检索结果-内蒙古大学图书馆

分子植物育种 2014年第3期12卷 421-431页

作者：何卫龙张逢凯潘婷季孔庶林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室、南京林业大学南京210037

本研究以单株马尾松的142个大配子体为作图群体,利用筛选的55对SSR引物和142对SRAP引物获得502个标记,构建了一张包含237个标记、18个连锁群的马尾松遗传连锁图谱。马尾松连锁图谱总图距为1 462.1 cM,最大连锁群图距为136.4 cM,最小连... 详细信息

本研究以单株马尾松的142个大配子体为作图群体,利用筛选的55对SSR引物和142对SRAP引物获得502个标记,构建了一张包含237个标记、18个连锁群的马尾松遗传连锁图谱。马尾松连锁图谱总图距为1 462.1 cM,最大连锁群图距为136.4 cM,最小连锁群图距为36.7 cM,平均每个连锁群长度为81.2 cM,标记之间平均图距为6.2 cM。此外,利用L16(45)正交试验表对影响PCR结果的Mg2+、dNTP、模板DNA、引物浓度、Taq DNA聚合酶进行试验,建立了适合马尾松SSR-PCR和SRAP-PCR的反应体系。

关键词：马尾松 SSR SRAP 体系优化遗传连锁图谱

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南林895杨离体培养及耐盐基因GmNHX1的转化

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南方农业学报 2013年第8期44卷 1237-1242页

作者：孙伟博杨立恒诸葛强南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

摘要：【目的】建立南林895杨杂交无性系最适遗传转化体系，为创新耐盐南林895杨种质资源奠定基础。【方法】以南林895杨叶片和茎段为外植体，对其再生体系和耐盐基因GmNHX1遗传转化的部分影响因子进行分析。【结果】使用NaClO消毒处理1... 详细信息

摘要：【目的】建立南林895杨杂交无性系最适遗传转化体系，为创新耐盐南林895杨种质资源奠定基础。【方法】以南林895杨叶片和茎段为外植体，对其再生体系和耐盐基因GmNHX1遗传转化的部分影响因子进行分析。【结果】使用NaClO消毒处理10～15min的外植体褐化率和污染率均较低；以叶片为外植体产生的不定芽状态良好，而茎段分化的不定芽容易白化死亡。PCR检测结果表明，转GmNHX1基因植株可扩增获得符合大小的特异性条带（1641bp）；通过荧光显微镜能够观察到转基因植株中的SGFP激发出的绿色荧光，证明GmNHX1基因已经高效整合到南林895杨的基因组中。【结论】叶片是南林895杨离体培养再生体系的最佳外植体来源，其离体培养所得的植株完全可以满足根癌农杆菌介导基因转化对受体的要求，可用于耐盐基因GmNHX1的遗传转化。

关键词：南林895杨离体培养再生体系耐盐基因GmNHX1 转化

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马尾松CAD基因的克隆及其编码蛋白质的结构预测

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分子植物育种 2014年第4期12卷 638-645页

作者：张逢凯潘婷盛璐季孔庶林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室(南京林业大学) 南京210037

肉桂醇脱氢酶(cinnamyl alcoholdehy drogenase,CAD)在木质素合成过程中起关键作用。本研究利用CODEHOP设计简并引物,采用RT-PCR和RACE技术,从马尾松中克隆得到CAD基因的cDNA全长(GenBank登入号:KF419291)。此cDNA全长1 450 bp,包括1 074 bp完整的ORF,编码357个氨基酸的蛋白,相对分子质量与等电点分别为38945.1u和5.8。利用ClustalX、DNAMAN、ANTHEPROT软件分析其序列和编码的氨基酸序列。采用RT-PCR方法对CAD基因在根、侧枝、叶、芽四种组织中表达的特异性分析,结果显示,CAD基因在马尾松侧枝中表达量最高,在叶、根和芽中亦有低水平表达。

关键词：马尾松肉桂醇脱氢酶基因克隆序列分析蛋白质的结构预测组织特异性表达

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第三代测序技术及其应用

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中国生物工程杂志 2013年第5期33卷 125-131页

作者：张得芳马秋月尹佟明夏涛 1南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 南京林业大学森林资源与环境学院南京210037

