目的探索结肠癌微环境中免疫细胞的浸润模式及其预后评估价值。方法利用CIBERSORT软件包从癌症基因组图谱TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库、GEO(Gene Expression Omnibus)数据库共筛选38例正常结肠组织样本及316例结肠癌组织样本,...
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目的探索结肠癌微环境中免疫细胞的浸润模式及其预后评估价值。方法利用CIBERSORT软件包从癌症基因组图谱TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库、GEO(Gene Expression Omnibus)数据库共筛选38例正常结肠组织样本及316例结肠癌组织样本,基于标准化后的基因表达谱对22种浸润免疫细胞进行提取和量化,分析免疫细胞在正常组织和癌组织中的浸润差异。利用多因素COX回归构建列线图。结果与正常结肠组织相比,活化的CD4^(+)记忆性T细胞、M0巨噬细胞、M1巨噬细胞在结肠癌组织中浸润显著增多,幼稚B细胞、浆细胞、单核细胞及未活化的肥大细胞显著减少。高水平活化的肥大细胞及调节性T细胞浸润与肿瘤转移和分期进展密切相关(P<0.05),低水平活化的CD4^(+)记忆性T细胞和滤泡辅助性T细胞与肿瘤淋巴结播散及分期进展相关(P<0.05)。基于差异浸润的免疫细胞构建的列线图预测1年、3年、5年生存率的ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)分别为0.837、0.763和0.741,该模型具有良好预测效能。结论结肠癌患者中免疫细胞的浸润差异可能在疾病进展中具有重要作用,其预后模型可能为结肠癌患者的生存评估提供理论和数据支持。
逆转录病毒的活动和多种疾病的发生密切相关,其可通过整合自身基因组到宿主基因组中进行大量有害扩增.与此同时,宿主细胞可根据逆转录病毒的整合位置来启动相关通路抑制其活动.因此整合位点的选择是决定逆转录病毒和宿主命运的关键步骤.尽管国际上已有报道称逆转录病毒在宿主基因组上整合并不随机,并发现了跨逆转录病毒种属的不同DNA基序偏好性,但是这些不足以解释一些基序偏好较弱的逆转录病毒如何获得整合特异性.DNA结构特征,如DNA形状被提出可以影响DNA结合蛋白与DNA结合的亲和力,但DNA形状对不同逆转录病毒整合的影响机制尚不清楚.本研究通过构建QRIS(quantify the retrovirus integration specificity)机器学习框架,定量评估了DNA形状对逆转录病毒整合位点的影响.通过系统地研究跨越四个种属的六种逆转录病毒,本研究发现,DNA形状可以独立地或与DNA基序协同调控逆转录病毒的整合.基于此,可将六种逆转录病毒分为三类:“强兼性偏好型”“弱兼性偏好型”和“强形状偏好型”逆转录病毒.此外本研究发现,即使没有特定偏好的DNA基序,“强形状偏好型”逆转录病毒也可以通过DNA形状获得整合特异性.本文基于机器学习对于大规模逆转录病毒插入位点特性的研究,揭示了DNA结构特征在逆转录病毒致病位点选择中的重要作用.该发现在临床方面为治疗逆转录病毒的策略提供了新靶点和新思路,在应用方面有助于更精确地设计慢病毒载体用于基因编辑和基因治疗.此外,本文建立的机器学习框架也为其他种类病毒的整合特异性研究提供了新方法和新视角.
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