检索结果-内蒙古大学图书馆

南方医科大学学报 2013年第6期33卷 870-873页

作者：刘文音朱浩南方医科大学基础医学院生物信息学教研室广东广州510515

目的构建果蝇细胞周期调控的数学模型。方法使用一组常微分方程描述细胞周期网络中核心分子的相互作用,计算分子浓度的连续周期性变化,并捕获分子交互的离散事件。结果计算结果吻合实验观测到的分子浓度的周期变化,揭示和解释了细胞周... 详细信息

目的构建果蝇细胞周期调控的数学模型。方法使用一组常微分方程描述细胞周期网络中核心分子的相互作用,计算分子浓度的连续周期性变化,并捕获分子交互的离散事件。结果计算结果吻合实验观测到的分子浓度的周期变化,揭示和解释了细胞周期时程补偿的数学机制与定量特性。结论 E2F1(E2F transcription factor 1)所联结的正负反馈是调控G1/S与G2/M时程补偿的核心机制。

关键词：数学模型细胞分裂细胞周期 E2F1

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人类与小鼠同源lncRNA基因及其表观遗传调控靶基因分析

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南方医科大学学报 2018年第6期38卷 731-735页

作者：蒋洋洋朱浩张海南方医科大学网络中心广东广州510515 南方医科大学基础医学院生物信息学教研室广东广州510515

目的分析人类与小鼠lnc RNA中的同源与种系特异性lnc RNA,揭示人类与小鼠表观遗传调控的种系差异。方法根据同源lnc RNA序列搜索和人类/小鼠全基因组双序列比对确定GENCODE项目首期报道的13562个人类lnc RNA和10481个小鼠lnc RNA中的同... 详细信息

目的分析人类与小鼠lnc RNA中的同源与种系特异性lnc RNA,揭示人类与小鼠表观遗传调控的种系差异。方法根据同源lnc RNA序列搜索和人类/小鼠全基因组双序列比对确定GENCODE项目首期报道的13562个人类lnc RNA和10481个小鼠lnc RNA中的同源lnc RNA基因,用lnc RNA/DNA结合分析软件Long Target预测lnc RNA的DNA结合位点和表观遗传调控靶基因,根据Gene Ontology数据库分析靶基因的功能。结果仅158对人类和小鼠lnc RNA被识别为同源lnc RNA,这些同源lnc RNA在人类与小鼠基因组有种系特异性的DNA结合位点和靶基因,Gene Ontology分析提示这些同源lnc RNA对靶基因的种系特异性调控可能对人类和小鼠的表型差异有重要影响。结论仅极少数人类和小鼠lnc RNA是同源的,这些同源lnc RNA有种系特异性的表观遗传调控靶基因,lnc RNA和表观遗传调控的种系特异性对人类和小鼠的差异(包括疾病模型的差异)有重要影响。

关键词：长链非编码RNA 直系同源基因表观遗传调控人类小鼠

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LongMan:一个哺乳类直系同源长链非编码RNA数据库

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南方医科大学学报 2016年第4期36卷 552-556页

作者：杨小雪张海贺莎林杰朱浩南方医科大学基础医学院生物信息学教研室广东广州510515 南方医科大学网络中心广东广州510515

目的计算并预测13 562个GENCODE项目首期鉴定的人类长链非编码RNA在16个哺乳动物的直系同源基因,并建立数据库Long Man,为长链非编码RNA研究提供重要数据。方法使用RNAfold预测13 562个人类长链非编码RNA每个外显子的结构;使用Infernal... 详细信息

目的计算并预测13 562个GENCODE项目首期鉴定的人类长链非编码RNA在16个哺乳动物的直系同源基因,并建立数据库Long Man,为长链非编码RNA研究提供重要数据。方法使用RNAfold预测13 562个人类长链非编码RNA每个外显子的结构;使用Infernal对每个外显子进行基因组搜索,分析其在16个哺乳动物可能的同源外显子;分析每个人类长链非编码RNA是否有同源基因;分析同源长链非编码RNA中的转座子和剪切信号;构造数据库的搜索引擎和输出界面;实现数据库维护更新机制。结果 Long Man目前收录133 646个直系同源长链非编码RNA;提供序列、比对、转座子和种系特异性插缺(indel)等信息;提供多条件组合查询;提供显示与下载功能。结论 Long Man是首个大规模多种系同源长链非编码RNA数据库,对长链非编码RNA比较与功能研究具有重要价值。

关键词：数据库长链非编码RNA 同源基因

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H7N9病毒的来源和重组模式

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南方医科大学学报 2013年第7期33卷 1017-1021页

作者：张宝黄克勇郭劲松吴娴波李凌朱利万成松赵卫南方医科大学公共卫生与热带医学学院三级生物安全实验室广东广州510515 南方医科大学基础医学学院生物信息学教研室广东广州510515

