检索结果-内蒙古大学图书馆

南京林业大学学报(自然科学版) 2022年第6期46卷 64-72页

作者：方炎明朱福远李垚李璇南京林业大学南方现代林业协同创新中心国家林业和草原局亚热带森林生物多样性保护重点实验室南京林业大学生物与环境学院

栎树(Quercus spp.)是北半球重要的经济与生态树种。夏栎(***)、加州白栎(***)、麻栎(***)等树种基因组的公布，对栎树生物学研究产生了深刻的影响。近5年来，栎树生物学出现了包括系统进化与物种鉴定、基因渐渗与适应进化、景观基因组... 详细信息

栎树(Quercus spp.)是北半球重要的经济与生态树种。夏栎(***)、加州白栎(***)、麻栎(***)等树种基因组的公布，对栎树生物学研究产生了深刻的影响。近5年来，栎树生物学出现了包括系统进化与物种鉴定、基因渐渗与适应进化、景观基因组学与生态保育、生物共存与互作机制、次生代谢与生长发育、DNA甲基化与表观遗传调控及基因与长寿机制等方面的研究热点。虽然基于基因组学的栎树生物学若干研究前沿已经形成，但尚处于起步阶段，笔者预期未来会向4个方面深入：(1)强调栎树基因组资源的深度应用。应用景观基因组学途径，探究栎树的杂交渐渗与适应进化；联合基因组、转录组、蛋白组等多组学技术，探究栎树生长发育与胁迫响应过程中的基因调控网络与信号通路；优化体细胞发生和遗传转化体系，攻克栎树遗传改良和基因资源开发技术瓶颈。(2)促进栎树研究体系的广度拓展。随着壳斗科其他树种全基因组序列的公布，基于从分子到群落的不同生物层次的模式系统，将对欧亚大陆和北美不同区域的栎树，包括白栎组、红栎组、冬青栎组、麻栎组等不同栎树类群，以及壳斗科其他属树种基因组生物学研究产生深远影响。(3)关注栎树资源利用的遗传与发育主题。用栎树基因组资源对其结构的、代谢的和农艺性状的差异及其优化加以解析，全基因组关联研究(GWAS)也将应用于栎树，从而为阐释木材发育和木栓形成的机制奠定基础。(4)聚焦栎林保育的生态与进化主题。在全球气候变化背景下，通过增加耐受胁迫的基因型，以缓解气候变化对森林生态系统的影响。同时维持和保护栎树在自然生态系统中的生态与进化过程，阐明栎树多样性、迁移与适应、趋异与趋同生态适应等方面进化成功的机制。

关键词：栎树基因组基因渐渗景观基因组学资源保育

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基于SSR标记的白栎天然居群遗传多样性分析

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南京林业大学学报(自然科学版) 2021年第1期45卷 63-69页

作者：臧明月李璇方炎明南京林业大学生物与环境学院南方现代林业协同创新中心亚热带森林生物多样性保护国家林业和草原局重点实验室

【目的】利用SSR分子标记,对白栎天然居群进行遗传多样性分析,为其种质资源的合理开发与保护提供指导。【方法】采用筛选出的SSR引物对3个群体进行遗传多样性与遗传结构研究,并计算遗传参数;基于个体间的遗传距离进行主成分分析,运用Gen... 详细信息

【目的】利用SSR分子标记,对白栎天然居群进行遗传多样性分析,为其种质资源的合理开发与保护提供指导。【方法】采用筛选出的SSR引物对3个群体进行遗传多样性与遗传结构研究,并计算遗传参数;基于个体间的遗传距离进行主成分分析,运用GenAlEx 6.5进行遗传距离与地理距离的相关性Mantel检验,软件Arlequin用于分子方差分析,聚类分析采用MEGA 7中的UPGMA法;同时,使用Structure软件中的贝叶斯聚类算法探究群体遗传结构。【结果】6对SSR引物共检测到75个等位基因,平均有效等位基因数、观察杂合度和期望杂合度分别为7.16、0.70和0.80,Shannon信息指数为2.05。AMOVA表明,群体内部的分子变异率高达97.41%,而群体之间的遗传变异仅为2.59%。黄山(YM)与天目山(TM)群体间的基因流为12.908,显著高于其他群体之间的交流水平,而二者间有着最近的遗传距离为0.272。贝叶斯法与UPGMA法聚类结果一致,表明来自YM与TM的个体亲缘关系更近。【结论】白栎具有较高的遗传多样性水平,且不同居群间的水平相当。YM和TM居群的基因交流最为密切,遗传分化不明显。白栎绝大部分遗传变异来源于群体内部,对于该物种的保护应减少不合理的人为开发行为,以原地保护为主,同时开展种质资源的收集与遗传改良工作。

