检索结果-内蒙古大学图书馆

基因组学与应用生物学 2014年第6期33卷 1405-1414页

作者：甄艳李春映陆叶施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

蛋白质磷酸化是蛋白质翻译后修饰研究最深入的领域之一,蛋白质磷酸化也是信号转导的关键调控因子。磷酸化修饰可精细地协调激酶和磷酸化酶网络,进而调控细胞生长、增殖及胞内外生物刺激应急反应等。但是由于蛋白质磷酸化短暂性、高动态... 详细信息

蛋白质磷酸化是蛋白质翻译后修饰研究最深入的领域之一,蛋白质磷酸化也是信号转导的关键调控因子。磷酸化修饰可精细地协调激酶和磷酸化酶网络,进而调控细胞生长、增殖及胞内外生物刺激应急反应等。但是由于蛋白质磷酸化短暂性、高动态性及低丰度的特点,使得磷酸化蛋白质组研究具有挑战性。本文从基于2-DE的植物磷酸化蛋白质组、植物磷酸化肽富集、基于质谱植物磷酸化肽鉴定及位点分析、基于质谱植物磷酸化肽定量分析、植物磷酸化蛋白质数据库等方面综述植物磷酸化蛋白质组研究进展、策略、相应技术的优缺点及展望了未来发展的方向。

关键词：植物磷酸化磷酸化蛋白组磷酸肽质谱

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鹅掌楸DHHC型锌指蛋白家族基因的克隆及表达分析

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广西植物 2016年第9期36卷 1052-1060页

作者：徐嘉娟李火根南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

棕榈酰化修饰是一种最普遍且唯一可逆的翻译后脂质修饰方式,赋予蛋白质多样化的生理功能。DHHC(Asp-His-His-Cys)蛋白家族是一类与棕榈酰化修饰相关的蛋白,多数DHHC蛋白家族成员具有蛋白质酰基转移酶(protein S-acyltransferase,PAT)活... 详细信息

棕榈酰化修饰是一种最普遍且唯一可逆的翻译后脂质修饰方式,赋予蛋白质多样化的生理功能。DHHC(Asp-His-His-Cys)蛋白家族是一类与棕榈酰化修饰相关的蛋白,多数DHHC蛋白家族成员具有蛋白质酰基转移酶(protein S-acyltransferase,PAT)活性。该研究以鹅掌楸叶芽为材料,采用RT-PCR和RACE技术,克隆获得了3个鹅掌楸DHHC蛋白家族基因c DNA全长,命名为Lc PAT7、Lc PAT22、Lc PAT23。序列分析结果表明:Lc PAT7、Lc PAT22、Lc PAT23基因全长分别为1 933、2 592、2 217 bp,各包含1 332、1 839、1 662 bp的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),编码433、612、533个氨基酸,预测蛋白分子量分别为40.04、67.3、60.57 k Da,理论等电点为9.15、9.03、7.29。3个基因编码的蛋白均有4个跨膜区,并且都在跨膜域(transmembrane domain,TM)TM2和TM3之间存在一个DHHC蛋白家族典型的DHHC-CRD结构域。同源性分析表明:鹅掌楸Lc PAT7、Lc PAT22、Lc PAT23编码的氨基酸序列与其他植物中预测的PAT具有较高的相似性。利用荧光定量PCR技术检测3个基因在鹅掌楸不同组织中的表达特性,发现3个基因在不同组织中均有表达,但表达量具有明显区别。同一家族基因表达模式的变化表明其功能非冗余。该研究结果将为鹅掌楸生长发育与形态建成,以及逆境响应信号传导等相关基因的调控研究提供了参考。

关键词：鹅掌楸棕榈酰化修饰蛋白质酰基转移酶 DHHC蛋白家族表达分析

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磷酸化蛋白质组定量研究策略

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分子植物育种 2014年第3期12卷 577-583页

作者：甄艳李春映施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

蛋白质磷酸化修饰是调控多样种生物过程的一种重要的翻译后修饰,定量分析内部和外部因子作用下磷酸化蛋白质的分子调控机制对理解生物功能非常重要。早期磷酸化蛋白质组研究的重点是定性检测、鉴定磷酸化蛋白质及磷酸化位点的定位。近年... 详细信息

蛋白质磷酸化修饰是调控多样种生物过程的一种重要的翻译后修饰,定量分析内部和外部因子作用下磷酸化蛋白质的分子调控机制对理解生物功能非常重要。早期磷酸化蛋白质组研究的重点是定性检测、鉴定磷酸化蛋白质及磷酸化位点的定位。近年来,随着质谱技术的快速发展使得定量磷酸化蛋白质组研究有了很大的发展。利用磷酸化蛋白质组的定量分析监测蛋白质磷酸化的动态变化有助于阐明生物过程及其功能的实现机制。本文综述了磷酸化蛋白质组定量分析策略:基于2-DE的磷酸化蛋白质组定量策略,基于无胶的质谱磷酸化蛋白质组标记定量策略及无标记定量分析策略。磷酸化蛋白质组的定量分析将有助于更好的阐明生物的信号传导机制。

