检索结果-内蒙古大学图书馆

南京林业大学学报(自然科学版) 2022年第5期46卷 1-10页

作者：王子玥甄艳刘光欣席梦利南京林业大学南方现代林业协同创新中心林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

染色质转座酶可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing, ATAC-seq)是2013年在人类免疫细胞中建立的用于研究表观遗传调控的重要技术。该技术已在人类及小鼠等模式动物的基因组调控元件... 详细信息

染色质转座酶可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing, ATAC-seq)是2013年在人类免疫细胞中建立的用于研究表观遗传调控的重要技术。该技术已在人类及小鼠等模式动物的基因组调控元件鉴定、转录因子结合位点识别及转录调控机制的解析等研究领域发挥了重要作用。然而，ATAC-seq技术在植物领域中的研究应用还处于起步阶段，相关研究主要集中在拟南芥和水稻等模式植物中。笔者主要概述了ATAC-seq技术在植物中的应用，包括染色质可及性图谱绘制、抗逆机制解析、表观修饰鉴定及调控元件识别等领域的研究进展，并进一步阐述了ATAC-seq在木本植物中的应用潜力，以推动ATAC-seq技术在木本植物表观基因组学研究中的应用。

关键词：染色质转座酶可及性测序木本植物染色质可及性表观基因组学

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山新杨蔗糖合酶基因PCR介导的重组现象研究

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南京林业大学学报(自然科学版) 2021年第3期45卷 79-86页

作者：葛宝柱徐强陈赢男南京林业大学南方现代林业协同创新中心林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

【目的】山新杨(Populus davidiana×***)是林木基因工程育种基础和应用研究的良好材料;以山新杨蔗糖合酶基因(PdbSUS)为例研究聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)过程介导的重组现象,在此基础上区分每一个PdbSUS基因... 详细信息

【目的】山新杨(Populus davidiana×***)是林木基因工程育种基础和应用研究的良好材料;以山新杨蔗糖合酶基因(PdbSUS)为例研究聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)过程介导的重组现象,在此基础上区分每一个PdbSUS基因的两种单倍型,为后续研究提供准确的序列信息,并为判断木本植物基因真实的单倍型遗传信息提供参考。【方法】分别采集番茄(Lycopersicon esculentum)和山新杨新鲜嫩叶,以番茄基因组为内参,利用流式细胞仪测定山新杨基因组大小及其倍性水平。参考毛果杨(***)蔗糖合酶序列设计引物,分别以山新杨基因组DNA和cDNA为模板进行同源克隆,将PCR扩增产物回收纯化,连接测序载体并转化大肠杆菌感受态细胞,挑取阳性克隆进行菌液PCR验证,将整合有外源片段的转化子进行一代测序。利用SnapGene及DNAMAN软件对测序结果进行分析比对。【结果】山新杨为二倍体植物,获得了7个PdbSUS基因的全长序列,并分别在基因组和转录水平鉴定出每个基因的两种单倍型序列。同时,检测到PCR介导的重组现象并通过限制性酶切多态性(RFLP)进行了验证。在测序的209个克隆中,发现有18个含有嵌合产物,占比8.6%,不同基因产生嵌合产物的概率为0～33.3%。检测到的嵌合产物均来自同一个位点的不同等位基因之间发生重组,未发现不同蔗糖合酶基因之间发生重组的现象。【结论】PCR介导的重组是PCR反应过程中能够衍生重组分子的一种高频事件,该现象可能是由于引物延伸不完全或聚合酶模板转换导致。在利用PCR技术克隆木本植物或其他基因组杂合度较高物种的基因时,需识别产物中重组分子才能够准确区分单倍型的遗传信息。

关键词：山新杨蔗糖合酶基因 PCR介导重组模板转换嵌合产物重组分子

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松科植物萜类合成酶及其基因家族研究进展

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南京林业大学学报(自然科学版) 2021年第3期45卷 233-244页

作者：朱沛煌陈妤季孔庶南京林业大学南方现代林业协同创新中心林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

萜类化合物是松科(Pinaceae)植物中重要的代谢物,它们与松科植物生长发育、信息传递、气候适应和化学防御等关系密切,在植物生理和生态等方面具有重要功能。松科植物萜类化合物还广泛应用在制药、生物燃料以及合成化学等工业领域,具有... 详细信息

