检索结果-内蒙古大学图书馆

计算机与应用化学 2011年第9期28卷 1107-1111页

作者：马宁余劲聪方柏山福建省高校工业生物技术重点实验室(华侨大学) 福建厦门361021 厦门大学生物化工学院化学工程与生物工程系福建厦门361005

为了研究猪胰岛素单体在不同pH下的动态变化,本文从已有的NMR实验数据出发,通过2种不同的方法对胰岛素单体进行了MD模拟,方法1在已知不同pH下晶体结构及氨基酸侧链质子化状态时进行模拟,方法2为从特定晶体结构出发,通过设定部分氨基酸... 详细信息

为了研究猪胰岛素单体在不同pH下的动态变化,本文从已有的NMR实验数据出发,通过2种不同的方法对胰岛素单体进行了MD模拟,方法1在已知不同pH下晶体结构及氨基酸侧链质子化状态时进行模拟,方法2为从特定晶体结构出发,通过设定部分氨基酸侧链的质子化状态来模拟不同pH下蛋白的结构变化。方法2在某些文章中已被使用,但是没有人探索过该方法是否具有普适性。本文的研究表明,方法2可以比较好地模拟不同pH下蛋白的结构变化,该方法可能具有普适性。针对胰岛素B链C末端的PheB24和PheB25的结构变化,PheB25的侧链在pH为6左右时会移动到胰岛素表面,同时PheB24处的β折叠会转变为无规卷曲,这一结果表明该处的β折叠可能并不是胰岛素单体聚合为二聚体的必要条件。

关键词：猪胰岛素二级结构活性中心:分子动力学模拟 NAMD

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4种磷酰化氨基酸反应活性差异的理论计算研究

4种磷酰化氨基酸反应活性差异的理论计算研究

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第七届全国磷化学化工暨第四届海峡化学生物学、生物技术与医药发展讨论会

作者：倪锋赵玉芬厦门大学福建省化学生物学重点实验室厦门大学福建省化学生物学重点实验室

磷酰化氨基酸是活泼的含P-N键的小分子,在温和条件下可以自发地发生成肽、成酯、磷上酯交换、成核酸,N→O磷酰基转移、脱磷酰基等各种类型的重要反应。这些不同类型反应的机理具有共同的特征——经历磷酰化氨基酸自身羧基活化关环形成... 详细信息

磷酰化氨基酸是活泼的含P-N键的小分子,在温和条件下可以自发地发生成肽、成酯、磷上酯交换、成核酸,N→O磷酰基转移、脱磷酰基等各种类型的重要反应。这些不同类型反应的机理具有共同的特征——经历磷酰化氨基酸自身羧基活化关环形成五配位中间体。实验中发现,不同氨基酸发生同一类型反应的活性差异悬殊。进一步测定了硅醚辅助下20种氨基酸形成五配位中间体的反应速率常数,结果显示:20种氨基酸形成五配位中间体的速度差异明显,Gly最慢,Ala等较慢,Ser等较快,His最快。以前的理论计算研究已经解释

关键词：磷酰化氨基酸中间体五配位反应能垒理论计算反应活性

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含时波包方法及其在复杂分子体系中的应用

含时波包方法及其在复杂分子体系中的应用

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中国化学会第29届学术年会

作者：钟欣欣赵仪厦门大学化学化工学院和福建省理论与计算化学重点实验室

将核振动对分子单元的能量及分子间电子耦合强度的效果作为随机涨落,我们发展了含时波包的新方法。数值模拟揭示该方法能够得到与严格量子力学方法较一致的载流子动力学(满足精细平衡原理),同时可以观测到载流子迁移率从能带到蛙跳模型... 详细信息

将核振动对分子单元的能量及分子间电子耦合强度的效果作为随机涨落,我们发展了含时波包的新方法。数值模拟揭示该方法能够得到与严格量子力学方法较一致的载流子动力学(满足精细平衡原理),同时可以观测到载流子迁移率从能带到蛙跳模型转变的过程。此外数值计算的有效性,使得该方法可以扩展到具有纳米尺度的量子体系中。结合电子结构计算,我们将含时波包方法应用于预测有机晶体的电荷迁移率,与费米黄金规则对比研究的结果表明:尽管载流子呈现能带传输机制,但其机理仍然满足蛙跳模型,原因来自于核运动的隧穿效应而非电荷的相干运动。把含时波包方法进一步扩展到调查有机太阳能电池中激子的解离过程,我们发现热激子能量弛豫曲线可以用双速率过程描述,与实验观测值相符合。更重要的是,虽然激子的热能可以克服库仑势促进电子空穴分离,但是其分离效率还与初始波包宽度密切相关,上述结果可能有助于理解目前实验上关于激子的热能是否帮助其解离的争论焦点。

