检索结果-内蒙古大学图书馆

植物学通报 2008年第2期25卷 240-247页

作者：王源秀徐立安黄敏仁南京林业大学国家林业局、江苏省林木遗传与基因工程重点实验室南京210037 安徽师范大学芜湖241000

柳树种类繁多,分布广泛,是重要的阔叶树种,其遗传学研究也较早受到重视。该文从柳树性状遗传变异、群体遗传、遗传鉴定、遗传图谱构建和QTL定位几个角度介绍了柳树遗传学的研究进展,并结合木本植物的特点和柳树的生物学特性进行分析,认... 详细信息

柳树种类繁多,分布广泛,是重要的阔叶树种,其遗传学研究也较早受到重视。该文从柳树性状遗传变异、群体遗传、遗传鉴定、遗传图谱构建和QTL定位几个角度介绍了柳树遗传学的研究进展,并结合木本植物的特点和柳树的生物学特性进行分析,认为柳树是理想的林木遗传学研究材料,可作为模式树种,应受到特别关注。

关键词：柳树林木遗传学多样性遗传结构亲缘关系鉴定遗传连锁图谱

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杨树部分基因起始密码子AUG侧翼序列特征分析

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南京林业大学学报(自然科学版) 2008年第5期32卷 61-64页

作者：单文娟周猛卫巍童春发施季森南京林业大学国家林业局江苏省林木遗传与基因工程重点实验室哈尔滨医科大学生物信息学系

对297条杨树基因序列的起始密码子AUG侧翼区序列(-20位点-+6位点)的碱基分布特性进行了统计学分析,并对高表达基因和低表达基因翻译起始位点侧翼序列碱基的保守性和关联性进行了对比分析。结果表明:紧邻起始密码子5′端的-1、-2、-3、-4... 详细信息

对297条杨树基因序列的起始密码子AUG侧翼区序列(-20位点-+6位点)的碱基分布特性进行了统计学分析,并对高表达基因和低表达基因翻译起始位点侧翼序列碱基的保守性和关联性进行了对比分析。结果表明:紧邻起始密码子5′端的-1、-2、-3、-4、-5和-6位点均强烈偏好A,+4位点强烈偏好G,同时高表达和低表达基因的-20位到+4位中某些位点的保守性存在较大差异,其中高表达基因的-6,-3和+4位可能与其高表达的特性有关;通过关联性分析可以看出,在起始密码子侧翼序列的某些特定区域碱基之间的关联性可能也与翻译起始效率有关系;相关性分析表明低表达基因的AUGCAI主要受到"AUG"侧翼区序列的GC含量的影响,低表达基因在"AUG"侧翼区富集GC对翻译有一定影响。

关键词：杨树 “AUG”侧翼序列保守性关联性 AUGCAI值

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不同外植体对草莓病毒脱除效果及病毒的多重RT-PCR检测

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核农学报 2008年第4期22卷 447-450,468页

作者：孙崇波蒋桂华施季森张慧琴吴延军郭方其谢鸣浙江省农业科学院园艺研究所浙江杭州310021 南京林业大学国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室江苏南京210037

以草莓茎尖和花药为外植体,多重RT-PCR为检测方法研究了不同培养材料对3种草莓病毒,即斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、轻型黄边病毒(strawberry mild-yellow edge virus,SMYEV)和镶脉病毒(strawberry vein-band virus,SVBV)的脱除情况。结果表明,花药愈伤组织再生苗途径对3种病毒的脱除率为100%。而不同大小茎尖脱除病毒效果不同:0.2mm茎尖可完全脱除3种病毒,但成苗率低;0.5mm茎尖可有效脱除SMoV和SVBV,但对SMYEV脱除不彻底;0.5mm茎尖成苗率明显高于0.2mm茎尖,但较难脱除SMYEV。综合病毒脱除率和成苗率,对花药再生频率较高的草莓基因型(如红颊)可以采用花药愈伤组织再生途径进行病毒脱除,而对于花药再生困难的基因型可以考虑选用茎尖分生组织途径获取脱毒苗。

