检索结果-内蒙古大学图书馆

水产学报 2024年第11期48卷 44-56页

作者：宦章李东宇李伟豪高进王中铎潘志董忠典广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室广东湛江 524088 北京市水产技术推广站北京 100176 海南热带海洋学院热带海洋生物资源利用与保护教育部重点实验室海南三亚 572022 广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室广东湛江 524088 广东海洋大学广东省水产动物病害防控与健康养殖重点实验室广东湛江 524088

为深入解析苏氏圆腹䰶的遗传信息和开展基因功能研究,本实验分别提取性成熟苏氏圆腹䰶脑、鳃、心脏、肝脏、脾脏、头肾、胃、肠、性腺和肌肉组织的总RNA,等质量混合为一个样本后,利用PacBio高通量测序平台单分子实时测序技术对其进行了测... 详细信息

为深入解析苏氏圆腹䰶的遗传信息和开展基因功能研究,本实验分别提取性成熟苏氏圆腹䰶脑、鳃、心脏、肝脏、脾脏、头肾、胃、肠、性腺和肌肉组织的总RNA,等质量混合为一个样本后,利用PacBio高通量测序平台单分子实时测序技术对其进行了测序分析,获得了性成熟苏氏圆腹䰶各组织的全长转录组信息.结果显示,在苏氏圆腹䰶中共获得 1 487 336 条高质量reads,平均长度和N50 分别为 83 592 和 162 901 bp;校正后共获得1005955 条循环一致序列(circular consensus sequencing,CCS),过滤后共鉴定出667973条含有polyA结构的全长非嵌合序列(full-length non-concatemer,FLNC)序列,平均长度和N50 分别为 2 057 和 2 359 bp.614 078 条(91.93%)FLNC用于基因和转录本的注释,鉴定到的 19 835 个已知基因对应 80 915 个转录本,9 348 个新基因对应 9 954 条新转录本,预测到 50 311 个开放阅读框、79 922 个可变剪接、18 个融合基因和 20 215 个选择性多聚腺苷酸化位点.新基因在NR、GO、KEGG、KOG和SwissProt数据库中分别有3912、2385、2 167、81 和 1 520 个获得注释.另外,还预测到 4 624 个长链非编码RNA,调控 32 283个靶mRNA.研究表明,通过全长转录组测序数据及功能注释分析,丰富了苏氏圆腹䰶的遗传资源信息.本研究可为进一步开展苏氏圆腹䰶生物学特性、基因功能研究提供基础.

关键词：苏氏圆腹䰶全长转录组基因功能可变剪切长链非编码RNA

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雌、雄弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏转录组比较分析

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海洋与湖沼 2020年第5期51卷 1203-1213页

作者：董忠典黎学友廖健张宁郭昱嵩王中铎广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖重点实验室湛江524088

为发掘弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏功能基因、开发环境检测标记基因,本研究采用RNA-Seq技术分别测定了性成熟雌、雄弓背青鳉肝脏转录组,并获得80095044和87043984条clean reads,合并拼接出49912个unigenes(N50=2394bp)。基因表达... 详细信息

为发掘弓背青鳉(Oryzias curvinotus)肝脏功能基因、开发环境检测标记基因,本研究采用RNA-Seq技术分别测定了性成熟雌、雄弓背青鳉肝脏转录组,并获得80095044和87043984条clean reads,合并拼接出49912个unigenes(N50=2394bp)。基因表达差异分析显示在雌、雄弓背青鳉肝脏组织中存在571个差异基因(DEGs),其中364个在雄鱼中高表达,207个在雌鱼中高表达。GO和KEGG分析表明差异基因主要参与激素合成、免疫反应、氧化还原反应及卵黄发生等生物学过程。进一步,在转录组中筛选到了多个环境雌激素相关标记基因(vtgs,chgs,er,cyp450等),且这些基因在雌鱼肝脏中的表达水平显著高于雄鱼。研究结果丰富了弓背青鳉的基因资源,为研究基因功能提供了数据,也有助于进一步研究鱼类肝脏在不同性别之间的功能。

