检索结果-内蒙古大学图书馆

分子科学学报 2014年第4期30卷 265-272页

作者：朱纯曹泽星贵州大学化学与化工学院贵州贵阳550025 厦门大学化学与化工学院固体表面物理化学国家重点实验室和福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门360015

通过密度泛函理论计算,研究锰氧咔咯催化环己烷氧化成己二醛的反应,讨论该催化过程的多态反应活性.计算表明,该反应经历两步羟基化和一步C—C键断裂过程.两步羟基化都是由氢转移开始,形成碳自由基中间体,接着迅速发生的自由基反应形成... 详细信息

通过密度泛函理论计算,研究锰氧咔咯催化环己烷氧化成己二醛的反应,讨论该催化过程的多态反应活性.计算表明,该反应经历两步羟基化和一步C—C键断裂过程.两步羟基化都是由氢转移开始,形成碳自由基中间体,接着迅速发生的自由基反应形成二醇的中间体.C—C键断裂过程由氢转移开始,先形成氧自由基中间体,氧自由基单电子和邻近环C—C键存在强烈的相互作用,导致该C—C键活化断裂和第二个氢的协同转移.反应的速控步是第二步羟基化过程,因此碳自由基中间体的稳定性决定该反应的难易,这也解释了实验上观察到叔碳的活性大于仲碳的活性顺序.

关键词：锰氧咔咯环己烷氧化催化反应机理密度泛函理论

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AutoDock软件在生物化学教学中的应用——半柔性对接

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化学教育（中英文） 2020年第6期41卷 86-89页

作者：钟红梅蔡开聪福建师范大学化学与材料学院福建省先进材料化工基础重点实验室福建福州350007 福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门361005 特色生物化工材料福建省重点实验室宁德师范学院福建宁德352100

借助AutoDock软件开展蛋白质受体与配体的半柔性对接,探讨了其在生物化学教学中的应用,帮助学生对蛋白质受体与配体之间可能存在的相互作用有更为感性的认识,激发学生的学习兴趣,调动其学习积极性,从而达到提高教学质量的目的。

关键词： AutoDock软件半柔性对接 A2A-T4L腺苷受体生物化学

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差速离心结合蛋白质组学技术研究受镉盐胁迫后的牙鲆肝差异蛋白质

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分析化学 2009年第7期37卷 1019-1024页

作者：那宏坤黄清育黄河清厦门大学生命科学学院生物化学与生物技术学系厦门大学生命科学学院近海海洋环境科学国家重点实验室厦门大学生命科学学院化学化工学院固体表面物理化学国家重点实验室和化学生物学福建省重点实验室

人工构建镉盐污染源,选用差速离心结合双向凝胶电泳(2D-PAGE)法,高效提取、分离和筛选牙鲆(Paralichthys olivaceus,PO)受镉盐胁迫后的肝脏全蛋白和差异蛋白质。实验结果表明:选用直接裂解法提取牙鲆肝(PO liver POL)全蛋白质且用2D-PAG... 详细信息

人工构建镉盐污染源,选用差速离心结合双向凝胶电泳(2D-PAGE)法,高效提取、分离和筛选牙鲆(Paralichthys olivaceus,PO)受镉盐胁迫后的肝脏全蛋白和差异蛋白质。实验结果表明:选用直接裂解法提取牙鲆肝(PO liver POL)全蛋白质且用2D-PAGE分离,可获得约800个蛋白斑点,其中镉盐诱导了11个差异蛋白斑点。以相对离心力为1000×g、12000×g和100000×g的差速离心法,分别制备了3种沉淀蛋白和1种胞浆蛋白,称为POL组分Ⅰ、POL组分Ⅱ、POL组分Ⅲ和POL组分Ⅳ(胞浆蛋白),蛋白斑点数目分别为380、550、500和850个,总计2280个,明显高于直接裂解法。比较分析法发现,差速离心结合2D-PAGE分离技术可获得牙鲆肝脏受镉盐胁迫后表达的54个差异蛋白质,并适合于用肽质量指纹(peptide mass fingerprint,PMF)图谱技术鉴定。本实验所建立的差速离心结合蛋白质组学技术可高效提取、分离和鉴定组织全蛋白或差异蛋白,并能有效地筛选出蛋白指示物。