关键词：翻译后修饰磷酸化蛋白质组质谱双向电泳

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柳树痂囊腔菌的基因组测序和比较基因组分析

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南京林业大学学报(自然科学版) 2022年第3期46卷 143-150页

作者：程强赵丽娟南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南方现代林业协同创新中心

【目的】报道柳树痂囊腔菌(Elsino?murrayae)的全基因组序列,与甜橙痂囊腔菌杨树致病型的基因组进行比较分析,为阐述柳树痂囊腔菌的致病和适应性机制提供参考。【方法】采用Illumina HiSeq 2500测序仪对柳树痂囊腔菌的全基因组序列进行... 详细信息

【目的】报道柳树痂囊腔菌(Elsino?murrayae)的全基因组序列,与甜橙痂囊腔菌杨树致病型的基因组进行比较分析,为阐述柳树痂囊腔菌的致病和适应性机制提供参考。【方法】采用Illumina HiSeq 2500测序仪对柳树痂囊腔菌的全基因组序列进行测序,预测蛋白编码基因,筛选与致病相关的碳水化合物活性酶基因、小分泌蛋白基因和次生代谢产物基因簇。根据痂囊腔属真菌基因的直系同源关系,筛选柳树痂囊腔菌和甜橙痂囊腔菌杨树致病型之间共有特异性的基因和二者之间差异基因,并进行GO富集分析。鉴定柳树痂囊腔菌的交配类型位点,使用特异性引物进行PCR,检测分离株的交配类型。【结果】组装获得了1个20.7 Mb基因组,完整度99%;预测出8 256个蛋白编码基因,其中包括486个碳水化合物活性酶基因,193个小分泌蛋白基因和16个次生代谢产物基因簇(GenBank登录号:NKHZ00000000)。系统进化和共线性分析显示柳树痂囊腔菌和甜橙痂囊腔菌杨树致病型亲缘关系最近,两者之间具有12个在其他痂囊腔菌中没有的共有特异性基因。两个真菌的比较基因组分析,筛选出752和1 746个差异基因,主要参与碳水化合物代谢和毒素代谢的生物学过程。已有分离株的交配类型均为MAT1-2。【结论】获得柳树病原真菌-柳树痂囊腔菌的基因组,筛选出痂囊腔菌中负责寄主适应性的候选基因,分析了柳树痂囊腔菌交配系统,这可为柳树病害防治和柳树-病原真菌相互作用研究提供关键信息。

关键词：柳树痂囊腔菌柳树疮痂叶斑病基因组甜橙痂囊腔菌交配类型

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变风补料对里氏木霉产纤维素酶的影响

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林业工程学报 2018年第5期3卷 78-83页

作者：王步成吴杨林白合超蒋露勇强余世袁南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

为应对资源短缺及环境问题,生物质作为可再生生物资源越来越受到关注。纤维素酶催化纤维素水解为葡萄糖是生物转化的关键环节。为提高纤维素酶的生产能力,在分批补料产酶过程中改变各阶段通风量,控制发酵液溶氧量,促进菌丝体的生长及酶... 详细信息

为应对资源短缺及环境问题,生物质作为可再生生物资源越来越受到关注。纤维素酶催化纤维素水解为葡萄糖是生物转化的关键环节。为提高纤维素酶的生产能力,在分批补料产酶过程中改变各阶段通风量,控制发酵液溶氧量,促进菌丝体的生长及酶的合成。以微晶纤维素为碳源,里氏木霉(Trichoderma reesei)Rut C30为产酶菌株,分批补料生产纤维素酶,摇瓶滤纸酶活达到14.5 U/m L。在3 L的发酵罐中,恒定通风量,分批补料生产纤维素酶,酶活第10天达到13.7 U/m L。对纤维素酶生产各阶段的通风量进行调整和优化,当通风量第1天为20 L/(L·h)、第2~3天为30 L/(L·h)、第4天及以后为25 L/(L·h)时,发酵液溶氧水平得到明显改善,稳定在15%~30%,菌丝体浓度稳定,滤纸酶活达到18.3 U/m L,纤维素酶产率为93.5 U/(L·h),纤维素酶得率为481.6 U/g微晶纤维素。纤维素酶活提高了33.6%,周期缩短2 d。缩短补料周期至8 h,滤纸酶活达到18.5U/m L,提高35%。通过控制通风量,提高纤维素酶产率,降低纤维素酶的生产成本,促进工业化酶制备。