第二代测序技术发展到一定阶段以后其缺陷逐渐显现,而第三代测序技术的出现在一定程度上弥补了第二代测序技术在应用方面的缺点。就目前正在发展的5种第三代高通量测序技术的原理进行了阐述,并比较了这几种测序技术的优缺点,最后对三代... 详细信息

第二代测序技术发展到一定阶段以后其缺陷逐渐显现,而第三代测序技术的出现在一定程度上弥补了第二代测序技术在应用方面的缺点。就目前正在发展的5种第三代高通量测序技术的原理进行了阐述,并比较了这几种测序技术的优缺点,最后对三代测序技术在基因组测序,甲基化研究,RNA测序以及医学方面的应用作了简单介绍。

关键词：第三代测序单分子测序技术SMRT tSMS

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马尾松转录组测序和分析

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分子植物育种 2013年第3期11卷 385-392页

作者：王晓锋何卫龙蔡卫佳阮倩倩潘婷季孔庶林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京林业大学南京210037

本研究首次构建了马尾松均一化cDNA文库,采用Illumina高通量测序技术对转录组进行了测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。EST序列拼接获得83680个contig,其中33772个contig被注释为相应的331669对生物学功能,... 详细信息

本研究首次构建了马尾松均一化cDNA文库,采用Illumina高通量测序技术对转录组进行了测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。EST序列拼接获得83680个contig,其中33772个contig被注释为相应的331669对生物学功能,10647个contig被注释具有酶功能。根据KEGGpathway数据库,对马尾松转录组的contig进行Pathway生物学通路的注释和预测,共识别出10647个contig具有对应的1029种酶功能,并关联到135条生物学通路。SSR查找发现,从83680个contig中找到889个SSR位点,占contig总数的比例为1.06%。其中,三核苷酸重复所占比例最高,达到48.37%,其次是六核苷酸重复,为19.12%,比例最低的是四核苷酸重复,仅为4.72%,二核苷酸重复和五核苷酸重复基本相同,分别为14.62%和13.16%。SSR不同重复基元类型中,出现频率最高的为AT/AT,其次是AGC/CTG和AAG/CTT。

关键词：马尾松转录组测序 Ⅲumina高通量测序技术 SSR

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参与杉木次生壁合成调控的转录因子ClMYB4的克隆及在大肠杆菌中表达

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分子植物育种 2012年第5期10卷 512-519页

作者：吕运舟郑佳陈金慧施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

植物次生壁及木质素生物合成过程在转录水平上受到某些R2R3-MYB基因家族成员的调控,如AtMYB46和PtMYB4。本研究在杉木发育木质部中克隆了一个全长为1453bp的R2R3-MYB基因cDNA序列,编码413个氨基酸残基的预测蛋白。生物信息学分析发现它... 详细信息

植物次生壁及木质素生物合成过程在转录水平上受到某些R2R3-MYB基因家族成员的调控,如AtMYB46和PtMYB4。本研究在杉木发育木质部中克隆了一个全长为1453bp的R2R3-MYB基因cDNA序列,编码413个氨基酸残基的预测蛋白。生物信息学分析发现它与火炬松PtMYB4的序列相似性最高,且与AtMYB46、PtMYB4和EgMYB2次生壁合成调控基因在系统进化上聚为一类。因此,命名为ClMYB4。本实验构建了ClMYB4基因的原核表达载体pET-30b-ClMYB4,并在大肠杆菌Rosetta中实现了高效表达和纯化,为进一步研究转录因子ClMYB4在调控杉木次生壁发育过程的下游靶基因及相关顺式作用元件提供基础。

关键词：杉木次生壁,木质素合成,MYB转录因子,原核表达

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植物生长发育动态QTL解析研究进展

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生物技术通报 2024年第2期40卷 9-19页

作者：付威韦素云陈赢男林木遗传育种全国重点实验室现代南方林业协同创新中心林木遗传与生物技术教育部重点实验室江苏省林木遗传和高效培育重点实验室南京林业大学南京210037

