检索结果-内蒙古大学图书馆

吉林大学学报（医学版） 2023年第5期49卷 1243-1252页

作者：徐雅琪王艳玉张文婧韩梅穆华夏杨希卜伟晓陶子琨孔雨佳石福艳王素珍潍坊医学院公共卫生学院卫生统计学教研室山东潍坊261053

目的:采用生物信息学方法识别与乙型肝炎病毒相关肝细胞癌(HBV-HCC)的早期诊断和不良预后相关的关键基因,阐明HBV-HCC发生发展的潜在分子机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中检索“hepatitis Binduced HCC”,下载基因数据集GSE1212... 详细信息

目的:采用生物信息学方法识别与乙型肝炎病毒相关肝细胞癌(HBV-HCC)的早期诊断和不良预后相关的关键基因,阐明HBV-HCC发生发展的潜在分子机制。方法:从基因表达综合数据库(GEO)中检索“hepatitis Binduced HCC”,下载基因数据集GSE121248,通过R软件中的“limma”数据包筛选差异表达基因(DEGs),采用“clusterProfiler”数据包对DEGs进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,采用STRING数据库和Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络并筛选关键基因。采用基因表达水平值的交互式分析(GEPIA)、Kaplan Meier-Plotter和人类蛋白质图谱(HPA)数据库验证关键基因及其蛋白质表达水平,采用“CIBERSORT”数据包分析免疫细胞的浸润情况。结果:共筛选出574个DEGs,其中上调基因173个,下调基因401个。GO功能富集分析,DEGs主要富集于小分子代谢、信号转导、免疫应答和炎症反应等生物学过程;KEGG通路富集分析,DEGs主要富集于视黄醇代谢、细胞色素P450对外源药物代谢通路和化学致癌作用等。筛选PPI网络中的细胞分裂周期20(CDC20)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、细胞周期蛋白A2(CCNA2)、纺锤体检测点蛋白(BUB1B)、拓扑异构酶Ⅱα(TOP2A)、Discs大同源相关蛋白5(DLGAP5)、异常纺锤体样小头畸形相关蛋白(ASPM)、中心体蛋白55(CEP55)、驱动蛋白超家族11(KIF11)和驱动蛋白超家族20A(KIF20A)为HBV-HCC的关键基因。GEPIA数据库分析,上述10种关键基因在HCC患者中均呈高表达。Kaplan-Meier生存曲线分析,关键基因高表达的HCC患者总生存期短于低表达患者。结论:细胞周期与病毒致癌作用相关基因(CDC20、CDK1、CCNA2和BUB1B)与HBV-HCC患者的发生发展及不良预后有密切关联,可能成为诊断标志物和治疗新靶点。

关键词：肝细胞肿瘤乙型肝炎病毒生物信息学免疫浸润预后

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利用年龄-时期-队列模型探讨中国CVD疾病负担的饮食因素

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中国卫生统计 2024年第6期41卷 846-850,856页

作者：任梦悦高雨辰李京晓韩松王楠王雨沈阳医学院流行病学与卫生统计学教研室 110034 沈阳医学院研究生院 110034

目的分析1990—2019年归因于不同饮食因素导致的心血管疾病(cardiovascular disease,CVD)的疾病负担年龄、时期、队列变化趋势,为心血管疾病患者制定防治策略提供科学依据。方法下载全球疾病负担中心(global burden of disease,GBD)中9... 详细信息

目的分析1990—2019年归因于不同饮食因素导致的心血管疾病(cardiovascular disease,CVD)的疾病负担年龄、时期、队列变化趋势,为心血管疾病患者制定防治策略提供科学依据。方法下载全球疾病负担中心(global burden of disease,GBD)中9种与心血管疾病相关的饮食因素,通过构建年龄-时期-队列模型(age-period-cohort,APC)结合内源估计算法(intrinsicestimator,IE),估计各饮食因素的变化趋势及独立作用。结果1990—2019年男性饮食因素导致的CVD伤残调整寿命年(disability-adjusted life,DALYs)率约是女性的2倍,APC模型拟合各饮食因素的年龄效应显示其随年龄增长不断增加,并从50岁开始上升显著。时期效应表明随着时期的变化,低水果、低蔬菜、低坚果种子摄入风险下降,1990—2019年依次变化为0.19~-0.16、1.35~-0.98、0.17~-0.09,其余饮食因素随时期效应的变化风险不断上升。各饮食因素的队列效应表明随着出生队列的累加风险降低,出生人群越晚,饮食因素的风险越小。结论1990—2019年归因饮食的CVD DALYs总体呈下降趋势,但年龄因素的影响随着年龄增长不断增加,且男性约高于女性2倍。应减少动物性食物、高钠、饮酒及糖的摄入量,增加全谷物、蔬菜、水果、坚果种子的摄入。不断加强CVD的预防措施筛查高危人群,尤其针对男性,并加强社区健康宣教,养成健康的生活方式和饮食习惯,逐步降低CVD的疾病负担。

