检索结果-内蒙古大学图书馆

基于剪接因子SRSF9在头颈部鳞状细胞癌中的表达及临床意义的生物信息学分析

吉林大学学报（医学版） 2024年第2期50卷 379-391页

作者：刘玉婷喻莹黎桂珍史沁雪李彬彬广东医科大学基础医学院病理生理学教研室广东东莞523808 广东医科大学第二临床医学院广东东莞523808

目的:基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系,并探讨其作用机制。方法:利用癌症基因图谱(TCGA)数据库、基因表达综合(GEO)数据库中GSE30... 详细信息

目的:基于生物信息学方法分析富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子9(SRSF9)在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的表达情况、临床意义以及与肿瘤免疫浸润的关系,并探讨其作用机制。方法:利用癌症基因图谱(TCGA)数据库、基因表达综合(GEO)数据库中GSE30784和GSE13601数据集、临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)数据库、基因表达交互分析(GEPIA)数据库和Kaplan-Meier plotter数据库分析SRSF9在HNSCC中的表达及与患者临床病理特征和预后的关系;利用cBioPortal数据库分析SRSF9基因变异情况;应用ESTIMATE算法和肿瘤免疫估计资源(TIMER)数据库评估SRSF9表达与肿瘤微环境和肿瘤免疫细胞浸润的关系;利用LinkedOmics数据库分析SRSF9在HNSCC中的共表达基因及其调控通路;基于TCGA SpliceSeq数据库分析HNSCC中SRSF9调控的可变剪接事件,并对靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果:TCGA数据库、GEO数据库中GSE30784和GSE13601数据集分析,HNSCC组织中SRSF9 mRNA表达水平较癌旁正常组织明显升高(P<0.01);CPTAC数据库分析,与正常组织比较,HNSCC组织中SRSF9蛋白表达水平明显升高(P<0.001)。TCGA数据库分析,SRSF9 mRNA表达与HNSCC患者病理分级(P=0.004)和HPV感染(P=0.031)有关联。GEPIA和Kaplan-Meier plotter数据库分析,HNSCC组织中SRSF9 mRNA高表达均与患者总生存期(OS)较差相关[风险比(HR)=1.40,P=0.019;HR=1.55,P=0.003]。cBioPortal数据库分析,HNSCC中SRSF9基因拷贝数变异(CNV)占26.85%,其CNV与SRSF9 mRNA表达水平呈正相关关系(r=0.44,P<0.001)。ESTIMATE算法分析,SRSF9 mRNA高表达组基质评分和免疫评分均较SRSF9 mRNA低表达组低(P<0.001),肿瘤纯度则高于SRSF9 mRNA低表达组(P<0.001)。TIMER数据库分析,SRSF9 mRNA表达水平与CD4+T淋巴细胞浸润呈正相关关系(r=0.186,P<0.001),而与B淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞和树突状细胞浸润呈负相关关系(r=-0.269,P<0.001;r=-0.353,P<0.001;r=-0.304,P<0.001)。SRSF9共表达基因富集分析,核糖体、剪接体和代谢通路等相关基因上调,而黏着斑、细胞因子和细胞黏附分子等相关基因下调。SRSF9相关可变剪接靶基因主要涉及脂类代谢、胰高血糖素和紧密连接等通路。结论:SRSF9在HNSCC中呈高表达,且与患者预后不良和肿瘤微环境免疫细胞浸润相关,可成为HNSCC诊断、预后评估和治疗的潜在分子靶标。

关键词：头颈部鳞状细胞癌富含丝氨酸/精氨酸剪接因子9 可变剪接肿瘤免疫生物信息学

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构建乳腺癌G-四链体相关基因的预后模型

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武汉大学学报（医学版） 2024年第10期45卷 1222-1227页

作者：李俊魏蕾张京伟武汉大学中南医院甲乳外科湖北武汉430071 武汉大学泰康医学院(基础医学院)病理生理学教研室湖北武汉430071

目的:利用生物信息学方法,基于G-四链体(G-quadruplex)相关基因探讨乳腺癌新的分子分型和预后作用,并构建预测乳腺癌患者预后的G-四链体相关基因的风险模型。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌转录组数据及临床信息,在Pub... 详细信息

