检索结果-内蒙古大学图书馆

遗传 2015年第6期37卷 544-553页

作者：张焕萍尹佟明南京林业大学机电学院南京210037 南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037

谱系特有基因（Lineage-specific genes,LSGs）是指在一个谱系中特有并与其他物种谱系所有基因没有明显序列相似性的基因,约为物种基因组全部基因数量的10%~20%,于1996年首次在完成全基因组测序的酵母基因组中大量发现。大规模测序技术... 详细信息

谱系特有基因（Lineage-specific genes,LSGs）是指在一个谱系中特有并与其他物种谱系所有基因没有明显序列相似性的基因,约为物种基因组全部基因数量的10%~20%,于1996年首次在完成全基因组测序的酵母基因组中大量发现。大规模测序技术的发展使谱系特有基因研究成为比较基因组学的研究热点,已在微生物、海洋低等生物、植物（如拟南芥、水稻、杨树）、昆虫及高等灵长类动物等多个物种或类群中展开,其生物功能对于阐明物种进化历程和生物适应性具有重要意义。文章介绍了谱系特有基因的研究背景和现状,从谱系特有基因获取、基因结构分析、进化起源、生物功能、表达特性分析等方面阐述谱系特有基因的研究进展,分析了存在的问题和后续研究方向,以期为相关研究提供参考。

关键词：谱系特有基因孤儿基因基因起源进化基因生物功能

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碧桃花瓣转录组微卫星特征分析

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南京林业大学学报(自然科学版) 2015年第3期39卷 34-38页

作者：马秋月廖卓毅张得芳戴晓港陈赢男李淑娴南京林业大学南方现代林业协同创新中心

为开发碧桃转录组微卫星信息,利用454高通量测序技术,对其花瓣转录组序列进行SSR位点发掘,结果发现含SSR的序列4 705条,共得到5 668个SSR,平均每3.49 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以三碱基重复为主,约占总数的42.66%。笔者共发现516种... 详细信息

为开发碧桃转录组微卫星信息,利用454高通量测序技术,对其花瓣转录组序列进行SSR位点发掘,结果发现含SSR的序列4 705条,共得到5 668个SSR,平均每3.49 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以三碱基重复为主,约占总数的42.66%。笔者共发现516种碱基重复基元,所占比例最高的为(AG/CT)n(18.34%),其次是(AAG/CTT)n(12.42%)。微卫星多为重复长度小于20 bp的短序列,长度大于20 bp的微卫星仅占总数的12.13%。研究还发现碧桃花瓣微卫星的频率和长度呈显著负相关(P<0.05),相关系数为-0.246。

关键词：碧桃微卫星 SSR 转录组高通量测序

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马尾松Aux/IAA家族相关基因克隆及初步分析

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分子植物育种 2015年第8期13卷 1822-1830页

作者：苏江郭天玮季孔庶南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037

生长素信号转导途径在植物生长发育过程中起到至关重要的作用,Aux/IAA(auxin/indoleacetic acids)家族基因可以直接和生长素相连而发生作用。研究马尾松Aux/IAA家族相关基因,可为马尾松体内生长素信号转导途径提供理论支持。本研究克隆... 详细信息

生长素信号转导途径在植物生长发育过程中起到至关重要的作用,Aux/IAA(auxin/indoleacetic acids)家族基因可以直接和生长素相连而发生作用。研究马尾松Aux/IAA家族相关基因,可为马尾松体内生长素信号转导途径提供理论支持。本研究克隆出3个Aux/IAA家族基因,分别命名为Pm IAA1、Pm IAA2和Pm IAA3。Pm IAA1基因,c DNA全长1 330 bp,包含711 bp完整的ORF,能够编码含有236个氨基酸的蛋白质,此蛋白相对分子质量为26 015.6 u,等电点为7.01;Pm IAA2基因,c DNA全长1 628 bp,包含909 bp完整的ORF,能够编码含有302个氨基酸的蛋白质,此蛋白相对分子质量为41 176.1 u,等电点为5.25;Pm IAA3基因,c DNA全长1 316 bp,包含759 bp完整的ORF,能够编码含有252个氨基酸的蛋白质,此蛋白相对分子质量为28 060.1 u,等电点为6.01。Pm IAA1蛋白与火距松IAA1蛋白同源性高达95%,Pm IAA2蛋白与火距松IAA2蛋白同源性高达97%,Pm IAA3蛋白与火距松IAA3蛋白同源性高达98%。Pm IAA1、Pm IAA2、Pm IAA3蛋白都含有Aux/IAA结构域,此结构域可以与ARFs(auxin response factors)结合而发生作用,这符合Aux/IAA家族的特点。利用实时定量技术得知,Pm IAA1、Pm IAA2和Pm IAA3在马尾松嫩根、嫩芽、嫩叶中都有表达。Pm IAA1在嫩叶中表达量最高、嫩根中次之、嫩茎中最低;Pm IAA2和Pm IAA3在嫩根中表达最高、嫩叶和嫩茎中次之。本研究可为生长素调控马尾松生长发育相关机理提供依据。

