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世界科学技术-中医药现代化 2022年第5期24卷 1781-1790页

作者：向如双孙伟段宝忠王艳 Botir Khaitov Atia tul Wahab 孟祥霄大理大学药学院大理671000 中国中医科学院中药研究所中药鉴定与安全性评估北京市重点实验室北京100700 卡拉奇大学国际化学与生命科学研究院化学研究所卡拉奇75270 国际生物盐农业中心塔什干100084 卡拉奇大学国际化学与生命科学研究院分子医学与药物研究所卡拉奇75270

目的基于基因组Survey分析对刺果甘草Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.基因组大小和杂合率进行估计,并通过叶绿体基因组序列特征对其在甘草属Glycyrrhiza L.中的系统发育位置进行研究。方法使用二代测序技术对刺果甘草进行测序,采用K-... 详细信息

目的基于基因组Survey分析对刺果甘草Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.基因组大小和杂合率进行估计,并通过叶绿体基因组序列特征对其在甘草属Glycyrrhiza L.中的系统发育位置进行研究。方法使用二代测序技术对刺果甘草进行测序,采用K-mer方法对测序reads进行分析,估算刺果甘草基因组大小和杂合率,使用生物信息学方法进行叶绿体基因组组装、注释和系统发育分析。结果 Survey分析结果显示其基因组大小约为577.82 Mb,杂合度约为0.31%,重复序列比例约为53.72%。叶绿体基因组长度为127,267 bp,不具有典型的四分体结构,总GC含量为34.32%,包含110个基因,其中76个蛋白质编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因。系统发育分析表明,刺果甘草与圆果甘草G. squamulosa Franch.亲缘较接近。结论刺果甘草存在低杂合和重复序列较多的特点,为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装,可尝试采用三代测序结合二代测序的分析策略进行基因组组装;刺果甘草叶绿体全基因组比对和系统发育分析,为后续开展甘草属遗传多样性研究和分子鉴定标记筛选提供了重要依据。

关键词：刺果甘草基因组Survey分析叶绿体基因组系统发育

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乌拉尔甘草TIFY基因家族鉴定及调控分析

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世界科学技术-中医药现代化 2022年第5期24卷 1855-1864页

作者：秦振芬孟祥霄温东朱雪雯王艳 Botir Khaitov Atia tul Wahab 孙伟中国中医科学院中药研究所/中药鉴定与安全性评估北京市重点实验室北京100700 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京100193 卡拉奇大学国际化学与生命科学研究院化学研究所卡拉奇75270 国际生物盐农业中心塔什干100084 卡拉奇大学国际化学与生命科学研究院分子医学与药物研究所卡拉奇75270

目的为了探索乌拉尔甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.)TIFY基因家族的特征并预测其功能,本研究在全基因组层面,应用生物信息学方法对乌拉尔甘草TIFY基因家族进行鉴定和分析。方法在乌拉尔甘草全基因组数据基础上,利用NCBI、MEME及TB... 详细信息

目的为了探索乌拉尔甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.)TIFY基因家族的特征并预测其功能,本研究在全基因组层面,应用生物信息学方法对乌拉尔甘草TIFY基因家族进行鉴定和分析。方法在乌拉尔甘草全基因组数据基础上,利用NCBI、MEME及TBtools等工具,结合基因保守结构域,对乌拉尔甘草TIFY基因家族的序列特征、分类、系统发育和基因表达模式进行分析。结果在乌拉尔甘草中鉴定到TIFY家族基因成员18个(GurTIFY1-GurTIFY18),分别属于TIFY、JAZ、PPD、ZML四个亚家族,编码的核苷酸长度为444-1266 bp,氨基酸长度在147-421 aa之间,等电点为4.57-9.68,分子质量为16741.11-44426.5 Da,含有10个保守基序和4个保守结构域。基因表达结果表明GurTIFY基因中GurTIFY15、GurTIFY4、GurTIFY1、GurTIFY11等在乌拉尔甘草叶和根中的表达水平具有显著差异性。结论本研究为深入理解TIFY基因响应非生物胁迫的调控机制和参与次生代谢物质累积的功能奠定基础,并为乌拉尔甘草优质品种选育提供科学参考。

关键词：生物信息学乌拉尔甘草 TIFY基因家族鉴定功能分析

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人参皂苷Rg1、Rb1、Rg1+Rb1改善东莨菪碱致小鼠认知障碍的作用比较

引用

中国比较医学杂志 2022年第4期32卷 94-101页

作者：魏山山王孟迪姜宁 Ayaz Ahmed 刘新民王琼西南医科大学附属中医医院中葡中医药国际合作中心/中西医结合学院四川泸州646000 中国农业科学院农产品加工研究所北京100193 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所药理毒理研究中心北京100193 巴基斯坦卡拉奇大学国际化学和生命科学研究院Panjwani博士分子医学和药物研究中心巴基斯坦卡拉奇74200