目的:利用生物信息学方法,基于G-四链体(G-quadruplex)相关基因探讨乳腺癌新的分子分型和预后作用,并构建预测乳腺癌患者预后的G-四链体相关基因的风险模型。方法:利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌转录组数据及临床信息,在PubMed上系统检索G-quadruplex相关研究,筛选纳入G-四链体相关基因数据,利用共识聚类鉴定G-四链体相关基因调控亚型,通过基因集富集分析(GESA)、Cox回归分析和LASSO回归分析等生物信息学方法,构建预测乳腺患者预后的G-四链体相关基因风险评分模型,并进一步检测其预测效能。结果:鉴定出基于G-四链体相关基因调控亚型,并且不同亚型总生存期、基因集通路富集分析和药物IC50上存在显著差异,筛选出8个G-四链体相关基因(RPS9、YBX1、FOS、VIM、RPL10、MYC、TAF15、HNRNPA1)用于构建G-四链体相关基因调控亚群的预测模型。Kaplan-Meier分析结果提示低评分组的结局较高评分组更差(P=0.02),风险模型在预测1年、3年和5年总体生存率的ROC曲线下面积(AUC),训练集中为0.80、0.77和0.78,验证集中为0.81、0.74和0.75。多因素Cox回归分析表明风险评分是乳腺癌患者预后的独立预测因子(P<0.001)。结论:基于G-四链体相关基因鉴定出乳腺癌亚型并构建的风险评分预后模型对乳腺癌有独立预后作用,为乳腺癌的预后预测提供新的见解。

关键词：乳腺癌 G-四链体预后模型分子分型 TCGA数据库

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热休克因子1通过上调蛋白质C减轻脓毒症凝血功能障碍保护小鼠急性肺损伤

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生物化学与生物物理进展 2022年第4期49卷 788-797页

作者：王浩李涛肖归刘梅冬刘可张华莉朱雅茜肖献忠中南大学基础医学院病理生理学系长沙410008 脓毒症转化医学湖南省重点实验室长沙410008 医学机能学国家级实验教学中心长沙410078 嘉应学院医学院病理生理学教研室梅州514031 中南大学湘雅护理学院长沙410008

目的探讨热休克因子1(HSF1)减轻脓毒症凝血功能障碍,保护小鼠急性肺损伤的机制。方法本研究采用盲肠结扎穿孔术(cecal ligation and puncture,CLP)制备脓毒症小鼠模型,检测凝血相关指标和观察小鼠肺部病理变化,通过酶联免疫吸附实验(ELI... 详细信息

目的探讨热休克因子1(HSF1)减轻脓毒症凝血功能障碍,保护小鼠急性肺损伤的机制。方法本研究采用盲肠结扎穿孔术(cecal ligation and puncture,CLP)制备脓毒症小鼠模型,检测凝血相关指标和观察小鼠肺部病理变化,通过酶联免疫吸附实验(ELISA)、q RT-PCR和蛋白质印迹法(Western blot)等方法检测蛋白质C表达水平,通过质粒转染抑制或增强HSF1表达从而观察蛋白质C表达水平的变化,并利用生物信息学、凝胶电泳迁移实验(EMSA)和双荧光素酶报告基因实验探讨HSF1调节蛋白质C转录的机制。结果在CLP脓毒症小鼠模型中,HSF^(-/-)组小鼠的凝血活性与HSF1;组相比明显增强,肺损伤明显加重。ELISA、qRT-PCR和Western blot检测发现,HSF;脓毒症小鼠血浆和肺组织中的蛋白质C表达水平显著低于野生型小鼠。体外bEnd.3血管内皮细胞的实验结果显示,HSF1抑制脂多糖(LPS)诱导的蛋白质C表达,HSF1过表达则增强蛋白质C表达。生物信息学数据分析提示,蛋白质C启动子区含有HSF1结合元件(HSE),通过EMSA和双荧光素酶报告基因实验显示HSF1与蛋白质C启动子区域的HSE结合,从而上调蛋白质C转录。结论本研究揭示了HSF1参与小鼠脓毒症急性肺损伤的发生,并通过上调蛋白质C转录,减轻脓毒症凝血功能障碍,从而对小鼠肺组织起到保护作用。

