检索结果-内蒙古大学图书馆

作者：倪州献徐立安南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

林木种子园亲本材料的遗传特性对其子代有着深远的影响。在自由授粉模式下,由于授粉情况的变化,导致种子遗传品质往往难以预测。本研究以马尾松无性系种子园连续3年份自由授粉子代生长数据为基础,将子代生长年份间差异最小和最大的9个... 详细信息

林木种子园亲本材料的遗传特性对其子代有着深远的影响。在自由授粉模式下,由于授粉情况的变化,导致种子遗传品质往往难以预测。本研究以马尾松无性系种子园连续3年份自由授粉子代生长数据为基础,将子代生长年份间差异最小和最大的9个家系分别记为稳定组与不稳定组,并将种子园内217个无性系作为候选父本,利用27对SSR标记对样本个体进行亲本分析,探究子代年度生长表现稳定与不稳定家系的亲本来源特点。根据亲本分析结果的研究发现,稳定组与不稳定组父本基因多样度在年份间、组间的差异不大,Nei基因多样度变化于0.54～0.55之间;而母本的基因多样度差异较大,不稳定组Shannon指数(I=0.9822)、Nei基因多样度(Nei=0.5441)等参数均高于稳定组母本(I=0.8712;Nei=0.4995)。稳定组与不稳定组的亲本组合遗传距离在2个年份均存在极显著差异(p<0.001),不稳定组亲本平均遗传距离(0.5778)大于稳定组(0.4156),不稳定组亲本组合的遗传距离分布相对分散(各亲本组合间遗传距离变化较大)。说明不稳定(子代生长差异大)家系可能是遗传多样度较大造成,而遗传多样度大的原因可能主要是这些子代的父母本遗传距离较大。研究发现,子代受母本的影响较大。其中,组间两个年份子代单株育种值与母本育种值均存在极显著相关(r=0.52～0.82,p<0.001),而与父本育种值不存在明显相关关系(p>0.05)。将子代按材积均值分为优、良、差组进行分析发现,子代育种值与亲本遗传距离(GD)有一定的正相关性,亲本GD大,子代表现可能越优良,当亲本GD较大时(如GD>0.7),子代分化也大,出现优劣并存现象。分析结果显示,亲本平均遗传距离有优组>良组>差组的趋势,而GD小于0.5的亲本组合比例差组>良组>优组。此外,优组与差组中亲本GD大于0.7的个体比例相似,但优组中这部分子代多表现优良,即子代育种值普遍较高,而差组中这部分子代多表现较差。综上,在杂交育种工作中更应注重遗传距离较大的亲本组合的筛选,尤其要选择育种值较高的个体作母本。

关键词：马尾松种子园子代生长稳定性父本分析相关分析

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基于SSR标记的银杏群体遗传分析

基于SSR标记的银杏群体遗传分析

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江苏省遗传学会第九次会员代表大会暨学术研讨会

作者：周琦徐立安南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

银杏(Ginkgo biloba L.)集果用、叶用、材用等用途于一身,素有"活化石"之美誉。本研究以贵州、浙江两省6个银杏古树分布点和江苏2个栽培点的共229个个体为材料,从自主开发的SSR标记中筛选出116对多态性引物,并从中选取22对进... 详细信息

银杏(Ginkgo biloba L.)集果用、叶用、材用等用途于一身,素有"活化石"之美誉。本研究以贵州、浙江两省6个银杏古树分布点和江苏2个栽培点的共229个个体为材料,从自主开发的SSR标记中筛选出116对多态性引物,并从中选取22对进行群体扩增。结果表明:22对引物共检测到183个等位基因,每对引物扩增等位基因数4～21个不等,平均为8.318,平均有效等位基因Ne为5.867。Nei多样性指数(h)与Shannon指数(I)在不同位点间同样存在差异,均值分别为0.793、1.786,表现出较高的遗传多样性水平。而不同群体间的多样性水平各不相同,从高到低依次为浙江天目山(TM)、贵州盘县(PX)、贵州务川(WC)、江苏南京(NJ)、江苏邳州(PZ)、贵州麻江(MJ)、贵州凤岗(FG)、贵州都匀(DY)。群体间遗传分化系数Fst=0.091,显示银杏群体的遗传变异90.9%存在于群体内,且银杏群体间的遗传分化与地理空间距离并无显著相关性。进一步对不同位点等位基因尤其是稀有等位基因分布特点研究表明,浙江天目山群体存在12个稀有等位基因,且4个为其特有等位基因,浙江和贵州两地群体在遗传上差异很大,可能具有不同的起源;贵州5个群体中,务川群体含有较多的稀有等位基因,为5个,这些群体间已存在分化;南京和邳州群体与贵州和浙江两地的银杏均有密切的遗传相关性;而南京群体中揭示的1个特有等位基因则表明可能存在不同的亲本来源。此外,各群体均呈现极显著的Hardy-Weinberg不平衡和多等位连锁不平衡(P<0.001),人为干扰、雌雄比例严重失调及小群体等可能是造成偏离平衡的主要原因。各项研究指标都表明浙江天目山与贵州务川可能扮演着我国东西部第四纪冰期银杏避难所的角色,而贵州盘县银杏则可能来源于某一古老银杏群体,3地均应作为银杏的重点保护地区,可为良种选育提供丰富的变异材料。