关键词：白栎 SSR 遗传多样性遗传结构

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郑万钧先生与树木学

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南京林业大学学报(自然科学版) 2024年第3期48卷 2-13页

作者：方炎明南京林业大学南方现代林业协同创新中心国家林业和草原局亚热带森林生物多样性保护重点实验室南京林业大学生命科学学院

著名树木学家、林学家和林业教育家郑万钧(1904—1983),一生追求树木学科学与教育事业。作为树木学学习者，他勤奋好学，幸遇良师，治学有方；作为树木科学家，他专攻树木分类研究，主攻裸子植物分类研究，并从树木学拓展到森林地理学... 详细信息

著名树木学家、林学家和林业教育家郑万钧(1904—1983),一生追求树木学科学与教育事业。作为树木学学习者，他勤奋好学，幸遇良师，治学有方；作为树木科学家，他专攻树木分类研究，主攻裸子植物分类研究，并从树木学拓展到森林地理学；作为树木学教育者，他主张立德树人，强调实践能力培养，注重科研反哺教学。郑万钧先生将林区看作最好的实验室，并亲临浙江西天目山、四川西部和湖北利川等林区实地考察，采集了包括模式标本在内的大量植物标本。郑万钧先生对树木学作出了许多贡献，发现并命名1个新科、5个新属和139个新种(含变种),其中最重要的贡献是发现并命名水杉(Metasequoia glyptostroboides Hu et W.C. Cheng)和建立裸子植物分类系统。

关键词：树木学野外考察新种水杉

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中国东部地区马尾松与黄山松群落分类及群落结构和物种多样性特征

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南京林业大学学报(自然科学版) 2024年第1期48卷 47-58页

作者：范明阳胡萌杨园方炎明南京林业大学生命科学学院南方现代林业协同创新中心亚热带森林生物多样性保护国家林业和草原局重点实验室

【目的】马尾松(Pinus massoniana)是中国亚热带地区主要的针叶树种，黄山松(***)是中国东部亚热带中山地区的主要建群种，两个物种在水平区域内分布基本重合，但垂直分布差异明显。深入了解马尾松林与黄山松林的分布格局，可以为科学... 详细信息

【目的】马尾松(Pinus massoniana)是中国亚热带地区主要的针叶树种，黄山松(***)是中国东部亚热带中山地区的主要建群种，两个物种在水平区域内分布基本重合，但垂直分布差异明显。深入了解马尾松林与黄山松林的分布格局，可以为科学管理保护马尾松和黄山松森林资源提供理论依据。【方法】基于中国亚热带东部地区8个典型马尾松林与黄山松林分布地域开展植被调查，采用非度量多维标度分析(NMDS)和多元回归树(nultivariate regression trees, MRT)探讨两种松林群落结构的差异及主要影响因子，采用线性混合效应模型定量分析各物种多样性指标对非生物因子的响应；在遵从《中国植被志》研编规范的基础上，对马尾松林与黄山松林进行初步的数量分类。【结果】马尾松群落与黄山松群落结构存在明显差异，主要影响因子为海拔；年均气温对两种群落物种丰富度影响显著，对两种群落总体物种丰富度影响最显著的因子是年均降水量，海拔对两种群落总体的均匀度产生显著的影响；对马尾松林与黄山松林进行初步植被分类，马尾松林被划分为6个群丛，黄山松林被划分为5个群丛。【结论】海拔变化塑造了中国东部地区马尾松林与黄山松林群落结构的差异，并直接或间接地影响两种群落的物种多样性。通过植被分类可以了解两种松林植被类型的多样化，并为后续两种松林分类后续工作提供参考。

关键词：马尾松林黄山松林群落结构物种多样性植被分类中国东部地区

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重要林木樟科植物全基因组测序研究进展

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植物学报 2024年第2期59卷 302-318页

作者：杨智杨永南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037 南京林业大学生物与环境学院南京210037 南京林业大学国家林业和草原局亚热带森林生物多样性保护重点实验室南京210037

近年来,随着测序技术的革新、测序成本的降低和生物信息学软件的开发,植物全基因组研究蓬勃发展。樟科(Lauraceae)隶属被子植物木兰类,泛热带分布,物种多样性高,其中很多物种具有重要的经济和生态价值,目前已发表包括8个物种的13个基因... 详细信息

近年来,随着测序技术的革新、测序成本的降低和生物信息学软件的开发,植物全基因组研究蓬勃发展。樟科(Lauraceae)隶属被子植物木兰类,泛热带分布,物种多样性高,其中很多物种具有重要的经济和生态价值,目前已发表包括8个物种的13个基因组。该文从樟科全基因组研究现状、基因组特征、起源和进化以及功能基因和基因家族4个方面进行综述,着重介绍基于组学数据的木兰类及樟科的系统发生、樟科经历的多倍化事件以及与樟科花器官进化和代谢产物相关的基因鉴定。结合研究现状展望了樟科基因组研究的发展方向,建议通过增加测序基因组分支的代表性并关注具有特殊价值的物种,及研究物种特异性功能基因以加深对该家族基因功能和进化的理解。