关键词：心血管疾病饮食年龄-时期-队列模型变化趋势

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KIRC组学数据分类的自注意亚型识别神经网络

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计算机工程与应用 2023年第23期59卷 104-113页

作者：李阳陈锡程伍亚舟陆军军医大学军事预防医学系军队卫生统计学教研室重庆400038

为分析肾透明细胞癌(KIRC)的转录组学数据,利用自注意力机制构建改良分类模型。构建了一种新的自注意力亚型识别神经网络(SSRNN),其包含了编码器和分类器部分,以自注意力机制为主要改良方式。在筛出358个与生存相关的蛋白编码基因后,利... 详细信息

为分析肾透明细胞癌(KIRC)的转录组学数据,利用自注意力机制构建改良分类模型。构建了一种新的自注意力亚型识别神经网络(SSRNN),其包含了编码器和分类器部分,以自注意力机制为主要改良方式。在筛出358个与生存相关的蛋白编码基因后,利用聚类分析确定了三种亚型最为适宜。对于C1、C2和C3三组癌症亚型进行了临床信息比较和生存分析比较,揭示了各组在生存结局上的差异。SSRNN取得了最优异的分类性能,取得了93.44%的曲线下面积。基因表达热图提示三种亚型的基因表达存在差异,推测基因的低表达指示较好的生存预后。对三种亚型两两间进行差异分析并绘制火山图,共可获取266个差异基因。GO和KEGG富集分析及节点图的绘制则有利于揭示癌症相关的功能和通路。因此,SSRNN具有较高的预测精度和稳健性,可有效地利用组学数据进行KIRC的生存预测,并筛选合理的生物学标志物,具有较高的方法学意义和应用价值。

关键词：自注意力深度学习组学数据肾透明细胞癌亚型识别

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校正弱工具变量偏倚的孟德尔随机化方法比较及其应用

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中华疾病控制杂志 2024年第4期28卷 490-496页

作者：杨博然彭刘庆高雪王菊平王彤山西医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室太原030001 煤炭环境致病与防治教育部重点实验室太原030001

目的探究无工具变量可用或需评估弱工具变量偏倚对结果的影响时,为选择合适的两样本孟德尔随机化(two-sample Mendelian randomization,TwoSampleMR)方法提供建议。方法分别在无多效性、均衡多效性、正向多效性模拟情形下,变换工具变量... 详细信息

目的探究无工具变量可用或需评估弱工具变量偏倚对结果的影响时,为选择合适的两样本孟德尔随机化(two-sample Mendelian randomization,TwoSampleMR)方法提供建议。方法分别在无多效性、均衡多效性、正向多效性模拟情形下,变换工具变量强度考察弱工具变量对修正权重的逆方差加权模型(inverse variance weighting with modified weights,MW-IVW)、稳健校正轮廓评分(robust adjusted profile score,RAPS)孟德尔随机化方法和基于混合正态分布的孟德尔随机化模型(MR mixture model,MR-Mix)3种方法的影响。正向多效性和弱工具变量同时存在时,模拟不同个数工具变量对MR-Mix的影响。MR-Mix为主分析方法,其余2方法作为敏感性分析,探究BMI、高密度脂蛋白(high-density lipoprotein,HDL)、低密度脂蛋白(low-density lipoprotein,LDL)、三酰甘油(triglyceride,TG)以及总胆固醇(total cholesterol,TC)与血清尿酸之间的因果关联。结果无多效性和均衡多效性情形下,MW-IVW表现最佳,MR-Mix表现最差。正向多效性情况下,MR-Mix表现最好,MW-IVW表现最差。BMI(β=0.280,P=0.003)和TG(β=0.370,P<0.001)是血清尿酸升高的危险因素,HDL(β=-0.250,P=0.002)是血清尿酸的保护因素。结论在无多效性和均衡多效性情形下,MW-IVW有更好的统计学性能;但当正向多效性存在时,MR-Mix有更好的稳健性。BMI和TG为血清尿酸升高的危险因素。