关键词：银杏微卫星遗传结构避难所

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基于SSR标记的银杏群体遗传分析

基于SSR标记的银杏群体遗传分析

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江苏省遗传学会2015年学术研讨会

作者：周琦徐立安南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京 210037

银杏(Ginkgo biloba L.)集果用、叶用、材用等用途于一身,素有“活化石”之美誉.本研究以贵州、浙江两省6 个银杏古树分布点和江苏2 个栽培点的共229 个个体为材料,从自主开发的SSR 标记中筛选出116 对多态性引物,并从中选取22 对进行... 详细信息

银杏(Ginkgo biloba L.)集果用、叶用、材用等用途于一身,素有“活化石”之美誉.本研究以贵州、浙江两省6 个银杏古树分布点和江苏2 个栽培点的共229 个个体为材料,从自主开发的SSR 标记中筛选出116 对多态性引物,并从中选取22 对进行群体扩增.结果表明：22 对引物共检测到183 个等位基因,每对引物扩增等位基因数4～21 个不等,平均为8.318,平均有效等位基因Ne 为5.867.

关键词：银杏微卫星遗传结构避难所

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利用SSR分析浙江红山茶群体遗传结构及其保护策略

利用SSR分析浙江红山茶群体遗传结构及其保护策略

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中国林学会珍贵树种分会成立大会暨首届中国珍贵树种学术研讨会

作者：温强刘丽婷叶金山徐立安徐林初江西省林业科学院省植物生物技术重点实验室南昌330032 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

利用16个SSR标记检测12个浙江红山茶天然群体的遗传结构.结果显示,现有浙江红山茶的遗传多样性呈现较低水平(h=0.607),其分布特点是,中部处于怀玉山系及武夷山系群体(如江西大茅山、三清山、浙江古田山群体)多样性水平较高,为浙江红山... 详细信息

利用16个SSR标记检测12个浙江红山茶天然群体的遗传结构.结果显示,现有浙江红山茶的遗传多样性呈现较低水平(h=0.607),其分布特点是,中部处于怀玉山系及武夷山系群体(如江西大茅山、三清山、浙江古田山群体)多样性水平较高,为浙江红山茶多样性分布中心,向西处于衡山系的群体(湖南衡山)多样性最低,而东部泰顺及沿海的霞浦等群体的多样性相对处于中等水平;浙江红山茶各群体存在明显的遗传结构,且具高水平的遗传分化,群体间变异占总变异约25％ (FST=0.245,GST=0.255),其重要原因在于：群体规模较小,部分群体(湖南衡山、江西婺源灵山群体)已经历瓶颈效应,群体内存在近交,群体间基因流较小(Nm=0.731)等.开展浙江红山茶的资源保护与利用迫在眉睫,对多样性较高的群体如江西大茅山、三清山及浙江古田山等群体重点就地保护,可通过建立保护区等方式杜绝砍伐及破坏现象;而对遗传多样性较低的群体,如衡山、福安群体的物种恢复,建议通过引种回归方法;此外,对于多样性较低的分布区域,如江西中西部至湖南等地区,建议通过引种方式丰富资源.

