检索结果-内蒙古大学图书馆

物理化学学报 2009年第3期25卷 417-422页

作者：赵勇山郑清川张红星楚慧郢孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类丝氨酸消旋酶(hSR)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的可靠性.在此基础上用分子对接程序(affinity)将多肽类抑制剂A和B分别与hSR进行对接,获得了其复合物结构的理论模型... 详细信息

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类丝氨酸消旋酶(hSR)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的可靠性.在此基础上用分子对接程序(affinity)将多肽类抑制剂A和B分别与hSR进行对接,获得了其复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了此类抑制剂与hSR的具体结合方式,明确了hSR与此类抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基,为基于人类丝氨酸消旋酶三维结构的药物设计提供重要的参考信息.

关键词：人类丝氨酸消旋酶分子动力学模拟分子对接同源模建

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HCNO分子裂解机理的理论研究

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化学学报 2008年第6期66卷 597-602页

作者：于健康王嵩郑清川张浩张红星丁大军孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130061

实验提示应用248nm UV波长对HCNO分子进行直接光解,该分子可能发生裂解,得到某些产物.为了揭示HCNO分子的裂解机理,选择HCNO分子的一组相对能级作为理论研究的起始点,即1A'(0.00kJ/mol),3A'(255.01kJ/mol),3A"(282.37kJ/m... 详细信息

实验提示应用248nm UV波长对HCNO分子进行直接光解,该分子可能发生裂解,得到某些产物.为了揭示HCNO分子的裂解机理,选择HCNO分子的一组相对能级作为理论研究的起始点,即1A'(0.00kJ/mol),3A'(255.01kJ/mol),3A"(282.37kJ/mol)和1A"(341.59kJ/mol),进而找到了合理的反应路径,阐明了相应的裂解机理,得到的主要产物为H+NCO,HCN+O和NH+CO,与实验提示的结果相符合.

关键词：反应机理势能面 HCNO

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碱金属化物M＋@H6Aza222M′-·2MeNH2(M，M′=Li，Na，K)一阶超极化率的理论研究

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高等学校化学学报 2012年第10期33卷 2320-2325页

作者：樊丽涛李莹吴迪李志儒孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021

采用B3LYP/6-31G方法优化得到具有有机笼状配体的碱金属化物M+@H6Aza222M'-·2MeNH2(M,M'=Li,Na,K)的9个实频结构,并发现配体内部的碱金属原子M的位置随其原子序数的逐渐减小而具有偏向笼状配体一侧的趋势.在优化的结构基础... 详细信息

采用B3LYP/6-31G方法优化得到具有有机笼状配体的碱金属化物M+@H6Aza222M'-·2MeNH2(M,M'=Li,Na,K)的9个实频结构,并发现配体内部的碱金属原子M的位置随其原子序数的逐渐减小而具有偏向笼状配体一侧的趋势.在优化的结构基础上,使用BHandHLYP方法计算了该体系的非线性光学性质.结果表明,该体系具有很大的一阶超极化率(β0),其中Na+@H6Aza222K-·2MeNH2的一阶超极化率高达1280342 a.u.,且体系的β0值随着配体外部的碱金属M'的原子序数的增大呈单调递增趋势.

关键词：碱金属化物密度泛函理论一阶超极化率

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亚甲基氰自由基(HCCN)与一氧化氮(NO)反应势能面的理论研究

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高等学校化学学报 2004年第11期25卷 2112-2115页

作者：魏志钢黄旭日孙延波孙家锺吉林大学理论化学研究所吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在 CCSD( T) /6-3 1 1 G( d,p) //B3 LYP/6-3 1 1 G( d,p) +ZPE水平上对反应 HCCN+NO的二重态反应势能面进行了计算 ,得到了 4种产物 :P1 ( HCN+NCO) ,P2 ( OH+NCCN) ,P3 [HCN+( CNO) ]和 P4( HCN+CNO) .其中产物 P1为主要产物 ,P2为次... 详细信息

在 CCSD( T) /6-3 1 1 G( d,p) //B3 LYP/6-3 1 1 G( d,p) +ZPE水平上对反应 HCCN+NO的二重态反应势能面进行了计算 ,得到了 4种产物 :P1 ( HCN+NCO) ,P2 ( OH+NCCN) ,P3 [HCN+( CNO) ]和 P4( HCN+CNO) .其中产物 P1为主要产物 ,P2为次要产物 ,P3和 P4很难得到 .在 G2 ( B3 LYP/MP2 /CC)水平 ,对产物 P1和 P2的反应通道的单点能量进行了校正 .