萜类化合物是松科(Pinaceae)植物中重要的代谢物,它们与松科植物生长发育、信息传递、气候适应和化学防御等关系密切,在植物生理和生态等方面具有重要功能。松科植物萜类化合物还广泛应用在制药、生物燃料以及合成化学等工业领域,具有重要的经济价值。松科植物通过甲羟戊酸途径和甲基赤藓糖磷酸途径合成所有萜类物质合成所必需的5碳前体,并在异戊烯基转移酶家族、萜类合成酶家族作用下合成单萜、倍半萜和二萜等不同长度碳链的萜类分子骨架,并进一步在细胞色素P450酶家族的作用下发生甲基化、羟基化、过氧化、糖基化等酶促反应形成具有结构极为丰富的萜类化合物。和其他次生代谢过程类似,多种酶及其基因在萜烯化合物形成过程中起到了至关重要的作用,同时,萜类化合物结构多样性的形成也主要依赖于萜类合成酶及其基因。植物中已经发现了大量的萜类合成酶,由于大量植物基因组、转录组等组学数据的公布,不断有新的萜类合成酶被报道。笔者介绍了植物萜类化合物前体的合成途径及其关键酶基因、植物萜类合成酶的结构和类型,着重阐述松科植物萜类合成酶结构、功能以及相应基因家族鉴定和系统分类的研究进展,并针对松科植物萜类合成酶及其基因研究领域存在的研究树种偏少、松科植物萜烯类代谢可能存在的特异代谢路径重视程度不够、适用于针叶树种相关基因的功能研究平台搭建欠缺、多基因网络调控松科植物萜烯类合成机制研究未得到系统开展、产脂和抗逆相关的松科植物关键基因未得到挖掘与利用等相关问题提出了建议,以期为松科植物萜类生物合成机制解析及松科植物遗传改良提供参考。

关键词：松科萜类甲羟戊酸途径甲基赤藓糖磷酸途径萜类合成酶基因家族

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几种纤维素酶制剂水解和吸附性能的研究

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林产化学与工业 2010年第1期30卷 27-32页

作者：杨静张晓萍勇强余世袁南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

比较了商品纤维素酶和自产纤维素酶在蛋白组分及蛋白组分含量上存在的差异。商品纤维素酶水解稀酸预处理和蒸汽爆破预处理的玉米秸秆,其水解得率均低于自产纤维素酶。以蒸汽爆破的玉米秸秆为碳源制备纤维素酶,添加外源8 IU/g(以纤维素计... 详细信息

比较了商品纤维素酶和自产纤维素酶在蛋白组分及蛋白组分含量上存在的差异。商品纤维素酶水解稀酸预处理和蒸汽爆破预处理的玉米秸秆,其水解得率均低于自产纤维素酶。以蒸汽爆破的玉米秸秆为碳源制备纤维素酶,添加外源8 IU/g(以纤维素计)的β-葡萄糖苷酶,水解蒸汽爆破的玉米秸秆48 h,纤维素水解得率为90.08%;水解液中纤维二糖的质量浓度从17.06 g/L降低到1.12 g/L,相应葡萄糖质量浓度从21.09 g/L提高到44.01 g/L,可发酵性糖从55.28%提高到97.52%。微晶纤维素对商品酶和自产酶的吸附在30 m in达到平衡,且符合Langmu ir等温吸附方程;由Langmu ir常数分析得知两类酶均来自里氏木霉,且对微晶纤维素的亲和力相差不大。

关键词：纤维素酶 β-葡萄糖苷酶纤维素水解纤维素吸附

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间歇出酶/出菌丝的培养方式对里氏木霉产纤维素酶的影响

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生物质化学工程 2016年第6期50卷 49-55页

作者：蒋露王步成白合超勇强余世袁南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

以微晶纤维素和淀粉水解液作为碳源生产纤维素酶,在里氏木霉Rut C30分批补料生产纤维素酶的过程中通过间歇取出部分酶的培养方式保护纤维素酶。实验结果显示：采用间歇出酶培养方式,在分批补料3 d后,每1、2或者3天取出部分酶液。当平均... 详细信息

以微晶纤维素和淀粉水解液作为碳源生产纤维素酶,在里氏木霉Rut C30分批补料生产纤维素酶的过程中通过间歇取出部分酶的培养方式保护纤维素酶。实验结果显示：采用间歇出酶培养方式,在分批补料3 d后,每1、2或者3天取出部分酶液。当平均每天取出15%的酶液,酶活显著增加,总纤维素酶酶活较单纯分批补料提高26.5%-32.6%,而总β-葡萄糖苷酶酶活提高超过46%;采用间歇出酶出菌丝培养方式,当每天取出15%的酶液时,纤维素酶产量比分批补料增长35.4%,去除和酶液等量的菌丝,酶活和分批补料相比增长32.5%,而且这两种培养方式所生产的纤维素酶的酶解效率高达82%,远超商品酶Celluclast（62.03%）。