关键词：浙江红山茶 SSR 群体遗传结构保护策略

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氮源和无机盐对2株凝结芽孢杆菌L-乳酸发酵影响的研究

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生物学杂志 2015年第6期32卷 55-59页

作者：郑兆娟林茜臧颖陈菲菲欧阳嘉南京林业大学化学工程学院南京210037 江苏省生物质绿色燃料与化学品重点实验室南京210037 省部共建林木遗传与生物技术重点实验室南京210037

以2株优良的L-乳酸生产菌株凝结芽孢杆菌XZL4和凝结芽孢杆菌NL01为研究对象,从降低培养基原料成本的角度出发,考察了5种有机氮源、2种无机氮源以及4种无机盐对凝结芽孢杆菌发酵过程的影响。实验结果表明,酵母粉是最优氮源,但不同菌株对... 详细信息

以2株优良的L-乳酸生产菌株凝结芽孢杆菌XZL4和凝结芽孢杆菌NL01为研究对象,从降低培养基原料成本的角度出发,考察了5种有机氮源、2种无机氮源以及4种无机盐对凝结芽孢杆菌发酵过程的影响。实验结果表明,酵母粉是最优氮源,但不同菌株对酵母粉的依赖程度不一;磷酸二氢钾可以有效促进L-乳酸的生产,适量磷酸二氢钾的添加甚至可以取代部分酵母粉的作用,极大地降低了培养基成本。

关键词：凝结芽孢杆菌有机氮源无机氮源无机盐 L-乳酸

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杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发

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南京林业大学学报(自然科学版) 2014年第1期38卷 9-14页

作者：徐阳陈金慧李亚洪舟王颖赵亚琦王新民施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA搜索SSR位点,分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出... 详细信息

利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA搜索SSR位点,分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出现1 037.24个SSR。在两个独立来源的数据库序列中,六核苷酸重复均为最多的重复类型,且AT-rich的重复类型占较大比例。AGC/CTG是杉木EST序列和基因组库中最多的三碱基重复,通过Primer 3.0分别设计出SSR引物95对和37对。为考察设计引物在杉木不同种源(群体)中的有效性,取12个种源(个体)的优良个体,利用随机抽取的10个EST-SSR和8个gSSR(基因组SSR)进行引物筛选,结果表明:EST-SSR和gSSR各有4对引物在12个种源(个体)中表现出明显的多态性,多态率分别为40%和50%。8对多态性的SSR引物共扩增出25个多态性等位位点,平均每个引物产生3.125个多态性等位位点,平均有效的等位位点为2.399 5,PIC平均值为0.519 1;Hot平均为0.307 4。其中gSSR标记在检测群体间存在较大的分化,4个gSSR比4个EST-SSR扩增出更多的等位位点数、平均等位位点数,以及更大的PIC值。

关键词：杉木基因组SSR EST-SSR

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松属编码区微卫星特征和相应基因功能分析（英文）

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南京林业大学学报(自然科学版) 2014年第2期38卷 47-51页

作者：孔凡明王小龙陈赢男李淑娴徐进尹佟明南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

从GenBank下载453 892条松属EST序列,序列组装后得到20 886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2 678个微卫星,其中3碱基重复微卫星占的比例最高,为59.2%,而其他重复长度的微卫星都相对较低,比例分别为:2碱基重复微卫星占12.0... 详细信息

从GenBank下载453 892条松属EST序列,序列组装后得到20 886条contig。用Sputnik软件从这些contig中查找了2 678个微卫星,其中3碱基重复微卫星占的比例最高,为59.2%,而其他重复长度的微卫星都相对较低,比例分别为:2碱基重复微卫星占12.0%,4碱基重复微卫星占13.3%,5碱基重复微卫星占15.5%。3碱基重复微卫星变化引起的基因读码框改变最小,松属树种基因区3碱基重复微卫星的富集显示了强烈的密码子选择效应。此次研究还对查找到的微卫星进行了引物设计和扩增分析。实验结果显示,设计的微卫星引物在云南松中的扩增成功率是72.9%。从扩增成功的引物中进一步选取了155对引物,对14个松属树种和1个黄杉属树种进行了引物通用性实验分析,结果显示155对引物在14个松属树种间的通用性在71.0%以上,而在黄杉属树种中的通用性只有25.2%。对松属树种中含有微卫星的基因进行了功能分类研究,结果显示基因在是否保留微卫星序列方面有显著分化,微卫星参与了如细胞成分分类的共质体组成、病毒颗粒及病毒颗粒组成、生物节律调控,以及生长素转运蛋白等生物学过程。

关键词：表达序列标签序列组装微卫星松属

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杉木第2代种子园双列杂交子代遗传变异及选择

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亚热带农业研究 2015年第2期11卷 73-79页

作者：陈孝丑郑仁华施季森福建省林业科技试验中心福建南靖363600 福建省林业科学研究院国家林业局南方山地用材林培育重点实验室福建福州350012 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

利用杉木第2代种子园10个速生优良无性系作为杂交亲本,开展双列杂交及子代测定,研究不同林龄家系生长性状和材性遗传变异规律,并开展优良家系及单株选择。结果表明,不同林龄家系间均存在较大的遗传变异,树高、胸径和单株材积等生长性状... 详细信息