目的比较人参皂苷Rg1、Rb1、Rg1+Rb1改善东莨菪碱模型小鼠短期空间与非空间学习记忆的作用及机制。方法建立东莨菪碱所致认知障碍模型,采用物体认知实验、液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)法、比色法观察人参皂苷Rg1或Rb1(60μmol/kg),Rg1+R... 详细信息

目的比较人参皂苷Rg1、Rb1、Rg1+Rb1改善东莨菪碱模型小鼠短期空间与非空间学习记忆的作用及机制。方法建立东莨菪碱所致认知障碍模型,采用物体认知实验、液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)法、比色法观察人参皂苷Rg1或Rb1(60μmol/kg),Rg1+Rb1(各30μmol/kg相加)对模型小鼠的行为学和神经递质及氧化应激水平的影响。结果与对照组比较,模型小鼠的短期空间学习记忆和非空间学习记忆都受到严重损伤(P<0.001,P<0.001);而石杉碱甲和人参皂苷Rg1、Rb1、Rg1+Rb1给药能显著逆转模型小鼠所引起的短期非空间学习记忆损伤,但人参皂苷Rg1+Rb1改善短期空间学习记忆的能力弱于人参皂苷Rb1(P<0.01)。与对照组比较,模型小鼠海马ACh、5-HT、Glu水平都显著下降,石杉碱甲和人参皂苷Rg1、Rb1、Rg1+Rb1给药能使模型小鼠海马ACh、5-HT、Glu水平显著增加。与对照组比较,模型小鼠血清氧化应激水平显著增高,而石杉碱甲和人参皂苷Rg1、Rb1、Rg1+Rb1给药能使模型小鼠血清SOD、CAT、GSH活力显著增加和MDA水平显著下降,虽然人参皂苷Rg1+Rb1调节GSH活力水平的能力弱于人参皂苷Rb1(P<0.01,P<0.05),但在调节MDA的能力上,人参皂苷Rg1+Rb1强于人参皂苷Rg1、Rb1。结论尽管人参皂苷Rg1+Rb1在各自有效剂量减半组合的情况下,改善空间短时学习记忆的能力有所下降,但三者在改善短时非空间学习记忆损伤的效果是一样的。其差异可能与剂量的选择、调节脑内不同类神经递质ACh、5-HT、Glu和氧化应激水平SOD、CAT、GSH、MDA的能力有关。

关键词：短期空间学习记忆短期非空间学习记忆人参皂苷Rg1 人参皂苷Rb1

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腊肠树叶绿体基因组序列特征及其系统发育分析

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环球中医药 2022年第12期15卷 2266-2274页

作者：向如双段宝忠孙伟宋驰王艳 Atia tul Wahab 孟祥霄大理大学药学院 671000 中国中医科学院中药研究所中国中医科学院中药生物技术中心中国中医科学院中药数据中心成都中医药大学本草基因组学研究院卡拉奇大学国际化学与生命科学研究院化学研究所卡拉奇大学分子医学与药物研究所

目的获取腊肠树(Cassia fistula L.)叶绿体基因组信息特征,对其在决明属(Cassia Linn.)中的系统发育位置进行研究,为腊肠树有效的开发、保护和利用提供理论依据。方法使用Illumina测序技术对腊肠树进行测序,并结合生物信息学方法对其进... 详细信息

目的获取腊肠树(Cassia fistula L.)叶绿体基因组信息特征,对其在决明属(Cassia Linn.)中的系统发育位置进行研究,为腊肠树有效的开发、保护和利用提供理论依据。方法使用Illumina测序技术对腊肠树进行测序,并结合生物信息学方法对其进行叶绿体基因组组装、注释和系统发育分析。结果腊肠树叶绿体基因组长度为161,724 bp,具有典型的四分体结构,总GC含量为36.1%,包含128个基因,其中83个蛋白质编码基因,37个tRNA基因和8个rRNA基因。系统发育分析表明,7个决明属物种被聚为3支,美丽决明***、望江南***、铁刀木***和决明***聚为一支,腊肠树***与布鲁斯特决明***聚为一支,山扁豆Chamaecrista mimosoides单独聚为一支,且腊肠树与布鲁斯特决明***的亲缘关系最近。结论从叶绿体基因组系统发育的角度来看,本研究支持2010版的Flora of China的决明亚族植物种类的划分结论,决明属物种中的美丽决明***、望江南***、铁刀木***和决明***应归为番泻决明属(Senna),腊肠树***应归为决明属(Cassia),山扁豆***应归为山扁豆属(Chamaecrista)。

关键词：腊肠树叶绿体基因组决明属系统发育分子鉴定传统药物

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