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人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(ACMSD)与底物及抑制剂作用模型的理论研究

高等学校化学学报 2008年第12期29卷 2398-2402页

作者：楚慧郢郑清川赵勇山张红星吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)... 详细信息

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)和抑制剂喹啉酸(QA)分别与hACMSD进行对接,获得了复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了底物和抑制剂的具体结合方式,明确了hACMSD与底物和抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基.

关键词： 2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶分子动力学模拟分子对接同源模建

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Mo_2[(p-tol)NCHN(p-tol)]_4及其阳离子电子结构和电子吸收光谱的从头算研究

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高等学校化学学报 2001年第4期22卷 603-606页

作者：杨光辉张红星唐敖庆吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130022

用密度泛函理论中的 B3 LYP方法 ,采用 Lan L2 DZ基组 ,对 Mo2 (form) 4和 [Mo2 (form) 4]+ {其中(form) -=[(p-tol) NCHN(p-tol) ]-) },进行了分子轨道计算 ,明确了 Mo— Mo键具有σ2 π4 δ2 四重键的性质 .计算得到 Mo— Mo间的分子... 详细信息

用密度泛函理论中的 B3 LYP方法 ,采用 Lan L2 DZ基组 ,对 Mo2 (form) 4和 [Mo2 (form) 4]+ {其中(form) -=[(p-tol) NCHN(p-tol) ]-) },进行了分子轨道计算 ,明确了 Mo— Mo键具有σ2 π4 δ2 四重键的性质 .计算得到 Mo— Mo间的分子轨道顺序为π<σ<δ<σ* <δ* <π* .用单激发组态相互作用 (CIS)方法计算了 Mo2 (form) 4和 [Mo2 (form) 4]+ 的电子吸收光谱 ,Mo2 (form) 4的最低能吸收光谱λ=3 90 nm,是 1A1g→ 1Eg跃迁产生的 ,属于金属内部的电荷迁移 .[Mo2 (form) 4]+ 的最低能吸收光谱 λ=1 0 96nm,也是 1Ag→ 1Eg 跃迁产生的。

关键词：电子结构从头计算电子吸收光谱钼甲脒配体双核配合物

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预测[C,O,S]体系的稳定异构体

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高等学校化学学报 2008年第8期29卷 1641-1643页

作者：周中军刘慧玲黄旭日孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021

采用DFT,QCISD及CCSD(T)方法对单重态和三重态的COS分子体系势能面进行了理论计算,在QCISD/6-311G(d)水平上得到4个过渡态连接的6个稳定构型.经动力学及热力学分析发现只有一个单重态线性的分子11(O—C—S)能够稳定存在.

关键词：密度泛函理论 COS 异构体势能面

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聚苯乙烯在石墨表面吸附的分子动力学模拟

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高等学校化学学报 2006年第7期27卷 1340-1342页

作者：赵莉杨华李卓李泽生孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用分子动力学（MD）模拟方法研究了单链聚苯乙烯（PS）在石墨表面的吸附．模拟结果表明，吸附后PS在平行于石墨表面的方向可视为准二维椭圆结构，并且在此方向上的均方回转半径值（R^2∥）与其所含单体数目（N）具有指数关系R^2∥～N... 详细信息

采用分子动力学（MD）模拟方法研究了单链聚苯乙烯（PS）在石墨表面的吸附．模拟结果表明，吸附后PS在平行于石墨表面的方向可视为准二维椭圆结构，并且在此方向上的均方回转半径值（R^2∥）与其所含单体数目（N）具有指数关系R^2∥～N^2v，指数2v约等于1．04；最后指出PS吸附过程的主要驱动力为PS链段与表面之间的范德华作用力．

关键词：聚苯乙烯石墨表面吸附分子动力学模拟

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孪函数多电子基组在LiH分子方面的应用

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高等学校化学学报 1998年第4期19卷 603-605页

作者：王国力刘靖尧孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室

选择从头算ＳＴＯ－６Ｇ基组，以孪函数Ｎ电子基组计算ＬｉＨ分子的基态（ｓ＝０）和激发态（ｓ＝１）．结果表明，无需全部孪函数Ｎ电子基组，只要适当选择少数基组即可达到所需精度．

