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人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(ACMSD)与底物及抑制剂作用模型的理论研究

高等学校化学学报 2008年第12期29卷 2398-2402页

作者：楚慧郢郑清川赵勇山张红星吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)... 详细信息

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)和抑制剂喹啉酸(QA)分别与hACMSD进行对接,获得了复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了底物和抑制剂的具体结合方式,明确了hACMSD与底物和抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基.

关键词： 2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶分子动力学模拟分子对接同源模建

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烯丙基自由基（C3H5）与一氧化氮（NO）反应势能面的理论研究

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高等学校化学学报 2006年第12期27卷 2390-2393页

作者：张浩孙延波李泽生孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在CCSD(T)/6-311G(d,p)//B3LYP/6-311G(d,p)+ZPE水平上对反应·CHCHCH3+NO进行了计算,并建立了其单重态的反应势能面.在该反应中,分别找到生成P1(CH3CHO+HCN),P2(CH3CHO+HNC),P3(CH3CN+HCHO),P4(CH3CCH+HNO)的4条产物通道,其中·CHCHCH3和NO中的氮原子直接连接形成m1(trans-CH3CHCHNO),m1经过顺反异构形成m2(cis-CH3CHCHNO),m2再经过CCNO四元环合,然后发生环解离,最后生成产物P1(CH3CHO+HCN)是最可行的产物通道,其余三条通道为次要产物通道.该体系中生成P1的反应路径与同类体系·C2H3+NO的主要反应路径相类似,两者的差别是前者为动力学可行的反应,而后者为动力学不可行反应,这使得·CHCHCH3+NO反应比·C2H3+NO反应更具有实际意义.

关键词：烯丙基自由基(C3H5) 一氧化氮(NO) 势能面

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SiNP分子结构及稳定性的理论研究

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高等学校化学学报 2005年第5期26卷 894-896,F007页

作者：于健康陈广慧黄旭日李卓孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用B3LYP/6-311G(d),QCISD和CCSD(T)方法,对单重态和三重态SiNP体系的异构化进行了研究.在QCISD/6-311G(d)水平下,得到了7个稳定的异构体,它们由4个过渡态所连接,其中三重态线型异构体SiNP(31,3Σ1),单重态环状异构体SiNP(14,1A′)和... 详细信息

采用B3LYP/6-311G(d),QCISD和CCSD(T)方法,对单重态和三重态SiNP体系的异构化进行了研究.在QCISD/6-311G(d)水平下,得到了7个稳定的异构体,它们由4个过渡态所连接,其中三重态线型异构体SiNP(31,3Σ1),单重态环状异构体SiNP(14,1A′)和单重态线型异构体SiNP(11,1Σ)都具有较大的热力学及动力学稳定性.

关键词： B3LYP SiNP 异构体势能面结构

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聚苯乙烯在石墨表面吸附的分子动力学模拟

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高等学校化学学报 2006年第7期27卷 1340-1342页

作者：赵莉杨华李卓李泽生孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用分子动力学（MD）模拟方法研究了单链聚苯乙烯（PS）在石墨表面的吸附．模拟结果表明，吸附后PS在平行于石墨表面的方向可视为准二维椭圆结构，并且在此方向上的均方回转半径值（R^2∥）与其所含单体数目（N）具有指数关系R^2∥～N... 详细信息

采用分子动力学（MD）模拟方法研究了单链聚苯乙烯（PS）在石墨表面的吸附．模拟结果表明，吸附后PS在平行于石墨表面的方向可视为准二维椭圆结构，并且在此方向上的均方回转半径值（R^2∥）与其所含单体数目（N）具有指数关系R^2∥～N^2v，指数2v约等于1．04；最后指出PS吸附过程的主要驱动力为PS链段与表面之间的范德华作用力．

关键词：聚苯乙烯石墨表面吸附分子动力学模拟

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预测[C,O,S]体系的稳定异构体

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高等学校化学学报 2008年第8期29卷 1641-1643页

作者：周中军刘慧玲黄旭日孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021

采用DFT,QCISD及CCSD(T)方法对单重态和三重态的COS分子体系势能面进行了理论计算,在QCISD/6-311G(d)水平上得到4个过渡态连接的6个稳定构型.经动力学及热力学分析发现只有一个单重态线性的分子11(O—C—S)能够稳定存在.

关键词：密度泛函理论 COS 异构体势能面

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二氧化三氮(N_3O_2)中性分子和离子的一些重要反应过程的理论研究

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高等学校化学学报 2007年第1期28卷 132-135页

作者：张浩孙延波李泽生孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

二重态的N3O2中性分子作为中间体,在N3O2阴离子的光解离反应和NO+N2O N2+NO2反应中均起重要作用.在CCSD(T)/6-311G(d,p)//B3LYP/6-311G(d,p)+ZPE的水平上,对这两个反应进行了理论计算.结果表明,在N3O2阴离子的光解离反应中,该阴离子先... 详细信息

二重态的N3O2中性分子作为中间体,在N3O2阴离子的光解离反应和NO+N2O N2+NO2反应中均起重要作用.在CCSD(T)/6-311G(d,p)//B3LYP/6-311G(d,p)+ZPE的水平上,对这两个反应进行了理论计算.结果表明,在N3O2阴离子的光解离反应中,该阴离子先在光照下解离为与其具有相同的W构型的中性分子和一个电子,这个中性分子是一个过渡态,它将打破C2v构型变成具有Cs对称性的W型中间异构体,然后再经过一个过渡态,裂解成N2O+NO两个小分子.这个裂解过程的能垒非常低(5.96 kJ/mol),因此在实验中很难检测到W型的中间异构体.在另一个重要的[N3O2]体系的反应(NO+N2O N2+NO2)中,找到了两条反应通道,其中不经过中间异构体的一步转化通道更为可行.

