检索结果-内蒙古大学图书馆

高等学校化学学报 2007年第2期28卷 330-333页

作者：潘清江周欣张红星付宏刚黑龙江大学化学化工与材料学院哈尔滨150080 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

过渡金属电荷转移配合物的电荷分离是光能转化为电能的光物理过程，与配合物的电子结构密切相关．采用从头算方法探索了双核Au（I）配合物，cis-[Au2（SHCH2PH2）2]^2＋（1），cis-[Au2（SHCH2S）2]（2）和cis-[Au2（PH2CH2S）2]（3）... 详细信息

过渡金属电荷转移配合物的电荷分离是光能转化为电能的光物理过程，与配合物的电子结构密切相关．采用从头算方法探索了双核Au（I）配合物，cis-[Au2（SHCH2PH2）2]^2＋（1），cis-[Au2（SHCH2S）2]（2）和cis-[Au2（PH2CH2S）2]（3）的电荷转移性质．采用MP2计算得到基态的Au（I）-Au（I）距离分别为0．2972，0．2888和0．2903nm，表明Au（I）之间存在弱吸引作用；电子激发使得配合物2和3的金属间的距离缩短了约0．016nm，而配合物1仅增长了***方法预测配合物1～3的^3A激发态分别产生383．463和422nm最低能发射，具有金属中心（Metal-centered，MC）跃迁和分子内电荷转移（Intrarnolecular Charge Transfer，ICT）的混合性质．

关键词： Au(I)配合物电荷转移激发态从头计算

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GSH对两种谷胱甘肽过氧化物酶模拟物活性影响的研究

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高等学校化学学报 2008年第12期29卷 2337-2340页

作者：郑清川吕绍武赵勇山牟颖罗贵民孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室吉林大学分子酶学工程教育部重点实验室长春130023

设计并合成了谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)模拟物6A,6A′-二苯胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-AnSeCD).采用双酶偶联法测定GPX的活力结果显示,6A,6A′-二环己胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-CySeCD)催化谷胱甘肽还原H2O2和枯烯H2O2的活... 详细信息

设计并合成了谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)模拟物6A,6A′-二苯胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-AnSeCD).采用双酶偶联法测定GPX的活力结果显示,6A,6A′-二环己胺-6B,6B′-二硒桥联-β-环糊精(6-CySeCD)催化谷胱甘肽还原H2O2和枯烯H2O2的活力均比6-AnSeCD的高.为了进一步考察6-CySeCD和6-AnSeCD与GSH之间的相互作用,进行了分子动力学(MD)模拟和分子对接研究.结果表明,与GSH的结合使GPX模拟物的构象发生变化,这种改变可能是影响桥连GPX模拟物催化活性的关键因素.

关键词：谷胱甘肽过氧化物酶模拟物分子动力学模拟分子对接

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乙基硫自由基及阴、阳离子低电子激发态从头算研究

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高等学校化学学报 2007年第10期28卷 1972-1974页

作者：李步通魏子章潘清江张红星孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021 黑龙江大学化学化工与材料学院哈尔滨150080

采用CASSCF方法和6-311++(3df,3pd)基组以及Cs对称性优化了乙基硫自由基和阳、阴离子3种分子的12个电子态的几何构型.利用二级微扰方法(CASPT2)对这12个电子态做了单点能校正.通过比较自由基与阴阳离子的能量,得出了绝热电子亲和势和绝... 详细信息

采用CASSCF方法和6-311++(3df,3pd)基组以及Cs对称性优化了乙基硫自由基和阳、阴离子3种分子的12个电子态的几何构型.利用二级微扰方法(CASPT2)对这12个电子态做了单点能校正.通过比较自由基与阴阳离子的能量,得出了绝热电子亲和势和绝热电子电离能,与实验结果在允许误差范围内基本一致.

