目的探讨19个组蛋白赖氨酸去甲基化酶(KDMs)在膀胱癌多组学中的表达模式与潜在作用。方法本研究使用UALCAN和GSCALite分析来自TCGA的膀胱癌样本的KDMs的转录表达和甲基化水平、体细胞变异多组学高通量测序数据。使用Kaplan Meier-Plotter和Assistant for clinical bioinformatics探讨KDMs的表达对BLCA样本的预后影响。利用Timer和GSCALite分析KDMs在膀胱癌中的免疫浸润和药物敏感性。结果分析结果首先揭示了KDMs在膀胱癌多组学中的表达特征,并不是所有KDMs都具有一致的表达模式。转录组数据分析显示KDM1A/1B/2B/4A/4B/5B/5C的表达上调(P<0.05),而KDM3B/6B/7C的表达下调。甲基化水平差异分析显示KDM1A/3B/4A/4B/4C/5A/5B/5C/7B的甲基化水平下调,而KDM7C甲基化水平上调(P<0.05)。相关性分析显示,14个KDMs家族成员的转录水平与甲基化水平呈负相关,其中KDM1A最显著。突变分析显示,KDM6A非同义突变频率最高,突变种类最多,且与其它KDMs的非同义突变具有互补性。生存分析显示,KDM3A/4C/5D/6A/7B对BLCA患者总生存率具有保护性作用,而KDM3B/5B/5C对BLCA患者无复发生存率具有危险性影响。综合预后模型证实KDM4C/6A/7B具有膀胱癌预后生物标志物的潜在作用,其表达与BLCA患者免疫浸润呈正相关。药物敏感性分析显示,KDM2B/3B/4B/4C/5A与大多数抗癌药物呈负相关,而KDM2B/4B与6种抗癌药物呈正相关(P<0.05)。结论本研究系统性地揭示了KDMs基因家族在膀胱癌中的高突变互补性、过表达与低甲基化负相关性的特征,并与膀胱癌预后、免疫浸润和药物敏感性密切相关。
目的计算并预测13 562个GENCODE项目首期鉴定的人类长链非编码RNA在16个哺乳动物的直系同源基因,并建立数据库Long Man,为长链非编码RNA研究提供重要数据。方法使用RNAfold预测13 562个人类长链非编码RNA每个外显子的结构;使用Infernal对每个外显子进行基因组搜索,分析其在16个哺乳动物可能的同源外显子;分析每个人类长链非编码RNA是否有同源基因;分析同源长链非编码RNA中的转座子和剪切信号;构造数据库的搜索引擎和输出界面;实现数据库维护更新机制。结果 Long Man目前收录133 646个直系同源长链非编码RNA;提供序列、比对、转座子和种系特异性插缺(indel)等信息;提供多条件组合查询;提供显示与下载功能。结论 Long Man是首个大规模多种系同源长链非编码RNA数据库,对长链非编码RNA比较与功能研究具有重要价值。
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