关键词：含时波包能带与蛙跳传输激子解离

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基于ChemDraw和Gaussian软件的核磁共振波谱教学

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化学教与学（下半月） 2020年第12期 46-48页

作者：代亚楠王健涛刘亚男蔡开聪福建师范大学化学与材料学院先进材料化工基础实验室福建福州350007 福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门361005 固体表面物理化学国家重点实验室(厦门大学) 福建厦门361005

围绕核磁共振波谱教学中的难点,采用科教融合方式,借助ChemDraw和Gaussian软件,模拟了甲酰胺分子的核磁共振波谱(NMR),从其1H和13C谱图中解析各氢、碳原子的类型,积分高度及峰面积等相关信息,直观地展示NMR谱图中蕴含的分子三维空间结... 详细信息

围绕核磁共振波谱教学中的难点,采用科教融合方式,借助ChemDraw和Gaussian软件,模拟了甲酰胺分子的核磁共振波谱(NMR),从其1H和13C谱图中解析各氢、碳原子的类型,积分高度及峰面积等相关信息,直观地展示NMR谱图中蕴含的分子三维空间结构信息。将化学软件引入课堂教学,进行核磁共振波谱的预测与解析,能增强学生对核磁共振波谱图与分子微观结构相关性的认识,帮助学生开阔视野,普及化学中的计算思维,提高学生学习兴趣和实验素养,进而提高教学质量。

关键词： ChemDraw Gaussian 核磁共振波谱

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溶剂环境中分子间相互作用的能量分解方法

溶剂环境中分子间相互作用的能量分解方法

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中国化学会第28届学术年会

作者：苏培峰吴玮固体表面国家重点实验室福建省理论与计算化学重点实验室厦门大学化学化工学院厦门大学

本文介绍了一种基于LMOEDA方法[1]发展的溶剂环境中分子间相互作用理论计算方法,EDA-PCM,用于研究在各种溶剂环境中多个分子间或者同一分子多个基团之间各种相互作用和多体相互作用的性质和规律。EDA-PCM方法利用一系列PCM方法来考虑体... 详细信息

本文介绍了一种基于LMOEDA方法[1]发展的溶剂环境中分子间相互作用理论计算方法,EDA-PCM,用于研究在各种溶剂环境中多个分子间或者同一分子多个基团之间各种相互作用和多体相互作用的性质和规律。EDA-PCM方法利用一系列PCM方法来考虑体系溶剂效应,将分子间的相互作用分解为静电,交换,排斥,极化和色散等相互作用项。它能够种不同的溶剂环境和势能面对相互作用的影响并得到有清晰物理意义的结果。它不仅能处理闭壳层体系,也能处理开壳层体系,不仅能处理范德华,氢键等弱相互作用也能处理离子键、共价键等强相互作用,并可以研究溶液环境下的多体相互作用问题。EDA-PCM方法对铜蛋白azurin(PDB:1e5y)活性位点的计算分析展示了该方法在研究复杂环境中金属离子蛋白质活性中心的金属离子和配体,配体和配体之间的相互作用的能力。

关键词：分子间相互作用能量分解溶剂效应 EDA-PCM

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鲁科版新旧教材中“原电池”主题对比研究

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中学化学 2021年第8期 10-13页

作者：林倩王健涛蔡开聪福建师范大学化学与材料学院福建省理论与计算化学重点实验室350007

原电池是高中化学知识的重要组成部分,同时也是国家"十四五"新能源发展规划的重点,以及国家"碳达峰、碳中和"的重大战略任务中学科交叉发展的重要研究方向之一。实现"碳达峰、碳中和"目标的关键在于推动... 详细信息

原电池是高中化学知识的重要组成部分,同时也是国家"十四五"新能源发展规划的重点,以及国家"碳达峰、碳中和"的重大战略任务中学科交叉发展的重要研究方向之一。实现"碳达峰、碳中和"目标的关键在于推动能源清洁低碳化,加快能源结构转型。通过原电池知识的学习,促使学生认识到原电池将化学能转化为电能,具有绿色环保特点,符合实现"碳中和"的目标,从而有效激发学生社会责任这一核心素养的觉醒,更深层次地感受到化学对环境保护的重要意义.

