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第三届中国林业学术大会

作者：温强徐立安徐林初江香梅黄敏仁江西省林业科学院省植物生物技术重点实验室南昌330032 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

利用16个SSR标记检测12个浙江红山茶天然群体的遗传结构.结果显示,现有浙江红山茶的遗传多样性呈现较低水平(h=0.607),其分布特点是,中部处于怀玉山系及武夷山系群体(如江西大茅山、三清山、浙江古田山群体)多样性水平较高,为浙江红山... 详细信息

利用16个SSR标记检测12个浙江红山茶天然群体的遗传结构.结果显示,现有浙江红山茶的遗传多样性呈现较低水平(h=0.607),其分布特点是,中部处于怀玉山系及武夷山系群体(如江西大茅山、三清山、浙江古田山群体)多样性水平较高,为浙江红山茶多样性分布中心,向西处于衡山系的群体(湖南衡山)多样性最低,而东部泰顺及沿海的霞浦等群体的多样性相对处于中等水平;浙江红山茶各群体存在明显的遗传结构,且具高水平的遗传分化,群体间变异占总变异约25％(FST=0.245,GST=0.255),其重要原因在于:群体规模较小,部分群体(湖南衡山、江西婺源灵山群体)已经历瓶颈效应,群体内存在近交,群体间基因流较小(Nm=0.731)等.各群体均显著的偏离Hardy-Weinberg 平衡,究其主要原因在于人为77干扰活动等因素.据浙江红山茶的群体遗传多样性大小及群体间的分化现状,采取合理的保护策略开展浙江红山茶遗传资源的保护已迫在眉睫.对多样性较高的群体如江西大茅山、三清山及浙江古田山等群体重点就地保护,可通过建立保护区等方式杜绝砍伐及破坏现象;而对遗传多样性较低的群体,如衡山、福安群体的物种恢复,建议通过引种回归方法;此外,对于多样性较低的分布区域,如江西中西部至湖南等地区,建议通过引种方式丰富资源.

关键词：红山茶天然群体遗传结构保护策略简单序列重复分子标记

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蔷薇科六个属植物EST-SSR特征分析

蔷薇科六个属植物EST-SSR特征分析

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第三届中国林业学术大会

作者：张得芳李淑娴夏涛南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南210037 南京林业大学森林资源与环境学院江苏南京210037

EST-SSR 是基于功能基因组开发的分子标记,由于其在基因组中广泛均匀分布,较好的种属通用性及与表型性状相关联等优点而得到广泛应用.本研究通过下载数据库中蔷薇科蔷薇属,苹果属,梨属,李属,草莓属和悬钩子属的EST 序列,运用生物信息学... 详细信息

EST-SSR 是基于功能基因组开发的分子标记,由于其在基因组中广泛均匀分布,较好的种属通用性及与表型性状相关联等优点而得到广泛应用.本研究通过下载数据库中蔷薇科蔷薇属,苹果属,梨属,李属,草莓属和悬钩子属的EST 序列,运用生物信息学的方法,调查六个属中SSR 的分布规律及特点.结果表明蔷薇科六个属间SSR 分布频率差别较大,从悬钩子属的10.94％到梨属的43.49％.二碱基和三碱基重复类型在六个属中占据优势,其中二碱基重复类型主要为AG/CT、GA/TC 及AT/TA,而三碱基重复类型在六个属中差异较大,优势类型主要为AGA/TCT、GAA/TTC 和AAG/CTT 及CAC/GTG 和ACA/TGT等类型,显示出属间特异性.该结果对于研究蔷薇科植物的分子系统发育与进化,种质资源鉴定,遗传多样性以及遗传作图提供了研究平台.

关键词：蔷薇科 SSR EST

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马尾松CAD基因的克隆及序列分析

马尾松CAD基因的克隆及序列分析

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中国林学会林木遗传育种分会第七届全国林木遗传育种学术大会

作者：张逢凯潘婷盛璐季孔庶江苏省南京市南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室 210037

肉桂醇脱氢酶(cinnamyl alcohol dehydrogenase,CAD)是木质素合成过程中关键酶之一.本文利用CODEHOP设计简并引物,采用RT-PCR和RACE技术,从马尾松中克隆得到CAD基因的cDNA全长(GenBank登入号:KF419291).此cDNA全长1450bp,包括1074bp完整的ORF,编码357个氨基酸的蛋白,相对分子质量与等电点分别为38945.1u和5.8.利用ClustalX、DNAMAN、ANTHEPROT等软件分析其序列和编码的氨基酸序列.采用RT-PCR方法对CAD基因进行组织特异性表达分析,结果显示,CAD基因在马尾松茎中表达量最高,在叶、根和芽中亦有低水平表达.