关键词：亚甲基氰自由基一氧化氮从头算反应势能面

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HO_2自由基与NO_2反应通道的理论研究

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化学学报 2005年第3期63卷 196-202页

作者：白洪涛黄旭日魏志钢李吉来孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

应用密度泛函理论 DFT/B3LYP 对 HO2+NO2反应进行了研究, 在 B3LYP/6-311G**和 CCSD(T)/6-311G**水平上计算了 HO2自由基与 NO2分子反应的单重态和三重态反应势能面, 计算结果表明, 单重态反应势能面中的直接氢抽提反应机理是此反应的... 详细信息

应用密度泛函理论 DFT/B3LYP 对 HO2+NO2反应进行了研究, 在 B3LYP/6-311G**和 CCSD(T)/6-311G**水平上计算了 HO2自由基与 NO2分子反应的单重态和三重态反应势能面, 计算结果表明, 单重态反应势能面中的直接氢抽提反应机理是此反应的主要反应通道, 即 HO2自由基的氢原子转移到 NO2分子的氮原子上形成产物 P1 (HNO2+3O2), 另一个可能的反应通道是单重态反应势能面上 HO2 中的端位氧原子进攻 NO2 分子中的氮原子形成中间体 1 (HOONO2),接着中间体 1 (HOONO2)经过氢转移形成产物 P2 (trans-HONO+3O2), 以上两个反应通道都是放热反应通道, 分别放热90.14 和 132.52 kJ?mol-1.

关键词：反应通道 NO2分子单重态反应势能面 B3LYP 氮原子 CCSD(T) 自由基转移产物

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孪函数N电子基向Slater多电子反对称基的展开

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高等学校化学学报 1998年第5期19卷 796-798页

作者：王国力刘靖尧孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室

发展了一套孪函数多电子基向Ｓｌａｔｅｒ行列式的展开方法，并得到展开系数的解析表达式，使得孪函数多电子基直接与Ｈａｒｔｒｅｅ－Ｆｏｃｋ从头计算相关联．

关键词：辛群孪函数 N电子基组多电子基 Slater行列式

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多尺度分子模拟研究来自于无类囊体蓝藻的五聚体门控离子通道门控机理

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化学学报 2011年第14期69卷 1639-1644页

作者：于辉李卓赵熹黄旭日吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130061

五聚体门控离子通道是一个重要膜蛋白家族,在生理学过程中起到重要作用.我们以来自无类囊体蓝藻(Gloebacter violaceus:GLIC)的五聚体门控离子通道X-ray结构为模型,进行总共1.05μs的粗粒化分子模拟,并结合原子级分子模拟方法,观察到其... 详细信息

五聚体门控离子通道是一个重要膜蛋白家族,在生理学过程中起到重要作用.我们以来自无类囊体蓝藻(Gloebacter violaceus:GLIC)的五聚体门控离子通道X-ray结构为模型,进行总共1.05μs的粗粒化分子模拟,并结合原子级分子模拟方法,观察到其离子通道的闭合和相应的四级结构扭转.我们发现其位于跨膜区组成通道的M2螺旋通过倾斜-旋转(指向通道中心)的协调运动来完成通道闭合.进一步分析并结合前人的实验结果,我们提出了该离子通道门控过程的可能的"连锁反应"机理:由单独亚基的M2螺旋前部构象变化引发,使该亚基发生整体的构象变化,并且将这种变化传递到了邻近的亚基,进而带动整个通道的构象变化,最终完成通道的闭合.