关键词：樟科演化核基因组功能基因系统发生

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银缕梅SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选

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分子植物育种 2018年第16期16卷 5340-5346页

作者：张丽芳方炎明南京林业大学生物与环境学院南方现代林业协同创新中心亚热带森林生物多样性保护国家林业局重点实验室南京210037

为有效利用SSR-PCR技术分析国家一级重点保护植物银缕梅的遗传多样性,采用正交试验设计L16(43),即3因素4水平,对影响SSR-PCR扩增结果的因素(引物,模板DNA浓度和循环数)进行优化筛选,并在此基础上对聚丙烯酰胺凝胶上样量进行优化,建立了... 详细信息

为有效利用SSR-PCR技术分析国家一级重点保护植物银缕梅的遗传多样性,采用正交试验设计L16(43),即3因素4水平,对影响SSR-PCR扩增结果的因素(引物,模板DNA浓度和循环数)进行优化筛选,并在此基础上对聚丙烯酰胺凝胶上样量进行优化,建立了适合银缕梅的最佳SSR-PCR反应体系:10μL 2×PCR Mix、40 ng模板DNA、10μmol/L引物,其余用dd H_2O补齐至20μL。PCR扩增程序为:95℃预变性15 min,95℃变性30 s,57.5℃退火1.5 min,72℃延伸1 min,30个循环,循环结束后,60℃延伸30 min,扩增产物4℃保存。聚丙烯酰胺凝胶电泳上样量以1.5~2.0μL为最佳。利用优化后体系进行引物筛选,从18对引物中筛选出11对具有多态性引物,说明该反应体系具有良好的稳定性。该体系的建立可以为今后利用SSR标记对银缕梅遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供基础。

关键词：银缕梅正交设计 SSR-PCR 最佳上样量引物筛选

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利用标本组学推进植物超级DNA条形码研究

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植物学报 2023年第5期58卷 831-842页

作者：王露露杨智杨永南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037 南京林业大学生命科学学院南京210037 南京林业大学国家林业和草原局亚热带森林生物多样性保护重点实验室南京210037

物种的准确鉴定是生物资源利用和物种保护的重要基础。传统的物种鉴定依赖于分类学专业人员,而培养分类学专业人员需要耗费大量时间,是分类学知识利用的瓶颈。利用多通道电子检索表和智能识别也因个体发育阶段的不同和形态变异而难以准... 详细信息

物种的准确鉴定是生物资源利用和物种保护的重要基础。传统的物种鉴定依赖于分类学专业人员,而培养分类学专业人员需要耗费大量时间,是分类学知识利用的瓶颈。利用多通道电子检索表和智能识别也因个体发育阶段的不同和形态变异而难以准确鉴定物种。DNA条形码是基于DNA序列的鉴定技术,不受个体发育和形态多态性的影响,为物种快速鉴定提供了有效的解决方案。该文综述了DNA条形码的类型和发展趋势。DNA条形码的发展历史可分为2个阶段:(1)以一代测序为序列获取方式的单片段或少量片段时期;(2)以新一代高通量测序为序列获取方式的超级DNA条形码时期。该文比较了2个发展阶段DNA条形码的主要特点、研究方法和物种鉴定能力,认为基于质体基因组的超级DNA条形码物种鉴定能力更强,发展超级DNA条形码将成为植物条形码研究的主要趋势。同时进一步总结了超级DNA条形码发展所面临的困境和解决思路,指出研究材料仍是当前限制超级DNA条形码发展的关键因素,提出利用标本组学方法捕获大量历史馆藏标本的基因组序列,可为开展超级DNA条形码研究提供省时、高效和经济的解决方案。通过挖掘植物基因组数据获得单拷贝和低拷贝核基因并应用于物种条形码研究,不仅能提升分辨率,而且可解决杂交和不完全谱系分选等复杂进化历史类群的分类问题。建议利用标本馆保存的珍贵标本资源建立植物超级DNA条形码参考序列数据库。

关键词：标本组学鉴定物种分类学超级DNA条形码

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21世纪以来蕨类植物研究论文的发表情况:基于Web of Science的数据统计

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生物多样性 2019年第11期27卷 1245-1250页

作者：张开梅沈羽周晓丽方炎明南京林业大学南方现代林业协同创新中心生物与环境学院亚热带森林生物多样性保护国家林业和草原局重点实验室南京210037 国家环境保护武夷山生态环境科学观测研究站南京210037

