检索结果-内蒙古大学图书馆

南京林业大学学报(自然科学版) 2021年第3期45卷 79-86页

作者：葛宝柱徐强陈赢男南京林业大学南方现代林业协同创新中心林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

【目的】山新杨(Populus davidiana×***)是林木基因工程育种基础和应用研究的良好材料;以山新杨蔗糖合酶基因(PdbSUS)为例研究聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)过程介导的重组现象,在此基础上区分每一个PdbSUS基因... 详细信息

【目的】山新杨(Populus davidiana×***)是林木基因工程育种基础和应用研究的良好材料;以山新杨蔗糖合酶基因(PdbSUS)为例研究聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)过程介导的重组现象,在此基础上区分每一个PdbSUS基因的两种单倍型,为后续研究提供准确的序列信息,并为判断木本植物基因真实的单倍型遗传信息提供参考。【方法】分别采集番茄(Lycopersicon esculentum)和山新杨新鲜嫩叶,以番茄基因组为内参,利用流式细胞仪测定山新杨基因组大小及其倍性水平。参考毛果杨(***)蔗糖合酶序列设计引物,分别以山新杨基因组DNA和cDNA为模板进行同源克隆,将PCR扩增产物回收纯化,连接测序载体并转化大肠杆菌感受态细胞,挑取阳性克隆进行菌液PCR验证,将整合有外源片段的转化子进行一代测序。利用SnapGene及DNAMAN软件对测序结果进行分析比对。【结果】山新杨为二倍体植物,获得了7个PdbSUS基因的全长序列,并分别在基因组和转录水平鉴定出每个基因的两种单倍型序列。同时,检测到PCR介导的重组现象并通过限制性酶切多态性(RFLP)进行了验证。在测序的209个克隆中,发现有18个含有嵌合产物,占比8.6%,不同基因产生嵌合产物的概率为0～33.3%。检测到的嵌合产物均来自同一个位点的不同等位基因之间发生重组,未发现不同蔗糖合酶基因之间发生重组的现象。【结论】PCR介导的重组是PCR反应过程中能够衍生重组分子的一种高频事件,该现象可能是由于引物延伸不完全或聚合酶模板转换导致。在利用PCR技术克隆木本植物或其他基因组杂合度较高物种的基因时,需识别产物中重组分子才能够准确区分单倍型的遗传信息。

关键词：山新杨蔗糖合酶基因 PCR介导重组模板转换嵌合产物重组分子

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Type-A细胞分裂素响应调节因子基因家族研究进展

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园艺学报 2023年第9期50卷 1867-1888页

作者：陆静韦素云尹佟明陈赢男南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京林业大学林学院南方现代林业协同创新中心南京210037

Type-A response regulators(RR)是细胞分裂素信号转导的末端组分,仅具有REC接收域,不仅影响植物生长发育,还响应非生物胁迫。本文中详细梳理了近年来草本和木本植物type-A RR鉴定、进化关系、表达模式、功能特征等研究进展,总结了潜在... 详细信息

Type-A response regulators(RR)是细胞分裂素信号转导的末端组分,仅具有REC接收域,不仅影响植物生长发育,还响应非生物胁迫。本文中详细梳理了近年来草本和木本植物type-A RR鉴定、进化关系、表达模式、功能特征等研究进展,总结了潜在的调控网络,以期为深入理解type-A RR负调节细胞分裂素信号的机制提供参考。

关键词：细胞分裂素 A型响应调节因子表达模式基因功能调控网络

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三种常用亲本分析软件效率的比较——以鹅掌楸属树种控制授粉子代亲本分析为例

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分子植物育种 2013年第2期11卷 241-248页

作者：李博潘文婷李康琴李火根南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

在亲本分析中,常用基于最大似然法的软件(如CERVUS,COLONY和PAPA)进行亲本推定,但不同软件各有其特点,其分析结果与亲本推定效率有时相差较大。为比较三种常用亲本分析软件(CERVUS3.0,COLONY2.0和PAPA2.0)的效率及特点,本文以包含278个... 详细信息

