检索结果-内蒙古大学图书馆

电子学报 2005年第1期33卷 78-82页

作者：庄永龙马飞周敏沈岩李衍达清华大学生物信息学研究所教育部生物信息学重点实验室北京100084 中国协和医科大学基础医学院

随着人类基因组计划的实施 ,生命科学研究已进入后基因组时代 .人们基于指数形式增长的核酸、蛋白质序列和结构等数据 ,开发了数百种不同类型的数据库 .由于不同数据库存贮和检索方式的极大差异 ,给研究者对它们的整合应用造成了一定的... 详细信息

随着人类基因组计划的实施 ,生命科学研究已进入后基因组时代 .人们基于指数形式增长的核酸、蛋白质序列和结构等数据 ,开发了数百种不同类型的数据库 .由于不同数据库存贮和检索方式的极大差异 ,给研究者对它们的整合应用造成了一定的难度 .本文建立了一个基于多Agent的生物信息数据整合系统 BioAgent,通过信息采集A gent、信息整合Agent、用户Agent的协调 ,完成数据抽取、数据标准化、数据存储、数据融合、Web显示等工作流程 ,以实现数据整合的自动化 .同时利用BioAgent系统 ,开发了人类精神分裂症相关基因的突变信息多层次定位数据库 .

关键词：生物信息学数据整合 XML 多Agent

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人类遗传突变数据库及其应用

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遗传 2004年第4期26卷 514-518页

作者：庄永龙周敏李衍达沈岩清华大学自动化系生物信息学研究所教育部生物信息学重点实验室北京100084 中国协和医科大学基础医学院

随着人类基因组序列草图的完成,基因组突变的研究显得日益重要,而越来越多的突变信息的积累,使得各种突变数据库相继诞生。根据各种数据库的功能,对目前的人类突变相关数据库资源进行了分类总结,分类为突变数据库、单核苷酸多态信息数... 详细信息

随着人类基因组序列草图的完成,基因组突变的研究显得日益重要,而越来越多的突变信息的积累,使得各种突变数据库相继诞生。根据各种数据库的功能,对目前的人类突变相关数据库资源进行了分类总结,分类为突变数据库、单核苷酸多态信息数据库、与疾病相关的突变数据库、突变对蛋白质的影响、突变图谱以及特定基因的突变信息,分析该如何合理使用这些遗传突变数据资源,以及目前的突变数据库所存在的问题。

关键词：突变数据库遗传突变 SNP

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基于结直肠癌细胞系MIC50相关基因对的基础耐药评分模型构建

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遗传 2020年第6期42卷 577-585页

作者：陈湖星徐蕾李静郭政敖露福建医科大学基础医学院医学生物信息学福建省高校重点实验室消化道恶性肿瘤教育部重点实验室福州350122

癌细胞系模型已广泛用于药物敏感性测试及耐药标志筛选。然而研究者常忽视癌细胞系的基础耐药性,导致许多药效标志物难以应用于临床实践。为评估肿瘤细胞系的基础耐药性水平及其与临床药效的相关性,本研究以48种结直肠癌(colorectal can... 详细信息

癌细胞系模型已广泛用于药物敏感性测试及耐药标志筛选。然而研究者常忽视癌细胞系的基础耐药性,导致许多药效标志物难以应用于临床实践。为评估肿瘤细胞系的基础耐药性水平及其与临床药效的相关性,本研究以48种结直肠癌(colorectal cancer,CRC)细胞系为例,通过计算265种药物IC50值之间的相关性系数,以每种CRC细胞系对上述药物IC50的中值构建可反映基础耐药性水平的评估指标MIC50,并识别出表达值与MIC50显著正相关的基因。然后基于样本内基因表达值的相对大小秩序关系构建临床CRC组织样本的基础耐药评分模型。结果表明:在药物两两间IC50的相关系数中,有99%以上呈显著正相关(FDR<0.05),证明CRC细胞系存在基础耐药性特征;与MIC50显著相关602个基因,富集到4个与肿瘤耐药密切相关的功能模块。根据5368个MIC50相关基因对,筛选出一个由21个基因对组成的5-FU联合用药评分模型,卡方检验结果表明患者基础耐药性水平的高低与用药后的响应信息显著相关,生存分析显示低分组患者比高分组患者预后更好。本研究结果为CRC联合化疗耐药机制的研究及临床个体化用药提供了一定的理论依据。

关键词：癌细胞系基础耐药性水平 MIC50

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基于生物电阻抗法的椎弓根螺钉植入导航系统

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电子技术应用 2013年第4期39卷 112-114页

作者：钟胜河朱浩郭劲松梁妃学许俊杰王智运南方医科大学基础医学院生物信息学重点实验室广东广州510515 广州军区广州总医院广东广州510010

介绍一种基于生物电阻抗测量椎弓根螺钉植入手术导航系统。在实验用家猪的6节椎骨上进行了初步实验,所获取的相关生物电阻抗实验数据表明,该导航系统能实时、准确地反应插入电极到达骨组织的不同部位,从而可望在临床椎弓根螺钉植入手术... 详细信息