蕨类植物是地球上起源最为古老的维管植物,在陆生植物演化中具有重要意义。本文通过Web of Science核心数据库(Core Collection)对目前所有关于"fern"、"lycophyte"、"pteridophyte"、"pteridophyta... 详细信息

蕨类植物是地球上起源最为古老的维管植物,在陆生植物演化中具有重要意义。本文通过Web of Science核心数据库(Core Collection)对目前所有关于"fern"、"lycophyte"、"pteridophyte"、"pteridophyta"等的科研论文进行了分析。结果表明:(1) 2000年后,蕨类植物论文数量增加迅速,特别是2006年以来增加显著,现在年均已突破600篇;(2)2010年以来的以蕨类植物为研究材料和对象的学科和研究领域变得越来越多元化,多学科结合和交叉的研究方向成为新趋势;(3)中国正在成为蕨类植物研究的热点国家并且成果显著;(4)中国蕨类植物研究在快速发展的同时也出现了各研究机构之间的发展不同步。期望本论文能给蕨类植物的相关研究提供新的方向,为中国蕨类植物工作者提供借鉴。

关键词：蕨类植物 Web of Science 数据分析文献计量分析

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分子标记技术在樱属植物研究中的应用进展

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世界林业研究 2018年第6期31卷 16-24页

作者：朱弘伊贤贵朱淑霞王华辰王贤荣南京林业大学生物与环境学院南方现代林业协同创新中心亚热带森林生物多样性保护国家林业局重点实验室

蔷薇科樱属植物地理分布广泛,种类繁多,具有重要的生态、观赏、经济和文化价值。文中介绍了近年来国内外有关樱属分子标记技术的报道,着重综述分子遗传多样性、分子系统学和亲缘地理学3个方面的研究进展,总结研究现状并提出未来研究展望... 详细信息

蔷薇科樱属植物地理分布广泛,种类繁多,具有重要的生态、观赏、经济和文化价值。文中介绍了近年来国内外有关樱属分子标记技术的报道,着重综述分子遗传多样性、分子系统学和亲缘地理学3个方面的研究进展,总结研究现状并提出未来研究展望,以期为今后开展我国樱属种质资源分类鉴定、遗传育种、开发利用等研究提供思路与借鉴。

关键词：樱属种质资源分类界定分子标记系统进化开发利用

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江苏宜兴龙池山自然保护区固定样地物种组成分析

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南京林业大学学报(自然科学版) 2021年第6期45卷 159-168页

作者：伊贤贵董鹏谢春平彭智奇杨国栋董京京钟育谦翟飞飞王贤荣南京林业大学生物与环境学院南方现代林业协同创新中心亚热带森林生物多样性保护国家林业与草原局重点实验室广东海洋大学滨海农学院江苏省环境科学研究院江苏省野生动植物保护站

【目的】宜溧山地是江苏植物多样性及植被保护最好的地区之一,分析江苏宜兴龙池山固定样地的物种组成及群落垂直结构等基本特征,为该区域生物多样性保护、植被恢复策略制定以及生态服务功能的评估等提供参考。【方法】按照CTFS（center ... 详细信息

【目的】宜溧山地是江苏植物多样性及植被保护最好的地区之一,分析江苏宜兴龙池山固定样地的物种组成及群落垂直结构等基本特征,为该区域生物多样性保护、植被恢复策略制定以及生态服务功能的评估等提供参考。【方法】按照CTFS（center for tropical forest science）的建设标准,在江苏省宜兴市龙池山自然保护区建立1hm2（100 m×100 m）的森林监测固定样地。对样地内所有胸径（DBH）≥1 cm的木本植物进行了详细定位调查,并对其挂牌标记、定位和记录,并就群落物种组成、区系特征、重要值、群落垂直结构和径级特征进行了详细分析。【结果】该固定样地内DBH≥1cm的木本植物共有4 944株,隶属于40科66属87种;其中樟科、壳斗科、金缕梅科、漆树科等占有较大优势。在属的水平上,温带区系成分占总属数的51.51%,热带区系成分占45.45%,区系具有过渡性。重要值≥1.00%的物种共有25个,占重要值总和的90%以上,其中山鸡椒、檵木、枹栎和野漆树的重要值较为突出,分别为12.65%、11.00%、7.89%和7.39%。根据群落高度可划分为4层,其中乔木Ⅱ层是当前群落的主体,乔木Ⅲ层较为拥挤。群落径级结构接近倒"J"形,表明群落更新良好。【结论】样地内木本植株数量较多,物种组成丰富,具有天然次生林特征;区系成分较为复杂,具有明显的过渡特征;植被正由常绿与落叶阔叶混交林向常绿阔叶林演替;减少人为干扰和生境破坏,是促进当前群落健康发展及物种多样性的关键。

关键词：物种组成区系特征重要值群落结构龙池山江苏宜兴

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