关键词：孟德尔随机化多效性弱工具变量体质指数脂质血清尿酸

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MTB Hsp60重组蛋白对巨噬细胞趋化功能的影响

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中国病原生物学杂志 2024年第2期19卷 157-161,171页

作者：卫麟娜高雪涵董品志吴荧浓王海燕罗军敏覃明遵义医科大学基础医学院免疫学教研室贵州遵义563000 遵义医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室

目的研究结核分枝杆菌H37Rv重组热休克蛋白60(Heat shock protein 60 of Mycobacterium tuberculosis,MTB Hsp60)对巨噬细胞(RAW264.7)趋化功能的影响。方法MTB Hsp60重组蛋白(100 ng/mL)刺激巨噬细胞24 h后,采用实时荧光定量PCR检测下列趋化因子如单核细胞趋化蛋白1(Monocyte chemotactic protein-1,MCP-1,CCL2)、巨噬细胞炎症蛋白1α(Macrophage inflammatory protein-1α,MIP-1α,CCL3)、巨噬细胞炎症蛋白1β(Macrophage inflammatory protein-1β,MIP-1β,CCL4)、调节活化正常T细胞表达与分泌的趋化因子(Regulation of Activation,Expression and Secretion by Normal T Cells,RANTES,CCL5)和单核细胞趋化蛋白5(Monocyte chemotactic protein-5,MCP-5,CCL12)的mRNA表达;ELISA法检测细胞培养上清液中趋化因子CCL2、CCL3、CCL4、CCL5和CCL12的分泌水平;Western bolt检测巨噬细胞表面趋化因子受体CC基序趋化因子受体1(C-C motif chemokine receptor 1,CCR1)、CCR2和CCR5的蛋白表达;流式细胞术检测表达趋化因子受体CCR1、CCR2、CCR5的巨噬细胞;Transwell实验检测巨噬细胞的趋化功能。结果100 ng/mL MTB Hsp60重组蛋白刺激巨噬细胞24 h后,其趋化因子CCL2、CCL3、CCL4及CCL12的mRNA表达水平无明显差异,但CCL5的mRNA水平显著上调(P<0.05);巨噬细胞表面主要的趋化因子受体CCR1、CCR2蛋白表达水平显著增高(P<0.05),而其表面CCR5蛋白的变化不明显;流式细胞术检测结果显示,与未处理组相比,处理组中CCR1^(+)、CCR2^(+)巨噬细胞数量明显增加(P<0.05),而CCR5^(+)巨噬细胞数量无明显差异;Transwell实验表明,经过MTB Hsp60重组蛋白处理后的巨噬细胞有更明显的被募集的趋势(P<0.05);而上清液中趋化因子CCL2、CCL3、CCL4、CCL5及CCL12的释放水平无明显变化。结论MTB Hsp60重组蛋白能上调巨噬细胞中趋化因子CCL5的mRNA表达水平,能增加巨噬细胞表面趋化因子受体CCR1和CCR2的表达,并且能增强巨噬细胞的趋化功能。

关键词： MTB Hsp60重组蛋白巨噬细胞趋化因子趋化因子受体

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血液及尿液生物标记物与原发性青光眼双向孟德尔随机化研究

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现代预防医学 2024年第24期51卷 4435-4439页

作者：郝天琦刘龙山西医科大学卫生统计学教研室重大疾病风险评估山西省重点实验室

目的利用孟德尔随机化分析探讨血液及尿液生物标志物与原发性青光眼遗传风险之间的关联。方法本研究使用了大规模全基因组关联分析的汇总数据，筛选出合适的工具变量，主要采用逆方差加权法进行分析。通过Cochran Q统计量、MR-Egger... 详细信息

目的利用孟德尔随机化分析探讨血液及尿液生物标志物与原发性青光眼遗传风险之间的关联。方法本研究使用了大规模全基因组关联分析的汇总数据，筛选出合适的工具变量，主要采用逆方差加权法进行分析。通过Cochran Q统计量、MR-Egger回归的截距项、MR-PRESSO以及leave-one-out法对结果进行了验证。结果 MR分析结果显示，总蛋白(IVW:OR=1.399,95%CI:1.000～1.958,P=0.049)、糖化血红蛋白(IVW:OR=0.650,95%CI:0.512～0.824,P<0.001)和葡萄糖(IVW:OR=0.587,95%CI:0.368～0.938,P=0.026)均与原发性青光眼之间存在因果关系。反向MR分析进一步发现原发性闭角型青光眼与总蛋白之间存在因果关系(IVW:OR=0.990,95%CI:0.980～0.999,P=0.045)。总蛋白和原发性闭角型青光眼之间存在双向因果关系。所得结果通过验证，未发现异质性与水平多效性。结论总蛋白可能是原发性闭角型青光眼的潜在危险因素，糖化血红蛋白和葡萄糖可能是原发性开角型青光眼的保护因素。总蛋白和白蛋白是原发性闭角型青光眼的的潜在生物标志物。本研究提供了可进一步研究的生物标志物信息，为青光眼的早期诊断、个性化治疗和预防提供了新的见解与策略。