关键词：马尾松生长素 Aux/IAA 序列分析结构预测

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马尾松纤维素合成酶基因PmCesA1的克隆及其分析

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分子植物育种 2015年第4期13卷 861-870页

作者：阮维程潘婷季孔庶南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037

植物纤维素合成酶(Ces A)是林木中纤维素合成过程中的重要酶,与木材形成密切相关。本研究以马尾松嫩枝的总RNA反转录得到的c DNA为模板,利用反转录PCR和RACE技术克隆得到马尾松Ces A1基因的全长c DNA序列,命名为Pm Ces A1。序列长度为3 ... 详细信息

植物纤维素合成酶(Ces A)是林木中纤维素合成过程中的重要酶,与木材形成密切相关。本研究以马尾松嫩枝的总RNA反转录得到的c DNA为模板,利用反转录PCR和RACE技术克隆得到马尾松Ces A1基因的全长c DNA序列,命名为Pm Ces A1。序列长度为3 142 bp,包含有一个长为2 955 bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码984个氨基酸。序列分析表明:Pm Ces A1序列与已报道的火炬松(Pinus taeda)Ces A1基因(AY789650.1)的相似性达99%。对Pm Ces A1所编码蛋白的氨基酸序列聚类分析,结果显示马尾松与松科植物具有较近的亲缘关系。采用实时定量PCR测定了Pm Ces A1在马尾松的嫩枝、叶和根中的表达量,发现以嫩枝中的表达量最高(2.53)。本研究获得的全长基因可以用来构建正义表达载体,再通过遗传转化得到转基因植株,可进一步分析该基因在植株内的表达情况和作用机制,为马尾松纤维素合酶的研究和获得高纤维得率的马尾松良种提供帮助。

关键词：马尾松纤维素合成酶基因 cDNA克隆 PmCesA1 序列分析

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马尾松FLO/LFY基因的克隆及其功能分析

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分子植物育种 2015年第10期13卷 2320-2332页

作者：郭天玮苏江阮维程季孔庶南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037

FLO/LFY及其同源基因是控制花分生组织形成和开花时间的基因之一。本研究通过反转录PCR克隆技术和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从马尾松中分离得到了PmLFY和PmNLY两条FLO/LFY基因的cDNA序列。两条序列均包含完整的编码区与"5'... 详细信息

FLO/LFY及其同源基因是控制花分生组织形成和开花时间的基因之一。本研究通过反转录PCR克隆技术和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从马尾松中分离得到了PmLFY和PmNLY两条FLO/LFY基因的cDNA序列。两条序列均包含完整的编码区与"5'端"和3'非翻译区,长度分别为1 555 bp和1 236 bp,对应的编码氨基酸长度是411 aa和310 aa。序列分析发现PmLFY和PmNLY两个蛋白均属FLO/LFY蛋白;分别有13和11个丝氨酸激酶位点。对PmLFY和PmNLY两个蛋白与其他物种的FLO/LFY蛋白构建进化树,发现PmLFY蛋白与辐射松最为接近,与加勒比松、挪威云杉等较为接近,属同一分支;PmNLY蛋白只存在于裸子植物之间,与辐射松,华山松等松科关系较近,但与PmLFY分化较明显;裸子植物之间LFY-like与NLY-like分化十分明显,裸子植物的NLY蛋白与被子植物的FLO/LFY更为接近。通过组织特异性分析发现,PmLFY和PmNLY主要集中在冬芽中表达,且在侧芽的表达量高于顶芽,分别相对于顶芽表达量的1.8和1.3倍。研究结果为进一步分析马尾松FLO/LFY的功能和开花作用机制奠定了基础。

关键词：马尾松花期提前克隆序列分析 FLO/LFY

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基于Landsat 8 OLI的特征变量优化提取及森林生物量反演

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遥感技术与应用 2015年第2期30卷 226-234页

作者：徐婷曹林佘光辉南京林业大学南方现代林业协同创新中心江苏南京210037

基于江苏省常熟市虞山地区Landsat 8OLI影像和55块调查样地数据,利用多元逐步回归法建立森林生物量模型,并讨论了预测结果及其精确性。选择包括各波段灰度值、不同波段灰度值之间的线性和非线性组合(包括18种植被指数)、纹理信息以及主... 详细信息

