检索结果-内蒙古大学图书馆

中华微生物学和免疫学杂志 2007年第7期27卷 623-628页

作者：李雅玥王威王荃王磊南开大学泰达生物技术学院天津300457

目的完成产志贺毒素大肠杆菌O120 O-抗原基因簇的破译,筛选和鉴定检测用特异分子标识。方法利用鸟枪法进行O-抗原基因簇序列的测定,进行生物信息学方法分析发现基因并预测基因功能,利用PCR方法筛选针对大肠杆菌O120特异基因和特异引物,... 详细信息

目的完成产志贺毒素大肠杆菌O120 O-抗原基因簇的破译,筛选和鉴定检测用特异分子标识。方法利用鸟枪法进行O-抗原基因簇序列的测定,进行生物信息学方法分析发现基因并预测基因功能,利用PCR方法筛选针对大肠杆菌O120特异基因和特异引物,利用基因芯片方法筛选特异探针。结果O-抗原基因簇序列全长12 485 bp,共含有10个基因:dTDP-鼠李糖合成途径基因(rmlB、rmlD、rmlA和rmlC),O-抗原转运酶基因(wzx),O-抗原聚合酶基因(wzy),3个糖基转移酶基因和1个功能未确定的基因。另外筛选和鉴定了2个特异基因、4对特异引物和6条特异探针,在模拟样品的鉴定中得到验证。结论多种特异分子标识可从样品中特异地检测出大肠杆菌O120,具有快速、灵敏和准确进行分子分型的优点。

关键词：大肠杆菌O120 O-抗原基因簇特异基因特异探针

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大肠杆菌O11 O-抗原基因簇序列的破译及特异分子标识的鉴定

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微生物学报 2006年第3期46卷 341-346页

作者：王威彭霞王荃程剑松王磊南开大学泰达生物技术学院天津300457

大肠杆菌O11是一种可在人畜间交叉传染的强致病菌,具有潜在流行性爆发的危险.现完成了O11 O-抗原基因簇的破译,筛选和鉴定了多种特异分子标识,并实现了对大肠杆菌O11的快速、灵敏和准确的分子分型检测.利用鸟枪法测定大肠杆菌O11 O-抗... 详细信息

大肠杆菌O11是一种可在人畜间交叉传染的强致病菌,具有潜在流行性爆发的危险.现完成了O11 O-抗原基因簇的破译,筛选和鉴定了多种特异分子标识,并实现了对大肠杆菌O11的快速、灵敏和准确的分子分型检测.利用鸟枪法测定大肠杆菌O11 O-抗原基因簇的序列全长为14180bp,生物信息学方法分析序列结构,共发现12个基因:GDP-L型岩藻糖合成途径基因 (gmd, fcl, gmm, manC, manB)、UDP-N乙酰葡萄糖C4异构酶基因(gne)、O-抗原转运酶基因(wzx)、O-抗原聚合酶基因(wzy)和4个糖基转移酶基因;用PCR方法筛选出2个针对大肠杆菌O11的特异基因和4对特异引物,并进行环境样品检测实验鉴定了该PCR检测方法的灵敏度;设计并筛选出8条针对大肠杆菌O11的特异探针.

关键词：大肠杆菌O11 O-抗原基因簇分子分型特异基因探针

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微生物代谢组学的样品前处理

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化学通报 2008年第6期71卷 404-407页

作者：周大炜朱之燕南开大学泰达生物技术学院天津300457

微生物代谢组学是指全面分析(定性和定量)细胞生长或生产周期某一时刻细胞内和细胞周围的所有低分子量代谢物。微生物代谢组学研究需要可靠和重现地分析细胞内较宽动力学浓度范围(nmol^mmol)、化学功能各异的代谢产物,因此,需要对从生... 详细信息

微生物代谢组学是指全面分析(定性和定量)细胞生长或生产周期某一时刻细胞内和细胞周围的所有低分子量代谢物。微生物代谢组学研究需要可靠和重现地分析细胞内较宽动力学浓度范围(nmol^mmol)、化学功能各异的代谢产物,因此,需要对从生物量培养、灭活和代谢产物的提取到代谢物的定量分析这整个实验过程提出耐用、可重现和可靠的实验方案。本文介绍了灭活过程中细胞内代谢产物泄漏的处理方法,较为详细地论述了通过灭活草案捕获代谢反应活性方法和代谢物提取方法的优化,并对微生物代谢组学样品前处理的目前发展趋势提出初步见解。