关键词：原发性青光眼生物标志物孟德尔随机化因果推断

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IFN-γ/sPD-1联合过表达的小鼠骨髓间充质干细胞具有较高生物活性和遗传稳定性

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细胞与分子免疫学杂志 2024年第9期40卷 806-812页

作者：颉亚辉吕珍吴建军魏兴民郑贵森甘肃中医药大学公共卫生学院数学与生物统计学教研室甘肃兰州730000

目的研究慢病毒介导的γ干扰素(IFN-γ)及可溶性程序性细胞死亡蛋白1(sPD-1)过表达对骨髓间充质干细胞(BMSC)生物活性及遗传稳定性的影响。方法全骨髓贴壁法分离培养BMSC;流式细胞术鉴定BMSC表面标志物的表达;扩增分别带有绿色荧光蛋白(... 详细信息

目的研究慢病毒介导的γ干扰素(IFN-γ)及可溶性程序性细胞死亡蛋白1(sPD-1)过表达对骨髓间充质干细胞(BMSC)生物活性及遗传稳定性的影响。方法全骨髓贴壁法分离培养BMSC;流式细胞术鉴定BMSC表面标志物的表达;扩增分别带有绿色荧光蛋白(GFP)和红色荧光蛋白(RFP)的IFN-γ及sPD-1基因序列,通过慢病毒转染分别构建IFN-γ、sPD-1和IFN-γ/sPD-1双基因过表达的BMSC,采用倒置显微镜观察细胞形态,实时荧光定量PCR和Western blot法分别检测IFN-γ和sPD-1的mRNA和蛋白表达;CCK-8法、BMSC端粒酶活性检测法分析IFN-γ和sPD-1过表达BMSC的生物活性和遗传稳定性。结果成功分离培养了CD44、CD105阳性,CD34、CD11b、CD45阴性的BMSC。与空载体组相比,IFN-γ/sPD-1联合组的IFN-γ、sPD-1 mRNA表达水平显著提高,但各组细胞生长情况类似。与空载体组相比,IFN-γ组端粒酶活性显著降低,但sPD-1组和IFN-γ/sPD-1联合组端粒酶活性变化不明显。结论IFN-γ和sPD-1联合过表达的BMSC具有较高生物活性和遗传稳定性。

关键词： γ干扰素(IFN-γ) 可溶性程序性细胞死亡蛋白1(sPD-1) 骨髓间充质干细胞(BMSC) 遗传稳定性

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基于转录组学和变分自编码器的癌症分期诊断研究

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陆军军医大学学报 2025年第6期47卷 613-622页

作者：李佳芮钱力沈俊杰郭泓麟秦茂洋伍亚舟陆军军医大学(第三军医大学)军事预防系医学系军队卫生统计学教研室重庆

目的旨在对10种癌症转录组学数据开展深度分析与特征提取,进而实现对癌症样本的分期诊断。方法在UCSC Xena网站收集发病率最高的10种癌症转录组学数据(包含4938个样本和59428个基因),以变分自编码器为基础,利用特征重要性排序思想,通过... 详细信息

目的旨在对10种癌症转录组学数据开展深度分析与特征提取,进而实现对癌症样本的分期诊断。方法在UCSC Xena网站收集发病率最高的10种癌症转录组学数据(包含4938个样本和59428个基因),以变分自编码器为基础,利用特征重要性排序思想,通过引入掩码算法和增量特征选择方法(incremental feature selection,IFS),构建了增量特征排序选优变分自编码器(incremental feature ranking and selection variational autoencoder,IFRSVAE);与随机森林(random forest,RF)、支持向量机(support vector machine,SVM)和极限梯度提升树(eXtreme gradient boosting,XGboost)结合测试了该方法的性能,并同其他方法进行比较。结果提取了21个特征用于后续分类,较于传统变分自编码器、递归特征消除和Lasso回归模型,IFRSVAE模型在3种分类器上均取得了较好性能(AUC值最高,其余指标也表现良好);其中IFRSVAE-RF表现最好,AUC达到了85.49%(95%CI:83.24%~87.74%)。此外,还应用了沙普利加性解释(Shapley additive explanations,SHAP)模型对特征贡献进行展示。结论本研究探索并验证了IFRSVAE在特征提取方面具备一定成效。基于此构建的IFRSVAE-RF模型,在癌症分期诊断任务中展现出较好的表现,为深度学习在癌症分期诊断方法的研究方向上,提供了一种可供参考的新思路。