关键词：纤维素酶分批补料 β-葡萄糖苷酶里氏木霉

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利用Giemsa C-带和45S rDNA FISH的方法鉴定百合杂种

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南京林业大学学报(自然科学版) 2009年第6期33卷 30-34页

作者：胡凤荣刘光欣罗凤霞席梦利徐进施季森南京林业大学林木遗传和生物技术省部共建教育部重点实验室金陵科技学院

利用Giemsa C-带和染色体荧光原位杂交(45S rDNA FISH)的方法对‘Royal Lace’×‘High Class’的杂种后代分别进行了鉴定。结果表明:‘Royal Lace’的染色体数2n=3x=36,‘High Class’的染色体数2n=2x=24。杂种后代的染色体数出现2... 详细信息

利用Giemsa C-带和染色体荧光原位杂交(45S rDNA FISH)的方法对‘Royal Lace’×‘High Class’的杂种后代分别进行了鉴定。结果表明:‘Royal Lace’的染色体数2n=3x=36,‘High Class’的染色体数2n=2x=24。杂种后代的染色体数出现2n=3x=36和2n=4x=48两种类型。经Giemsa C-带和45S rDNA FISH方法对两个亲本和具2n=4x=48的杂种后代分析结果表明,杂种后代的根尖染色体C-带可观察到来自双亲的可以特异追踪的染色体带纹。FISH分析表明,杂种后代中分别有两条来自‘Royal Lace’和‘High Class’的染色体。两个亲本的荧光原位杂交点数分别为10和9。杂种后代染色体为2n=36的个体有14个杂交信号,可以确定两条来自‘Royal Lace’,另外3条来自‘High Class’。杂种后代中2n=48的个体的杂交信号点为19,从而证实所获得的杂种后代的真实性。同时,对于2n=48,而杂交信号为19的多倍体起源于未减数分裂的2n雄配子体的可能性进行了探讨。综合研究结果表明,Giemsa C-带和45S rDNA FISH方法可以准确地对百合的杂种真实性进行鉴定。

关键词：百合杂种染色体 C-带分析染色体荧光原位杂交

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响应面优化法在纤维素酶合成培养基设计上的应用

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林产化学与工业 2010年第3期30卷 29-34页

作者：张晓萍杨静勇强余世袁南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

以里氏木霉(Trichoderma reesei)RUTC30为产酶菌株,经酵母发酵除去葡萄糖后的脱葡萄糖淀粉水解液为碳源,采用Plackett-Burman(PB)设计法寻找培养基组成中对产酶影响最大的因素,并经响应面试验设计优化最佳产酶条件。试验得到对产酶影响... 详细信息

以里氏木霉(Trichoderma reesei)RUTC30为产酶菌株,经酵母发酵除去葡萄糖后的脱葡萄糖淀粉水解液为碳源,采用Plackett-Burman(PB)设计法寻找培养基组成中对产酶影响最大的因素,并经响应面试验设计优化最佳产酶条件。试验得到对产酶影响最大的两个因素分别为脱葡萄糖淀粉水解液质量浓度和氯化钙质量浓度,经最陡爬坡和响应面试验建立了滤纸酶活与两者之间的模型。对此模型求解得到,当脱葡萄糖淀粉水解液质量浓度为28.85 g/L、氯化钙质量浓度为0.67 g/L时,产酶120 h理论酶活为7.52 FPIU/mL,156 h达到最大酶活为11.16 FPIU/mL,β-葡萄糖苷酶活最大为0.79 IU/mL。

关键词：脱葡萄糖淀粉水解液纤维素酶响应面法

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基于小样本学习和骨架提取算法的干旱胁迫杨树苗表型解析

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农业工程学报 2024年第19期40卷 177-185页

作者：周磊张慧春边黎明南京林业大学机械电子工程学院南京210037 南京林业大学林业资源高效加工利用协同创新中心南京210037 南京林业大学林木遗传育种全国重点实验室/南方现代林业协同创新中心/林木遗传与生物技术教育部重点实验室南京210037

杨树是木材生产加工的重要来源和防护林建设的重要树种,中国的杨树人工林栽培规模居世界首位。然而,全球变暖加剧使得干旱成为杨树培育中最为严重的典型的非生物胁迫,给木材原料形成、森林资源保护带来挑战。该研究采用低成本的机器视... 详细信息

