素b基因分子系统发生

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RAPD标记鉴别中华绒螯蟹种群的初步研究

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应用与环境生物学报 1999年第2期5卷 176-180页

作者：周开亚高志千南京师范大学生物多样性与分子进化研究室

用２００个随机引物对中华绒螯蟹（Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒｓｉｎｅｎｓｉｓ）辽河种群、长江种群和瓯江种群进行了ＲＡＰＤ遗传标记鉴别研究，其中引物ＨＸ０１和ＨＸ０２检测到瓯江种群和辽河种群所有样品共有的ＨＸ０１０．４和ＨＸ０... 详细信息

用２００个随机引物对中华绒螯蟹（Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒｓｉｎｅｎｓｉｓ）辽河种群、长江种群和瓯江种群进行了ＲＡＰＤ遗传标记鉴别研究，其中引物ＨＸ０１和ＨＸ０２检测到瓯江种群和辽河种群所有样品共有的ＨＸ０１０．４和ＨＸ０２０．７扩增片段，Ｍｒ分别为０．４ｋｂ和０．７ｋｂ．这两个扩增片段在模板ＤＮＡ浓度作上下５０％的改变、或在镁离子和引物浓度分别作上下２５％的改变时仍稳定出现，而长江种群样品的ＰＣＲ反应中无这两个扩增片段出现，因而可作为长江种群的鉴别标记．用上述标记检查一些人工养殖的河蟹，发现一些苗种场的蟹苗种质严重混杂．

关键词：中华绒螯蟹种群鉴别 RAPD标记

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中国蝮属蛇类的RAPD分析

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动物学报 1999年第1期45卷 40-48页

作者：沈曦周开亚王义权南京师范大学生物多样性与分子进化研究室南京210097

用 RAPD技术研究了我国 5种蝮属蛇类 (中介蝮、蛇岛蝮、短尾蝮、高原蝮、乌苏里蝮 )的系统发生关系。研究中使用了 33个蝮蛇标本和 2个草原蝰标本 ,用 1 1个引物对样品分别作 RAPD扩增 ,获得 72个扩增片段。以 UPGMA法聚类 ,推测系统发... 详细信息

用 RAPD技术研究了我国 5种蝮属蛇类 (中介蝮、蛇岛蝮、短尾蝮、高原蝮、乌苏里蝮 )的系统发生关系。研究中使用了 33个蝮蛇标本和 2个草原蝰标本 ,用 1 1个引物对样品分别作 RAPD扩增 ,获得 72个扩增片段。以 UPGMA法聚类 ,推测系统发生关系。上述每一种均各自先聚为一类。中介蝮有较大的种下分化。中介蝮的甘肃标本、宁夏标本、指名亚种及黑眉亚种间有一定的遗传距离。蛇岛蝮与中介蝮各亚种 (种群 )间的遗传距离更大。短尾蝮的江、浙、皖标本间的关系接近而它们与陕西标本间的关系较远。甘肃和陕西高海拔地区的蝮蛇标本可能同属于高原蝮。乌苏里蝮是中国蝮属蛇类最基部的分支。

关键词：蝮蛇基因组DNA RAPD 系统发生关系

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分子系统学的发展及其现状

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生物学通报 1999年第5期34卷 10-12页

作者：唐伯平周开亚宋大祥南京师范大学生物多样性与分子进化实验室

分子系统学在生物学研究中的地位日益显得重要。本文概述了分子系统学的形成以及常用的研究方法。介绍了该学科的应用和研究中存在的一些争议。

关键词：分子系统学系统发生系统学

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