利用杉木第2代种子园10个速生优良无性系作为杂交亲本,开展双列杂交及子代测定,研究不同林龄家系生长性状和材性遗传变异规律,并开展优良家系及单株选择。结果表明,不同林龄家系间均存在较大的遗传变异,树高、胸径和单株材积等生长性状均达极显著差异水平。14年生木材的红心率、偏心率、树皮率和基本密度等材质指标的变异系数均较大,家系间存在较大的遗传变异,木材材质也随着林龄增大不断提高。选出单株材积遗传增益最大的5个速生优良家系,与对照相比,单株材积平均遗传增益为6.08%;选出木材基本密度遗传增益最大的5个材性优良家系,与对照相比,木材基本密度平均遗传增益为3.85%。速生和材质两类优良家系可作为杉木高世代种子园建园材料进行推广利用。在优良家系选择的基础上还选出12个优良个体,与对照相比,单株材积遗传增益达38.24%,增产效果明显,不仅是高世代育种的理想材料,而且可以通过无性繁殖加以利用。

关键词：杉木杂交生长性状材性遗传变异选择

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利用高通量测序技术分析核桃基因组微卫星特征

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东北林业大学学报 2014年第2期42卷 65-68,82页

作者：廖卓毅马秋月戴晓港张得芳李淑娴林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室(南京林业大学) 南京210037

利用454高通量测序技术对核桃(Juglans regia)基因组进行了部分测序,并利用测得的序列进行核桃基因组微卫星特征分析。结果表明:研究共测得了104.5 Mb的核桃基因组序列,经序列组装得到了9 787个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重... 详细信息

利用454高通量测序技术对核桃(Juglans regia)基因组进行了部分测序,并利用测得的序列进行核桃基因组微卫星特征分析。结果表明:研究共测得了104.5 Mb的核桃基因组序列,经序列组装得到了9 787个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最多,共5 883个,占重复序列总数的60.11%;其次是单碱基重复类型(1 289个)和四碱基重复类型(889个),分别占重复序列总数的13.17%和9.07%;另外二碱基重复768个,三碱基重复549个,五碱基409个,分别占重复序列总数的7.85%、5.61%和4.18%。在单碱基重复类型中,重复单元最多的为A/T;二碱基重复中,AT/TA和AG/CT为主要优势重复类型;三碱基、四碱基和六碱基重复类型中,AAN、AAAN和AAAAAN是主要的优势重复类型;五碱基重复类型中,AGATG和AAAAT是主要的优势重复类型。在核桃微卫星序列中,A/T碱基含量丰富,而C/G碱基含量相对较少。试验还对核桃基因组微卫星的长度及各碱基重复类型的长度分化进行了研究,结果发现核桃基因组微卫星以第二类(长度<20 bp)为主,且长碱基重复类型较短碱基重复类型长度分化程度低,稳定性高。

关键词：核桃微卫星碱基重复类型长度分化

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蔷薇科6个属植物EST-SSR特征分析

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植物研究 2014年第6期34卷 810-815页

作者：张得芳李淑娴夏涛南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 南京林业大学森林资源与环境学院南京210037

EST-SSR是基于功能基因组开发的分子标记,由于其在基因组中广泛均匀分布,具有较好的种属通用性及与表型性状相关联等优点而得到广泛应用。本研究通过下载公共数据库中蔷薇科蔷薇属,苹果属,梨属,李属,草莓属和悬钩子属的EST序列,运用生... 详细信息

EST-SSR是基于功能基因组开发的分子标记,由于其在基因组中广泛均匀分布,具有较好的种属通用性及与表型性状相关联等优点而得到广泛应用。本研究通过下载公共数据库中蔷薇科蔷薇属,苹果属,梨属,李属,草莓属和悬钩子属的EST序列,运用生物信息学的方法,调查6个属中SSR的分布规律及特点。结果表明6个属间SSR分布频率差别较大,从悬钩子属的10.94%到梨属的43.49%。二碱基和三碱基重复类型在6个属中占据优势,其中二碱基重复类型主要为AG/CT、GA/TC及AT/TA,而三碱基重复类型在6个属中差异较大,优势类型为AGA/TCT、GAA/TTC和AAG/CTT及CAC/GTG和ACA/TGT等,显示出较好的属间特异性。该结果对于研究蔷薇科植物的分子系统发育与进化,种质资源鉴定,遗传多样性以及遗传作图提供了研究平台。

关键词：蔷薇科 SSR EST

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