在亲本分析中,常用基于最大似然法的软件(如CERVUS,COLONY和PAPA)进行亲本推定,但不同软件各有其特点,其分析结果与亲本推定效率有时相差较大。为比较三种常用亲本分析软件(CERVUS3.0,COLONY2.0和PAPA2.0)的效率及特点,本文以包含278个鹅掌楸潜在亲本及90个鹅掌楸已知亲本的子代群体为材料,利用13对EST-SSR位点信息,分析子代亲本并与其真实亲本进行对照,进而评价三种亲本分析软件的效率,期望为林木亲本分析软件选择提供参考。研究结果表明,13个SSR位点在实验群体中检测出的等位基因数(A)、观测杂合度(Ho)及Shannon多样性指数(I)平均值分别为5.23,0.4766和1.4636,表明该批引物多态性高,适合用于亲本分析。就亲本分析效率而言,总体上看,谱系清楚的子代远高于谱系不清的子代,单亲分析远高于双亲分析。三种软件的分析效率及特点各有差别。对于谱系不清的林下更新子代苗木,双亲分析时,三种软件的分析效率差别不大。但单亲分析时,CERVUS与COLONY软件分析效率较高,其亲本推定的准确率分别为78.87%和69.90%,高于PAPA软件的分析效率。而对于谱系清楚的控制授粉子代,双亲分析时,采用PAPA软件对异交子代亲本推定准确率为34.72%,高于CERVUS及COLONY软件;而CERVUS与COLONY软件则适合于自交子代的亲本分析,其亲本推定的准确率分别可达83.33%及81.2%,远高于PAPA软件。

关键词：亲本分析 CERVUS COLONY PAPA 效率鹅掌楸属

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马尾松分布格局对未来气候变化的响应

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南京林业大学学报(自然科学版) 2022年第2期46卷 196-204页

作者：吴帆朱沛煌季孔庶南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南方现代林业协同创新中心

【目的】分析并预测未来气候变化对马尾松适宜分布范围，探讨影响马尾松潜在地理分布的主要气候因子，为马尾松潜在分布区种质资源管理和保护提供参考与指导。【方法】以中国数字植物标本馆记录的马尾松分布数据为基础，利用MaxEnt模型... 详细信息

【目的】分析并预测未来气候变化对马尾松适宜分布范围，探讨影响马尾松潜在地理分布的主要气候因子，为马尾松潜在分布区种质资源管理和保护提供参考与指导。【方法】以中国数字植物标本馆记录的马尾松分布数据为基础，利用MaxEnt模型及地理信息系统ArcGIS 10.3软件探讨马尾松当前地理分布特征及其潜在分布区，并针对代表性浓度路径(RCP) 2.6及RCP 8.5两种气候情景下未来(2050年和2070年)马尾松适宜分布范围及主要气候因子进行分析。【结果】当前马尾松高适生区覆盖的地区主要分布于秦岭—淮河线以南。浙江、福建、江西、湖北西南部、湖南、重庆、四川东南部、贵州北部、广西中部、广东北部等地区为马尾松主要分布区，海南、云南及台湾等地为零星分布区。在未来气候情景下，马尾松适生区向我国北部地区迁移，包括河南西部、山东半岛、辽东半岛、河北东部、山西南部等地区，而在云南南部零星地区不会再有马尾松自然分布。在未来两种气候情景4个条件中，相同RCP情景下，不同年限各适生区之间的差异并不明显，变化趋势大致相同；但相同年限的不同RCP情景对应的各适生区面积变化存在明显区别，RCP 8.5的影响要高于RCP 2.6。影响马尾松地理分布的主导生物气候变量为年均降水量、最干月降水量及平均气温日较差，且降水较温度的影响更大。【结论】未来气候变化将导致马尾松分布范围进一步扩大，新增分布区主要集中于当前分布区北部。应以当前马尾松适生环境为基础，针对当地气候类型、土壤条件等环境因素合理建立保护区，以便马尾松能够顺利适应新环境。

