检索结果-内蒙古大学图书馆

林业科学 2013年第12期49卷 81-87页

作者：马秋月戴晓港陈赢男张得芳廖卓毅李淑娴南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建重点实验室南京210037

利用454高通量测序技术对枣基因组进行部分测序。经序列拼接,共获得总长约为8.4 Mb的基因组序列,从中找到15 036个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最丰富,共6 033个,占重复序列总数的40.1%;其次是复合型碱基2 707个和单碱... 详细信息

利用454高通量测序技术对枣基因组进行部分测序。经序列拼接,共获得总长约为8.4 Mb的基因组序列,从中找到15 036个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最丰富,共6 033个,占重复序列总数的40.1%;其次是复合型碱基2 707个和单碱基2 575个,分别占重复序列总数的18.0%和17.1%。另外,二碱基重复1 118个,三碱基1 050个,四碱基1 218个,五碱基335个,分别占重复序列总数的7.5%,7.0%,8.1%,2.2%。通过分析发现六碱基重复类型所占比例最多,但微卫星重复单元的重复次数变化却是二碱基微卫星显著高于其他各重复类型。在单碱基重复和二碱基重复这2种类型中,A/T以及AT/TA为最主要的重复单元;(AAN)n,(AAAN)n,(AAAAN)n和(AAAAAN)n为三碱基、四碱基、五碱基、六碱基重复类型中对应的优势重复单元,这些优势重复单元中富含A和T碱基。分析还发现,枣基因组微卫星长度变化的多样性与重复单元长度呈负相关(二碱基重复类型除外),这意味着枣基因组中重复单元较短的微卫星变异速率较快,而重复单元较长的微卫星变异速率较慢。对枣基因组微卫星侧翼序列分析发现,左侧序列与右侧序列GC含量相差不大;设计的引物序列中,有86%的引物可以特异扩增出含有SSR序列的位点。研究结果为枣的遗传研究提供丰富的序列信息和标记资源。

关键词：枣基因组 454测序微卫星

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马尾松转录组密码子使用偏好性及其影响因素

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林业科学 2020年第4期56卷 74-81页

作者：朱沛煌陈妤朱灵芝李荣季孔庶南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南方现代林业协同创新中心南京210037

【目的】异源表达是植物蛋白功能验证和分子育种的重要手段,而密码子是异源基因高效表达的重要因素,对马尾松转录组基因编码区密码子偏好性分析可以为马尾松分子育种提供一定的理论支持。【方法】利用CodonW、EMBOSS密码子分析软件对马... 详细信息

【目的】异源表达是植物蛋白功能验证和分子育种的重要手段,而密码子是异源基因高效表达的重要因素,对马尾松转录组基因编码区密码子偏好性分析可以为马尾松分子育种提供一定的理论支持。【方法】利用CodonW、EMBOSS密码子分析软件对马尾松转录组进行密码子参数分析和密码子偏好性分析,根据中性绘图、ENc-GC3s、偏倚性分析推测马尾松密码子偏好性的主要形成原因。通过比较高低表达基因样本同义密码子相对使用度(RSCU)筛选马尾松最优密码子,通过密码子使用频率比值分析马尾松与拟南芥、烟草、欧洲山杨、大肠杆菌、酿酒酵母的密码子偏好性差异。【结果】马尾松转录组编码序列(CDS)密码子平均GC含量为44.95%,密码子第3位GC含量为38.95%,尤为偏好A/T。高、低表达基因样本统计分析表明,马尾松转录组RSCU差异较小,筛选出TTA、CAA、TGT、GGT等27个密码子可作为马尾松的最优密码子。中性绘图、ENc-GC3s关联分析以及偏倚分析表明,马尾松密码子偏好性的形成可能主要受突变影响,其次受自然选择等多重因素共同影响。密码子使用频率分析表明马尾松密码子偏好性与烟草、拟南芥和欧洲山杨相比差异较小,与大肠杆菌差异最大,与酿酒酵母差异小于大肠杆菌。【结论】马尾松偏好第3位为A/T的密码子,筛选出27个最优密码子,其中25个密码子第3位为A/T。马尾松密码子使用偏好性形成主要受突变影响,其次受自然选择等多重因素共同影响。烟草可以作为马尾松基因异源表达的优选植物生物体,而微生物中酿酒酵母可能优于大肠杆菌。

