检索结果-内蒙古大学图书馆

南京林业大学学报(自然科学版) 2010年第3期34卷 35-38页

作者：尹佟明江苏省杨树种质创新与品种改良重点实验室南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建重点实验室

数量基因位点(quantitative trait loci,QTL)分析是利用图位法克隆控制数量性状主效基因的前提和基础。采用BoxCox公式进行数据正态转换对提高QTL分析效率有显著作用。笔者以杨树为实例显示了BoxCox公式在数据正态转变中的应用及数量性... 详细信息

数量基因位点(quantitative trait loci,QTL)分析是利用图位法克隆控制数量性状主效基因的前提和基础。采用BoxCox公式进行数据正态转换对提高QTL分析效率有显著作用。笔者以杨树为实例显示了BoxCox公式在数据正态转变中的应用及数量性状表型分布对QTL分析的影响。结果发现,数据是否符合正态分布对发现控制数量性状的基因位点有显著影响。如果不对性状的表型值进行分布检测并进行正态转变,可能无法发现某些有显著效应的遗传位点。通过比对转化前后QTL分析的LOD值变化曲线得知,曲线变化的趋势在转化前后是一致的,曲线上各个小峰的位置也是稳定的,但转化后LOD峰值显著提高。如第4染色体上,转化前后LOD值变化曲线上在40～60、80～100及130～150cm区间均有3个独立峰值出现,数据转化后对应峰值升高,其中第1个峰的峰值约增加3倍,数据转化后该峰值LOD支持度达到了极显著水平,显示该位置存在一个控制该性状的较强的遗传位点。第8染色体上也出现相似的情况。

关键词： BoxCox变换数量性状基因座位图位克隆

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基于RAD-seq技术的鹅掌楸基因组SNP标记开发

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南京林业大学学报(自然科学版) 2019年第4期43卷 1-7页

作者：陆叶龙晓飞王鹏凯陈金慧施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京林业大学南方现代林业协同创新中心苏州农业职业技术学院

【目的】开发大量可靠的SNP标记,为鹅掌楸高密度遗传连锁图谱的构建和基于基因组的林木选择育种提供分子基础。【方法】从北美鹅掌楸NK基因型为母本、鹅掌楸LS基因型为父本的F1代杂交群体中,选取198株个体为作图群体。用限制性内切酶Eco... 详细信息

【目的】开发大量可靠的SNP标记,为鹅掌楸高密度遗传连锁图谱的构建和基于基因组的林木选择育种提供分子基础。【方法】从北美鹅掌楸NK基因型为母本、鹅掌楸LS基因型为父本的F1代杂交群体中,选取198株个体为作图群体。用限制性内切酶EcoR I对包括2个亲本和198个子代在内的200个单株的基因组DNA进行酶切,构建RAD(restriction-site associated DNA)文库并进行RAD-seq测序。采用读长为91 bp的双末端测序。2个亲本的平均测序深度为2×,198个子代的平均测序深度为0.8×,平均产量为1.94 Gb,共获得约387.21 Gb数据。用Stacks软件将每个样品的RAD-reads作生物信息学分析,对候选位点进行卡方检验和缺失率检验,再将符合孟德尔遗传的标记及与之相对应的RAD-tag序列和鹅掌楸参考基因组序列进行比对。最后,从本研究开发的SNP标记中选取27个候选SNP位点,设计引物,对随机挑选的16个F1代进行PCR扩增并将结果进行测序,同时验证SNP的有效性。【结果】从候选群体中共鉴定到22 019个SNP位点,符合孟德尔遗传规律的标记为4 233个,最终获得3 501个候选SNP标记。SNP验证中,共有293个SNP标记完成测序并能判读结果,所有位点都为SNP位点,共有194(66.2%)个SNP变异类型得到了验证。【结论】基于RAD-seq技术和鹅掌楸参考基因组序列为基础的策略,能够作为一种快速有效的手段,实现大规模的分子标记开发,可用于鹅掌楸等林木的高密度遗传图谱的构建。

关键词：北美鹅掌楸鹅掌楸限制性位点关联DNA测序(RAD-seq)技术 SNP标记遗传连锁图谱

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基于454测序的油茶DNA序列微卫星观察与分析

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林业科学 2013年第8期49卷 43-50页

作者：温强徐林初江香梅李江顾胤聪徐立安黄敏仁南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 江西省林业科学院南昌330032