关键词：微生物代谢组学样品前处理生物量培养灭活代谢物提取

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脂多糖信号通路中的蛋白质修饰

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中国生物化学与分子生物学报 2008年第6期24卷 505-511页

作者：王颖南开大学泰达生物技术学院天津300457

革兰氏阴性细菌外膜中的脂多糖,又称内毒素,感染宿主后可导致脓毒症、脓毒性休克和多器官功能障碍综合症.脂多糖借助信号转导通路诱发宿主的应答,刺激免疫细胞产生大量具有致热效应的炎性细胞因子,引起免疫系统的过度活化.近年来,研究... 详细信息

革兰氏阴性细菌外膜中的脂多糖,又称内毒素,感染宿主后可导致脓毒症、脓毒性休克和多器官功能障碍综合症.脂多糖借助信号转导通路诱发宿主的应答,刺激免疫细胞产生大量具有致热效应的炎性细胞因子,引起免疫系统的过度活化.近年来,研究脂多糖受体TLR4及其信号转导在先天免疫和获得性免疫中的作用,以及脂多糖信号通路的复杂调控机制取得了突破性进展.其中蛋白质翻译后修饰参与脂多糖信号通路调节的研究成为这一领域的新热点之一.本文总结了磷酸化修饰、泛素化修饰、ISG15化修饰和SUMO化修饰在调节脂多糖信号通路方面的作用.不仅对被修饰蛋白如何传递和调节脂多糖信号以及翻译后修饰在该过程中的作用进行了阐述,还着眼于不同翻译后修饰形式之间的关联.脂多糖信号通路的深入研究不但有助于阐明内毒素相关疾病的分子机理,还可为临床预防和治疗革兰氏阴性细菌感染所致疾病提供新靶点.

关键词：翻译后修饰脂多糖信号转导

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大肠杆菌O116 O-抗原基因簇的破译及PCR检测方法的建立

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中国人兽共患病学报 2007年第7期23卷 667-671页

作者：韩巍青王威王磊南开大学泰达生物技术学院天津300457

目的测定大肠肝菌O116的O-抗原基因簇序列,鉴定其中的特异基因,建立PCR检测方法,替代传统的血清学检测.方法用长距离PCR方法扩增O116的O-抗原基因簇,PCR产物用鸟枪法建立测序文库进行测序,通过与GenBank中功能已知的蛋白的序列比较,... 详细信息

目的测定大肠肝菌O116的O-抗原基因簇序列,鉴定其中的特异基因,建立PCR检测方法,替代传统的血清学检测.方法用长距离PCR方法扩增O116的O-抗原基因簇,PCR产物用鸟枪法建立测序文库进行测序,通过与GenBank中功能已知的蛋白的序列比较,进行基因功能的分析.用PCR方法证明基因簇中寡糖单位处理酶基因的特异性,以寡糖单位处理酶基因为靶基因建立PCR检测方法,并进行灵敏度测试.结果和结论基因簇全长为14 323bp,共有11个基因,其中寡糖单位处理酶基因wzx和wzy具有高度特异性.所建立的PCR方法可检测2 pg的基因组DNA、0.4 CFU/g(猪肉样品)或4×102 CFU/g(粪便样品).可以代替传统的血清学检测.

关键词：大肠肝菌O116 O-抗原基因簇特异基因 PCR检测

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大肠杆菌O85 O-抗原基因簇序列破译和特异分子标识的筛选

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中国人兽共患病学报 2007年第1期23卷 39-44页

作者：王威刘斌刘雪倩冯露孙丹王磊南开大学泰达生物技术学院天津300457 南开大学生命科学学院

目的测定大测肝菌O85的O-抗原基因簇的序列,对其基因进行功能和进化的分析,筛选并鉴定可用于快速分子分型的特异分子标识。方法利用鸟枪法对大肠杆菌O85的O-抗原基因簇进行测序,生物信息学方法进行序列拼接与分析,确定针对大肠杆菌O85... 详细信息

