检索结果-内蒙古大学图书馆

化学学报 2011年第12期69卷 1399-1402页

作者：杨锐韩葳葳王嵩北华大学化学与生物学院吉林132013 吉林大学分子酶学工程教育部重点实验室长春130023 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130061

极光激酶(aurora kinases)A是负责调控细胞有丝分裂的一类重要的丝氨酸/苏氨酸激酶.用极光激酶A的一种抑制剂H-89作为先导化合物,通过AutoDock vina软件进行虚拟筛选,选取能量打分最低的抑制剂(命名为H-89-1)做进一步的深入研究.理论对... 详细信息

极光激酶(aurora kinases)A是负责调控细胞有丝分裂的一类重要的丝氨酸/苏氨酸激酶.用极光激酶A的一种抑制剂H-89作为先导化合物,通过AutoDock vina软件进行虚拟筛选,选取能量打分最低的抑制剂(命名为H-89-1)做进一步的深入研究.理论对接研究揭示H-89-1是一种比H-89更好的抑制剂,并且Thr217和Arg137是H-89-1和酶作用中的重要残基,因为它们和H-89-1形成了氢键.我们的研究将为极光激酶A专有抑制剂的设计提供可靠的理论线索.

关键词：极光激酶A 分子对接 H-89 抑制剂

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高效发光材料[(C^N)2IrL]^＋阳离子配合物的结构和光谱特征

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高等学校化学学报 2011年第12期32卷 2885-2890页

作者：张建坡金丽张红星白福全吉林化工学院化学与制药工程学院吉林132022 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021

从理论上研究了一系列Ir(Ⅲ)[(C^N)2IrL]+[C^N=ppy,L=pzpy(1);C^N=dfppy,L=pzpy(2);C^N=ppy,L=pybi(3);C^N=tpy,L=acac(4);其中ppy=2-苯基吡啶,dfppy=2-(2,4-双氟苯基)吡啶,pzpy=2-吡唑基吡啶,pybi=1-苯基-2-(吡啶基)-1H-苯并咪唑,tpy=2-(4-甲苯基)-吡啶,acac=乙酰丙酮]配合物的结构和光谱特征.分别在B3LYP/LanL2DZ和CIS/LanL2DZ计算水平下优化了它们的基态和激发态结构.计算得到的Ir—N,Ir—C和Ir—O基态键长和相应实验值符合较好.在激发态下,Ir—N和Ir—C键长增加了约0.0003～0.003 nm,而Ir—O键长则缩短了约0.0012 nm.在含时密度泛函理论(TD-DFT)计算水平下,结合极化连续介质模型(PCM),得到配合物1～4的最低能的吸收和发射分别出现在398 nm(1),370nm(2),419 nm(3)和437 nm(4)以及511 nm(1),457 nm(2),602 nm(3)和479 nm(4).配合物1,2,4的跃迁属于d(Ir)+π(C^N)→π*(C^N)的电荷转移跃迁,而化合物3的跃迁则归因于d(Ir)+π(C^N)→π*(py-bi)的电荷转移跃迁.这表明此类配合物的吸收和发射主要受前线分子轨道的金属成分控制,同时也受辅助配体L的影响.

关键词：阳离子Ir(Ⅲ)配合物电子结构激发态含时密度泛函理论光谱特征

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四齿配体[Ru(iph)(L)_2]^(2＋)(L=cpy,mpy,npy)配合物的结构和光谱特征

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物理化学学报 2011年第5期27卷 1089-1094页

作者：张建坡金丽张红星吉林化工学院化学与制药工程学院吉林吉林132022 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用密度泛函的B3LYP和UB3LYP方法分别优化了一系列[Ru(iph)(L)2]2+(L=cpy(1),mpy(2),npy(3);其中iph为2,9-双(1′-甲基-2′-咪唑)-1,10-邻二氮杂菲,cpy为4-氰基嘧啶,mpy为4-甲基嘧啶,npy为4-氮二甲基嘧啶)配合物的基态和激发态结构.利用含时密度泛函理论(TD-DFT)方法,结合极化连续介质(PCM)模型计算了它们在丙酮溶液中的吸收和发射光谱.研究结果表明:优化得到的几何结构参数和相应的实验值符合得非常好.1和2的最高占据分子轨道主要由金属的d轨道和iph配体的π轨道构成,但是3主要占据在npy配体上,而它们的最低空轨道主要由iph配体的π反键轨道占据.因此,1和2的最低能吸收和发射属于金属到配体(MLCT)和配体内部(ILCT)的电荷转移跃迁,而3属于两个配体之间的电荷转移(LLCT)跃迁.三个配合物的最低能吸收分别在509nm(1),527nm(2)和563nm(3),其磷光发射分别在683nm(1),852nm(2)和757nm(3).这显示出通过调节L配体的π电子给予能力可以改变最低能吸收和发射的跃迁性质和发光颜色.