采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的... 详细信息

采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少。在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重复单元长度呈负相关,推测二碱基微卫星理论多态性最高,而五碱基微卫星理论多态性最低;对在无冗余独立基因各区域中的微卫星进行统计,显示分布比例依次为3'UTR>CDS>5'UTR,在相同区域内比较,UTR区域中二碱基微卫星占总数量比例最大,CDS区域内三碱基微卫星的比例最高,此外5'UTR区域的三碱基微卫星的分布比例均高于3'UTR,初步推断5'UTR区域的微卫星相对3'UTR要保守些。

关键词：山茶属 454高通量测序微卫星

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CRISPR:从“盲盒”基因编辑到“精准靶向”基因组编辑的未竟之旅

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南京林业大学学报(自然科学版) 2021年第6期45卷 12-14页

作者：施季森南京林业大学林木遗传与生物技术教育部重点实验室南京林业大学林学院南方现代林业协同创新中心

《CRISPR/Cas基因组编辑》因获2020年诺贝尔化学奖而再度引起广泛关注。自1970年报道基因编辑小鼠以来,约有33 850条文献涉及基因编辑(据ScienceDirect)。2012年CRISPR/Cas9技术突破后的文献占98.32%,其中涉农、林植物基因(组)编辑文献... 详细信息

《CRISPR/Cas基因组编辑》因获2020年诺贝尔化学奖而再度引起广泛关注。自1970年报道基因编辑小鼠以来,约有33 850条文献涉及基因编辑(据ScienceDirect)。2012年CRISPR/Cas9技术突破后的文献占98.32%,其中涉农、林植物基因(组)编辑文献占10.63%,林木CRISPR/Cas9基因组编辑研究也迅速起步。应编辑部之约,特付短评一二,供参考。

关键词：盲盒基因编辑精准靶向

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晶体表面修饰制备几丁质纳米纤维的研究进展

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林产化学与工业 2015年第3期35卷 125-132页

作者：张燕范一民余世袁南京林业大学化学工程学院江苏省生物质绿色燃料与化学品重点实验室林木遗传与生物技术教育部重点实验室江苏南京210037

主要介绍了几丁质分子C2和C6位经修饰后在适当的条件下经过机械处理成功转化为纳米晶须/纤维的方法及原理。通过对几丁质晶体表面的修饰使其带上高密度电荷并配合连续的机械作用是几丁质纳米纤维切实有效的制备方法。几丁质C6羟基通过TE... 详细信息

主要介绍了几丁质分子C2和C6位经修饰后在适当的条件下经过机械处理成功转化为纳米晶须/纤维的方法及原理。通过对几丁质晶体表面的修饰使其带上高密度电荷并配合连续的机械作用是几丁质纳米纤维切实有效的制备方法。几丁质C6羟基通过TEMPO-触媒氧化可选择性转化为羧基,进一步在碱性环境中形成高密度表面负电荷,伴随着机械作用最终能分散成单离的具有一定纳米级尺寸的纤维。根据类似的原理,几丁质在碱作用下发生脱乙酰反应除去C2位的部分乙酰基,暴露出的氨基在酸性溶液中形成正电荷并被进一步分散成纳米纤维。

关键词：几丁质生物材料纳米纤维制备方法

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植物生长发育动态QTL解析研究进展

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生物技术通报 2024年第2期40卷 9-19页

作者：付威韦素云陈赢男林木遗传育种全国重点实验室现代南方林业协同创新中心林木遗传与生物技术教育部重点实验室江苏省林木遗传和高效培育重点实验室南京林业大学南京210037

准确而有效的QTL定位是克隆目的基因、开展分子育种的前提和基础。植物生长发育随外界环境因子变化而变化,其动态发育的不同时期表型是不同主效基因/QTL动态表达的结果,基于生长停滞期表型数据的传统主效基因/QTL分析只能估算QTL在多个... 详细信息