关键词：马尾松气候变化 MaxEnt模型代表性浓度路径潜在地理分布主导生物气候因子

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植物磷酸化蛋白质组研究进展

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基因组学与应用生物学 2014年第6期33卷 1405-1414页

作者：甄艳李春映陆叶施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

蛋白质磷酸化是蛋白质翻译后修饰研究最深入的领域之一,蛋白质磷酸化也是信号转导的关键调控因子。磷酸化修饰可精细地协调激酶和磷酸化酶网络,进而调控细胞生长、增殖及胞内外生物刺激应急反应等。但是由于蛋白质磷酸化短暂性、高动态... 详细信息

蛋白质磷酸化是蛋白质翻译后修饰研究最深入的领域之一,蛋白质磷酸化也是信号转导的关键调控因子。磷酸化修饰可精细地协调激酶和磷酸化酶网络,进而调控细胞生长、增殖及胞内外生物刺激应急反应等。但是由于蛋白质磷酸化短暂性、高动态性及低丰度的特点,使得磷酸化蛋白质组研究具有挑战性。本文从基于2-DE的植物磷酸化蛋白质组、植物磷酸化肽富集、基于质谱植物磷酸化肽鉴定及位点分析、基于质谱植物磷酸化肽定量分析、植物磷酸化蛋白质数据库等方面综述植物磷酸化蛋白质组研究进展、策略、相应技术的优缺点及展望了未来发展的方向。

关键词：植物磷酸化磷酸化蛋白组磷酸肽质谱

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中国马尾松遗传改良研究历程与成就

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南京林业大学学报(自然科学版) 2022年第6期46卷 10-22页

作者：季孔庶徐立安王登宝倪州献王章荣南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南方现代林业协同创新中心

围绕中国马尾松遗传改良从20世纪50年代末的起步，70年代末80年代初开始的全面发展，到21世纪后现代生物技术的快速融入提升，较全面回顾了60多年3代人坚持不懈的科研历程及取得的主要成就，并着重总结南京林业大学马尾松课题组牵头或... 详细信息

围绕中国马尾松遗传改良从20世纪50年代末的起步，70年代末80年代初开始的全面发展，到21世纪后现代生物技术的快速融入提升，较全面回顾了60多年3代人坚持不懈的科研历程及取得的主要成就，并着重总结南京林业大学马尾松课题组牵头或参与的优良种源筛选、优树选择、母树林与种子园营建、无性系选育、材性遗传改良、现代生物技术辅助育种等相关研究工作，及其创新与引领性作用、对社会的贡献和遗传改良经验。面对新的机遇与挑战，针对马尾松树种特点、现有研究基础及社会需求、结合生物学领域的发展趋势，进行了该树种的相关研究展望，认为未来该树种的遗传改良应围绕种质资源、多目标选育、家系与无性系林业需求、常规与现代生物技术融合等方面展开，同时需侧重抗松材线虫病、纸浆材、高产脂良种选育，将基础性和前沿性研究融入常规育种等领域，从而使该树种的遗传改良推向一个新高度。

关键词：马尾松遗传改良研究进展成就战略对策

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鹅掌楸DHHC型锌指蛋白家族基因的克隆及表达分析

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广西植物 2016年第9期36卷 1052-1060页

作者：徐嘉娟李火根南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

棕榈酰化修饰是一种最普遍且唯一可逆的翻译后脂质修饰方式,赋予蛋白质多样化的生理功能。DHHC(Asp-His-His-Cys)蛋白家族是一类与棕榈酰化修饰相关的蛋白,多数DHHC蛋白家族成员具有蛋白质酰基转移酶(protein S-acyltransferase,PAT)活... 详细信息