基于江苏省常熟市虞山地区Landsat 8OLI影像和55块调查样地数据,利用多元逐步回归法建立森林生物量模型,并讨论了预测结果及其精确性。选择包括各波段灰度值、不同波段灰度值之间的线性和非线性组合(包括18种植被指数)、纹理信息以及主成分分析、最小噪声分离变换等在内的53个特征变量。通过分析53个特征变量与森林地上、地下生物量的Pearson相关性,进行特征变量的优化提取。结果表明:所有样地无区分分析时,地上和地下生物量的模型精度均达到0.4以上,基于3种森林类型(针叶林、阔叶林和混交林)进行地上和地下生物量建模时精度有明显提高,达到0.67以上,地上生物量和地下生物量的估测结果均为混交林优于阔叶林,阔叶林优于针叶林。

关键词： Landsat 8 OLI 特征变量提取森林生物量反演逐步回归法

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马尾松PmTIR1基因的克隆及编码蛋白质的结构预测

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分子植物育种 2015年第6期13卷 1355-1362页

作者：苏江郭天玮季孔庶南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037

TIR1(transport inhibitor response 1)基因在生长素信号转导途径中发挥重要作用。本研究采用PCR技术和RACE技术,利用Primer Premier5进行引物设计,从马尾松中克隆出TIR1基因的全长c DNA序列,命名为Pm TIR1。此c DNA全长2 446 bp,包括1 ... 详细信息

TIR1(transport inhibitor response 1)基因在生长素信号转导途径中发挥重要作用。本研究采用PCR技术和RACE技术,利用Primer Premier5进行引物设计,从马尾松中克隆出TIR1基因的全长c DNA序列,命名为Pm TIR1。此c DNA全长2 446 bp,包括1 725 bp完整的ORF,能够编码含有574个氨基酸的蛋白,此蛋白相对分子质量为64 240.3 u,等电点为6.76。利用Clustal X、ANTHEPROT和DNAMAN等软件分析Pm TIR1序列及其编码的氨基酸序列,结果表明:马尾松Pm TIR1蛋白氨基酸序列与火距松TIR1蛋白同源性高达99%,Pm TIR1蛋白含有F-box结构域和多个LRR结构域;Pm TIR1蛋白的F-box结构域可能与SCFTIR1中SKP1结合,它符合F-box家族的特点。利用实时定量技术得知Pm TIR1在马尾松嫩根、嫩茎、嫩叶中都有表达,在嫩叶中表达量最高、嫩根中次之、嫩茎中最低。本研究可为生长素调控马尾松生长发育相关机理提供理论依据。

关键词：马尾松生长素 TIR1(transport inhibitor response 1) 序列分析

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短柱铁线莲愈伤组织培养及褐化抑制

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分子植物育种 2015年第10期13卷 2380-2387页

作者：盛璐杨迎杰季孔庶南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037

本研究在正交设计的基础上,以短柱铁线莲的叶片、叶柄、茎段为外植体,进行愈伤组织培养,并探讨愈伤组织褐化的抑制。研究结果表明:短柱铁线莲诱导愈伤组织的适宜外植体为茎段,诱导率为89.8%;合适的愈伤诱导培养基为1/2MS+0.4 mg/L TDZ+0... 详细信息

本研究在正交设计的基础上,以短柱铁线莲的叶片、叶柄、茎段为外植体,进行愈伤组织培养,并探讨愈伤组织褐化的抑制。研究结果表明:短柱铁线莲诱导愈伤组织的适宜外植体为茎段,诱导率为89.8%;合适的愈伤诱导培养基为1/2MS+0.4 mg/L TDZ+0.2 mg/L NAA+10 g/L蔗糖,诱导率为90%;合适的增殖培养基为1/2MS+30 g/L蔗糖+0.2 g/L肌醇+0.2 g/L水解络蛋白(CH)+5 mg/L Vc+0.3 mg/L TDZ+0.2 mg/L NAA,增殖率为302.3%。适宜不定芽诱导培养基为1/2MS+30 g/L蔗糖+0.76%琼脂+0.2 g/L肌醇+0.2 g/L水解络蛋白(CH)+0.3 mg/L TDZ+0.1 mg/L NAA,诱导率达63.3%。培养基中添加5 mg/L Vc或1 g/L活性炭时,可以能够很好地抑制短柱铁线莲褐化。

关键词：短柱铁线莲愈伤组织组织培养褐化

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基于机载小光斑全波形LiDAR的亚热带林分特征反演

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林业科学 2015年第6期51卷 81-92页

作者：曹林佘光辉南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037

【目的】研究通过集成波形信号处理、空间解析和重构建模以及综合波形信息提取方法，探索基于小光斑全波形LIDAR特征变量高精度反演林分特征的新方法。【方法】以江苏南部丘陵地区的亚热带天然次生林为研究对象，在预处理和分析小光斑... 详细信息