关键词：弓背青鳉肝脏转录组测序差异基因生物标志物

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鰤鱼诺卡氏菌多重PCR分型方法的建立与应用

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大连海洋大学学报 2024年第6期39卷 956-967页

作者：李雨豪陈宝鑫费晴林冠英黄婷夏立群广东海洋大学水产学院广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室广东湛江524088 广东海洋大学深圳研究院广东省水生动物健康评估工程技术研究中心深圳海水经济动物种苗健康评价公共技术服务平台广东深圳518120 广西壮族自治区水产科学研究院广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室广西南宁530021

为建立一种鰤鱼诺卡氏菌(Nocardia seriolae)多重PCR的分型方法,对已公布的20个鰤鱼诺卡氏菌全基因组数据进行对比分析,筛选鰤鱼诺卡氏菌种内差异基因片段并设计PCR引物,经单重PCR验证确认后进行引物组合、引物配比优化,构建鰤鱼诺卡氏... 详细信息

为建立一种鰤鱼诺卡氏菌(Nocardia seriolae)多重PCR的分型方法,对已公布的20个鰤鱼诺卡氏菌全基因组数据进行对比分析,筛选鰤鱼诺卡氏菌种内差异基因片段并设计PCR引物,经单重PCR验证确认后进行引物组合、引物配比优化,构建鰤鱼诺卡氏菌的多重PCR菌株分型方法,并对该菌株分型方法进行灵敏度分析和病例应用。结果表明:在试验中构建的多重PCR菌株分型方法可用于鰤鱼诺卡氏菌培养物和感染鱼样分型,并确认鰤鱼诺卡氏菌ArsC、AraC、ISOPREN、ALAT、IclR基因片段具有种内差异;其中多重PCR引物组合Ⅰ(ISOPREN-F/R、ALAT-F/R、IclR-F/R)引物最优配比为ISOPREN-F/R∶ALAT-F/R∶IclR-F/R=2∶1∶2,灵敏度达125 pg/μL,组合Ⅱ(AraC-F/R、ALAT-F/R、IclR-F/R)引物最佳配比为AraC-F/R∶ALAT-F/R∶IclR-F/R=1∶1∶1,灵敏度达500 pg/μL,组合Ⅲ(ArsC-F/R、ALAT-F/R、IclR-F/R)引物最佳配比为ArsC-F/R∶ALAT-F/R∶IclR-F/R=1∶2∶2,灵敏度达500 pg/μL。研究表明,本研究中建立的鰤鱼诺卡氏菌的多重PCR菌株分型方法,可在1~2 h内完成鰤鱼诺卡氏菌的菌株分型鉴定,为水产实践中鰤鱼诺卡氏菌感染病例的菌株分型提供了快速、准确、实用的鉴定方法,可助力鱼类诺卡氏菌病的防控。

关键词：鰤鱼诺卡氏菌多重PCR 菌株分型

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西施舌代谢物对单细胞藻类的促生长作用研究

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安徽农业科学 2022年第14期50卷 87-91页

作者：罗杰王中铎姚泽彬广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东普通高校重点实验室广东湛江524025

在实验室条件下,按规格将西施舌分为A[(2.67±0.12)cm]、B[(4.43±0.24)cm]、C[(6.42±0.27)cm]、D[(8.38±0.18)cm]和E[(10.16±0.27)cm]5组,研究了西施舌代谢物对湛江等鞭金藻、牟氏角毛藻、亚心形扁藻及波吉卵囊... 详细信息