介绍一种基于生物电阻抗测量椎弓根螺钉植入手术导航系统。在实验用家猪的6节椎骨上进行了初步实验,所获取的相关生物电阻抗实验数据表明,该导航系统能实时、准确地反应插入电极到达骨组织的不同部位,从而可望在临床椎弓根螺钉植入手术中起到导航作用。

关键词：生物电阻抗椎弓根螺钉植入手术 MSP430F1612 直接数字合成技术

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用静息张力表征离体蟾蜍腓肠肌等长收缩能力

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南方医科大学学报 2008年第8期28卷 1412-1414,1418页

作者：廖飞郭睿李生兵左渝萍陆杰孙安平重庆医科大学药学院重庆市生物化学与分子药理学重点实验室生物信息学与分子工程研究室重庆400016 重庆医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室重庆400016 重庆医科大学基础医学院生理学教研室重庆400016

目的考察用静息张力表征离体蟾蜍腓肠肌等长收缩能力的有效性。方法SOD抑制剂和维生素C联合作用蟾蜍腓肠肌,记录电刺激(12VDC,2ms波宽,2s间隔)下等长收缩张力变化,单指数函数加权拟合90%峰张力后的松弛过程测定松弛速度和静息张力表征... 详细信息

目的考察用静息张力表征离体蟾蜍腓肠肌等长收缩能力的有效性。方法SOD抑制剂和维生素C联合作用蟾蜍腓肠肌,记录电刺激(12VDC,2ms波宽,2s间隔)下等长收缩张力变化,单指数函数加权拟合90%峰张力后的松弛过程测定松弛速度和静息张力表征收缩能力。结果收缩1.0min后对照静息张力在7.0min内单调下降而药物处理后静息张力先降后升,7.0min后处理组静息张力相对初始值的增加值显著高于对照组。同时,对照松弛速度大多单调下降,药物处理后松弛速度多数先升后降,且10.0min内其松弛速度总低于相同时刻的对照组。结论静息张力可反映肌肉收缩能力。

关键词：蟾蜍腓肠肌等长收缩能力肌肉损伤静息张力松弛速度

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偏执型精神分裂症与4个涉及多巴胺代谢的基因之间的关联分析

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遗传 2006年第4期28卷 403-406页

作者：李俊宁许琪沈岩季梁清华大学生物信息学教育部重点实验室清华大学自动化系北京100084 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分... 详细信息

精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分析结果支持如下假说:COMT-136-BclⅠ对Val108/158Met有调控作用。当前者的基因型是CC时,后者的易感等位基因型是Met(A);而当前者的基因型是GG时,后者的易感等位基因型是Val(G)。这一新的假说可以解释此前单基因座分析对Val108/158Met(COMT)的截然相反的报道,同时也显示了多基因座分析对复杂疾病研究的必要性。

关键词：偏执型精神分裂症儿茶酚氧位甲基转移酶基因多基因座关联分析

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腰椎智能医学图像建模系统的构建及精度检验

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中国临床解剖学杂志 2020年第4期38卷 444-449页

作者：林泽宇谢雨杉谢普生凌钦杰黄学成黄文华南方医科大学基础医学院人体解剖学教研室广东省医学生物力学重点实验室广东省医学3D打印应用转化工程技术研究中心广州510515 南方医科大学基础医学院生物信息学广州510515 广东医科大学广东湛江524023

目的构建腰椎智能医学图像建模系统,替代分析人员完成有限元建模过程中对腰椎活动度的繁复计算工作。方法利用python语言构建一个附和系统,包括录制程序与回放程序。通过Geomagic的偏差分析功能评估智能建模与人工建模二者的偏差分布,... 详细信息

目的构建腰椎智能医学图像建模系统,替代分析人员完成有限元建模过程中对腰椎活动度的繁复计算工作。方法利用python语言构建一个附和系统,包括录制程序与回放程序。通过Geomagic的偏差分析功能评估智能建模与人工建模二者的偏差分布,并分别构建腰椎的非线性有限元模型,验证模型对有限元分析结果的影响。结果本课题建立智能腰椎复位系统,成功构建腰椎体的三维模型。与人工建模进行偏差分析,超过98%的区域0偏差。有限元活动度存在些许差异,经配对t检验,差异无统计学意义(P=0.2)。结论利用智能建模系统构建的三维腰椎模型,精确度较高且对有限元分析结果未产生影响。

关键词：腰椎智能建模系统有限元偏差分析

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成年人双侧膝关节形态学相似程度分析

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中国临床解剖学杂志 2020年第3期38卷 314-320,326页

作者：谢雨杉林泽宇谢普生黄文华南方医科大学基础医学院人体解剖学教研室广东省医学生物力学重点实验室广东省医学3D打印应用转化工程技术研究中心广州510515 南方医科大学基础医学院生物信息学系广州510515 广东医科大学广东湛江524023

目的通过比较双侧膝关节的形态学参数,评估利用镜像法逆向重建膝关节假体的有效性。方法以健侧为模板提取参数,基于逆向工程思路重建膝关节假体。实验共收集双侧CT分析区域数据正常的胫骨18例、股骨69例,进行三维重建,利用Geomagic Cont... 详细信息