关键词：核心素养新旧教材原电池碳中和鲁科版能源发展规划环境保护学科交叉

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GKS-EDA能量分解方法及其在铁卟啉体系中的应用

GKS-EDA能量分解方法及其在铁卟啉体系中的应用

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中国化学会第29届学术年会

作者：苏培峰吴玮固体表面国家重点实验室福建省理论与计算化学重点实验室厦门大学化学化工学院厦门大学

本工作介绍了基于LMOEDA方法[1,2]和普适Kohn-Sham理论[3]发展的能量分解方法 GKS-EDA,用于在更广义的KS-DFT理论框架下研究分子间各种相互作用。GKS-EDA可以运用现发展的local,hybrid,double hybrid,rang-separated和dispersion correction泛函,研究在气相和液相中各种相互作用的性质和规律。GKS-EDA将分子间的相互作用分解为静电,交换,排斥,极化和色散等相互作用项。测试计算表明该方法能够给出物理意义清晰的分析结果。它不仅能处理闭壳层体系,也能处理开壳层体系,不仅能处理范德华,氢键等弱相互作用也能处理离子键、共价键等强相互作用,也可以用于开展密度泛函的评估工作。利用该方法我们开展铁卟啉体系理论研究。利用GKS-EDA评价并理解各种泛函对该体系计算结果差异的原因,并进而探讨Fe...O2化学成键的本质（Figure 1）,轴向配体和血液环境对铁卟啉小分子成键的影响。

关键词：分子间相互作用能量分解方法,密度泛函铁卟啉

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Pnam相Li2FeSiO4正极材料电化学相关性质的计算模拟研究

Pnam相Li2FeSiO4正极材料电化学相关性质的计算模拟研究

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中国物理学会2015年秋季会议

作者：郑锋郑炎亭吴顺情朱梓忠厦门大学物理系厦门361005 厦门大学物理系厦门361005 福建省理论与计算化学重点实验室厦门 361005

Li2FeSiO4是最早被发现的也是被研究最为广泛的锂离子电池的硅酸盐正极材料.与其它硅酸盐正极材料相比,Li2FeSiO4表现出更为优良的电化学性能.第一,Li2FeSiO4具有较好的循环性能;第二,实验表明Li2FeSiO4具有脱嵌超过1个锂离子的可能性.L...

Li2FeSiO4是最早被发现的也是被研究最为广泛的锂离子电池的硅酸盐正极材料.与其它硅酸盐正极材料相比,Li2FeSiO4表现出更为优良的电化学性能.第一,Li2FeSiO4具有较好的循环性能;第二,实验表明Li2FeSiO4具有脱嵌超过1个锂离子的可能性.Li2FeSiO4有多种同质异构体结构,已有文献报道的合成结构相主要有为Pmn21、P21/n和Pmnb空间群的结构.

关键词：

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水溶液中β淀粉样蛋白片段Aβ16-21的动态结构研究

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中国科技论文在线精品论文 2015年第3期8卷 264-269页

作者：庄丹玲严思仪刘佳蔡开聪福建师范大学化学与化工学院福建省理论与计算化学重点实验室福州 350007

对阿尔兹海默症(Alzheimer's disease,AD)的致病因子——淀粉样蛋白Aβ体的片段(amyloid amyloidβprotein16-21,Aβ16-21)开展分子动力学模拟,探索其在水溶液中的动态结构变化.对所得全原子运动轨迹进行统计分析,深化了对Aβ16-21... 详细信息

对阿尔兹海默症(Alzheimer's disease,AD)的致病因子——淀粉样蛋白Aβ体的片段(amyloid amyloidβprotein16-21,Aβ16-21)开展分子动力学模拟,探索其在水溶液中的动态结构变化.对所得全原子运动轨迹进行统计分析,深化了对Aβ16-21多肽中酰胺单元水合能力及其所处化学微结构的认识,揭示了多肽分子与溶剂水分子之间氢键相互作用的强弱,为AD的病理研究提供了必要的理论基础.

关键词：物理化学阿尔兹海默症 β淀粉样蛋白分子动力学模拟结构动力学

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相干电荷和能量转移的含时波包扩散方法

相干电荷和能量转移的含时波包扩散方法

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第十三届全国化学动力学会议

作者：赵仪固体表面物理化学国家重点实验室福建省理论与计算化学重点实验室厦门大学化学系

电荷和能量转移广泛存在于物理、化学、生物、材料等体系中,尤其是最近发展起来的有机太阳能电池中,电荷和能量转移过程对电池效率起到决定性作用[1]。理论上理解其过程不仅要考虑电荷和能量在电子态之间的转移过程,同时要考虑电声耦合... 详细信息

电荷和能量转移广泛存在于物理、化学、生物、材料等体系中,尤其是最近发展起来的有机太阳能电池中,电荷和能量转移过程对电池效率起到决定性作用[1]。理论上理解其过程不仅要考虑电荷和能量在电子态之间的转移过程,同时要考虑电声耦合作用,使得传统电荷转移理论如发展较成熟的相干能带机制和局域蛙跳模型无法直接应用,导致对载流子迁移是蛙跳或相干机制的确定还存

关键词：含时波包扩散方法电子结构计算

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