关键词：纤维素酶里氏木霉分批补料通风量发酵罐

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中国马尾松遗传改良研究历程与成就

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南京林业大学学报(自然科学版) 2022年第6期46卷 10-22页

作者：季孔庶徐立安王登宝倪州献王章荣南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南方现代林业协同创新中心

围绕中国马尾松遗传改良从20世纪50年代末的起步，70年代末80年代初开始的全面发展，到21世纪后现代生物技术的快速融入提升，较全面回顾了60多年3代人坚持不懈的科研历程及取得的主要成就，并着重总结南京林业大学马尾松课题组牵头或... 详细信息

围绕中国马尾松遗传改良从20世纪50年代末的起步，70年代末80年代初开始的全面发展，到21世纪后现代生物技术的快速融入提升，较全面回顾了60多年3代人坚持不懈的科研历程及取得的主要成就，并着重总结南京林业大学马尾松课题组牵头或参与的优良种源筛选、优树选择、母树林与种子园营建、无性系选育、材性遗传改良、现代生物技术辅助育种等相关研究工作，及其创新与引领性作用、对社会的贡献和遗传改良经验。面对新的机遇与挑战，针对马尾松树种特点、现有研究基础及社会需求、结合生物学领域的发展趋势，进行了该树种的相关研究展望，认为未来该树种的遗传改良应围绕种质资源、多目标选育、家系与无性系林业需求、常规与现代生物技术融合等方面展开，同时需侧重抗松材线虫病、纸浆材、高产脂良种选育，将基础性和前沿性研究融入常规育种等领域，从而使该树种的遗传改良推向一个新高度。

关键词：马尾松遗传改良研究进展成就战略对策

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簸箕柳材性性状株内纵向变异的趋势分析

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南京林业大学学报(自然科学版) 2014年第5期38卷 149-152页

作者：国增超侯静郭炜尹佟明陈赢男南京林业大学林学院林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

以簸箕柳为对象,对其木材基本密度,木材纤维素、半纤维素及木质素含量在树干不同高度上的变化趋势进行了研究。结果表明:6株样本木材的基本密度为0.331 2;.385 4 g/cm3,且在个体内都呈现随着树干高度的增加逐渐降低的趋势;样本木材的纤... 详细信息

以簸箕柳为对象,对其木材基本密度,木材纤维素、半纤维素及木质素含量在树干不同高度上的变化趋势进行了研究。结果表明:6株样本木材的基本密度为0.331 2;.385 4 g/cm3,且在个体内都呈现随着树干高度的增加逐渐降低的趋势;样本木材的纤维素、木质素及半纤维素含量的变化范围分别为48.69%;6.89%、12.58%;6.42%、19.83%;3.76%,纤维素含量及半纤维素含量在不同个体内由根部到梢部均逐渐降低,木质素含量则表现出两头高、中间低的趋势,并且最高值出现在梢部。方差分析表明,尽管不同个体间木材化学成分含量和基本密度都存在显著差异（达1%极显著性水平）,但这些性状在不同植株内沿树干高度的变异均未达显著水平。

关键词：簸箕柳木材基本密度纤维素半纤维素木质素纵向变异

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马尾松PmAOX基因克隆与不同逆境胁迫表达分析

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南京林业大学学报(自然科学版) 2020年第4期44卷 70-78页

作者：孙晓波陈佩珍吴晓刚吴帆季孔庶南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南方现代林业协同创新中心

【目的】揭示马尾松(Pinus massoniana)抗氰呼吸途径的交替氧化酶(alternative oxidase,AOX)基因的功能。【方法】提取15年生马尾松不同组织RNA,运用RT-PCR及RACE技术克隆基因全长。以基因组DNA为模板,利用染色体步移法(chromosome walk... 详细信息