目的测定大测肝菌O85的O-抗原基因簇的序列,对其基因进行功能和进化的分析,筛选并鉴定可用于快速分子分型的特异分子标识。方法利用鸟枪法对大肠杆菌O85的O-抗原基因簇进行测序,生物信息学方法进行序列拼接与分析,确定针对大肠杆菌O85的特异基因并设计引物,PCR方法进行模拟环境样品的检测。结果大肠杆菌O85的O-抗原基因簇序列全长为11 203 bp。发现8个开放阅读框架(orf)并确定功能,分别为:UDP-N-乙酰葡萄糖-2-异构酶基因(orf1),吡喃型UDP-半乳糖变位酶基因(glf),糖基转移酶基因(orf3、orf5、orf6和orf8),O-抗原转运酶基因(wzx)和O-抗原聚合酶基因(wzy)。鉴定出针对大肠杆菌O85的特异基因2个和引物4对。结论本文筛选的特异分子标识和PCR检测方法可用于对环境样品中的大肠杆菌O85进行快速、灵敏的检测。

关键词：大肠杆菌O85 O-抗原基因簇分子分型分子标识

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大肠杆菌O152中wfgD基因编码的β-1,3-葡萄糖基转移酶产物结构的质谱表征

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分析化学 2010年第2期38卷 225-228页

作者：周大炜胡波刘斌吴俊丽韩艳芳南开大学泰达生物技术学院南开大学天津市微生物功能基因组学重点实验室南开大学分子微生物学与技术教育部重点实验室

大肠杆菌O152抗原的寡糖重复单位中含葡萄糖-β-1,3-N-乙酰葡萄糖胺(Glc-β-1,3-GlсNAc)连接键。本研究采用电喷雾离子化多级串联质谱技术对以人工合成的天然受体底物的结构类似物苯氧基十一烷二磷酸-N-乙酰葡萄糖胺(GlcNAc-β-PO3-PO3... 详细信息

大肠杆菌O152抗原的寡糖重复单位中含葡萄糖-β-1,3-N-乙酰葡萄糖胺(Glc-β-1,3-GlсNAc)连接键。本研究采用电喷雾离子化多级串联质谱技术对以人工合成的天然受体底物的结构类似物苯氧基十一烷二磷酸-N-乙酰葡萄糖胺(GlcNAc-β-PO3-PO3-(CH2)11-O-phenyl(GlcNAc-PP-PhU))为受体底物,尿苷二磷酸葡萄糖(UDP-Glc)为给予体底物的酶促反应产物进行了详细的结构表征。电喷雾离子化多级串联质谱图中观察到的主要碎片源于磷酸二酯键部分和糖苷键的裂解。此外,由观察到的二糖产物非还原端碎片获得了序列信息;跨环断裂碎片及源于吡喃环取代基消除的‘内在’碎裂离子可提供组成产物的单糖残基连接方式信息。广泛的碎裂信息表明wfgD基因编码UDP-Glc:GlcNAc-pyrophosphate-lipid中的β-1-3葡萄糖基转移酶。

关键词：糖基转移酶电喷雾离子化多级质谱大肠杆菌

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大肠杆菌O110 O-抗原基因簇序列的破译及特异基因鉴定

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中国人兽共患病杂志 2005年第2期21卷 125-128,118页

作者：夏秋雨王威王岩李雅玥郭宏杰王磊耿运琪南开大学生命科学学院天津300071 南开大学泰达生物技术学院天津市第四医院

目的定大肠杆菌O110标准株的O-抗原基因簇序列,对其基因结构进行遗传学分析,鉴定可用于快速分型的特异DNA序列。方法用长距离PCR扩增O-抗原基因簇序列,建立鸟枪法文库进行随机测序,用生物信息学的方法进行序列拼接与分析,根据测定的序... 详细信息

目的定大肠杆菌O110标准株的O-抗原基因簇序列,对其基因结构进行遗传学分析,鉴定可用于快速分型的特异DNA序列。方法用长距离PCR扩增O-抗原基因簇序列,建立鸟枪法文库进行随机测序,用生物信息学的方法进行序列拼接与分析,根据测定的序列设计引物,用PCR的方法确定针对大肠杆菌O110的特异基因。结果与结论确定了大肠杆菌O110标准株的O-抗原基因簇序列以及该基因簇中7个开放阅读框架(openreadingframe,orf)的功能,分别为糖基转移酶基因(orf1,orf2,orf7),小分子修饰酶基因(orf3,orf5),O-抗原转运酶基因(wzx)和O-抗原聚合酶基因(wzy)。鉴定出了可以用于PCR方法对大肠杆菌O110快速检测的特异基因。