关键词：牙鲆肝蛋白质组学差速离心镉污染蛋白指示物

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肉眼看微观世界:VMD软件在蛋白质结构教学中的应用

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化学教育 2016年第12期37卷 67-70页

作者：郑荣珍严思仪刘亚男杜芬芬蔡开聪福建师范大学化学与化工学院福建福州350007 福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门361005

主要探讨了VMD软件作为一个高效的可视化工具在蛋白质三维结构教学中的应用。它帮助学生用一种更加直观、立体且富于互动的方式认识蛋白质分子不同的折叠方式及其二级结构特性。借助VMD软件还能对处于不停热运动中的分子瞬态结构进行统... 详细信息

主要探讨了VMD软件作为一个高效的可视化工具在蛋白质三维结构教学中的应用。它帮助学生用一种更加直观、立体且富于互动的方式认识蛋白质分子不同的折叠方式及其二级结构特性。借助VMD软件还能对处于不停热运动中的分子瞬态结构进行统计分析,有助于学生深化对蛋白质倾向于形成的二级结构的认识。

关键词： VMD软件二级结构蛋白质可视化

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淀粉样蛋白Aβ(16-21)在水溶液中的二级结构特性研究

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福建师范大学学报（自然科学版） 2015年第3期31卷 71-75页

作者：严思仪庄丹玲刘佳杜芬芬蔡开聪福建师范大学化学与化工学院福建福州350007 福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门361005

蛋白质的二级结构与其功能密切相关,错误的折叠将导致蛋白质生理功能的改变,甚至引起病变.以阿尔兹海默症的致病因子——淀粉样蛋白片段Aβ(16-21)为研究对象,开展分子动力学模拟,得到了Aβ(16-21)在水溶液中的全原子运动轨迹.统计结果... 详细信息

蛋白质的二级结构与其功能密切相关,错误的折叠将导致蛋白质生理功能的改变,甚至引起病变.以阿尔兹海默症的致病因子——淀粉样蛋白片段Aβ(16-21)为研究对象,开展分子动力学模拟,得到了Aβ(16-21)在水溶液中的全原子运动轨迹.统计结果表明,在纳秒的时间尺度上,水溶液中多肽链倾向于形成β和PPⅡ构型,进而易发生聚集,产生神经毒性.

关键词：阿尔兹海默症 β-淀粉样蛋白多肽二级结构分子动力学模拟

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单层石墨相氮化碳负载Pt_4团簇吸附O_2的第一性理论研究（英文）

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物理化学学报 2016年第5期32卷 1183-1190页

作者：左会文陆春海任玉荣李奕章永凡陈文凯福州大学化学系福州350116 成都理工大学核技术与自动化工程学院成都610059 常州大学材料与工程学院江苏常州213164 福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门361005 福州大学、能源与环境光催化国家重点实验室福州350002

采用第一性原理密度泛函理论结合周期性平板模型模拟研究了Pt_4团簇吸附单层石墨相氮化碳(g-C_3N_4)的几何结构和电子性质,以及氧气在其表面上的吸附行为。同时,对比分析了氧气在纯净的石墨相氮化碳和Pt_4团簇上的吸附行为。计算结果表... 详细信息