【目的】研究通过集成波形信号处理、空间解析和重构建模以及综合波形信息提取方法，探索基于小光斑全波形LIDAR特征变量高精度反演林分特征的新方法。【方法】以江苏南部丘陵地区的亚热带天然次生林为研究对象，在预处理和分析小光斑全波形 LIDAR 数据的基础上，首先基于体元空间框架分解和提取波形的振幅能量信息，并构建伪垂直波形模型；然后，从中提取空间位置信息（即点云）及几何辐射变量，计算 LiDAR点云和波形特征变量，并通过相关性分析筛选特征变量；最后，结合地面实测林分特征参数构建反演模型并验证精度。【结果】1）各 LiDAR特征变量对 Lorey’s树高的敏感性最高，对蓄积量和地上生物量次之，对胸高断面积最低，而返回脉冲总能量和返回脉冲峰值点数对胸高断面积的敏感性却高于其他林分特征因子；在点云特征变量组中，平均高、高度百分位数及冠层上部的返回点云密度与各林分特征之间的相关性较高，而在波形特征变量组中，能量中值高度的均值、返回脉冲长度的标准差和冠层粗糙度的标准差与各林分特征之间的相关性较高；2） Lorey’s 树高的模型估算精度最高（ RMSE为实测均值的7.26%），而蓄积量、地上生物量和胸高断面积的模型估算精度略低且较相近（ RMSE为实测均值的15.91%～19.82%）；模型自变量的数量都在3个以内，选中的自变量为高度百分位数、冠层返回点云密度、返回脉冲长度和冠层粗糙度的标准差；3）各林分特征实测值与交叉验证估算值的拟合结果表明， Lorey’s树高的拟合效果最好（R2=0.85），地上生物量（R2=0.68）和蓄积量（R2=0.59）次之，而胸高断面积（R2=0.45）最低；4） Lorey’s 树高、蓄积量和地上生物量的空间分布状况基本一致，源于它们内在的相关性；相比其他3个特征变量，胸高断面积的空间分布不够连续，这可能是由于其预测模型精度较低所致。【结论】各林分特征综合回归模型的拟合效果和精度都高于仅使用点云特征变量拟合模型的精度，表明了波形特征变量提取森林中下层信息的潜力。点云特征变量描述了森林冠层及上部的三维结构及密度信息，而波形特征变量则获得了森林冠层及以下部分完整的垂直分布和能量信息，二者互补可提升林分特征反演的精度。

关键词：小光斑全波形LiDAR 林分特征反演点云特征变量波形特征变量体元

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基于机载激光雷达与Landsat 8 OLI数据的亚热带森林生物量估算

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植物生态学报 2015年第4期39卷 309-321页

作者：徐婷曹林申鑫佘光辉南京林业大学南方现代林业协同创新中心南京210037

快速、定量、精确地估算区域森林生物量一直是森林生态功能评价以及碳储量研究的重要问题。该研究基于机载激光雷达(Li DAR)点云与Landsat 8 OLI多光谱数据,借助江苏省常熟市虞山地区55块调查样地数据,首先提取并分析了87个特征变量(53... 详细信息

快速、定量、精确地估算区域森林生物量一直是森林生态功能评价以及碳储量研究的重要问题。该研究基于机载激光雷达(Li DAR)点云与Landsat 8 OLI多光谱数据,借助江苏省常熟市虞山地区55块调查样地数据,首先提取并分析了87个特征变量(53个OLI特征变量,34个LiDAR特征变量)与森林地上、地下生物量的Pearson’s相关系数以进行变量优选,然后利用多元逐步回归法建立森林生物量估算模型(OLI生物量估算模型和LiDAR生物量估算模型),并与基于两种数据建立的综合生物量估算模型的结果进行比较,讨论预测结果及其精确性。结果表明:3种模型(OLI模型、LiDAR模型和综合模型)在所有样地无区分分析时,地上和地下生物量的估算精度均达到0.4以上,基于不同森林类型(针叶林、阔叶林、混交林)分析时地上和地下生物量的估算精度均有明显提高,达到0.67及以上。利用分森林类型模型估算生物量,综合生物量估算模型精度(地上生物量:R2为0.88;地下生物量:R2为0.92)优于OLI生物量估算模型(地上生物量:R2为0.73;地下生物量:R2为0.81)和Li DAR生物量估算模型(地上生物量:R2为0.86;地下生物量:R2为0.83)。

关键词：森林生物量估算亚热带森林 OLI多光谱数据机载小光斑激光雷达数据逐步回归

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