准确而有效的QTL定位是克隆目的基因、开展分子育种的前提和基础。植物生长发育随外界环境因子变化而变化,其动态发育的不同时期表型是不同主效基因/QTL动态表达的结果,基于生长停滞期表型数据的传统主效基因/QTL分析只能估算QTL在多个... 详细信息

准确而有效的QTL定位是克隆目的基因、开展分子育种的前提和基础。植物生长发育随外界环境因子变化而变化,其动态发育的不同时期表型是不同主效基因/QTL动态表达的结果,基于生长停滞期表型数据的传统主效基因/QTL分析只能估算QTL在多个时期的累积效应,并不能充分反映该基因位点在发育过程中的真实作用模式及效应,不能真实反映QTL在不同发育时期的动态表达模式,无法获取数量性状的动态信息。全生长周期的动态QTL分析为在分子水平上研究植物生长发育动态的遗传机制、鉴定主效基因提供了良好策略。本文总结了动态QTL分析的遗传模型、分析方法及其在植物发育数量性状定位中的研究进展,并对当前动态QTL分析存在的问题和发展趋势进行了展望,以期为植物生长发育动态QTL解析及分子标记辅助选育提供参考。

关键词：动态QTL 条件QTL 植物生长发育遗传模型条件分析法功能作图

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杉木生长性状的空间与竞争效应及其对遗传参数估计的影响

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林业科学 2022年第5期58卷 75-84页

作者：史月冬郑宏叶代全施季森边黎明南京林业大学林木遗传与生物技术教育部重点实验室南京210037 南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037 福建省洋口国有林场南平353000

【目的】探讨整合空间与竞争效应的模型对不同林龄阶段杉木生长性状遗传参数评估的影响,为提高育种值预测和优良单株选择的准确性提供理论依据。【方法】以40年生杉木自由授粉子代测定林为研究对象,以幼林龄阶段、中林龄阶段和过成熟林... 详细信息

【目的】探讨整合空间与竞争效应的模型对不同林龄阶段杉木生长性状遗传参数评估的影响,为提高育种值预测和优良单株选择的准确性提供理论依据。【方法】以40年生杉木自由授粉子代测定林为研究对象,以幼林龄阶段、中林龄阶段和过成熟林阶段的胸径和树高为目标性状,基于最佳线性无偏估计的混合线性模型方法,分别拟合试验设计效应、空间效应、竞争效应、空间-竞争效应,利用赤池信息准则评价模型,对比不同模型估计的遗传参数和育种值。【结果】1)拟合空间-竞争效应平均提高生长性状狭义遗传力估计值的39.72%。针对不同林龄阶段胸径性状的遗传参数,拟合空间-竞争混合模型的加性遗传方差相比标准混合线性模型、空间模型和竞争模型分别提高4.46%、26.95%和35.87%,残差分别降低21.95%、26.81%和20.19%;树高性状空间-竞争模型的加性遗传方差1991和2020年相比基本模型提高10.73%和1.22%,残差降低12.75%和33.83%。2)竞争强度与林分个体间的距离有关,杉木生长性状受到相同行列个体的竞争效应要显著高于对角线方向个体。3)生长性状存在竞争效应,且径生长大于高生长。同一性状的加性-竞争效应相关表明,杉木生长性状在不同林龄均表现出竞争效应,幼林龄阶段径生长受到的竞争效应大于高生长;中林龄阶段生长性状表现出强烈的竞争相关,结合残差相关结果发现,杉木在中林龄表现出强烈的竞争效应。个体间胸径的竞争影响大于树高间的竞争影响,胸径比树高更能感受到竞争的敏感程度。4)在5%入选率下,育种值平均预测准确性为0.559。4种模型分别选出23个个体,其中78.3%的入选单株重复。基本模型、空间模型、竞争模型和空间-竞争模型的入选单株胸径均值分别为37.3、37.2、37.3和37.3 cm,遗传增益分别为12.73%、13.86%和13.32%、14.37%。【结论】采用竞争-空间模型拟合参数可增加加性遗传方差并降低残差方差的估计值;林分内目标单株受对角线方向的竞争性弱于行、列方向单株的竞争。中林龄阶段生长性状所受竞争效应最大,径生长对竞争的敏感性大于高生长。