目的通过序列分析揭示H7N9病毒的来源和重组产生模式。方法收集H7N9序列,运用BLAST、MEGA5.0等生物信息学软件分析序列相似性、多序列比对、构建进化树,确定H7N9病毒各节段序列的亲缘序列,模拟H7N9重组产生方式。结果系统进化树显示HA... 详细信息

目的通过序列分析揭示H7N9病毒的来源和重组产生模式。方法收集H7N9序列,运用BLAST、MEGA5.0等生物信息学软件分析序列相似性、多序列比对、构建进化树,确定H7N9病毒各节段序列的亲缘序列,模拟H7N9重组产生方式。结果系统进化树显示HA、NA、PB2和NS节段最近缘关系序列只有一个;而PB1、PA、NP和MP节段序列,分布于不同的两个分枝。通过组合分析亲缘序列,可以将目前流行的H7N9病毒分为5型:A、B、A/Shanghai/1/2013-H7N9、A/Pigeon/Shanghai/S1069-H7N9和A/Zhejiang/HZ1/2013-H7N9。A型又可以分为A1和A2亚型。结论通过对序列的组合分析,推测此次H7N9病毒流行至少由5个病毒经过4次重组产生,产生两个主要流行株A和B型。A1和A2亚型的出现是同一次重组过程中产生两株不同产物;A/Pigeon/Shanghai/S1069-H7N9是A型H7N9病毒在流行期间与当地H9N2病毒的再一次重组产生。A/Zhejiang/HZ1/2013-H7N9是A2亚型和B型重组后产生的混合型。

关键词： H7N9 禽流感重组生物信息学

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基础研究 E2F1调控细胞周期时程补偿机制的定量研究

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南方医科大学学报 2013年第6期33卷 870-873页

作者：刘文音朱浩南方医科大学基础医学院生物信息学教研室　　广东广州　　（510515）

目的构建果蝇细胞周期调控的数学模型。方法使用一组常微分方程描述细胞周期网络中核心分子的相互作用，计算分子浓度的连续周期性变化，并捕获分子交互的离散事件。结果计算结果吻合实验观测到的分子浓度的周期变化，揭示和解释了细胞... 详细信息

目的构建果蝇细胞周期调控的数学模型。方法使用一组常微分方程描述细胞周期网络中核心分子的相互作用，计算分子浓度的连续周期性变化，并捕获分子交互的离散事件。结果计算结果吻合实验观测到的分子浓度的周期变化，揭示和解释了细胞周期时程补偿的数学机制与定量特性。结论E2FI（E2F transcription factor 1）所联结的正负反馈是调控G，／S与G：／M时程补偿的核心机制。

关键词：数学模型细胞分裂细胞周期 E2F1

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着色性干皮病基因A多态性与广东地区女性乳腺癌发病风险的关联

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广东医学 2016年第11期37卷 1651-1653页

作者：丁大鹏刘锦新余海浪郭云波南方医科大学基础医学院基因工程研究所广州510515 广东省深圳市龙岗区中心医院肿瘤科 518100 南方医科大学基础医学院生物信息学教研室广州510515

目的探讨着色性干皮病基因A（XPA）单核苷酸多态性与广东地区女性乳腺癌易感性的关系。方法采用病例-对照研究方法纳入乳腺癌患者130例（病例组）和健康对照者188例（对照组）,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析两组人群XPA-... 详细信息

目的探讨着色性干皮病基因A（XPA）单核苷酸多态性与广东地区女性乳腺癌易感性的关系。方法采用病例-对照研究方法纳入乳腺癌患者130例（病例组）和健康对照者188例（对照组）,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析两组人群XPA-4G/A多态性的基因型。结果病例组与对照组中杂合子基因型A/G在两组样本中的基因型频率差异无统计学意义（P=0.857）,纯合子基因型G/G在病例组的分布频率与对照组比较差异无统计学意义（P=0.103）,但G/G基因型在乳腺癌患者中的基因型频率要低于在正常对照组中的分布频率。等位基因G和A在病例组和对照组中的分布频率差异接近有统计学意义的临界值（OR=0.782,95%CI=0.568-1.077）,对照组中G等位基因的基因型频率为病例组的1.28倍。结论 XPA-4G/A多态性与乳腺癌发病风险无相关性,但是等位基因G的携带者在健康人群中出现的频率更高,因此提示XPA-4G等位基因携带者发生乳腺癌的风险可能会降低。

关键词： XPA 乳腺癌多态性易感性

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腰椎智能医学图像建模系统的构建及精度检验

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中国临床解剖学杂志 2020年第4期38卷 444-449页

作者：林泽宇谢雨杉谢普生凌钦杰黄学成黄文华南方医科大学基础医学院人体解剖学教研室广东省医学生物力学重点实验室广东省医学3D打印应用转化工程技术研究中心广州510515 南方医科大学基础医学院生物信息学广州510515 广东医科大学广东湛江524023