目的通过比较双侧膝关节的形态学参数,评估利用镜像法逆向重建膝关节假体的有效性。方法以健侧为模板提取参数,基于逆向工程思路重建膝关节假体。实验共收集双侧CT分析区域数据正常的胫骨18例、股骨69例,进行三维重建,利用Geomagic Control 2015进行配准,分别计算双侧膝关节的胫骨、股骨的偏差体积和面积及软件处理偏差,分析双侧膝关节的形态学差异,验证镜像法结合逆向工程技术设计个性化假体的可行性。结果偏差分析结果显示,超过85%区域差异小于1 mm,双侧膝关节存在高度的相似性。用Geomagic进行曲面优化前后股骨表面积无显著差异(P=0.197),胫骨表面积也无统计学差异(P=0.798)。股骨相似程度为(0.3427±0.9956)mm,胫骨的相似程度为(0.4165±1.0714)mm。结论双侧股骨远端及胫骨近端的关节面区域存在较高的相似性,可以利用健侧的股骨关节面原位逆向建模数据拟合的方法设计个性化假体。

关键词：膝关节假体个性化相似性偏差分析逆向工程

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多巴胺通路的基因与精神分裂症风险的多位点关联研究

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中国科学（C辑） 2004年第5期34卷 465-470页

作者：孙向青贾彦彬张学工许琪沈岩李衍达清华大学教育部生物信息学重点实验室清华大学自动化系北京100084 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

精神分裂症是一种严重的精神疾患,全世界的群体发病率约为1％.一般认为它是一种复杂的多基因疾病,其致病因素是多个基因的联合作用.有证据表明多巴胺递质系统的改变与精神分裂症有关.为了发现多巴胺代谢通路中的精神分裂症易感基因,收集... 详细信息

精神分裂症是一种严重的精神疾患,全世界的群体发病率约为1％.一般认为它是一种复杂的多基因疾病,其致病因素是多个基因的联合作用.有证据表明多巴胺递质系统的改变与精神分裂症有关.为了发现多巴胺代谢通路中的精神分裂症易感基因,收集了82个精神分裂症病例和108个与之匹配的正常对照,分析了该人群位于多巴胺代谢通路上的24个基因中的59个单核苷酸多态性(SNPs)位点.由于传统的单位点关联研究忽视了复杂疾病的多基因致病性的本质,不考虑易感基因之间的相互作用,因此提出了一个多位点的关联分析方法,该方法用致病后验概率度量一个多位点基因型组合的致病风险,并用一套基于扰动和平均的算法来检测易感的多位点基因型组合和抑制噪声,避免在结果中包含假阳性位点.发现了一个三位点的SNP组合,相应的基因组合为COMT和ALDH3B1基因,对精神分裂症高度易感.

关键词：精神分裂症关联研究多巴胺易感基因通路 SNP 位点基因型代谢基因组合

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苛求芽孢杆菌胞外尿酸酶的表征及其在血清尿酸测定中的应用

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华中科技大学学报（医学版） 2007年第2期36卷 239-242页

作者：赵运胜赵利娜杨根庆陶佳卜友泉廖飞重庆医科大学重庆市生物化学与分子药理学重点实验室生物信息学与分子工程研究室重庆400016 重庆医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室重庆400016

目的考察苛求芽孢杆菌（ATCC 26904）分泌型尿酸酶的特性和将其应用于直接动力学尿酸酶法测定血清尿酸的有效性。方法苛求芽孢杆菌分泌的尿酸酶经DEAE-cellulose层析纯化后，用于以积分法分析尿酸酶反应曲线预测反应体系本底的直接动力... 详细信息

目的考察苛求芽孢杆菌（ATCC 26904）分泌型尿酸酶的特性和将其应用于直接动力学尿酸酶法测定血清尿酸的有效性。方法苛求芽孢杆菌分泌的尿酸酶经DEAE-cellulose层析纯化后，用于以积分法分析尿酸酶反应曲线预测反应体系本底的直接动力学尿酸酶法测定血清尿酸。结果苛求芽孢杆菌分泌的尿酸酶只含1种肽链，分子量为34．7kD（1kD=0．9921ku），其米氏常数为（0．22±0．01）mmol／L（n=11），黄嘌呤抑制常数为（36±3）μmol／L（n=4）。用此尿酸酶，只要被分析反应曲线终点的底物浓度低于起点的30％，应用积分法就能可靠预测本底；直接测定反应前吸收，可使直接动力学尿酸酶法不受常见血清成分、酶活性变化和15μmol／L黄嘌呤等干扰。监测0．025U／ml尿酸酶反应5min的数据，其线性响应范围为1～50μmol／L；所得临床标本血清尿酸含量（Ct）与过氧化物酶偶联间接终点平衡法（Ce）正相关（Ck=-0．008＋1．046Ce，r=0．996，n=206），但Bland—Altman法分析表明两种方法不一致。结论苛求芽孢杆菌分泌的尿酸酶可用于直接动力学尿酸酶法测定尿酸，并可保障其优势。

关键词：直接动力学尿酸酶法血清尿酸测定苛求芽孢杆菌分泌型尿酸酶

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