关键词：热休克因子1 脓毒症蛋白质C 凝血急性肺损伤

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核因子κB激活蛋白和p19Ink4d在糖尿病大鼠肾小管上皮细胞凋亡中作用的研究

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中国糖尿病杂志 2022年第11期30卷 848-853页

作者：胡丽梁丹李志阳艾福军冯昭卫吴鑫代云莉肖瑛郭兵贵州医科大学基础医学院病理生理学教研室 550025

目的探讨核因子κB激活蛋白(NKAP)和p19^(Ink4d)表达变化在DM大鼠肾小管上皮细胞凋亡中的作用。方法16只SD大鼠随机分为正常对照(NC)组和DM组,每组各8只。DM组尾静脉注射STZ建立DM动物模型。检测生化指标,观察肾组织病理改变及NKAP表达... 详细信息

目的探讨核因子κB激活蛋白(NKAP)和p19^(Ink4d)表达变化在DM大鼠肾小管上皮细胞凋亡中的作用。方法16只SD大鼠随机分为正常对照(NC)组和DM组,每组各8只。DM组尾静脉注射STZ建立DM动物模型。检测生化指标,观察肾组织病理改变及NKAP表达部位;Western blot观察NKAP、p19^(Ink4d)、Bcl‐2相关X蛋白(Bax)及B淋巴细胞瘤2(Bcl‐2)蛋白表达。Spearman相关分析NKAP、p19^(Ink4d)与Bax、Bcl‐2的相关性。结果与NC组比较,DM组血糖、24 h尿总蛋白浓度、血肌酐升高(P<0.01),肾小球及肾小管间质纤维化病变明显。NKAP主要在肾小管上皮细胞质中表达。与NC组比较,DM组NKAP、Bax升高,p19^(Ink4d)、Bcl‐2降低。Spearman相关分析显示,NKAP与Bax呈正相关(P<0.01),与Bcl‐2呈负相关(P<0.05);p19^(Ink4d)与Bcl‐2呈正相关(P<0.01),与Bax呈负相关(P<0.01)。结论NKAP表达上调和p19^(Ink4d)表达下调可能加速DM大鼠肾小管上皮细胞凋亡。

关键词：核因子κB激活蛋白糖尿病 p19Ink4d 细胞凋亡大鼠

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铁死亡与慢性呼吸系统疾病

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生理科学进展 2025年第1期56卷 4-12页

作者：符雯胡雅梦陈鑫刘金保广州医科大学基础医学院病理生理学教研室广东省蛋白质修饰与降解重点实验室广州511436

铁死亡(ferroptosis)是一种整合了代谢紊乱、氧化应激和炎症的非凋亡形式的细胞死亡方式,其特征是铁依赖性脂质过氧化积累。越来越多的文献表明,铁死亡参与了慢性呼吸系统疾病(chronic respiratory diseases)的发病机制。此外,铁死亡相... 详细信息

铁死亡(ferroptosis)是一种整合了代谢紊乱、氧化应激和炎症的非凋亡形式的细胞死亡方式,其特征是铁依赖性脂质过氧化积累。越来越多的文献表明,铁死亡参与了慢性呼吸系统疾病(chronic respiratory diseases)的发病机制。此外,铁死亡相关基因和分子与慢性呼吸系统疾病之间存在一定的联系,这些基因和分子具有作为疾病生物标志物的潜力。本文主要对铁死亡在慢性呼吸系统疾病中作用的研究进展进行总结,进一步讨论了现有的靶向铁死亡治疗慢性呼吸系统疾病的进展,以及将实验研究转化为临床需要克服的主要障碍,为慢性呼吸系统疾病的治疗提供新的启示。

关键词：铁死亡慢性呼吸系统疾病炎症线粒体脂质代谢铁蓄积

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多肽类化合物Urantide对动脉粥样硬化大鼠心脏组织中骨桥蛋白和α平滑肌肌动蛋白表达的影响