关键词：癌症分期转录组学变分自编码器机器学习

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高血压人群年龄及体重指数对癌症发病共同作用的回顾性队列研究

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复旦学报（医学版） 2024年第1期51卷 12-18页

作者：郭欣玥彭佳欢许慧琳余勇夫秦国友复旦大学公共卫生学院生物统计学教研室上海200032 上海市闵行区疾病预防控制中心上海201100

目的在上海市闵行区高血压人群中,探究年龄和体重指数(body mass index,BMI)对癌症发生的共同作用。方法研究对象为2007—2015年进入上海市闵行区电子健康信息系统的未患癌症的212394名高血压患者。将年龄、BMI以平滑函数形式纳入广义加... 详细信息

目的在上海市闵行区高血压人群中,探究年龄和体重指数(body mass index,BMI)对癌症发生的共同作用。方法研究对象为2007—2015年进入上海市闵行区电子健康信息系统的未患癌症的212394名高血压患者。将年龄、BMI以平滑函数形式纳入广义加性Cox比例风险模型,用双变量响应模型构建曲面图使结果可视化,全面分析两者对癌症发生的联合效应。结果截至2018年12月31日,累计22141名高血压患者新发癌症。年龄与癌症发生风险整体呈线性趋势,而BMI与癌症发生风险整体呈“U”型,BMI在26 kg/m^(2)左右时癌症发生风险最低。不同BMI下,随着年龄增大,癌症发生风险均增加;不同年龄下,BMI与癌症发生风险的关联不同:青年人群(20~44岁)中BMI与癌症发生风险无明显关联,中老年人群(≥45岁)中BMI与癌症发生风险呈“U”型关联,BMI在26 kg/m^(2)左右时癌症发生风险最低。结论建议高血压人群控制BMI在合理范围内,特别是中老年人群,以减少癌症发生。

关键词：双变量响应模型广义加性Cox比例风险模型高血压癌症体重指数(BMI)

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基于医学统计学案例教学实践的内科学专业研究生培养路径研究

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中国卫生统计 2023年第4期40卷 619-621,625页

作者：赵红燕王爱民黄一铭王凤琳孔雨佳王清华石福艳王素珍潍坊市益都中心医院 262500 潍坊医学院卫生统计学教研室

目的通过研究内科学专业研究生医学统计学案例库构建及案例教学实践情况,进而为探索研究内科学专业研究生医学教育有效路径提供实践依据。方法对近年来在国内外发表的内科学专业期刊上的相关文献进行检索及分析,从中找出常见的统计错误... 详细信息

目的通过研究内科学专业研究生医学统计学案例库构建及案例教学实践情况,进而为探索研究内科学专业研究生医学教育有效路径提供实践依据。方法对近年来在国内外发表的内科学专业期刊上的相关文献进行检索及分析,从中找出常见的统计错误,选择与内科学专业密切相关的临床典型案例构建医学统计学案例库,并将案例库应用于内科专业研究生的医学统计学实际教学中。结果本研究以与内科学专业密切相关的临床案例为主要资料来源,针对科学研究中科研设计和统计分析方法常犯的错误,分别构建了医学科研设计案例库、统计描述指标选择案例库、统计推断方法选用案例库、多元统计分析方法案例库和提高医学论文统计学质量的策略案例库,并将该案例库应用于内科学专业研究生医学统计学实际教学过程中。此外,研究团队在教学过程引入前期相关科研成果作为例证对相关内容进行讲解,使学生对所学统计分析方法的理解更加深入。结论医学统计学案例库可为内科学专业研究生学习医学统计学提供真实的案例素材,可增加课堂内容与临床实际的密切联系。基于案例库的案例教学方法教学效果较好,是内科学专业研究生医学教育的有效路径,该研究可为其他专业研究生培养路径探讨提供帮助。

关键词：医学教育案例库案例教学医学统计学内科学专业研究生

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