棕榈酰化修饰是一种最普遍且唯一可逆的翻译后脂质修饰方式,赋予蛋白质多样化的生理功能。DHHC(Asp-His-His-Cys)蛋白家族是一类与棕榈酰化修饰相关的蛋白,多数DHHC蛋白家族成员具有蛋白质酰基转移酶(protein S-acyltransferase,PAT)活性。该研究以鹅掌楸叶芽为材料,采用RT-PCR和RACE技术,克隆获得了3个鹅掌楸DHHC蛋白家族基因c DNA全长,命名为Lc PAT7、Lc PAT22、Lc PAT23。序列分析结果表明:Lc PAT7、Lc PAT22、Lc PAT23基因全长分别为1 933、2 592、2 217 bp,各包含1 332、1 839、1 662 bp的开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),编码433、612、533个氨基酸,预测蛋白分子量分别为40.04、67.3、60.57 k Da,理论等电点为9.15、9.03、7.29。3个基因编码的蛋白均有4个跨膜区,并且都在跨膜域(transmembrane domain,TM)TM2和TM3之间存在一个DHHC蛋白家族典型的DHHC-CRD结构域。同源性分析表明:鹅掌楸Lc PAT7、Lc PAT22、Lc PAT23编码的氨基酸序列与其他植物中预测的PAT具有较高的相似性。利用荧光定量PCR技术检测3个基因在鹅掌楸不同组织中的表达特性,发现3个基因在不同组织中均有表达,但表达量具有明显区别。同一家族基因表达模式的变化表明其功能非冗余。该研究结果将为鹅掌楸生长发育与形态建成,以及逆境响应信号传导等相关基因的调控研究提供了参考。

关键词：鹅掌楸棕榈酰化修饰蛋白质酰基转移酶 DHHC蛋白家族表达分析

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柳树痂囊腔菌的基因组测序和比较基因组分析

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南京林业大学学报(自然科学版) 2022年第3期46卷 143-150页

作者：程强赵丽娟南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南方现代林业协同创新中心

【目的】报道柳树痂囊腔菌(Elsino?murrayae)的全基因组序列,与甜橙痂囊腔菌杨树致病型的基因组进行比较分析,为阐述柳树痂囊腔菌的致病和适应性机制提供参考。【方法】采用Illumina HiSeq 2500测序仪对柳树痂囊腔菌的全基因组序列进行... 详细信息

【目的】报道柳树痂囊腔菌(Elsino?murrayae)的全基因组序列,与甜橙痂囊腔菌杨树致病型的基因组进行比较分析,为阐述柳树痂囊腔菌的致病和适应性机制提供参考。【方法】采用Illumina HiSeq 2500测序仪对柳树痂囊腔菌的全基因组序列进行测序,预测蛋白编码基因,筛选与致病相关的碳水化合物活性酶基因、小分泌蛋白基因和次生代谢产物基因簇。根据痂囊腔属真菌基因的直系同源关系,筛选柳树痂囊腔菌和甜橙痂囊腔菌杨树致病型之间共有特异性的基因和二者之间差异基因,并进行GO富集分析。鉴定柳树痂囊腔菌的交配类型位点,使用特异性引物进行PCR,检测分离株的交配类型。【结果】组装获得了1个20.7 Mb基因组,完整度99%;预测出8 256个蛋白编码基因,其中包括486个碳水化合物活性酶基因,193个小分泌蛋白基因和16个次生代谢产物基因簇(GenBank登录号:NKHZ00000000)。系统进化和共线性分析显示柳树痂囊腔菌和甜橙痂囊腔菌杨树致病型亲缘关系最近,两者之间具有12个在其他痂囊腔菌中没有的共有特异性基因。两个真菌的比较基因组分析,筛选出752和1 746个差异基因,主要参与碳水化合物代谢和毒素代谢的生物学过程。已有分离株的交配类型均为MAT1-2。【结论】获得柳树病原真菌-柳树痂囊腔菌的基因组,筛选出痂囊腔菌中负责寄主适应性的候选基因,分析了柳树痂囊腔菌交配系统,这可为柳树病害防治和柳树-病原真菌相互作用研究提供关键信息。