关键词：马尾松转录组密码子使用偏好性

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杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发

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南京林业大学学报(自然科学版) 2014年第1期38卷 9-14页

作者：徐阳陈金慧李亚洪舟王颖赵亚琦王新民施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA搜索SSR位点,分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出... 详细信息

利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA搜索SSR位点,分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出现1 037.24个SSR。在两个独立来源的数据库序列中,六核苷酸重复均为最多的重复类型,且AT-rich的重复类型占较大比例。AGC/CTG是杉木EST序列和基因组库中最多的三碱基重复,通过Primer 3.0分别设计出SSR引物95对和37对。为考察设计引物在杉木不同种源(群体)中的有效性,取12个种源(个体)的优良个体,利用随机抽取的10个EST-SSR和8个gSSR(基因组SSR)进行引物筛选,结果表明:EST-SSR和gSSR各有4对引物在12个种源(个体)中表现出明显的多态性,多态率分别为40%和50%。8对多态性的SSR引物共扩增出25个多态性等位位点,平均每个引物产生3.125个多态性等位位点,平均有效的等位位点为2.399 5,PIC平均值为0.519 1;Hot平均为0.307 4。其中gSSR标记在检测群体间存在较大的分化,4个gSSR比4个EST-SSR扩增出更多的等位位点数、平均等位位点数,以及更大的PIC值。

关键词：杉木基因组SSR EST-SSR

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杂交鹅掌楸体胚再生植株淹水胁迫下叶片超微结构及光合特性变化

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林业科学 2018年第3期54卷 19-28页

作者：周艳威陈金慧鲁路成铁龙杨立明施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037 南京林业大学生物与环境学院南京210037

【目的】研究不同淹水胁迫处理时间下杂交鹅掌楸植株表型、叶绿体超微结构及光合特性的响应变化,揭示杂交鹅掌楸在淹水胁迫下的响应机制,为其栽培管理和多涝害地区的应用推广提供理论依据。【方法】以无菌培养条件下3~5个叶片的杂交鹅... 详细信息

【目的】研究不同淹水胁迫处理时间下杂交鹅掌楸植株表型、叶绿体超微结构及光合特性的响应变化,揭示杂交鹅掌楸在淹水胁迫下的响应机制,为其栽培管理和多涝害地区的应用推广提供理论依据。【方法】以无菌培养条件下3~5个叶片的杂交鹅掌楸体胚再生植株为研究对象,采用无菌水完全淹没植株的方法模拟水淹灾害,以正常培养条件为对照,研究不同淹水胁迫处理时间(1、3、5、7和7天后恢复处理2天)下杂交鹅掌楸植株表型、光合特性的响应变化以及对叶绿体超微结构的影响。【结果】1)在不同时间的淹水胁迫处理中,杂交鹅掌楸体胚植株受涝害的程度随着淹水时间的延长而明显加重;植株叶片从基部开始卷曲、黄化甚至脱落,但顶芽无明显变化,这可能是杂交鹅掌楸在淹水胁迫中启动相应保护机制以应对淹水胁迫环境。2)淹水胁迫处理过程中叶绿体肿胀变形,膜系统严重损伤,甚至降解,基粒和基质片层堆叠紊乱,淀粉粒不断积累,嗜锇颗粒电子密度增大,胁迫后期出现聚集现象,说明淹水胁迫导致杂交鹅掌楸叶绿体超微结构严重破坏。3)淹水胁迫处理过程中净光合速率、气孔导度和蒸腾速率呈明显下降趋势,而细胞间CO_2浓度呈缓慢上升趋势;光系统Ⅱ的光合电子传递速率、光化学淬灭系数、最大光化学效率和光化学实际量子产量均呈现显著下降趋势,淹水7天并恢复处理2天后光合作用特性参数出现一定程度的恢复,这表明淹水胁迫使杂交鹅掌楸关闭了与外界进行气体交换的气孔通道,并对光系统Ⅱ活性中心造成严重损伤。【结论】长时间淹水胁迫可引起杂交鹅掌楸叶绿体超微结构的破坏,进而损伤光系统Ⅱ反应中心,进而光能转换效率降低,造成叶片光合作用能力降低,最终严重影响植株生长发育。因此,在杂交鹅掌楸的栽培管理中土壤水分含量不宜长期过高。