关键词：马尾松肉桂醇脱氢酶基因克隆序列分析

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蔷薇科六个属植物EST-SSR特征分析

蔷薇科六个属植物EST-SSR特征分析

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中国林学会树木学分会第十六届学术年会

作者：张得芳李淑娴夏涛南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037 南京林业大学森林资源与环境学院江苏南京210037

EST-SSR是基于功能基因组开发的分子标记,由于其在基因组中广泛均匀分布,较好的种属通用性及与表型性状相关联等优点而得到广泛应用.本研究通过下载数据库中蔷薇科蔷薇属,苹果属,梨属,李属,草莓属和悬钩子属的EST序列,运用生物信息学的... 详细信息

EST-SSR是基于功能基因组开发的分子标记,由于其在基因组中广泛均匀分布,较好的种属通用性及与表型性状相关联等优点而得到广泛应用.本研究通过下载数据库中蔷薇科蔷薇属,苹果属,梨属,李属,草莓属和悬钩子属的EST序列,运用生物信息学的方法,调查六个属中SSR的分布规律及特点.结果表明蔷薇科六个属间SSR分布频率差别较大,从悬钩子属的10.94％到梨属的43.49％.二碱基和三碱基重复类型在六个属中占据优势,其中二碱基重复类型主要为AG/CT、GA/TC及AT/TA,而三碱基重复类型在六个属中差异较大,优势类型主要为AGA/TCT、GAA/TTC和AAG/CTT及CAC/GTG和ACA/TGT等类型,显示出属间特异性.该结果对于研究蔷薇科植物的分子系统发育与进化,种质资源鉴定,遗传多样性以及遗传作图提供了研究平台.

关键词：蔷薇科 SSR EST

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我国林木良种发展战略

我国林木良种发展战略

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中国林学会林木遗传育种分会第七届全国林木遗传育种学术大会

作者：刘红施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037 国家林业局国有林场和林木种苗工作总站北京100714 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

根据我国林木良种发展现状,分析了我国林木良种发展的优势和机遇、劣势和风险;对我国林木良种事业发展的指导思想和目标，林木良种选育、生产、推广使用体系，以及加快我国林木良种化进程的方法和途径等方面的重要问题提出了政策性的建议。

关键词：林木育种遗传改良品种选育

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一个油茶FAD2基因家族新成员的克隆及分析

一个油茶FAD2基因家族新成员的克隆及分析

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中国林学会林木遗传育种分会第七届全国林木遗传育种学术大会

作者：王仲伟潘艳黄瑞芳徐立安南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037 江苏省林业科学研究院江苏南京211153

根据油茶转录组454测序获得不饱和脂肪酸合成相关的FAD2基因片段,以油茶叶片的cDNA为模板,通过RACE技术克隆得到了FAD2基因全长序列,命名为Co-FAD2-2.生物信息学分析显示该基因具有4个跨膜区、含3个位置保守的组氨酸簇、位于内质网上等... 详细信息

根据油茶转录组454测序获得不饱和脂肪酸合成相关的FAD2基因片段,以油茶叶片的cDNA为模板,通过RACE技术克隆得到了FAD2基因全长序列,命名为Co-FAD2-2.生物信息学分析显示该基因具有4个跨膜区、含3个位置保守的组氨酸簇、位于内质网上等典型FAD2基因特征,系统发生分析表明该基因与多数油料植物FAD2基因亲缘关系较近,尤其与油橄榄的FAD2-2基因亲缘关系最近,而与油茶的FAD2-1基因差异较大.对Co-FAD2-2在油茶种子发育过程中的表达分析发现,Co-FAD2-2在第1阶段表达最高,在随后的发育阶段表达水平都很低.

关键词：油茶脂酰-脂去饱和酶基因克隆序列分析亲缘关系

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杨树CRY基因家族的克隆及其在休眠过程的表达谱分析

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盐城工学院学报（自然科学版） 2013年第4期26卷 5-10页

作者：姚骅珊诸葛强健雄职业技术学院联合研究院江苏太仓215411 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037

季节性休眠是多年生木本植物在生态和进化上的一种权衡机制,也是植物界多样性生存策略的组成部分,其机理研究已经在多个物种中开展,涉及生理学、细胞学和分子生物学等众多领域。以毛果杨为材料克隆获得3个CRY基因全长,荧光实时定量PCR显... 详细信息

季节性休眠是多年生木本植物在生态和进化上的一种权衡机制,也是植物界多样性生存策略的组成部分,其机理研究已经在多个物种中开展,涉及生理学、细胞学和分子生物学等众多领域。以毛果杨为材料克隆获得3个CRY基因全长,荧光实时定量PCR显示,CRY II、CRY V和CRY 273在休眠诱导、维持和解除的16个不同阶段具有较为相似的表达谱,呈现出先上升再下降的表达曲线,揭示CRY基因家族在植物休眠过程中很可能行使着重要的生物学功能,同时推测家族成员之间可能存在部分功能冗余现象。