关键词：竞争效应空间效应混合线性模型遗传参数杉木

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望春玉兰种质资源遗传多样性分析与核心种质构建

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园艺学报 2024年第8期51卷 1823-1832页

作者：秦子璐徐正康戴晓港陈赢男南京林业大学林木遗传育种国家重点实验室现代南方林业协同创新中心林木遗传与生物技术教育部重点实验室江苏省林木遗传和高效培育重点实验室南京210037

对河南省南召县917份望春玉兰(Magnolia biondii)种质材料利用细胞流式仪进行基因组倍性分析,并采用SSR标记分析其遗传多样性和遗传结构。此外,采用模拟退火法分别基于遗传多样性最大化(simulated annealing algorithm based on the max... 详细信息

对河南省南召县917份望春玉兰(Magnolia biondii)种质材料利用细胞流式仪进行基因组倍性分析,并采用SSR标记分析其遗传多样性和遗传结构。此外,采用模拟退火法分别基于遗传多样性最大化(simulated annealing algorithm based on the maximizing genetic diversity,SAGD)和等位基因最大化(simulated annealing algorithm based on maximizing allelic richness,SANA)构建望春玉兰核心种质。结果显示:所检测的望春玉兰种质材料全部为二倍体植株;10对SSR引物共检测到57个等位基因(N_(a)),平均有效等位基因数(N_(e))为2.667,Shannon’s信息指数(I)、观测杂合度(H_(o))、期望杂合度(H_(e))和多态性指数(PIC)分别为1.124、0.422、0.586和0.547,表明望春玉兰种质资源具有丰富的遗传多样性。群体遗传结构和聚类分析均显示,917份望春玉兰种质材料可以分为4个亚群,不同亚群之间存在明显的基因交流和渗透。基于SAGD方法构建核心种质的各遗传参数基本都高于SANA法。利用SAGD方法筛选得到183份望春玉兰核心种质,占原有种质的20%,N_(a)、N_(e)、I、H_(o)和H_(e)的保留率分别为94.74%、105.40%、103.38%、104.27%和104.61%;主坐标分析(principal coordinate analysis,PCoA)表明构建的望春玉兰核心种质在整个原始种质的主坐标图内均匀分布,具有良好的代表性,可以为种质资源收集保存及创新利用提供科学依据。

关键词：望春玉兰微卫星标记遗传多样性遗传结构核心种质

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百合远缘杂交及其杂种鉴别研究

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南京林业大学学报(自然科学版) 2012年第3期36卷 23-27页

作者：张睿婧姜珊席梦利施季森黄寿先吴祝华广西大学林学院南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

百合种间远缘杂交的不亲和性和杂交后代鉴别,影响着百合杂交育种效率。以东方百合杂交品种‘康斯坦萨’(Lilium var.‘Constanta’)为母本,我国的特有野生百合岷江百合(Lilium re-gale Wilson)为父本,采用直接授粉法、切柱法、切柱加柱... 详细信息

百合种间远缘杂交的不亲和性和杂交后代鉴别,影响着百合杂交育种效率。以东方百合杂交品种‘康斯坦萨’(Lilium var.‘Constanta’)为母本,我国的特有野生百合岷江百合(Lilium re-gale Wilson)为父本,采用直接授粉法、切柱法、切柱加柱头液法3种方法在温室栽培条件下进行授粉实验;子房发育至20 d以后,采集不同处理的子房经过表面灭菌处理,横切为0.3 cm的子房薄片,接种于MS+6-BA(0.01 mg/L)+NAA(0.1 mg/L)的培养基上进行胚拯救培养;用SRAP分子标记对拯救获得的再生植株进行杂种鉴定。结果表明:3种不同授粉方法中,采用直接授粉法子房生长情况最好,切柱加柱头液法次之,切柱法最差。通过胚拯救培养获得一批杂种后代株系。分子检测结果显示,后代中7个株系均具有典型的父本及母本条带。因此可以认为,‘康斯坦萨’和岷江百合远缘杂交的障碍为受精后障碍,通过子房切片胚拯救培养获得的7个株系均为杂种。

关键词：东方百合杂交品种‘康斯坦萨’ 岷江百合远缘杂交杂种鉴定

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