关键词：杂交鹅掌楸体胚再生植株淹水胁迫超微结构光合特性

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簸箕柳种内杂交F1群体株高生长曲线的拟合

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南京林业大学学报(自然科学版) 2013年第4期37卷 13-16页

作者：马秋月陈赢男渠纪腾戴晓港尹佟明南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建重点实验室

对簸箕柳F1杂交组合的450株子代在1 a内的苗高生长进行了测定,利用Logistic、Gompertz和Von Bertalanffy等3种非线性模型对其生长变化规律进行拟合及分析,结果显示,3种模型的拟合度(R2)均在0.98以上。Logistic和Gompertz模型的早期拟合... 详细信息

对簸箕柳F1杂交组合的450株子代在1 a内的苗高生长进行了测定,利用Logistic、Gompertz和Von Bertalanffy等3种非线性模型对其生长变化规律进行拟合及分析,结果显示,3种模型的拟合度(R2)均在0.98以上。Logistic和Gompertz模型的早期拟合值与实际值偏离较大,而Von Bertalanffy模型在整个测定时期其拟合值与实际值均很接近,拟合度可达0.994。由此可建立理想的统计模型来追踪簸箕柳F1苗高生长率的变化。

关键词：簸箕柳生物量株高生长曲线拟合

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脱落酸和玉米素结合使用对杂交鹅掌楸体胚分化及发育的影响

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林业科学 2019年第3期55卷 64-71页

作者：陈婷婷王鹏凯张稼霁施季森成铁龙陈金慧南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037 南京林业大学生物与环境学院南京210037

【目的】探讨了不同浓度脱落酸(ABA)和玉米素(ZT)处理对杂交鹅掌楸体胚发生发育的效应,为杂交鹅掌楸大规模繁殖技术的建立提供理论依据。【方法】以15-5202基因型的杂交鹅掌楸胚性愈伤组织为材料,比较在体胚分化阶段单独添加ABA以及同... 详细信息

【目的】探讨了不同浓度脱落酸(ABA)和玉米素(ZT)处理对杂交鹅掌楸体胚发生发育的效应,为杂交鹅掌楸大规模繁殖技术的建立提供理论依据。【方法】以15-5202基因型的杂交鹅掌楸胚性愈伤组织为材料,比较在体胚分化阶段单独添加ABA以及同时添加ABA和ZT对体胚分化的影响;通过体胚发生数量统计、体胚生长状况观察等筛选出诱导效率高、体胚发育正常的体胚分化培养基。【结果】1)在体胚分化培养基中添加ABA对体胚的分化及成熟具有促进作用,添加0.5～1.5 mg·L^(-1) ABA可加快体胚发育,且体胚形态正常;添加2.0～2.5 mg·L^(-1) ABA时,虽使体胚分化率明显提高,但畸形胚比例增加;低浓度ABA处理30天后转入光培养2周体胚即可成熟;而未添加ABA处理的体胚在同样条件下未完全发育成熟,体胚呈白色、子叶淡黄色。2)在体胚分化培养基中同时添加ABA及ZT能提高体胚分化率及促进体胚发育; 2.0 mg·L^(-1) ABA结合0.2～0.4 mg·L^(-1) ZT处理后光培养2周,体胚形态发育正常,子叶分化明显,胚根健壮,生长状况较佳;未经过ZT处理的体胚生长发育较慢; ZT浓度高于0.6 mg·L^(-1)时体胚生长发育受到抑制,不利于体胚分化及成熟。【结论】在杂交鹅掌楸体胚分化培养基中添加2.0 mg·L^(-1) ABA和0.2～0.4 mg·L^(-1) ZT能够进一步提高体胚发生效率,促进体胚正常发育。

关键词：杂交鹅掌楸体细胞胚胎发生脱落酸玉米素

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中国七叶树悬浮培养体细胞球形胚的增殖与发育研究

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南京林业大学学报(自然科学版) 2009年第4期33卷 13-18页