在实验室条件下,按规格将西施舌分为A[(2.67±0.12)cm]、B[(4.43±0.24)cm]、C[(6.42±0.27)cm]、D[(8.38±0.18)cm]和E[(10.16±0.27)cm]5组,研究了西施舌代谢物对湛江等鞭金藻、牟氏角毛藻、亚心形扁藻及波吉卵囊藻4种单胞藻生长的影响。结果表明:西施舌代谢物对4种单胞藻的生长具有明显的促进作用,对不同种类单胞藻的促生长效果也存在较大差异。西施舌代谢物对湛江等鞭金藻、牟氏角毛藻的促生长作用明显优于亚心形扁藻和波吉卵囊藻;由于不同规格的西施舌排泄量不同,因而其对单胞藻的促生长效果差异极显著(P<0.01)。藻细胞的增长量随着西施舌规格的增大而增大,且D、E组单胞藻的生长维持时间较长,168 h还处于生长期。西施舌的规格与藻细胞的增长量呈正相关,其关系曲线可用Y=aln X+b表示。

关键词：西施舌代谢物单细胞藻类促生长

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卵形鲳鲹生物学及繁养殖技术研究进展

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大连海洋大学学报 2025年第1期40卷 1-11页

作者：陈华谱广东海洋大学水产学院广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室广东省海水养殖生物育种工程实验室广东湛江524088 广东省农业技术推广中心广东广州510520

卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)是海水网箱、深远海大型化设施养殖的优良品种。近年来,中国卵形鲳鲹养殖业快速发展,卵形鲳鲹繁养殖关键技术获得突破,但其基础生物学及遗传育种研究相对薄弱导致的养殖性能下降等问题已成为产业可持续发... 详细信息

卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)是海水网箱、深远海大型化设施养殖的优良品种。近年来,中国卵形鲳鲹养殖业快速发展,卵形鲳鲹繁养殖关键技术获得突破,但其基础生物学及遗传育种研究相对薄弱导致的养殖性能下降等问题已成为产业可持续发展的瓶颈。为揭示产业研究发展现状,本文综述了卵形鲳鲹的生物学特征,包括资源分布、栖息环境、形态及和繁殖生物学特征等,总结了近年来相关人工繁育与养殖、生理生态、遗传学等方面的研究成果,并结合卵形鲳鲹资源开发、养护及发展前景提出了未来的研究方向,包括良种选育、基础遗传机制、性腺发育调控机制及新品系开发4个方面,以期为未来卵形鲳鲹产业的稳定发展提供有益参考。

关键词：卵形鲳鲹生物学繁育养殖

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大口黑鲈对六种非粮蛋白源的表观消化率

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水生生物学报 2022年第8期46卷 1187-1196页

作者：时于惠祝书杰谭北平张文兵周小秋郜卫华迟淑艳长江大学涝渍灾害与湿地农业湖北省重点实验室荆州434024 广东海洋大学水产经济动物养殖广东南海重点实验室湛江524088 中国海洋大学教育部海洋培养重点实验室青岛266003 四川农业大学动物营养研究所成都611130

实验以0.1%三氧化二钇(Y_(2)O_(3))为外源指示剂, 用“70%基础饲料+30%待测饲料原料”的方法配制实验饲料。测定初始体重为(19.28±0.10) g的大口黑鲈(Micropterus salmoides)对荚膜甲基球菌蛋白、乙醇梭菌蛋白、黄粉虫粉、酶解大... 详细信息