关键词：大肠杆菌 O-抗原基因簇特异基因分子分型

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利用转录物组数据挖掘致脑膜炎大肠杆菌候选非编码RNA

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中国生物化学与分子生物学报 2021年第1期37卷 118-126页

作者：孙昊宋雅君郑杨洋刘郁涛任薇万雪花南开大学生命科学学院天津300071 南开大学泰达生物技术研究院天津300457

细菌非编码RNA(ncRNAs)是细菌生长和感染过程中至关重要的转录调控因子,对致病菌快速响应环境变化,调整自身基因表达抵御环境胁迫尤为重要。本研究通过对新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218的高通量转录物组测序,发现新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 ... 详细信息

细菌非编码RNA(ncRNAs)是细菌生长和感染过程中至关重要的转录调控因子,对致病菌快速响应环境变化,调整自身基因表达抵御环境胁迫尤为重要。本研究通过对新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218的高通量转录物组测序,发现新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218(NMEC)表达丰富的ncRNAs。经生物信息学分析,在新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218中,共发现45个潜在的ncRNAs。通过与非致病性大肠杆菌K-12基因组比对,发现新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218基因组有300个大于100 bp的特异性序列。结合分析获得的非编码RNA,发现共有9个ncRNAs是新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218特异的。随机选择Nsr21,用小鼠尾静脉注射模型验证其作用,发现与野生型RS218对照组相比,注射Δnsr21的小鼠血液中的含菌量显著增加(P<0.01)。说明缺失Nsr21后,更有利于新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218在小鼠血液内生存和繁殖。通过qRT-PCR检测Nsr21表达发现,与体外培养环境相比,小鼠血液环境中Nsr21的表达显著下调(P<0.001)。说明新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218,是通过下调Nsr21的表达使其更有利于在血液中生存和繁殖。本研究提示,新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218基因组中包含大量的ncRNA,这些ncRNA可能与调控NMEC致病性相关。NMEC在感染血液过程中,通过下调Nsr21的表达使NMEC在血液中的繁殖能力增加。

关键词：非编码RNA 新生儿脑膜炎大肠杆菌K1 RS218(NMEC) 转录物组

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鼠伤寒沙门菌7个未知功能岛在致病性中的作用

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微生物学通报 2017年第8期44卷 1918-1926页

作者：蒋玲艳江小涵王培胜杨斌南开大学环境科学与工程学院天津300350 南开大学泰达生物技术研究院天津300457

【目的】探索沙门菌在进化过程中通过水平转移获得的未知功能岛在其致病过程中的作用,发现新的与致病性相关的岛。【方法】以鼠伤寒沙门菌ATCC 14028为亲本株,利用λRed重组酶系统分别构建了7个未知功能岛(STM14_0667-0673、2682-2687、... 详细信息

【目的】探索沙门菌在进化过程中通过水平转移获得的未知功能岛在其致病过程中的作用,发现新的与致病性相关的岛。【方法】以鼠伤寒沙门菌ATCC 14028为亲本株,利用λRed重组酶系统分别构建了7个未知功能岛(STM14_0667-0673、2682-2687、2885-2891、3721-3728、4247-4253、4823-4828、5331-5341)的突变株,通过细胞侵袭实验、巨噬细胞内复制力检测及小鼠实验比较了野生型和突变株的毒力差异。【结果】Δ2682-2687和Δ5331-5341对上皮细胞的侵袭力显著低于野生型(P<0.01);Δ2682-2687、Δ2885-2891和Δ5331-5341在巨噬细胞内的复制力、对小鼠的致死率以及在小鼠肠道和肝、脾的定殖能力均显著低于野生型(P<0.05);其余4个突变株(Δ0667-0673、Δ3721-3728、Δ4247-4253、Δ4823-4828)的侵袭力、胞内复制力以及对小鼠的致病力与野生型相比无显著差异。【结论】发现3个未知功能岛显著影响鼠伤寒沙门菌的致病力,为深入研究这些岛的功能及调控机制奠定了基础。

关键词：鼠伤寒沙门菌未知功能岛致病性

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