目的构建腰椎智能医学图像建模系统,替代分析人员完成有限元建模过程中对腰椎活动度的繁复计算工作。方法利用python语言构建一个附和系统,包括录制程序与回放程序。通过Geomagic的偏差分析功能评估智能建模与人工建模二者的偏差分布,... 详细信息

目的构建腰椎智能医学图像建模系统,替代分析人员完成有限元建模过程中对腰椎活动度的繁复计算工作。方法利用python语言构建一个附和系统,包括录制程序与回放程序。通过Geomagic的偏差分析功能评估智能建模与人工建模二者的偏差分布,并分别构建腰椎的非线性有限元模型,验证模型对有限元分析结果的影响。结果本课题建立智能腰椎复位系统,成功构建腰椎体的三维模型。与人工建模进行偏差分析,超过98%的区域0偏差。有限元活动度存在些许差异,经配对t检验,差异无统计学意义(P=0.2)。结论利用智能建模系统构建的三维腰椎模型,精确度较高且对有限元分析结果未产生影响。

关键词：腰椎智能建模系统有限元偏差分析

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成年人双侧膝关节形态学相似程度分析

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中国临床解剖学杂志 2020年第3期38卷 314-320,326页

作者：谢雨杉林泽宇谢普生黄文华南方医科大学基础医学院人体解剖学教研室广东省医学生物力学重点实验室广东省医学3D打印应用转化工程技术研究中心广州510515 南方医科大学基础医学院生物信息学系广州510515 广东医科大学广东湛江524023

目的通过比较双侧膝关节的形态学参数,评估利用镜像法逆向重建膝关节假体的有效性。方法以健侧为模板提取参数,基于逆向工程思路重建膝关节假体。实验共收集双侧CT分析区域数据正常的胫骨18例、股骨69例,进行三维重建,利用Geomagic Cont... 详细信息

目的通过比较双侧膝关节的形态学参数,评估利用镜像法逆向重建膝关节假体的有效性。方法以健侧为模板提取参数,基于逆向工程思路重建膝关节假体。实验共收集双侧CT分析区域数据正常的胫骨18例、股骨69例,进行三维重建,利用Geomagic Control 2015进行配准,分别计算双侧膝关节的胫骨、股骨的偏差体积和面积及软件处理偏差,分析双侧膝关节的形态学差异,验证镜像法结合逆向工程技术设计个性化假体的可行性。结果偏差分析结果显示,超过85%区域差异小于1 mm,双侧膝关节存在高度的相似性。用Geomagic进行曲面优化前后股骨表面积无显著差异(P=0.197),胫骨表面积也无统计学差异(P=0.798)。股骨相似程度为(0.3427±0.9956)mm,胫骨的相似程度为(0.4165±1.0714)mm。结论双侧股骨远端及胫骨近端的关节面区域存在较高的相似性,可以利用健侧的股骨关节面原位逆向建模数据拟合的方法设计个性化假体。

关键词：膝关节假体个性化相似性偏差分析逆向工程

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家庭睡眠监测仪的研制

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中国医疗设备 2009年第11期24卷 28-29,108页

作者：张正刚梁妃学南方医科大学基础医学院生理学教研室广东广州510515 南方医科大学基础医学院生物信息学研究室广东广州510515

本文介绍了一种家庭用的睡眠监测仪其硬件和软件设计方法。该仪器能同时监测磨牙和打呼噜,并在发生阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合症(OSAHS)和(或)快速磨牙时产生电刺激,唤醒被监测者,中止呼噜和磨牙,提高本人和家庭成员的睡眠质量。

关键词：睡眠监测仪睡眠质量睡眠呼吸综合症

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小鼠下丘听觉局部电位与麻醉过程

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数理医药学杂志 2009年第4期22卷 406-409页

作者：梁妃学邓亲恺肖中举广东南方医科大学基础医学院生物信息学研究室广州510515 南方医科大学基础医学院生理学教研室

目的：研究小鼠下丘听觉局部电位的潜伏期在麻醉过程中的变化特点。方法：15只4～6周BALB／c小鼠分为两组，分别用1倍标准剂量麻醉药和1．25倍标准剂量麻醉药进行麻醉，同时记录麻醉代谢过程中小鼠的听觉局部电位波形，并用Matlab软件... 详细信息

目的：研究小鼠下丘听觉局部电位的潜伏期在麻醉过程中的变化特点。方法：15只4～6周BALB／c小鼠分为两组，分别用1倍标准剂量麻醉药和1．25倍标准剂量麻醉药进行麻醉，同时记录麻醉代谢过程中小鼠的听觉局部电位波形，并用Matlab软件提取听觉局部电位的潜伏期。结果：小鼠的听觉局部电位的潜伏期随麻醉代谢过程表现先缓慢上升，达到最大后再相对快速下降的变化过程，这种变化特点与刺激声音的强度无关，但有麻醉药剂量依赖性。

关键词：听觉局部电位潜伏期下丘麻醉

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