实验以0.1%三氧化二钇(Y_(2)O_(3))为外源指示剂, 用“70%基础饲料+30%待测饲料原料”的方法配制实验饲料。测定初始体重为(19.28±0.10) g的大口黑鲈(Micropterus salmoides)对荚膜甲基球菌蛋白、乙醇梭菌蛋白、黄粉虫粉、酶解大豆、小球藻和棉籽浓缩蛋白的干物质、蛋白质、脂肪、能量和氨基酸的表观消化率。结果显示, 6种实验原料干物质的表观消化率在37.27%—86.43%(荚膜甲基球菌蛋白>乙醇梭菌蛋白>酶解大豆>黄粉虫粉>小球藻>棉籽浓缩蛋白), 其中荚膜甲基球菌蛋白干物质的表观消化率最高, 乙醇梭菌蛋白次之, 黄粉虫粉、酶解大豆和小球藻之间没有显著性差异, 均显著高于棉籽浓缩蛋白(P<0.05);蛋白质的表观消化率在79.97%—88.45%(荚膜甲基球菌蛋白>乙醇梭菌蛋白>黄粉虫粉>酶解大豆>小球藻>棉籽浓缩蛋白), 其中荚膜甲基球菌蛋白和乙醇梭菌蛋白均显著高于酶解大豆、小球藻和棉籽浓缩蛋白(P<0.05);脂肪的表观消化率在51.19%—97.48%(乙醇梭菌蛋白>荚膜甲基球菌蛋白>酶解大豆>小球藻>黄粉虫粉>棉籽浓缩蛋白);能量的表观消化率在43.25%—85.43%(荚膜甲基球菌蛋白>乙醇梭菌蛋白>酶解大豆>黄粉虫粉>小球藻>棉籽浓缩蛋白);水解总氨基酸表观消化率在70.52%—90.51%(荚膜甲基球菌蛋白>乙醇梭菌蛋白>黄粉虫粉>酶解大豆>小球藻>棉籽浓缩蛋白)。各原料17种氨基酸表观消化率变化趋势与蛋白质表观消化率变化趋势基本一致。综上所述, 荚膜甲基球菌蛋白和乙醇梭菌蛋白的脂肪、能量和氨基酸的表观消化率最高, 且和黄粉虫粉、酶解大豆及小球藻的脂肪、能量、氨基酸的表观消化率均优于棉籽浓缩蛋白。因此, 荚膜甲基球菌蛋白、乙醇梭菌蛋白、小球藻、酶解大豆和黄粉虫粉均是大口黑鲈比较理想的蛋白质来源, 可作为大口黑鲈饲料中替代鱼粉的候选物。

关键词：荚膜甲基球菌蛋白乙醇梭菌蛋白黄粉虫粉酶解大豆小球藻棉籽浓缩蛋白表观消化率大口黑鲈

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金钱鱼孕激素受体基因的克隆、鉴定与表达研究

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水产科学 2022年第1期41卷 23-34页

作者：石红娟黄健旋朱晨阳吴佳钢何飞祥江东能黄洋朱春华李广丽广东海洋大学水产学院南海水产经济动物增养殖广东省普通高校重点实验室广东湛江524088 广东省名特优鱼类生殖调控与繁育工程技术研究中心广东湛江524088 湛江市海洋生态与养殖环境重点实验室广东湛江524088

核受体(Pgr),隶属于核受体超家族,由核受体亚家族3C组成员3基因编码。孕酮通过结合Pgr介导其在脊椎动物繁殖过程中的生理学功能,因此,研究金钱鱼核受体基因(pgr基因)在不同组织及不同发育时期性腺中的表达模式,有助于为金钱鱼的繁殖提... 详细信息

核受体(Pgr),隶属于核受体超家族,由核受体亚家族3C组成员3基因编码。孕酮通过结合Pgr介导其在脊椎动物繁殖过程中的生理学功能,因此,研究金钱鱼核受体基因(pgr基因)在不同组织及不同发育时期性腺中的表达模式,有助于为金钱鱼的繁殖提供理论依据。笔者克隆金钱鱼的pgr基因,用Megalign软件比较Pgr氨基酸同源性,用MEGA 7.0.4软件构建系统进化树,利用反转录PCR和实时荧光定量PCR分别探究pgr mRNA在金钱鱼各组织和性腺发育过程中的表达。金钱鱼pgr基因的开放阅读框(ORF)的长度为2016 bp,共编码671个氨基酸。氨基酸序列相似性分析发现,它与同属一个分支的鲈形目大黄鱼同源性最高。组织分布结果显示,pgr基因在雌、雄金钱鱼各组织中均有表达,且性腺、垂体中的表达最高。在垂体中,外源雌激素17β-雌二醇(E2)能显著升高pgr基因的表达。此外,随着性腺的发育,pgr基因在性成熟金钱鱼精巢、卵巢中的表达量最高。因此,Pgr对金钱鱼的生殖细胞发育成熟可能十分重要。