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解剖学报 2021年第3期52卷 446-452页

作者：李英谢利德王途赵娟承德医学院病理生理学教研室河北承德 067000

目的观察Urantide对动脉粥样硬化(AS)大鼠心脏组织中骨桥蛋白(OPN)和α平滑肌肌动蛋白(α-SMA)表达的影响,探讨其防治大鼠心肌纤维化损伤的作用机制.方法选取120只3周龄SPF级健康雄性Wistar大鼠,高脂饲料饲养及腹腔注射维生素D3(Vit ... 详细信息

目的观察Urantide对动脉粥样硬化(AS)大鼠心脏组织中骨桥蛋白(OPN)和α平滑肌肌动蛋白(α-SMA)表达的影响,探讨其防治大鼠心肌纤维化损伤的作用机制.方法选取120只3周龄SPF级健康雄性Wistar大鼠,高脂饲料饲养及腹腔注射维生素D3(Vit D3)的方法建立AS大鼠模型,按照随机化原则分为:对照组、AS模型组、辛伐他汀组、Urantide(3 d、7 d、14 d)组.采用HE和Masson三色染色法观察大鼠心脏组织形态和胶原纤维表达情况,免疫组织化学和Western blotting检测大鼠心脏组织OPN和α-SMA蛋白表达情况.结果 AS模型组大鼠心脏组织中出现心肌细胞肥大或萎缩、大量炎性细胞浸润和少量泡沫细胞等病理变化;心脏组织胶原纤维增多及OPN和α-SMA蛋白表达水平较对照组显著升高.与AS模型组相比,经Urantide治疗后心脏组织损伤明显改善,胶原纤维和OPN及α-SMA蛋白表达水平降低.结论 Urantide可以抑制AS大鼠心脏组织中OPN和α-SMA蛋白表达,缓解心肌纤维化,同时保护AS大鼠的心肌组织.

关键词： Urantide 动脉粥样硬化骨桥蛋白 α平滑肌肌动蛋白心肌纤维化免疫组织化学免疫印迹法大鼠

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外周血白细胞PTK7表达水平与冠心病的相关性及其诊断价值

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中国动脉硬化杂志 2023年第11期31卷 958-968页

作者：杨英张义炜陈宁园黄玲潘尚领广西医科大学基础医学院病理生理学教研室广西南宁市530021

[目的]探究蛋白酪氨酸激酶7(PTK7)与冠心病(CHD)的相关性及其诊断价值。[方法]通过GEO数据库获得目标基因。采用StataSE15求PTK7的总标准化平均差(total SMD),绘制总受试者特征(SROC)曲线。采用反转录定量PCR(RT-qPCR)验证PTK7在CHD和... 详细信息

[目的]探究蛋白酪氨酸激酶7(PTK7)与冠心病(CHD)的相关性及其诊断价值。[方法]通过GEO数据库获得目标基因。采用StataSE15求PTK7的总标准化平均差(total SMD),绘制总受试者特征(SROC)曲线。采用反转录定量PCR(RT-qPCR)验证PTK7在CHD和对照组人群样本中的表达情况,并从GEO数据库搜索CHD相关单细胞RNA测序数据从而分析PTK7在不同细胞中的表达情况。通过CDB数据库预测PTK7的上游转录因子,对差异共表达基因进行GO和KEGG富集分析。[结果]通过分析从GEO数据库获取的数据集,发现PTK7在CHD患者外周血白细胞(PBL)中高表达(total SMD=0.81,95%CI=0.17~1.45)。人群样本验证也证实了上述结果。绘制SROC,曲线下面积(AUC)=0.79,表明PTK7具有中等的区分CHD与非CHD的能力。单细胞RNA测序分析结果显示PTK7在正常外周血不同细胞中表达比例较低。此外通过ChIP-seq数据库预测PTK7潜在的上游转录因子,发现IRAK1、SNAI2可能是PTK7的正相关上游转录因子,EP300、NIPBL可能是PTK7的负相关上游转录因子。[结论]PBL中PTK7的高表达与CHD发生呈正相关,具有一定的诊断价值。

关键词：冠心病蛋白酪氨酸激酶7 单细胞RNA测序分析反转录定量PCR 生物信息学

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阿尔茨海默病小鼠模型中TRPC3通过上调ZO-1和LRP-1蛋白表达清除β淀粉样蛋白沉积