关键词：柳树痂囊腔菌柳树疮痂叶斑病基因组甜橙痂囊腔菌交配类型

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变风补料对里氏木霉产纤维素酶的影响

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林业工程学报 2018年第5期3卷 78-83页

作者：王步成吴杨林白合超蒋露勇强余世袁南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

为应对资源短缺及环境问题,生物质作为可再生生物资源越来越受到关注。纤维素酶催化纤维素水解为葡萄糖是生物转化的关键环节。为提高纤维素酶的生产能力,在分批补料产酶过程中改变各阶段通风量,控制发酵液溶氧量,促进菌丝体的生长及酶... 详细信息

为应对资源短缺及环境问题,生物质作为可再生生物资源越来越受到关注。纤维素酶催化纤维素水解为葡萄糖是生物转化的关键环节。为提高纤维素酶的生产能力,在分批补料产酶过程中改变各阶段通风量,控制发酵液溶氧量,促进菌丝体的生长及酶的合成。以微晶纤维素为碳源,里氏木霉(Trichoderma reesei)Rut C30为产酶菌株,分批补料生产纤维素酶,摇瓶滤纸酶活达到14.5 U/m L。在3 L的发酵罐中,恒定通风量,分批补料生产纤维素酶,酶活第10天达到13.7 U/m L。对纤维素酶生产各阶段的通风量进行调整和优化,当通风量第1天为20 L/(L·h)、第2~3天为30 L/(L·h)、第4天及以后为25 L/(L·h)时,发酵液溶氧水平得到明显改善,稳定在15%~30%,菌丝体浓度稳定,滤纸酶活达到18.3 U/m L,纤维素酶产率为93.5 U/(L·h),纤维素酶得率为481.6 U/g微晶纤维素。纤维素酶活提高了33.6%,周期缩短2 d。缩短补料周期至8 h,滤纸酶活达到18.5U/m L,提高35%。通过控制通风量,提高纤维素酶产率,降低纤维素酶的生产成本,促进工业化酶制备。

关键词：纤维素酶里氏木霉分批补料通风量发酵罐

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磷酸化蛋白质组定量研究策略

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分子植物育种 2014年第3期12卷 577-583页

作者：甄艳李春映施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室南京210037

蛋白质磷酸化修饰是调控多样种生物过程的一种重要的翻译后修饰,定量分析内部和外部因子作用下磷酸化蛋白质的分子调控机制对理解生物功能非常重要。早期磷酸化蛋白质组研究的重点是定性检测、鉴定磷酸化蛋白质及磷酸化位点的定位。近年... 详细信息

蛋白质磷酸化修饰是调控多样种生物过程的一种重要的翻译后修饰,定量分析内部和外部因子作用下磷酸化蛋白质的分子调控机制对理解生物功能非常重要。早期磷酸化蛋白质组研究的重点是定性检测、鉴定磷酸化蛋白质及磷酸化位点的定位。近年来,随着质谱技术的快速发展使得定量磷酸化蛋白质组研究有了很大的发展。利用磷酸化蛋白质组的定量分析监测蛋白质磷酸化的动态变化有助于阐明生物过程及其功能的实现机制。本文综述了磷酸化蛋白质组定量分析策略:基于2-DE的磷酸化蛋白质组定量策略,基于无胶的质谱磷酸化蛋白质组标记定量策略及无标记定量分析策略。磷酸化蛋白质组的定量分析将有助于更好的阐明生物的信号传导机制。

关键词：翻译后修饰磷酸化蛋白质组质谱双向电泳

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