在生物体系的计算机模拟中包含处理大量分子复杂的相互作用。在经典的分子动力学模拟中短程的Van der Waals相互作用可以直接计算,但是对于长程的库伦相互作用发展精确而且有效的方法是一直存在的问题。我们讨论了精确处理静电的三种类...
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在生物体系的计算机模拟中包含处理大量分子复杂的相互作用。在经典的分子动力学模拟中短程的Van der Waals相互作用可以直接计算,但是对于长程的库伦相互作用发展精确而且有效的方法是一直存在的问题。我们讨论了精确处理静电的三种类型的方法:截断方法,Ewald方法,平均场方法。在讨论中,我们概述了这些方法的公式和发展,强调了三种类型方法之间本质的联系和静电边界条件存在的问题。最后对于方法未来的发展和在生物模拟中的应用进行了展望[1]。另外,这些方法也可以用于处理偶极子之间的相互作用。对于具有二维周期性和三维周期性的三维体系均可以用上述三种方法来处理。
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