关键词：季节性休眠隐花色素短日照

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杉木次生木质部MYB基因的克隆与分析

杉木次生木质部MYB基因的克隆与分析

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第三届中国林业学术大会

作者：吕运舟陈金慧施季森董筱昀黄利斌南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037 江苏省林业科学研究院南京211153

林木植物木质部发育过程的调控是一个涉及多种转录因子的复杂调控网络,其中MYB基因被认为与次生壁加厚过程的调控有直接关系.本实验以 '6421'无性系杉木为研究材料,在已有杉木木质部组织转录组数据基础上,通过RT-PCR方法克隆了1... 详细信息

林木植物木质部发育过程的调控是一个涉及多种转录因子的复杂调控网络,其中MYB基因被认为与次生壁加厚过程的调控有直接关系.本实验以 '6421'无性系杉木为研究材料,在已有杉木木质部组织转录组数据基础上,通过RT-PCR方法克隆了15个杉木MYB基因,其中14个为典型的R2R3-MYB基因.经生物信息学方法比对分析并命名,推测ClMYB1,ClMYB4,ClMYB5,ClMYB10,ClMYB11和ClMYB12可能与杉木木质部细胞次生壁合成或木质素合成过程的调控有关.此外,荧光实时定量PCR分析发现,ClMYB1和ClMYB4在杉木次生木质部中的相对表达量最高,ClMYB7、ClMYB8和ClMYB11次之,表达量最低的是ClMYB3和ClMYB12基因.因此,初步认为ClMYB1、ClMYB4、ClMYB8和ClMYB11可能与木质部次生壁合成的调控相关,可以作为杉木木质素等次生壁化学成分生物合成调控的候选转录因子继续研究.

关键词：无性系杉木木质部组织次生壁转录因子 MYB基因基因克隆生物合成

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木本植物全基因组测序研究进展

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遗传 2012年第2期34卷 145-156页

作者：施季森王占军陈金慧南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

近年来,植物全基因组测序的结果正如雨后春笋般涌现,木本植物全基因组测序也在紧锣密鼓地展开。但由于木本植物通常基因组较大,基因组结构较为复杂,在测序、测序后的组装、注释、功能分析等均存在较大的困难。在基因组测序分析的经费预... 详细信息

近年来,植物全基因组测序的结果正如雨后春笋般涌现,木本植物全基因组测序也在紧锣密鼓地展开。但由于木本植物通常基因组较大,基因组结构较为复杂,在测序、测序后的组装、注释、功能分析等均存在较大的困难。在基因组测序分析的经费预算方面也存在着较大的压力。因此,有必要对这方面的研究进展及其存在问题进行分析比较,以提高林木全基因组研究方面的效率。文章在比较分析已经发展起来的3代基因测序技术(Sanger测序法、合成测序法和单分子测序法)的基础上,选择4种已经公布的木本植物(杨树、葡萄、番木瓜、苹果),从全基因组测序的研究背景、测序结果及应用的研究进展和存在问题等方面进行了述评,对未来要开展的木本植物全基因组测序前的准备工作(材料选择、遗传图谱和连锁图谱的构建、测序技术的选择),全基因组测序结果的生物信息学分析和应用进行了讨论。

关键词：木本植物测序技术全基因组

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不同浓度外源IAA处理对杉木茎部基因表达的影响

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遗传 2012年第4期34卷 472-484页

作者：杨立伟施季森南京林业大学森林资源与环境学院林木遗传与生物技术省部共建-教育部重点实验室南京210037

为了揭示吲哚-3-乙酸(Indole-3-acetic acid,IAA)参与杉木木材发育调控的遗传机制,文章分别以0、***/***处理不同阶段的杉木截顶茎秆作为驱动方(Driver)和测试方(Tester),利用抑制消减杂交技术(Suppression substractive hybridization,SSH),对其中差异表达的目的基因进行了分离和克隆。共获得332个Unigenes,其潜在的功能分别涉及到细胞组织和生物合成、发育进程调控、电子传递、逆境应答以及信号传导等方面;进一步地表达鉴定发现ClHIRA、ClPGY1和ClARF4等集中于茎部近轴区域表达的基因,能够积极地响应外源IAA刺激的维管形成层分裂和管胞分化活动;而ClSMP1、ClTCTP1和ClTRN2等集中于茎部远轴区域表达的基因,则在转录水平上对外源IAA的处理水平及近轴次生维管的发育变化表现出负相关的关系。这一结果表明特异性定位的发育基因对木材形成组织中内源IAA水平变化的差异性识别和响应很可能是生长素参与林木维管形成层次生发育调节的重要分子机制。

关键词：外源IAA 杉木茎部差异表达基因的克隆表达分析

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