关键词：草莓茎尖花药脱病毒多重RT-PCR 检测

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充分利用Bioperl加速生物信息学的研究

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生物信息学 2008年第1期6卷 43-45页

作者：周猛童春发施季森南京林业大学国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室南京210037

Bioperl是Perl语言专门用于生物信息的工具与函数模块集,是世界各地的Perl开发人员在生物信息学、基因组学以及其他生命科学领域的智能结晶,服务于研究生物学问题的生物学家或计算机专家。通过对Bioperl进行了详细的介绍,并利用几个研... 详细信息

Bioperl是Perl语言专门用于生物信息的工具与函数模块集,是世界各地的Perl开发人员在生物信息学、基因组学以及其他生命科学领域的智能结晶,服务于研究生物学问题的生物学家或计算机专家。通过对Bioperl进行了详细的介绍,并利用几个研究中的应用实例充分说明Bioperl在生物信息学研究中的重要地位。

关键词： Bioperl 生物信息学

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杉木CCoAOMT蛋白的生物信息学分析与同源模建

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生物信息学 2008年第2期6卷 62-64,74页

作者：周猛洑香香童春发施季森杨立伟王桂凤南京林业大学国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室南京210037

利用生物信息学方法分析了杉木CCoAOMT蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水/亲水区、二级结构等蛋白质性质,并同欧洲云杉、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比,并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟,同时对模建结果进行了结构质量的分析与... 详细信息

利用生物信息学方法分析了杉木CCoAOMT蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水/亲水区、二级结构等蛋白质性质,并同欧洲云杉、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比,并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟,同时对模建结果进行了结构质量的分析与检测。结果表明:该蛋白共有255个氨基酸,等电点为5.56,二级结构中α螺旋占37.65%,β折叠片占19.61%,无规卷曲占42.75%。三维结构检测表明此模型的结构符合立体化学规则。

关键词：杉木 CCoAOMT蛋白生物信息学同源模建

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蕙兰种子无菌萌发及植株再生

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浙江农业学报 2008年第4期20卷 231-235页

作者：孙崇波刘玫施季森郭方其黎侠南京林业大学国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室江苏南京210037 杭州市园文局湖滨管理处浙江杭州310002 浙江省农业科学院园艺研究所浙江杭州310021

以中国传统国兰之一的蕙兰‘大一品’种子为外植体进行无菌萌发，然后对形成的根状茎进行诱导、增殖和成苗。结果表明：种子离体培养在附加NAA0．5mg·L^-1的改良MS培养基上，3个月后开始萌发形成原球茎；低无机盐浓度的培养基适合... 详细信息

以中国传统国兰之一的蕙兰‘大一品’种子为外植体进行无菌萌发，然后对形成的根状茎进行诱导、增殖和成苗。结果表明：种子离体培养在附加NAA0．5mg·L^-1的改良MS培养基上，3个月后开始萌发形成原球茎；低无机盐浓度的培养基适合蕙兰种子萌发。将原球茎转移到附加NAA2．0mg·L^-1的培养基上后，原球茎逐渐转变为根状茎形式进行增殖。50ml·L^-1椰子汁可大大促进根状茎的诱导和增殖。MS基本培养基中添加0．5～2．0mg·L^-1BA和1g·L^-1活性炭，60d后根状茎可形成芽苗。

关键词：蕙兰种子无菌萌发根状茎

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大花蕙兰类原球茎薄切片高频诱导体系的建立

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浙江农业学报 2008年第5期20卷 313-317页

作者：孙崇波刘玫谢鸣蒋桂华施季森郭方其南京林业大学国家林业局林木遗传和基因工程重点实验室江苏南京210037 浙江省农业科学院园艺研究所浙江杭州310021 杭州市园文局湖滨管理处浙江杭州310002

通过对大花蕙兰离体诱导类原球茎几个主要影响因素的研究,构建优良、高效的离体诱导体系。研究表明,不同外植体类型再生能力有显著差异,其中以类原球茎(protocorn-like body,PLB)横切片(transverse thincell layers,tTCLs)为外植体可获... 详细信息

通过对大花蕙兰离体诱导类原球茎几个主要影响因素的研究,构建优良、高效的离体诱导体系。研究表明,不同外植体类型再生能力有显著差异,其中以类原球茎(protocorn-like body,PLB)横切片(transverse thincell layers,tTCLs)为外植体可获得最高的PLB再生频率,叶片再生频率及数量最低。不同激素配比影响tTCLs的再生能力,其中在1/2 MS+TDZ 1.0 mg/L+KT 0.5 mg/L+NAA 0.5 mg/L上最高诱导频率为91.20%。在上述培养基中添加3.0 mg/L AgNO3可提高tTCLs上PLBs的形成,但作用不显著。可见,以tTCLs为外植体诱导大花蕙兰PLBs切实可行。