采用第一性原理密度泛函理论结合周期性平板模型模拟研究了Pt_4团簇吸附单层石墨相氮化碳(g-C_3N_4)的几何结构和电子性质,以及氧气在其表面上的吸附行为。同时,对比分析了氧气在纯净的石墨相氮化碳和Pt_4团簇上的吸附行为。计算结果表明,Pt_4团簇吸附在3-s-三嗪环石墨相氮化碳表面,并与四个边缘氮原子成键,形成两个六元环时为最稳定构型。Pt_4团簇倾向于吸附在三嗪环石墨相氮化碳的空位并与邻近三个氮原子成键。由于Pt与N原子较强的杂化作用,以及金属与底物之间较多电子转移增强了Pt_4团簇吸附g-C_3N_4的稳定性。另外,对比分析了氧气在纯净的g-C_3N_4和金属吸附的g-C_3N_4上吸附行为,发现金属原子的加入促进了电子转移,同时拉长了O―O键长。Pt_4吸附3-s-三嗪环g-C_3N_4比Pt_4吸附三嗪环g-C_3N_4表现出微弱的优势,表现出明显的基底扭曲以及较大的吸附能。这些结果表明,化学吸附通过调节电子结构和表面性质增强催化性能的较好方法。

关键词：石墨相氮化碳铂簇氧气分子吸附光催化剂密度泛函理论

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计算化学在DA反应区域选择性机理教学中的应用

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化学教育（中英文） 2023年第16期44卷 107-116页

作者：郑轩陈汶佩林如欣王佩琪刘欣雨黄沁玥游秀燕龚如艳蔡开聪闽南师范大学化学化工与环境学院福建漳州363000 福建师范大学化学与材料学院福建福州360007 厦门大学福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门361005

以2-甲基-1,3-丁二烯和丙烯酸DA反应区域选择性机理为例,利用计算化学与分析手段,结合前线分子轨道与过渡态理论,设计了一套实践性教学方案。该方案通过设计一系列计算化学实验操作与分析,引导学生获取直观动态图像与定量数据,并以此为... 详细信息

以2-甲基-1,3-丁二烯和丙烯酸DA反应区域选择性机理为例,利用计算化学与分析手段,结合前线分子轨道与过渡态理论,设计了一套实践性教学方案。该方案通过设计一系列计算化学实验操作与分析,引导学生获取直观动态图像与定量数据,并以此为依据来对DA反应区域选择性机理以及动态结构变化过程进行解析,从而帮助学生加强对于相关理论知识的感性认识与理解,发展证据推理与模型认知的核心素养,以达到科研反哺教学的目的。

关键词：区域选择性机理 DA反应计算化学前线分子轨道理论过渡态理论

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计算化学在紫外可见吸收光谱教学中的应用

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化学教育（中英文） 2023年第4期44卷 89-98页

作者：尤梓涵李玉楠姚琪琛杨谦蔡开聪郑轩闽南师范大学化学化工与环境学院福建漳州363000 福建师范大学化学与材料学院福建福州360007 厦门大学福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门361005

以L-酪氨酸为案例,结合计算化学手段,设计了采集紫外可见吸收光谱的教学方案,并探讨了计算化学在紫外可见吸收光谱教学中的具体应用。通过对该分子紫外可见光谱的模拟与指认,以及利用多种方法对其不同电子激发过程开展分析,不仅可以有... 详细信息

以L-酪氨酸为案例,结合计算化学手段,设计了采集紫外可见吸收光谱的教学方案,并探讨了计算化学在紫外可见吸收光谱教学中的具体应用。通过对该分子紫外可见光谱的模拟与指认,以及利用多种方法对其不同电子激发过程开展分析,不仅可以有效解释实验光谱吸收峰的来源,还能获取一系列具有教学意义的等值面图形与数据,来帮助学生加强对轨道跃迁类型、电子转移与空穴-电子分布等电子激发特性方面的感性认识,从而使得教学内容既有趣生动,又富有理论深度。