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中国医科大学学报 2022年第12期51卷 1116-1120页

作者：张舒蕾张丽艳李珍慧安一鸣高翔宇沈阳医学院基础医学院病理生理学教研室沈阳110034

目的探讨阿尔茨海默病(AD)小鼠模型中经典瞬时受体电位通道3 (TRPC3)和血脑屏障(BBB)在β淀粉样蛋白(Aβ)沉积清除中的关系。方法将60只小鼠随机分为假手术组、模型组、二酰基甘油类似物(OAG)组和吡啶化合物(Pyr3)组,每组15只。侧脑... 详细信息

目的探讨阿尔茨海默病(AD)小鼠模型中经典瞬时受体电位通道3 (TRPC3)和血脑屏障(BBB)在β淀粉样蛋白(Aβ)沉积清除中的关系。方法将60只小鼠随机分为假手术组、模型组、二酰基甘油类似物(OAG)组和吡啶化合物(Pyr3)组,每组15只。侧脑室注射Aβ1-42建立AD小鼠模型。OAG组和Pyr3组小鼠分别连续21 d腹腔注射TRPC3激动剂OAG和抑制剂Pyr3。应用Morris水迷宫实验检测小鼠行为学,伊文思蓝(EB)染色检测小鼠BBB通透性,Western blotting检测小鼠紧密连接蛋白(ZO-1)、Aβ转运受体低密度脂蛋白受体相关蛋白1 (LRP-1)表达水平,ELISA测定小鼠海马和血清Aβ1-42浓度。结果与假手术组比较,模型组小鼠学习记忆能力下降(P <0.001),EB含量增加(P <0.05),ZO-1、LRP-1蛋白表达下降(均P <0.01),脑组织和血清Aβ浓度均升高(P <0.01,P <0.05);与模型组比较,OAG组小鼠的学习记忆能力明显改善(P <0.05),EB含量下降(P <0.05),ZO-1、LRP-1蛋白表达增加(均P <0.05),脑组织Aβ浓度下降(P <0.05),血清Aβ浓度升高(P <0.05)。结论 AD小鼠中,TRPC3可能通过恢复BBB通透性和功能,上调ZO-1和LRP-1蛋白表达,加快脑组织对Aβ沉积的清除,从而改善AD行为学症状。

关键词：阿尔茨海默病经典瞬时受体电位通道3 低密度脂蛋白受体相关蛋白1 β淀粉样蛋白

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慢性应激大鼠齿状回的兴奋性氨基酸在空间学习中的变化

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中国病理生理杂志 2021年第4期37卷 661-666页

作者：孙传博于晓雪金清华李英顺延边大学医学院生理学与病理生理学教研室吉林延吉133002

目的:观察慢性应激(chronic stress,CS)大鼠海马齿状回区(dentate gyrus,DG)的兴奋性氨基酸(ex⁃citatory amino acids,EAAs)及突触传递效应在空间学习记忆过程中的变化,探讨CS影响大鼠空间学习和记忆功能的神经化学机制。方法:16只SD雄... 详细信息

目的:观察慢性应激(chronic stress,CS)大鼠海马齿状回区(dentate gyrus,DG)的兴奋性氨基酸(ex⁃citatory amino acids,EAAs)及突触传递效应在空间学习记忆过程中的变化,探讨CS影响大鼠空间学习和记忆功能的神经化学机制。方法:16只SD雄性大鼠随机分为对照组和CS组(每组8只),CS组大鼠每天随机给予一种应激刺激,持续30 d,而对照组大鼠不予应激干预。用Morris水迷宫观察大鼠的空间学习和记忆能力,同时用脑部微量透析法和高效液相色谱法测定海马DG区EEAs[(谷氨酸(glutamate,Glu)和天冬氨酸(aspartate,Asp)]含量,并用在体生物电记录法记录同区域的场兴奋性突触后电位(field excitatory postsynaptic potential,fEPSP)幅值。结果:在水迷宫训练过程中,与对照组相比,CS组大鼠在训练第1~4天的逃避潜伏期均显著延长(P<0.05),且第5天观察的目标象限游泳路程百分比显著减少(P<0.05)。在水迷宫训练过程中,对照组大鼠海马DG区的fEPSP幅值及Glu和Asp的水平较训练前逐渐增加后回降(P<0.05),而CS组大鼠DG区的这些指标在整个水迷宫训练过程中均较训练前无显著性变化(P>0.05);与对照组相比,CS组大鼠DG区的fEPSP幅值和Asp水平在水迷宫训练的第3天显著降低,而Glu水平在训练的第2到第4天均显著降低(P<0.05)。结论:慢性应激可通过抑制空间学习过程中的大鼠海马DG区EAAs的增加以及降低突触传递效应,损害大鼠的空间学习与记忆功能。