关键词：金钱鱼孕酮核受体基因表达模式性腺发育

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马氏珠母贝CD-MPR基因序列特征及其在耐低温品系的选择分析

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南方农业学报 2023年第4期54卷 1224-1234页

作者：韩书雅钟如卓伍灵君宋欣霖赖卓欣郑哲王庆恒广东海洋大学水产学院广东湛江524088 广东省珍珠科技创新中心/广东省海水养殖生物育种工程实验室/广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室广东湛江524088

【目的】明确马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸受体(CD-MPR)基因(PmCD-MPR)多态性与其低温耐受能力的相关性,为马氏珠母贝耐低温品系的选育提供理论依据。【方法】采用RACE克隆PmCD-MPR基因序列全长,并... 详细信息

【目的】明确马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)阳离子依赖性甘露糖-6-磷酸受体(CD-MPR)基因(PmCD-MPR)多态性与其低温耐受能力的相关性,为马氏珠母贝耐低温品系的选育提供理论依据。【方法】采用RACE克隆PmCD-MPR基因序列全长,并运用实时荧光定量PCR检测PmCD-MPR基因在马氏珠母贝各组织及低温胁迫下的表达模式;基于马氏珠母贝耐低温选育系(R群体)和北部湾野生群体(W群体)的全基因组重测序数据筛选出PmCD-MPR基因外显子区的SNP位点,并通过遗传多态性分析、单倍型分析及频率计算获取与马氏珠母贝低温胁迫过程相关的SNP位点。【结果】PmCD-MPR基因序列全长902 bp,其开放阅读框(ORF)为792 bp,共编码263个氨基酸残基;PmCD-MPR基因编码蛋白分子量为30.22 kD,理论等电点(pI)为5.79,属于亲水性蛋白,在第18~263位氨基酸处含有1个典型的甘露糖-6-磷酸受体(Man-6-P_recep)结构域。CD-MPR氨基酸序列在N端的相似性较低,在C端的相似性较高;基于CD-MPR氨基酸相似性构建的系统发育进化树显示,马氏珠母贝与长牡蛎、加利福尼亚海兔等软体动物聚为一支,与经典的动物学分类相吻合。PmCD-MPR基因在马氏珠母贝肝胰腺的相对表达量最高,显著高于在性腺、闭壳肌和外套膜中的相对表达量(P<0.05,下同);低温胁迫组马氏珠母贝鳃组织中的PmCD-MPR基因相对表达量随着胁迫时间的延长整体上呈先上升后下降的变化趋势。从PmCD-MPR基因外显子区筛选获得34个SNPs位点,且这34个SNPs位点构成5个单倍块和15种单倍型,其中GCC、TG、CCCTCT等3种单倍型在R群体中的分布频率显著高于W群体,即与马氏珠母贝耐低温性状显著相关。【结论】PmCD-MPR基因参与马氏珠母贝的低温响应过程,与耐低温性状显著相关的基因型及单倍型可作为马氏珠母贝耐低温品系辅助育种的候选分子标记。

关键词：马氏珠母贝 PmCD-MPR基因低温耐受 SNP位点选择分析

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乌鳢肠道芽孢杆菌的分离鉴定及益生特性评估

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水生生物学报 2025年第6期49卷 3-13页

作者：赵浩航汪志文温依铭夏洪丽喻大鹏甘桢夏立群鲁义善广东海洋大学水产学院广东省水产动物病害防控与健康养殖重点实验室广东海洋大学深圳研究院广东省水生动物健康评估工程技术研究中心/深圳市海水经济动物种苗健康评价公共技术服务平台深圳义海生物科技有限公司