杨树是木材生产加工的重要来源和防护林建设的重要树种,中国的杨树人工林栽培规模居世界首位。然而,全球变暖加剧使得干旱成为杨树培育中最为严重的典型的非生物胁迫,给木材原料形成、森林资源保护带来挑战。该研究采用低成本的机器视觉成像研究干旱胁迫杨树苗表型快速解析方法。首先,提出了基于YOLOv8-pose的杨树骨架提取算法,识别植株上的叶片个体及内部的关键节点,实现植株整体形态结构信息的提取。其次,引入小样本学习技术,提出基于极少量人工标注的训练数据集扩充方法,大幅降低YOLOv8-pose模型训练的人工标注成本。然后,依据杨树骨架信息计算每个叶片主叶脉、叶柄的倾角,并将倾角信息转换为频数分布,便于人工智能算法建模。最后,研究并对比了传统机器学习及深度学习分类器,选择最优算法建立干旱胁迫等级分级模型。结果表明,小样本学习YOLOv8-pose模型在叶片识别、关键点提取任务中表现优异(交并比阈值为0.5时的平均精度分别为0.798和0.914);基于一维卷积神经网络分类模型和倾角频数分布特征的杨树苗干旱胁迫等级分级模型优于其他对比方法,分类准确率为0.850。该研究提出的杨树表型解析方法可为缺水杨树识别、抗旱杨树筛选提供新的技术支持。

关键词：植物表型深度学习杨树干旱胁迫骨架提取

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镉胁迫对不同家系杂交鹅掌楸生长及抗性的影响

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浙江林学院学报 2009年第5期26卷 667-673页

作者：赵志新乔瑞芳季孔庶南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

采用盆栽方法,研究了杂交鹅掌楸Liriodendron chinense×***5个家系1年生实生苗对土壤镉胁迫的生理响应与抗性。结果表明,在镉胁迫下,杂交鹅掌楸叶片失绿变黄,根系腐烂变黑,且高质量分数镉胁迫下植株受抑制程度越明显。随着镉胁迫... 详细信息

采用盆栽方法,研究了杂交鹅掌楸Liriodendron chinense×***5个家系1年生实生苗对土壤镉胁迫的生理响应与抗性。结果表明,在镉胁迫下,杂交鹅掌楸叶片失绿变黄,根系腐烂变黑,且高质量分数镉胁迫下植株受抑制程度越明显。随着镉胁迫时间延长,各家系相对电导率和丙二醛(MDA)质量摩尔浓度均出现了上升趋势,胁迫增加上升趋势更明显。在100mg·kg-1胁迫下,5个家系间超氧化物歧化酶(SOD)活性变化不一致;在200mg·kg-1胁迫下,5个家系SOD活性变化是先升后降,胁迫结束时,NEF11家系SOD活性下降最大,相比对照降幅为41.5%。采用隶属函数对上述指标进行综合分析,得出5个家系在土壤镉胁迫下的抗性顺序为:NEF14>NEF15>NEF12>NEF13>NEF11。

关键词：植物学镉胁迫杂交鹅掌楸家系生理响应抗性

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四种常用杨树遗传转化材料对卡纳霉素敏感性探究

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分子植物育种 2022年

作者：徐正康陆静陈赢男南京林业大学江苏省林木遗传与高效培育重点实验室林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

卡那霉素是农杆菌介导杨树遗传转化系统中最为常用的筛选剂。选择合适的筛选剂浓度可以抑制未转化组织的生长，但不影响转化细胞的增殖，也不会造成过多的植物体细胞死亡。凋亡细胞会释放有毒物质，抑制转化细胞的再生。不同杨树树种对...

卡那霉素是农杆菌介导杨树遗传转化系统中最为常用的筛选剂。选择合适的筛选剂浓度可以抑制未转化组织的生长，但不影响转化细胞的增殖，也不会造成过多的植物体细胞死亡。凋亡细胞会释放有毒物质，抑制转化细胞的再生。不同杨树树种对卡那霉素的敏感性不同，同一树种的不同组织和器官对卡那霉素的敏感性也存在差异。本试验以山新杨(Populus davidiana×P. bollena)、毛白杨(P. tomentosa)、84K杨(P. alba×P. glandulosa cv. ’84K’)和南林895杨(P. deltoides×P. euramericana cv. ’NL895’)为材料，分别针对叶盘、叶柄和茎段三种不同外植体材料，研究了卡那霉素对这些组织器官的最适筛选压力。结果显示：能够抑制4种不同杨树叶盘、叶柄分化和茎段生根的卡那霉素临界浓度分别为40、50和50 mg/L。此外，山新杨和毛白杨的叶盘和叶柄对卡那霉素的耐受性略高于84K杨和南林895杨，但84K杨和南林895杨茎段对卡那霉素的耐受性却高于山新杨和毛白杨。研究结果为后续进一步提高杨树遗传转化效率和缩短侵染后的再生周期提供了依据和参考。

关键词：

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