关键词：二级微扰方法(CASPT2) 激发态乙基硫

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Sirt1及Sirt2与活性分子INA的作用机制研究

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化学学报 2013年第2期71卷 199-204页

作者：陈晓光赵晓杰王嵩王丽萍李惟孙家钟吉林大学生命科学学院长春130012 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130061

应用分子模拟理论与方法研究了人类沉默信息调节因子2相关酶类Sirtuin家族成员Sirt1及Sirt2与一种活性分子(命名为INA)的作用机制.同源模建了Sirt1的三维结构,通过分子对接手段得到Sirt1(NAD+)-INA及Sirt2(NAD+)-INA的两种复合物体系,... 详细信息

应用分子模拟理论与方法研究了人类沉默信息调节因子2相关酶类Sirtuin家族成员Sirt1及Sirt2与一种活性分子(命名为INA)的作用机制.同源模建了Sirt1的三维结构,通过分子对接手段得到Sirt1(NAD+)-INA及Sirt2(NAD+)-INA的两种复合物体系,进行了分子动力学模拟.并且分别计算了两种体系中关键氨基酸残基与INA的结合自由能值,由此推测出Sirt1(NAD+)-INA、Sirt2(NAD+)-INA体系结合位点分别为Val72,Ser73和Arg272及Phe235,Leu264和Gly305,确证了两种体系的结合模式.模拟结果表明,在Sirt1(NAD+)-INA体系中,INA与催化底物NAD+距离较近,可以相互作用,具有较高活性;在Sirt2(NAD+)-INA体系中,INA与催化底物NAD+距离较远,与在Sirt1体系中比较,INA对Sirt2体系的活性较弱,结果与实验一致.本文的研究,对今后以去乙酰化酶Sirt1,Sirt2为靶点的新药开发具有一定指导意义.

关键词：分子模拟 Sirt1 Sirt2 活性分子INA 作用机制

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亚磷酸锰开放骨架化合物质子传导性质

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高等学校化学学报 2018年第6期39卷 1138-1144页

作者：王志秀沐影王艺霖孙小媛苏钽刘靖尧吉林大学理论化学研究所理论化学计算实验室长春130021 吉林大学化学学院无机合成与制备国家重点实验室吉林大学材料科学与工程学院长春130012

在离子热条件下合成了新颖的微孔亚磷酸锰开放骨架材料|NH_4|_4[Mn_4(PO_3H)_6](JIS-10),并对该样品进行了质子传导性质测试.研究了在无水氛围下煅烧和饱和水氛围下JIS-10导电性质对电导率的影响,结果表明,在相对湿度98%水氛围下,JIS-1... 详细信息

在离子热条件下合成了新颖的微孔亚磷酸锰开放骨架材料|NH_4|_4[Mn_4(PO_3H)_6](JIS-10),并对该样品进行了质子传导性质测试.研究了在无水氛围下煅烧和饱和水氛围下JIS-10导电性质对电导率的影响,结果表明,在相对湿度98%水氛围下,JIS-10的质子电导率从1.23×10^(-4)S/cm(7d)提升至1.07×10^(-3)S/cm(60 d),证明样品的水饱和程度对质子电导率的提升具有重要作用.

关键词：离子热法亚磷酸锰开放骨架化合物质子传导

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基质金属蛋白酶的新型抑制剂效能的理论研究

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高等学校化学学报 2009年第8期30卷 1592-1595页

作者：李岱霖郑清川张红星姬海涛杨金刚房学迅吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 吉林大学理论化学研究所分子酶学工程教育部重点实验室长春130023

采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮... 详细信息

采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮对MMP-7有更好的效能,这与实验测得的活性顺序相符.另外,密度泛函理论的计算结果表明,此类抑制剂能够通过ZBG以单配位的形式与MMPs的Zn2+相互作用.理论计算的结果可能有助于抑制剂的设计及其效能的改善.

关键词：基质金属蛋白酶分子对接密度泛函理论焦性没食子酸杨梅黄酮

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Lennard-Jones流体气液相图的粒子交换分子动力学模拟研究

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高等学校化学学报 2005年第3期26卷 507-510页

作者：欧阳文泽孙昭艳吕中元安立佳中国科学院长春应用化学研究所高分子物理与化学国家重点实验室长春130022 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用粒子交换分子动力学模拟方法(Particle exchange molecular dynamics,PEMD)研究了Lennard-Jones流体的气液相图.模拟中,用两个耦合箱分别代表液相和气相.通过直接比较两箱的粒子化学势来控制交换粒子,从而达到两相平衡.采用Widom方... 详细信息

利用粒子交换分子动力学模拟方法(Particle exchange molecular dynamics,PEMD)研究了Lennard-Jones流体的气液相图.模拟中,用两个耦合箱分别代表液相和气相.通过直接比较两箱的粒子化学势来控制交换粒子,从而达到两相平衡.采用Widom方法计算化学势.两模拟箱平衡时具有相同的温度、压强和粒子化学势.模拟的气液相图结果与利用其它方法得到的Lennard-Jones流体气液相图符合得很好.