分离鉴定乌鳢(Channa argus)肠道芽孢杆菌,评估分离菌用作饲料添加剂的益生潜力。收集乌鳢肠道样本,研究采用稀释涂布法分离细菌,经16S rRNA序列比对和生化试验鉴定种属,并进行高温、酸碱、胆盐耐受性测定,黏附性测定和安全性测定等多... 详细信息

分离鉴定乌鳢(Channa argus)肠道芽孢杆菌,评估分离菌用作饲料添加剂的益生潜力。收集乌鳢肠道样本,研究采用稀释涂布法分离细菌,经16S rRNA序列比对和生化试验鉴定种属,并进行高温、酸碱、胆盐耐受性测定,黏附性测定和安全性测定等多项实验。从乌鳢肠道分离得到2株芽孢杆菌,经测序及BLAST比对,发现均为芽孢杆菌属,其中CA-1为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)高同源性菌株, CA-2为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)高同源性菌株。通过生化鉴定分别鉴定为CA-1贝莱斯芽孢杆菌和CA-2枯草芽孢杆菌。2株分离菌均为α-溶血,不具有生物膜,疏水性57.7%—73.4%,自凝集性71.5%—81.3%;可在强酸强碱环境和低浓度(0.5%)胆盐中存活;经过不同高温处理后仍可生长; 2株菌对常见的20种抗生素均不耐药及对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和嗜水气单胞菌有抑制作用。贝莱斯芽孢杆菌CA-1和枯草芽孢杆菌CA-2可在极端环境下生存,具有良好的黏附性能和一定的安全性,可作为乌鳢养殖中的潜在益生菌。

关键词：肠道益生菌贝莱斯芽孢杆菌枯草芽孢杆菌乌鳢

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罗非鱼TRAF3基因的表达及功能研究

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水生生物学报 2023年第2期47卷 308-315页

作者：夏洪丽汪志文黎源陈文捷龙梦喻大鹏程俊夏立群鲁义善广东海洋大学深圳研究院广东省水生动物健康评估工程技术研究中心深圳海水经济动物种苗健康评价公共技术服务平台深圳518120 广东海洋大学水产学院广东省水产动物病害防控与健康养殖重点实验室湛江524088 中国科学院水生生物研究所淡水生态与生物技术国家重点实验室武汉430000

肿瘤坏死因子受体(TNFR)相关因子3(TRAF3)是多种免疫途径中的关键调控因子。从尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)中克隆获得了TRAF3基因,命名为OnTRAF3(GeneBank ***258118),该基因包含1个环指结构域、1个锌指结构域、1个卷曲螺旋和MAT... 详细信息

肿瘤坏死因子受体(TNFR)相关因子3(TRAF3)是多种免疫途径中的关键调控因子。从尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)中克隆获得了TRAF3基因,命名为OnTRAF3(GeneBank ***258118),该基因包含1个环指结构域、1个锌指结构域、1个卷曲螺旋和MATH结构域。多序列比对表明,OnTRAF3与其他已知的TRAF3蛋白具有高度的相似性,尤其是MATH结构域。实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析显示,OnTRAF3在各组织中广泛分布,且在脑、皮肤、肠和鳃中表达量较高。在无乳链球菌诱导后,多个组织中的OnTRAF3表达量出现了不同程度的上调,说明OnTRAF3参与了罗非鱼的抗菌免疫应答。亚细胞定位实验显示,OnTRAF3分布在HEK293的细胞质和细胞核中。此外,荧光素酶报告基因实验结果显示,野生型(WT)OnTRAF3可显著激活NF-κB信号,而coiled-coil和MATH结构域缺失后,依然能够显著激活NF-κB活性,而RING和Zinc缺失后,该激活作用则明显减弱,表明RING和Zinc结构域是OnTRAF3在免疫信号通路中行使功能的关键结构域。研究为探索TRAF3在罗非鱼免疫应答中的功能提供了重要的基础。

关键词： TRAF3 免疫反应 NF-κB信号尼罗罗非鱼

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