关键词：中性二氧化三氮(N3O2)分子光解离稳定中间体多步转化一步转化

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SARS冠状病毒3CL蛋白酶及其抑制剂的理论研究

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高等学校化学学报 2006年第3期27卷 535-537页

作者：王嵩黄旭日高雪峰赵熹孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

应用AutoDock程序将SARS冠状病毒3CL蛋白酶及其抑制剂配体和受体进行了对接,并用InsightⅡ中的Discover3模块进行了分子动力学模拟,分析了蛋白酶活性口袋的形状,讨论了其亚基的氢键、静电、疏水等相互作用,为进一步设计药物提供了重要... 详细信息

应用AutoDock程序将SARS冠状病毒3CL蛋白酶及其抑制剂配体和受体进行了对接,并用InsightⅡ中的Discover3模块进行了分子动力学模拟,分析了蛋白酶活性口袋的形状,讨论了其亚基的氢键、静电、疏水等相互作用,为进一步设计药物提供了重要的参考信息.

关键词： SARS冠状病毒3CL蛋白酶抑制剂对接分子动力学模拟

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细胞色素p450 2s1(CYP2s1)三维结构模建及其与维甲酸分子的对接研究

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高等学校化学学报 2005年第4期26卷 689-692页

作者：孙苗李泽生张媛郑清川孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用同源模建和分子动力学模拟,模建了细胞色素P450(CYP2s1)的三维结构.在模建结构的基础上,分析了活性位点的组成和结构,并进行了与小分子(维甲酸)的分子对接研究.研究结果表明,在由维甲酸和CYP2s1形成的复合物中,非键相互作用较强,其... 详细信息

利用同源模建和分子动力学模拟,模建了细胞色素P450(CYP2s1)的三维结构.在模建结构的基础上,分析了活性位点的组成和结构,并进行了与小分子(维甲酸)的分子对接研究.研究结果表明,在由维甲酸和CYP2s1形成的复合物中,非键相互作用较强,其中,GLu411和Ala414是与维甲酸相互作用能最强的两个残基,对复合物的结合起重要作用.

关键词：同源模建细胞色素分子动力学

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7-氮杂吲哚衍生物分子基态和激发态性质的理论研究

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高等学校化学学报 2006年第6期27卷 1091-1095页

作者：范建训任爱民封继康薄冬生吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室吉林大学化学学院

用从头算HF和密度泛函B3LYP方法对7-氮杂吲哚衍生物1,3-二(N-7-氮杂吲哚基)苯、1,3,5-三(N-7-氮杂吲哚基)苯和4,4′-二(N-7-氮杂吲哚基)联苯进行全优化,计算分子的电离势IP和电子亲和势EA等相关能量,并用ZINDO和TDDFT方法计算吸收光谱,... 详细信息

用从头算HF和密度泛函B3LYP方法对7-氮杂吲哚衍生物1,3-二(N-7-氮杂吲哚基)苯、1,3,5-三(N-7-氮杂吲哚基)苯和4,4′-二(N-7-氮杂吲哚基)联苯进行全优化,计算分子的电离势IP和电子亲和势EA等相关能量,并用ZINDO和TDDFT方法计算吸收光谱,用C IS优化三种化合物分子的S1激发态结构,并分析其能量与发射光谱的关系,计算溶剂中分子的吸收和发射光谱,并与实验结果对照.计算结果表明,从7-氮杂吲哚到上述三种衍生物依次愈来愈容易接受空穴,吸收和发射光谱红移.

关键词：氮杂吲哚衍生物发光性质从头算密度泛函理论

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乙烯酮自由基(HCCO~·)与氧气(O2)反应势能面的理论研究

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高等学校化学学报 2004年第8期25卷 1504-1506页

作者：魏志钢黄旭日孙延波孙家锺吉林大学理论化学研究所吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在 G2 ( B3 LYP/ MP2 / CC)水平上对反应 HCCO+ O2 进行了计算 ,得到了反应势能面 ,提出了 3种可能的反应机理 :( 1 )四元环反应机理得到产物 P1 ( HCO+ CO2 ) ;( 2 )三元环反应机理得到产物 P2 ( CO+HCO2 ) ;( 3 ) O—O键断裂反应机理... 详细信息

在 G2 ( B3 LYP/ MP2 / CC)水平上对反应 HCCO+ O2 进行了计算 ,得到了反应势能面 ,提出了 3种可能的反应机理 :( 1 )四元环反应机理得到产物 P1 ( HCO+ CO2 ) ;( 2 )三元环反应机理得到产物 P2 ( CO+HCO2 ) ;( 3 ) O—O键断裂反应机理得到产物 P3 ( O+ OCC( O) H)和 P4( O+ CO+ HCO) .由反应势能面推测产物P1 ( HCO+ CO2 )为主要产物 ,产物 P2 ( CO+ HCO2 ) ,P3 ( O+ OCC( O) H)和P4( O+ CO+ HCO)为次要产物

关键词：乙烯酮自由基氧气反应势能面

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