关键词：大花蕙兰类原球茎薄层切片离体诱导

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林木比较基因组学研究进展

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遗传 2007年第10期29卷 1199-1206页

作者：王源秀徐立安黄敏仁许远国家林业局江苏省林木遗传与基因工程重点实验室南京林业大学

比较基因组学是基因组学研究的重要内容。比较基因组学研究结果表明,有可能将近缘种统一起来建立超越物种界限的大遗传系统,这对于林木而言具有更重要的意义。有关林木比较基因组学研究主要集中在杨柳科、松科、蔷薇科、壳斗科和金缕梅... 详细信息

比较基因组学是基因组学研究的重要内容。比较基因组学研究结果表明,有可能将近缘种统一起来建立超越物种界限的大遗传系统,这对于林木而言具有更重要的意义。有关林木比较基因组学研究主要集中在杨柳科、松科、蔷薇科、壳斗科和金缕梅科的一些树种中。研究发现林木近缘种基因组中存在广泛的共线性或同线性及微共线性,在进化过程中呈现高度保守性;通过双向比对发现:杨树和拟南芥基因组中有13 019对同源基因的序列一致性平均达93%,其中11 654对同源基因的序列一致性超过基因长度的90%。文章概述了林木比较基因组学研究的进展状况,探讨了该领域的发展趋势,以期为我国林木基因组学研究提供有益的参考。

关键词：林木比较基因组学共线性或同线性微共线性

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杉木木材形成过程特异表达基因的鉴定与分析

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遗传 2007年第4期29卷 483-489页

作者：王桂凤高燕杨立伟施季森南京林业大学林木遗传与基因工程江苏省和国家林业局重点实验室南京210037

为了获得杉木木质化过程中特异表达的基因,本研究利用抑制差减杂交技术,以杉木突变体独干杉无性系为测试方(Tester),正常的句容0号无性系为驱动方(Driver),构建了正向差减文库,获得了618个克隆。利用通用引物T7和SP6进行PCR及EcoRⅠ酶... 详细信息

为了获得杉木木质化过程中特异表达的基因,本研究利用抑制差减杂交技术,以杉木突变体独干杉无性系为测试方(Tester),正常的句容0号无性系为驱动方(Driver),构建了正向差减文库,获得了618个克隆。利用通用引物T7和SP6进行PCR及EcoRⅠ酶切鉴定文库重组子,同时,利用点杂交技术,以正向差减、反向差减及未差减的测试方和驱动方四种探针,进行了进一步的筛选阳性克隆。用定量PCR对结果进行了初步验证。260个单一ESTs中60%的与已知蛋白具有显著同源性,可分为4个主要类别:新陈代谢、细胞壁生成和结构重构、信号传导和胁迫。系统分析参与杉木木材形成的基因对了解木质部分化的分子机制具有重要意义,是了解木材形成遗传控制的直接信息来源,也是改良材形和纤维性质的潜在候选基因。

关键词：杉木木材形成抑制差减杂交特异性表达基因木质部分化

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杨树同义密码子用法的初步分析(英文)

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植物生理与分子生物学学报 2007年第4期33卷 285-293页

作者：周猛童春发施季森南京林业大学国家林业局和江苏省林木遗传和基因工程重点实验室南京210037

杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上... 详细信息

杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上,基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.94**),其次是与GC3S和基因长度极显著相关(r=0.86**和r=-0.57**),说明基因表达水平高低是影响密码子发挥作用的主要因素,基因编码区碱基组成和基因长度次之。ENC-plot分析结果也证明了这一点。相对密码子使用值(RSCU)的计算结果表明,高表达基因强烈偏好以A或T结尾的密码子,并确定了TTA和ATA等10个密码子为杨树的主要偏爱密码子。将杨树的密码子使用频率与拟南芥、水稻、大肠杆菌和人等不同模式生物种比较后发现,杨树密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥最为相似,与人和大肠杆菌之间的差异较大。

关键词：密码子用法对应分析 GC35含量基因长度基因表达水平优越密码子杨树

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