关键词： L-酪氨酸计算化学紫外可见吸收光谱轨道跃迁电子转移空穴-电子分布

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核磁共振波谱查询数据库

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波谱学杂志 2007年第2期24卷 119-123页

作者：谢狄霖陈忠邓思珊福建省医学测试重点实验室(福建省医学科学研究所) 福建福州350001 厦门大学物理系和化学系福建厦门361005

介绍了核磁共振波谱信息查询系统的程序设计和应用方法.系统数据库包含化合物核磁共振氢谱6万多张,核磁共振碳谱4万多张.可通过光谱编号、原子数、分子式进行查询,结果得到所要查询化合物的有关信息及其标准谱图.系统程序还允许用户将... 详细信息

介绍了核磁共振波谱信息查询系统的程序设计和应用方法.系统数据库包含化合物核磁共振氢谱6万多张,核磁共振碳谱4万多张.可通过光谱编号、原子数、分子式进行查询,结果得到所要查询化合物的有关信息及其标准谱图.系统程序还允许用户将本研究领域一些常用化合物的标准谱信息和图谱添加进数据库以供日后查询.

关键词：核磁共振波谱数据库查询

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精准调控Baeyer-Villiger单加氧酶的底物选择性以避免拉唑亚砜的过氧化

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Chinese Journal of Catalysis 2023年第8期51卷 157-167页

作者：吴殷琦陈倩倩陈琦耿强张巧玉郑宇璁赵晨张龑周佳海王斌举许建和郁惠蕾华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室上海生物制造协同创新中心上海200237 厦门大学化学化工学院固体表面物理化学国家重点实验室福建省理论与计算化学重点实验室福建厦门361005 中国科学院深圳先进技术研究院深圳合成生物研究所中国科学院定量工程生物学重点实验室广东深圳518055

氧化酶催化的分子功能化是非常具有吸引力的研究领域之一,其中,高度选择性氧化反应对手性分子的构建至关重要.大量研究集中在对氧化酶立体选择性和区域选择性的分子改造上,而由于底物选择性差引起的过度氧化问题长期被忽视.Baeyer-Villi... 详细信息

氧化酶催化的分子功能化是非常具有吸引力的研究领域之一,其中,高度选择性氧化反应对手性分子的构建至关重要.大量研究集中在对氧化酶立体选择性和区域选择性的分子改造上,而由于底物选择性差引起的过度氧化问题长期被忽视.Baeyer-Villiger单加氧酶(BVMOs)是一类多功能的生物催化剂,可以在脂肪族或环状酮底物的羰基附近插入一个氧原子,具有较高的区域选择性.BVMOs还可以催化包括硫、氮和磷在内的杂原子的不对称氧化.由于其温和的反应条件和较好的对映选择性,BVMOs催化硫醚不对称氧化生成手性亚砜被认为是一种极具吸引力且绿色清洁的合成方法.BVMOs可以催化硫醚不对称氧化生成有价值的手性亚砜,但亚砜过氧化生成无用的副产物砜限制了其进一步应用.这种过度氧化的本质原因是BVMOs对底物选择性不足,导致目标产物亚砜被进一步氧化.本文建立了一个数学模型,将酶对硫醚和亚砜两种相似底物之间的特异性常数之比(kcat/Km)定义为酶对底物选择性.随后使用蛋白结构引导的底物通道工程方法精准调控了拉唑硫醚单加氧酶AcPSMO的底物选择性,成功地将亚砜的过氧化降至最低.酶促氧化奥美拉唑硫醚24h后,突变体F277L生成的副产物砜含量低于1%(mol/mol),而野生型的砜含量为65%.分子动力学模拟和量子力学/分子力学研究结果表明,黄素氢过氧化物(FADH-OOH)周围改变的氢键网络可以调节亚砜氧化的机制和活性.此外,重新设计的AcPSMO突变体也成功地应用于其它手性拉唑亚砜的可控合成.综上,本文开发的精确控制氧化酶底物选择性的方法对于提高其它杂原子生物氧化反应的底物特异性具有借鉴意义.

关键词： Baeyer-Villiger单加氧酶手性亚砜过度氧化底物选择性蛋白质工程分子动力学模拟量子力学/分子力学研究

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