关键词：分子动力学模拟 Lennard-Jones 流体相图

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金属Ir_4 Cluster催化丙烯加氢反应势能面的密度泛函理论研究

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高等学校化学学报 2006年第12期27卷 2372-2375页

作者：耿彩云李吉来孙广领黄旭日孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 胜利工程设计咨询有限责任公司东营257026

用密度泛函理论(DFT)对金属Ir4cluster催化丙烯Propene加氢反应的反应机理进行了理论研究.在B3LYP理论水平下优化了反应通道上反应物、中间体、过渡态和产物各驻点物种的几何构型,构建了该反应的基态势能面.计算结果表明,Ir4cluster催... 详细信息

用密度泛函理论(DFT)对金属Ir4cluster催化丙烯Propene加氢反应的反应机理进行了理论研究.在B3LYP理论水平下优化了反应通道上反应物、中间体、过渡态和产物各驻点物种的几何构型,构建了该反应的基态势能面.计算结果表明,Ir4cluster催化丙烯加氢反应,主要通过3条反应通道(c,d和e)进行.主反应通道c是H1原子先经过中间体1加成到丙烯的边端C上形成中间体3,然后H2原子经过渡态TS3—5,中间体5和过渡态TS5-P加成到中间C上生成产物P.c通道无论从动力学角度还是热力学角度都是最有利的;反应通道d和e中的最高势垒和通道c上的相比差别不大,具有一定的竞争性,是次通道.

关键词：密度泛函理论(DFT) 反应通道 Ir4 cluster 丙烯

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CS与NO分子反应势能面的理论研究

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化学学报 2007年第17期65卷 1762-1766页

作者：白洪涛孙成元张军孙福祥席海山黄旭日内蒙古民族大学化学学院通辽028043 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

应用量子化学从头计算和密度泛函理论(DFT)对CS分子和NO分子的反应机理进行了研究.在B3LYP/6-311G**和CCSD(T)/6-311G**水平上计算了CS分子与NO分子反应的二重态和四重态反应势能面.计算结果表明,二重态反应势能面中,CS分子的C端和NO的... 详细信息

应用量子化学从头计算和密度泛函理论(DFT)对CS分子和NO分子的反应机理进行了研究.在B3LYP/6-311G**和CCSD(T)/6-311G**水平上计算了CS分子与NO分子反应的二重态和四重态反应势能面.计算结果表明,二重态反应势能面中,CS分子的C端和NO的N端连接是主要的反应方式.反应物先经过过渡态TS1,形成具有直线结构的中间体1(CSNO).中间体1经过一系列异构化得到主要产物P1(CO+SN).此反应是放热反应,反应热为-183.75kJ/mol.而四重态由于反应入口势垒过高,是不重要的.

关键词：密度泛函理论(DFT) CS和NO分子势能面反应机理

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HAsO2异构体结构、相对稳定性与体系势能面

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化学学报 2002年第1期60卷 49-54页

作者：于海涛池玉娟傅宏刚黄旭日李泽生孙家钟黑龙江大学化学化工学院哈尔滨150080吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023 黑龙江大学化学化工学院哈尔滨150080 吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在MP2/6-311++G(d,p)和QCISD(T)/6-311++G(3df,2p)(单点)水平下计算得到了包括9个异构体和10个过渡态的HAsO2体系势能面.在势能面上,异构体cis-HOAsO(E1)的能量是最低的,其次是trans-HOAsO(E2)和HAsO(O)(C2v,E3),能量分别比cis-HOAsO高13.15和192.74kJ/mol.根据体系的势能面,异构体E1,E3及cis-HOOAs(E6),trans-HOOAs(E5)具有一定的动力学稳定性,在实验中应该可以观测到.AsH和O2反应的第一步产物将会异构化为具有较高动力学稳定性的异构体E3;而OH和AsO反应可直接生成E1.计算结果与HPO2,HPS2,HNO2,HNS2等价电子相同的分子的势能面进行了比较.

关键词：势能面 HAsO2分子异构化动力学稳定性

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