关键词：慢性应激海马齿状回兴奋性氨基酸空间学习

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大豆异黄酮可减轻大鼠脑缺血/再灌注损伤:基于抑制铁死亡及炎症级联反应

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南方医科大学学报 2023年第2期43卷 323-330,F0003页

作者：李晒李丽闵思敏刘赛赛秦志文熊志尚徐建国王博文丁渡山赵士弟蚌埠医学院临床医学院安徽蚌埠233000 蚌埠医学院病理生理学教研室安徽蚌埠233000 蚌埠医学院心脑血管疾病基础与临床重点实验室安徽蚌埠233000

目的基于大豆异黄酮(SI)对区域脑血流(rCBF)、铁死亡、炎症反应和血脑屏障(BBB)通透性的级联调控作用,探讨SI抗脑缺血/再灌注损伤机制。方法将120只雄性SD大鼠随机分为假手术组(Sham组)、缺血/再灌注组(I/R组)和大豆异黄酮预处理组(SI组... 详细信息

目的基于大豆异黄酮(SI)对区域脑血流(rCBF)、铁死亡、炎症反应和血脑屏障(BBB)通透性的级联调控作用,探讨SI抗脑缺血/再灌注损伤机制。方法将120只雄性SD大鼠随机分为假手术组(Sham组)、缺血/再灌注组(I/R组)和大豆异黄酮预处理组(SI组),40只/组。采用改良线栓法合并激光多普勒血流仪(LDF)建立大鼠局灶性脑缺血/再灌注损伤模型。术中各组大鼠通过LDF实时监测脑皮层血流动态变化;术后通过光镜和透射电镜观察脑组织病理形态、神经元和BBB超微结构变化,评估神经缺损程度,量化脑梗死、脑水肿和BBB破坏程度,分光光度法检测缺血半暗带Fe^(2+)、谷胱甘肽(GSH)、丙二醛(MDA)、髓过氧化物酶(MPO)含量,ELISA法测定血清TNF-α和IL-1β活性,Western blot法和IHC法检测病灶周围GPX4、MMP-9和Occludin表达。结果插线成功后I/R组和SI组大鼠rCBF均呈现骤降趋势,而拔线后I/R组rCBF上升慢于SI组;rCBF存在插线后不稳定和拔线后未复流状况。I/R组神经细胞固缩严重,线粒体变小、膜密度增加、嵴减少,紧密连接松散、基底膜厚薄不均,SI组各结构损伤相较于I/R组呈不同程度减轻。与Sham组相比,I/R组神经缺损评分、脑梗死体积、脑含水量和伊文思蓝渗透量明显增加(P<0.01),Fe^(2+)和MDA含量增多、GSH含量及GPX4表达降低(P<0.01),MPO含量和血清TNF-α、IL-1β活性增高(P<0.01),MMP-9表达增多、Occludin表达减少(P<0.01);与I/R组相比,SI组神经缺损评分、脑梗死体积、脑含水量和伊文思蓝渗透量降低(P<0.05或P<0.01),Fe^(2+)和MDA含量减少、GSH含量及GPX4表达升高(P<0.05或P<0.01),MPO含量和血清TNF-α、IL-1β活性降低(P<0.05或P<0.01),MMP-9表达下调、Occludin表达上调(P<0.05,P<0.01)。结论SI预处理可能通过改善脑血流,抑制铁死亡、炎症反应和保护BBB,进而减轻脑缺血/再灌注损伤。

关键词：大豆异黄酮脑缺血/再灌注 rCBF 铁死亡炎症反应血脑屏障

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