关键词：四齿配体Ru配合物激发态含时密度泛函理论光谱特征电荷转移

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锐钛矿型TiO_2表面吸附甲醛的密度泛函理论研究

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化学学报 2011年第24期69卷 2929-2938页

作者：刘子忠韩飞封继康徐爱菊崔文颖内蒙古师范大学化学与环境科学学院功能材料物理与化学自治区重点实验室呼和浩特010022 吉林大学理论与计算化学国家重点实验室长春130023 吉林大学化学院长春130023

应用密度泛函理论优化了锐钛矿型TiO2(001),(110)和(100)晶面结构,发现(001)晶面能量最低.通过对甲醛吸附到(001)面的6种初始猜测方式的几何优化,发现从甲醛H—C—O侧面吸附方式为最稳定的吸附方式,吸附能最大,发生了化学吸附.吸附后甲... 详细信息

应用密度泛函理论优化了锐钛矿型TiO2(001),(110)和(100)晶面结构,发现(001)晶面能量最低.通过对甲醛吸附到(001)面的6种初始猜测方式的几何优化,发现从甲醛H—C—O侧面吸附方式为最稳定的吸附方式,吸附能最大,发生了化学吸附.吸附后甲醛中C—H键增长,键变弱,C—O键缩短,键增强.甲醛中C原子与邻近层Ti和O原子间电子云发生重叠,有新的Ti—O和Ti—C键生成.吸附前后锐钛矿型TiO2(001)能隙从2.88 eV降低为2.50 eV,光催化吸收波长从431增加到496 nm.

关键词：锐钛矿吸附甲醛密度泛函理论

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EK多肽折叠以及离子浓度和pH值依赖性的计算研究(英文)

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中国科学：化学 2012年第1期42卷 103-104页

作者：梅晔张大为段莉莉张庆刚张增辉华东师范大学精密光谱科学与技术国家重点实验室上海200062 华东师范大学理论与计算科学研究所上海200062 南洋理工大学物理和数学科学学院化学和生物化学系新加坡637371 山东师范大学物理与电子科学学院济南250014 Department of Chemistry New York UniversityNew York 10003USA

我们分别运用了传统AMBER03力场以及极化力场研究了EK多肽在不同离子浓度和pH值条件下的折叠.其中极化力场源于我们近期发展的可调的氢键专一性电荷方案.这两种力场的差别仅仅在于原子电荷的不同.溶剂化效应用推广的波恩模型描述.结果表... 详细信息

我们分别运用了传统AMBER03力场以及极化力场研究了EK多肽在不同离子浓度和pH值条件下的折叠.其中极化力场源于我们近期发展的可调的氢键专一性电荷方案.这两种力场的差别仅仅在于原子电荷的不同.溶剂化效应用推广的波恩模型描述.结果表明,当使用AMBER03电荷时,尽管多肽倾向于形成螺旋结构,但是对离子浓度和pH值的依赖关系定性上是错误的.而当使用可调的氢键专一性电荷方案时,EK多肽在10ns内就达到了折叠态.在高离子浓度或者极端pH条件下,计算得到的螺旋结构的概率降低.对于原子电荷以及主链氢键相互作用的分析表明极化效应增加了螺旋结构的稳定性.该研究结果再一次证明了静电极化效应对提高传统力场的精度以及对蛋白质折叠的研究都是非常必要的.进一步的分析说明,间隔4个残基的盐桥作用虽然对稳定蛋白质结构起到了一定的效果,但并不是关键作用,这和实验是吻合的.

关键词：静电极化效应蛋白质折叠 EK多肽量子化学计算

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Structural origin of energetic heterogeneity in ionic liquids

Structural origin of energetic heterogeneity in ionic liquid...

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中国化学会第28届学术年会

作者：赵英鹤胡中汉吉林大学理论化学研究所吉林大学超分子结构与材料国家重点实验室

How structural features observed computationally is connected to excitation-wavelength dependent kinetics observed experimentally remains as one of the unanswered fundamental questions in the field of ionic *** utilizing molecular dynamics simulation methods and by building a number of approximated models simplifying the complex electrostatic interactions in ionic liquids,we are able to discover the structural origin of the energetic

关键词：离子液体分子动力学模拟电荷转移

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二吡唑铝化合物双光子吸收性质的理论研究

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物理化学学报 2011年第10期27卷 2303-2310页

作者：刘晓婷郭景富安迪王丹任爱民封继康吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 东北师范大学物理学院长春130024 吉林大学电子科学与工程学院长春130023

应用密度泛函理论(DFT)和半经验的ZINDO方法对二吡唑铝化合物的单、双光子吸收(OPA、TPA)性质进行了研究.结果表明,铝氮烷杂环化合物具有好的双光子吸收性质,其双光予最大吸收截面值(σ_(max))可达到2860.1 GM(1 GM=10^(-50)cm^4·s... 详细信息

应用密度泛函理论(DFT)和半经验的ZINDO方法对二吡唑铝化合物的单、双光子吸收(OPA、TPA)性质进行了研究.结果表明,铝氮烷杂环化合物具有好的双光子吸收性质,其双光予最大吸收截面值(σ_(max))可达到2860.1 GM(1 GM=10^(-50)cm^4·s·photon^(-1)).在中心、共轭桥和末端引入强的吸电子基团可调谐单、双光子吸收光谱,实现在不同波长范围的双光子吸收;利用三态公式分析了分子的双光子吸收截面变化的内在原因;铝氮烷杂环化合物与其相应的硼化合物相比,表现出类似的单、双光子吸收性质,但一定程度上可增大双光子吸收截面.