准确而有效的QTL定位是克隆目的基因、开展分子育种的前提和基础。植物生长发育随外界环境因子变化而变化,其动态发育的不同时期表型是不同主效基因/QTL动态表达的结果,基于生长停滞期表型数据的传统主效基因/QTL分析只能估算QTL在多个时期的累积效应,并不能充分反映该基因位点在发育过程中的真实作用模式及效应,不能真实反映QTL在不同发育时期的动态表达模式,无法获取数量性状的动态信息。全生长周期的动态QTL分析为在分子水平上研究植物生长发育动态的遗传机制、鉴定主效基因提供了良好策略。本文总结了动态QTL分析的遗传模型、分析方法及其在植物发育数量性状定位中的研究进展,并对当前动态QTL分析存在的问题和发展趋势进行了展望,以期为植物生长发育动态QTL解析及分子标记辅助选育提供参考。

关键词：动态QTL 条件QTL 植物生长发育遗传模型条件分析法功能作图

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望春玉兰种质资源遗传多样性分析与核心种质构建

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园艺学报 2024年第8期51卷 1823-1832页

作者：秦子璐徐正康戴晓港陈赢男南京林业大学林木遗传育种国家重点实验室现代南方林业协同创新中心林木遗传与生物技术教育部重点实验室江苏省林木遗传和高效培育重点实验室南京210037

对河南省南召县917份望春玉兰(Magnolia biondii)种质材料利用细胞流式仪进行基因组倍性分析,并采用SSR标记分析其遗传多样性和遗传结构。此外,采用模拟退火法分别基于遗传多样性最大化(simulated annealing algorithm based on the max... 详细信息

对河南省南召县917份望春玉兰(Magnolia biondii)种质材料利用细胞流式仪进行基因组倍性分析,并采用SSR标记分析其遗传多样性和遗传结构。此外,采用模拟退火法分别基于遗传多样性最大化(simulated annealing algorithm based on the maximizing genetic diversity,SAGD)和等位基因最大化(simulated annealing algorithm based on maximizing allelic richness,SANA)构建望春玉兰核心种质。结果显示:所检测的望春玉兰种质材料全部为二倍体植株;10对SSR引物共检测到57个等位基因(N_(a)),平均有效等位基因数(N_(e))为2.667,Shannon’s信息指数(I)、观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))和多态性指数(PIC)分别为1.124、0.422、0.586和0.547,表明望春玉兰种质资源具有丰富的遗传多样性。群体遗传结构和聚类分析均显示,917份望春玉兰种质材料可以分为4个亚群,不同亚群之间存在明显的基因交流和渗透。基于SAGD方法构建核心种质的各遗传参数基本都高于SANA法。利用SAGD方法筛选得到183份望春玉兰核心种质,占原有种质的20%,N_(a)、N_(e)、I、H_(o)和H_(e)的保留率分别为94.74%、105.40%、103.38%、104.27%和104.61%;主坐标分析(principal coordinate analysis,PCoA)表明构建的望春玉兰核心种质在整个原始种质的主坐标图内均匀分布,具有良好的代表性,可以为种质资源收集保存及创新利用提供科学依据。

关键词：望春玉兰微卫星标记遗传多样性遗传结构核心种质

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珍珠黄杨叶片的蛋白质提取方法探讨

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基因组学与应用生物学 2009年第1期28卷 105-108页

作者：王明娟季孔庶林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京林业大学南京210037

蛋白质样品制备是双向电泳的核心。为了找到一种适合提取珍珠黄杨叶片蛋白质的方法,本文以该树种扦插苗的叶片为材料,用TCA-丙酮沉淀法、Tris-饱和酚法和2-D Clean-Up Kit提取蛋白质,并进行双向凝胶电泳,采用银染法进行检测。结果表明,T... 详细信息

蛋白质样品制备是双向电泳的核心。为了找到一种适合提取珍珠黄杨叶片蛋白质的方法,本文以该树种扦插苗的叶片为材料,用TCA-丙酮沉淀法、Tris-饱和酚法和2-D Clean-Up Kit提取蛋白质,并进行双向凝胶电泳,采用银染法进行检测。结果表明,TCA-丙酮沉淀法得到的样品图谱背景模糊、拖尾;Tris-饱和酚法得到的样品图谱清晰,蛋白点饱满,无纵向或横向拖尾,但有蛋白点丢失;2-D Clean-Up Kit提取的蛋白质样品得到了较好双向电泳图谱。