【目的】揭示马尾松(Pinus massoniana)抗氰呼吸途径的交替氧化酶(alternative oxidase,AOX)基因的功能。【方法】提取15年生马尾松不同组织RNA,运用RT-PCR及RACE技术克隆基因全长。以基因组DNA为模板,利用染色体步移法(chromosome walking,CK)克隆目的基因的启动子区域。通过qRT-PCR技术分析目的基因在不同组织及逆境胁迫下的表达。【结果】克隆获得基因全长为1 610 bp,开放阅读框(open reading finder,ORF)1 221 bp,编码406个氨基酸,推测氨基酸含有与拟南芥At AOX基因相同的双铁羧酸结构LET、NERMHL、LEEA和RADE,将其命名为PmAOX。实时荧光定量PCR显示,PmAOX在马尾松花中表达量最高,根中最低;脱落酸(abscisic acid,ABA)(100μmol/L)胁迫后表达量逐渐下降,持续胁迫至24 h时,表达量增加至最大;经高温(42℃)、HO、NaCl(200 mol/L)、CO(0.08%～0.10%)、低温(4℃)及干旱(10%PEG6000)处理后,表达量均呈现先升高后降低的趋势;高温42℃处理至3 h时表达量最高;HO处理4 h时,表达量最高;NaCl胁迫至6 h时,表达量最高;CO、低温及干旱处理至12 h时,表达量最高。克隆得到PmAOX起始密码子上游1 081bp的启动子区域,经PlantCARE分析显示PmAOX启动子区域具有CAAT-box及TATA-box的基本顺式作用元件和低温、干旱等多个胁迫诱导元件,同时还包括脱落酸、茉莉酸甲酯、赤霉素、水杨酸在内的激素调控元件和光及昼夜节律响应元件。【结论】PmAOX可能与马尾松抗逆性相关,并受激素的诱导和调控。

关键词：马尾松 PmAOX 基因克隆逆境胁迫荧光定量启动子

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利用高通量测序技术分析核桃基因组微卫星特征

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东北林业大学学报 2014年第2期42卷 65-68,82页

作者：廖卓毅马秋月戴晓港张得芳李淑娴林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室(南京林业大学) 南京210037

利用454高通量测序技术对核桃(Juglans regia)基因组进行了部分测序,并利用测得的序列进行核桃基因组微卫星特征分析。结果表明:研究共测得了104.5 Mb的核桃基因组序列,经序列组装得到了9 787个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重... 详细信息

利用454高通量测序技术对核桃(Juglans regia)基因组进行了部分测序,并利用测得的序列进行核桃基因组微卫星特征分析。结果表明:研究共测得了104.5 Mb的核桃基因组序列,经序列组装得到了9 787个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最多,共5 883个,占重复序列总数的60.11%;其次是单碱基重复类型(1 289个)和四碱基重复类型(889个),分别占重复序列总数的13.17%和9.07%;另外二碱基重复768个,三碱基重复549个,五碱基409个,分别占重复序列总数的7.85%、5.61%和4.18%。在单碱基重复类型中,重复单元最多的为A/T;二碱基重复中,AT/TA和AG/CT为主要优势重复类型;三碱基、四碱基和六碱基重复类型中,AAN、AAAN和AAAAAN是主要的优势重复类型;五碱基重复类型中,AGATG和AAAAT是主要的优势重复类型。在核桃微卫星序列中,A/T碱基含量丰富,而C/G碱基含量相对较少。试验还对核桃基因组微卫星的长度及各碱基重复类型的长度分化进行了研究,结果发现核桃基因组微卫星以第二类(长度<20 bp)为主,且长碱基重复类型较短碱基重复类型长度分化程度低,稳定性高。

关键词：核桃微卫星碱基重复类型长度分化

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北美鹅掌楸EST-SSR跨属间通用性

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东北林业大学学报 2011年第2期39卷 28-30,42页

作者：李红英李康琴胥猛李火根林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室(南京林业大学) 南京210037

利用从北美鹅掌楸(Liriodendron tulipifera Linn.)EST序列中开发的176对SSR引物,以国内木兰科10属43种的DNA样品为材料,检测了该批引物在木兰科各属间的通用性。132对引物在北美鹅掌楸中有效扩增,108对在鹅掌楸(*** Sarg.)中有扩增产物... 详细信息

利用从北美鹅掌楸(Liriodendron tulipifera Linn.)EST序列中开发的176对SSR引物,以国内木兰科10属43种的DNA样品为材料,检测了该批引物在木兰科各属间的通用性。132对引物在北美鹅掌楸中有效扩增,108对在鹅掌楸(*** Sarg.)中有扩增产物,在鹅掌楸属内的通用率为81.8%;在含笑属(Michelia)、木莲属(Manglietia)、木兰属(Magnolia)、合果木属(Paramichelia Hu)、观光木属(Tsoongiodendron)、焕镛木属(Woony-oungia Law)、拟单性木兰属(Parakmeria Hu)、盖裂木属(Talauma Juss)、华盖木属(Manglietiastrum Law)中通用率则分别为24%～71%、37%～47%、27%～41%、49%、44%、36%、31%、29%、24%。利用北美鹅掌楸、鹅掌楸、玉兰(Magnolia denudata)和云南拟单性木兰(Parakmeria yunnannensis)各6个基因型检测了该批引物的扩增多态性,其多态性引物比率分别为55%、45%、48%和39%。最后,讨论了该批EST-SSR引物在木兰科植物相关研究中的潜在应用前景。

关键词：木兰科 EST-SSR 通用性

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