关键词：密度泛函理论:双光子吸收:双光子吸收截面二吡唑铝:分子内电荷转移

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(E)-2-(乙酰胺亚甲基)琥珀酸水解酶与其催化底物相互作用的理论研究

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黑龙江大学自然科学学报 2011年第5期28卷 655-659,675页

作者：张红星张继龙郑清川吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

通过分子对接和分子动力学模拟等理论方法研究(E)-2-(乙酰胺亚甲基)琥珀酸(E-2AMS)水解酶与其水解底物E-2AMS的结合方式。MM-PBSA结合自由能计算结果和动力学轨迹的统计分析都表明,在E-2AMS与水解酶形成的复合结构中,底物酰胺键采取反... 详细信息

通过分子对接和分子动力学模拟等理论方法研究(E)-2-(乙酰胺亚甲基)琥珀酸(E-2AMS)水解酶与其水解底物E-2AMS的结合方式。MM-PBSA结合自由能计算结果和动力学轨迹的统计分析都表明,在E-2AMS与水解酶形成的复合结构中,底物酰胺键采取反式构型在能量上更有利。在这种结合方式中,水解酶活性位点处的关键残基Arg146、Arg167、Tyr168、Arg179和Tyr259与E-2AMS之间形成7条氢键,在催化反应中起到稳定底物的作用;而残基Ile41和Leu107的主链氨基形成"氧负离子洞",能够抵消催化过程中酰胺氧原子上积累的负电荷,有利于反应的顺利进行。

关键词： (E)-2-(乙酰胺亚甲基)琥珀酸水解酶分子对接分子动力学模拟 MM-PBSA

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精氨酸酶Ⅰ的手性选择性

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高等学校化学学报 2011年第6期32卷 1339-1342页

作者：李帅李兆龙胡玉琳高雪峰黄旭日吉林大学理论化学研究所、理论化学计算国家重点实验室生命科学学院长春130021 吉林大学第一医院肝胆胰内科长春130023

运用分子对接和分子动力学模拟方法对精氨酸酶进行手性选择性研究.通过比较精氨酸酶Ⅰ与L,D型精氨酸复合物的结构,发现精氨酸酶Ⅰ与L型精氨酸结合得更紧密.进一步分析比较复合物分子动力学轨迹发现,精氨酸酶Ⅰ与L型精氨酸分子的复合物R... 详细信息

运用分子对接和分子动力学模拟方法对精氨酸酶进行手性选择性研究.通过比较精氨酸酶Ⅰ与L,D型精氨酸复合物的结构,发现精氨酸酶Ⅰ与L型精氨酸结合得更紧密.进一步分析比较复合物分子动力学轨迹发现,精氨酸酶Ⅰ与L型精氨酸分子的复合物RMSD曲线的震荡较小,而且酶与L型底物的结合能大于酶与D型底物的结合能.在催化精氨酸脱胍基的反应中,精氨酸酶Ⅰ只选择L型精氨酸分子是基于酶的手性选择性,手性选择性是由酶的活性口袋形状决定的.

关键词：分子动力学分子对接手性精氨酸酶

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Cu、N共掺杂锐钛矿型二氧化钛的理论研究

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化学世界 2011年第2期52卷 69-73页

作者：魏志钢潘湛昌黄雪萍徐艳阳陈世荣肖楚民广东工业大学轻工化工学院广东广州510006 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室吉林长春130023

采用基于密度泛函理论(DFT)框架下的第一性原理平面波赝势(PWPP)方法,模拟计算了Cu、N共掺杂锐钛矿Ti O2,讨论了Cu掺杂、N掺杂、Cu、N共掺杂对锐钛矿Ti O2的晶体结构、能隙、态密度等的影响。结果表明Cu、N共掺杂锐钛矿Ti O2晶体后,导... 详细信息

采用基于密度泛函理论(DFT)框架下的第一性原理平面波赝势(PWPP)方法,模拟计算了Cu、N共掺杂锐钛矿Ti O2,讨论了Cu掺杂、N掺杂、Cu、N共掺杂对锐钛矿Ti O2的晶体结构、能隙、态密度等的影响。结果表明Cu、N共掺杂锐钛矿Ti O2晶体后,导带主要由N-2p和Ti-3d轨道上的电子构成,价带主要由O-2p和Cu-3d轨道上的电子构成,禁带宽度(Eg)变小,Ti O2的吸收带红移,费米能级降低,体系稳定性提高,从而有助于提高Ti O2的光催化活性。

关键词：二氧化钛密度泛函理论电子结构

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