作者：魏丕伟施季森赵振洲南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

以中国七叶树(Aesculus chinensisBunge)的胚性愈伤组织为材料,进行悬浮培养诱导体胚增殖和发育研究。在MS+2,4-D(3 mg/L)+NAA(1 mg/L)+KNO3(1.9 mg/L)+蔗糖(30 g/L)的液体培养基中可获得同步化程度较高的球形胚;采用MS+2,4-D(2 mg/L)+KT(0.2 mg/L)+蔗糖(40 g/L)和MS+2,4-D(3 mg/L)+BA(0.5 mg/L)+蔗糖(40g/L),两种培养基均可使体细胞胚保持在球形胚阶段;而MS+TDZ(0.02 mg/L)+蔗糖(30 g/L)可有效解除对球形胚发育的阻遏,促使子叶胚的形成;建立了球形胚增殖和分化的两个悬浮培养体系,同时跟踪观测了液体培养基的pH变化,球形胚增殖方式和球形胚启动和发育动态,以及悬浮培养过程中体胚的形态结构变化。

关键词：中国七叶树体胚发生球形胚悬浮培养发育调控

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林木多地点半同胞子代测定遗传分析R语言程序包及其应用

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南京林业大学学报(自然科学版) 2015年第5期39卷 45-51页

作者：王德源童春发南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

子代测定是林木育种中的关键环节,有关子代测定的遗传参数和统计量计算还存在不少问题。用于计算多种遗传参数的R语言程序包Halfsib MS,可以对多地点或单地点的半同胞子代测定遗传统计模型进行分析计算,并且可以处理平衡数据或不平衡数... 详细信息

子代测定是林木育种中的关键环节,有关子代测定的遗传参数和统计量计算还存在不少问题。用于计算多种遗传参数的R语言程序包Halfsib MS,可以对多地点或单地点的半同胞子代测定遗传统计模型进行分析计算,并且可以处理平衡数据或不平衡数据。该程序包首先采用固定效应模型计算亲本配合力及其他固定效应;然后再用随机效应模型计算遗传方差和协方差进而估算遗传力,并计算每一个参数估计的标准误和显著性检验统计量;最后,对于多个数量性状,给出了它们在家系效应、地点与家系互作效应及区组与家系互作效应水平上的遗传相关系数及其标准误。该程序包可在网站http://***/tong/halfsibms/***上自由下载使用。

关键词： R语言程序包HalfsibMS 半同胞子代测定配合力方差分量遗传力

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植物体细胞胚发生胚性潜势恢复的研究进展

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南京林业大学学报(自然科学版) 2013年第6期37卷 147-152页

作者：甄艳陈金慧施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

植物体细胞胚胎发生(简称体胚发生)是细胞全能性的体现。在适宜的培养体系下,植物的体细胞理论上均存在脱分化启动胚发育进程的可能。尽管体胚发生这一生物学发育进程的报道已有50多年的历史,但仍有一些重要的科学问题还未得到完全阐明... 详细信息

植物体细胞胚胎发生(简称体胚发生)是细胞全能性的体现。在适宜的培养体系下,植物的体细胞理论上均存在脱分化启动胚发育进程的可能。尽管体胚发生这一生物学发育进程的报道已有50多年的历史,但仍有一些重要的科学问题还未得到完全阐明,例如成熟外植体胚性能力恢复的机理、外源/内源因子如何调控胚性能力获得、胚性获得的关键分子途径、胚性获得调控的信号网络等。笔者综述了体胚能力恢复的诱导因子、生理生化标记、调控基因、miRNA调控和蛋白质组特征等方面的研究进展。

关键词：愈伤组织胚性能力植物体胚发生

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林木生物技术育种未来10年若干科学问题展望

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南京林业大学学报(自然科学版) 2012年第5期36卷 1-13页

作者：施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

随着新一代基因组测序设备和技术的快速发展,林木生物技术育种也即将步入后基因组时代。笔者对未来10年林木生物技术育种可能面临的一些重要科学问题进行了梳理和思考;对林木基因组研究,木材产量和品质形成的遗传调控,林木干细胞生物学... 详细信息

随着新一代基因组测序设备和技术的快速发展,林木生物技术育种也即将步入后基因组时代。笔者对未来10年林木生物技术育种可能面临的一些重要科学问题进行了梳理和思考;对林木基因组研究,木材产量和品质形成的遗传调控,林木干细胞生物学与林木生产力,林木基因工程育种,林木理想型育种,林木基因型与生物、非生物抗性互作等方面可能遇到的困难和机遇等问题进行了讨论。并对我国重要针阔叶模式树种的基因组研究,木材产量和品质育种,以及林木干细胞生物学等基础研究提出了建议。

关键词：林木生物技术育种林木基因组木材形成林木干细胞途径基因工程基因型环境互作

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