关键词：五聚体门控离子通道门控粗粒化

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聚偏二氯乙烯构象分布的理论研究

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高等学校化学学报 2008年第11期29卷 2273-2276页

作者：张志杰吕中元李泽生孙家锺吉林大学理论化学研究所理论与计算化学国家重点实验室长春130023

在MP2/6-311++G**水平下,对2,2,4,4-四氯戊烷与2,2,4,4,6,6-六氯庚烷旋转异构体构象进行几何优化和能量计算.结果表明,对于2,2,4,4-四氯戊烷,采用gauche-gauche排列的旋转异构体的能量较低;2,2,4,4,6,6-六氯庚烷旋转异构体中,采用trans-... 详细信息

在MP2/6-311++G**水平下,对2,2,4,4-四氯戊烷与2,2,4,4,6,6-六氯庚烷旋转异构体构象进行几何优化和能量计算.结果表明,对于2,2,4,4-四氯戊烷,采用gauche-gauche排列的旋转异构体的能量较低;2,2,4,4,6,6-六氯庚烷旋转异构体中,采用trans-gauche-trans-gauche排列的构象能量较低.反之,完全采用trans-trans排列的旋转异构体构象能量较高,不稳定.通过比较模型分子不同旋转异构体构象的能量差值可以得到一级和二级特征的相互作用能差,进而计算统计权重参数.在此基础上,应用计算得到的模型分子的几何构型与统计权重参数,分别构建针对—CH2—和—CCl2—中心的聚偏二氯乙烯的6态旋转异构态模型.通过旋转异构态模型可以计算聚偏二氯乙烯分子中各种构象的分布.

关键词：从头算聚偏二氯乙烯构象分布

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乙炔基自由基C_2H与氧气反应的密度泛函理论研究

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化学学报 2004年第5期62卷 461-466页

作者：白洪涛黄旭日于健康孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

应用量子化学从头算和密度泛函理论 (DFT)对C2 H自由基和O2 的反应进行了研究 .在B3LYP/6 3 11G 水平上优化了反应通道上各驻点 (反应物、中间体、过渡态和产物 )的几何构型 ,并计算出它们的振动频率和零点振动能 (ZPVE) .各物种的总... 详细信息

应用量子化学从头算和密度泛函理论 (DFT)对C2 H自由基和O2 的反应进行了研究 .在B3LYP/6 3 11G 水平上优化了反应通道上各驻点 (反应物、中间体、过渡态和产物 )的几何构型 ,并计算出它们的振动频率和零点振动能 (ZPVE) .各物种的总能量由CCSD(T) /6 3 11G //B3LYP/6 3 11G 给出 ,并对能量进行了零点能校正 .计算结果表明 ,反应物中自由基C2 H中的边端C进攻O2 形成了中间体 1(HCCOO) ,中间体 1是一个加合产物 .由中间体 1经过不同的反应通道可以生成不同的产物P1(HCO +CO) ,P2 (HCCO +O) ,P3 (CO2 +CH) ,P4(C2 O +OH)和P5( 2CO +H) .反应通道之间存在着竞争机制 .其中P1,P2 是主要产物 ,其次还有一定比例的P5生成 ,而产物P3 ,P4的生成几率较低 .

关键词：乙炔基自由基 C2H自由基氧气密度泛函理论量子化学从头算几何构型振动频率零点振动能反应通道反应热

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碱金属化物M^+aza222M′^-(M,M′=Li,Na,K)的结构及非线性光学性质

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物理化学学报 2012年第3期28卷 555-560页

作者：樊丽涛李莹吴迪李志儒孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用密度泛函理论(DFT)B3LYP方法得到具有有机穴状配体的碱金属化物M+aza222M′-(M,M′=Li,Na,K)的几何结构.并使用了BHandHLYP方法计算了此体系的非线性光学(NLO)性质.结果表明:该体系具有很大的一阶超极化率(β0),对于Li+aza222K-体系... 详细信息

采用密度泛函理论(DFT)B3LYP方法得到具有有机穴状配体的碱金属化物M+aza222M′-(M,M′=Li,Na,K)的几何结构.并使用了BHandHLYP方法计算了此体系的非线性光学(NLO)性质.结果表明:该体系具有很大的一阶超极化率(β0),对于Li+aza222K-体系,β0值达到1.0×106a.u.;体系的β0值及配体aza222内外的碱金属之间距离与碱金属的原子序数均存在着依赖关系.通过与其它碱金属化物的β0值对比发现,aza222配体能够显著增大碱金属化物的一阶超极化率.

关键词：密度泛函理论非线性光学碱金属化物一阶超极化率穴状配体

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