关键词：珍珠黄杨叶片蛋白质提取双向电泳

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聚乙二醇介导鹅掌楸悬浮细胞与CdSe／ZnS量子点纳米颗粒共孵育的互作特征

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中国科学：生命科学 2011年第6期41卷 494-501页

作者：董琛施季森陆叶陈金慧夏兵南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 南京林业大学理学院化学系南京210037

利用纳米材料介导的药物靶向治疗和动物细胞转基因等相关研究,日益受到人们的关注.但植物因存在细胞壁的障碍,无论原位还是离体细胞培养条件下,利用纳米技术进行基因转移均存在很大难度.因此设想,如通过纳米颗粒材料物理尺寸的改变和表... 详细信息

利用纳米材料介导的药物靶向治疗和动物细胞转基因等相关研究,日益受到人们的关注.但植物因存在细胞壁的障碍,无论原位还是离体细胞培养条件下,利用纳米技术进行基因转移均存在很大难度.因此设想,如通过纳米颗粒材料物理尺寸的改变和表面化学修饰,能改变纳米颗粒与植物细胞壁界面上的生物物理或生物化学特征,从而有利于纳米颗粒材料穿越植物细胞壁进入植物细胞,将对推动纳米技术在植物转基因领域中的应用产生重要意义.根据以上设想,研究了不同的共孵育时间和温度等条件下,杂交鹅掌楸的胚性悬浮细胞与经不同表面化学修饰的CdSe/ZnS纳米颗粒之间相互作用过程的细胞生物学特征,以及CdSe/ZnS量子点的细胞毒性.结果表明,在共孵育后3h以内,激光共聚焦显微镜和电子扫描显微镜下,均可观察到经表面后修饰带正电荷的CdSe/ZnS纳米颗粒.同时,胞吞进入细胞内部的表面携带正电荷的CdSe/ZnS纳米颗粒的量明显与共培养时间、温度有明显的依赖关系,表明它们可以通过细胞的液相胞吞作用进入杂交鹅掌楸细胞内,且不影响细胞的活性;而表面带负电荷的CdSe/ZnS纳米颗粒则主要聚集在细胞外壁附近.在培养溶液中添加20%(质量比)聚乙二醇,可进一步提高鹅掌楸细胞胞吞CdSe/ZnS纳米颗粒的量和减轻CdSe/ZnS纳米颗粒的细胞毒性.本研究表明,以表面携带正电荷的CdSe/ZnS量子点纳米材料作为基因载体,在植物悬浮细胞的转基因研究和应用中具有广泛的前景.

关键词： CdSe/ZnS量子点杂交鹅掌楸聚乙二醇胞吞作用细胞毒性

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植物磺肽素在杂交鹅掌楸体胚发生中的作用

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林业科学 2013年第2期49卷 33-38页

作者：陈金慧张艳娟吴亚云王鹏凯王光萍施季森南京林业大学森林资源与环境学院林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

植物磺肽素(PSK),是近年来发现的一种新型植物肽类生长调节物质,具有促进单细胞的分裂增殖等生理功能。以杂交鹅掌楸未成熟胚来源的体胚发生体系为材料,探索PSK-α在植物体胚发生中的作用。研究发现PSK-α能够促进细胞分裂和增殖,有利... 详细信息

植物磺肽素(PSK),是近年来发现的一种新型植物肽类生长调节物质,具有促进单细胞的分裂增殖等生理功能。以杂交鹅掌楸未成熟胚来源的体胚发生体系为材料,探索PSK-α在植物体胚发生中的作用。研究发现PSK-α能够促进细胞分裂和增殖,有利于胚性细胞的形成。在杂交鹅掌楸体胚发生初期添加0.1mg·L-1的PSK-α可提高未成熟胚的脱分化率并能有效改善培养细胞的状态;0.5mg·L-1的PSK-α能够促进胚性愈伤组织的形成和增殖;体胚形成后期添加0.8mg·L-1的PSK-α利于其正常发育以及再生植株的培养。

关键词：杂交鹅掌楸体细胞胚胎发生胚性愈伤组织再生植株植物磺肽素

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