关键词：辛群孪函数 N电子基组 LiH 氢化锂基态激发态

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[GeCN_2]分子异构化势能面的理论研究

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化学学报 2009年第5期67卷 397-402页

作者：张文斌石国升丁益宏孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在CCSD(T)/6-311+G(2df)//B3LYP/6-311+G(d)水平下,研究了四原子分子[GeCN2]的各个异构体的几何结构、红外振动光谱、相对能量及异构化和解离稳定性,构建了[GeCN2]势能面.我们得到了7个[GeCN2]异构体,包括5个直线型结构GeNCN(1),GeNNC(2... 详细信息

在CCSD(T)/6-311+G(2df)//B3LYP/6-311+G(d)水平下,研究了四原子分子[GeCN2]的各个异构体的几何结构、红外振动光谱、相对能量及异构化和解离稳定性,构建了[GeCN2]势能面.我们得到了7个[GeCN2]异构体,包括5个直线型结构GeNCN(1),GeNNC(2),NGeCN(3),NGeNC(4),GeCNN(5)和2个环形结构Ge-cCNN(6)和Ge-cNCN(7).其中异构体5,6,7是我们新找到的构型,而且GeCNN(5)是整个势能面上稳定性仅次于GeNCN(1)的异构体.几何和电子结构分析表明,GeCNN(5)具有共轭叁键结构:Ge≡C—N≡N:.由于具有良好的热力学和动力学稳定性,异构体GeCNN(5)有望在实验中观测到.我们建议利用过渡金属羰基化合物的络合作用可以进一步稳定GeCNN(5).本研究为寻找新型含高周期元素的多重键化合物提供了理论线索.

关键词： Ge≡C-N≡N 三重键势能面稳定性

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人类丝氨酸消旋酶的同源模建及其与多肽类抑制剂的分子对接

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物理化学学报 2009年第3期25卷 417-422页

作者：赵勇山郑清川张红星楚慧郢孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类丝氨酸消旋酶(hSR)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的可靠性.在此基础上用分子对接程序(affinity)将多肽类抑制剂A和B分别与hSR进行对接,获得了其复合物结构的理论模型... 详细信息

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类丝氨酸消旋酶(hSR)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的可靠性.在此基础上用分子对接程序(affinity)将多肽类抑制剂A和B分别与hSR进行对接,获得了其复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了此类抑制剂与hSR的具体结合方式,明确了hSR与此类抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基,为基于人类丝氨酸消旋酶三维结构的药物设计提供重要的参考信息.

关键词：人类丝氨酸消旋酶分子动力学模拟分子对接同源模建

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HCNO分子裂解机理的理论研究

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化学学报 2008年第6期66卷 597-602页

作者：于健康王嵩郑清川张浩张红星丁大军孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130061

实验提示应用248nm UV波长对HCNO分子进行直接光解,该分子可能发生裂解,得到某些产物.为了揭示HCNO分子的裂解机理,选择HCNO分子的一组相对能级作为理论研究的起始点,即1A'(0.00kJ/mol),3A'(255.01kJ/mol),3A"(282.37kJ/m... 详细信息

实验提示应用248nm UV波长对HCNO分子进行直接光解,该分子可能发生裂解,得到某些产物.为了揭示HCNO分子的裂解机理,选择HCNO分子的一组相对能级作为理论研究的起始点,即1A'(0.00kJ/mol),3A'(255.01kJ/mol),3A"(282.37kJ/mol)和1A"(341.59kJ/mol),进而找到了合理的反应路径,阐明了相应的裂解机理,得到的主要产物为H+NCO,HCN+O和NH+CO,与实验提示的结果相符合.

关键词：反应机理势能面 HCNO

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双取代铵氧化物(R_2HNO)与双取代羟胺(R_2NOH)的相互转换机制的量子化学研究

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化学学报 2008年第22期66卷 2483-2488页

作者：石国升丁益宏吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在B3LYP/6-311++G(d,p)水平下,首次对一系列双取代铵氧化物(R2HNO)与双取代羟胺(R2NOH)[R=CH3,NH2,OH,F,CH2CH3,CH(CH3)2,C(CH3)3]同分异构体的相互转换机制进行了理论计算研究,并与已知的H3NO和H2NOH进行了比较.结果表明,相对于双取代羟胺(R2NOH),按照H所研究的7种取代基[R=CH3,NH2,OH,F,CH2CH3,CH(CH3)2,C(CH3)3],R2HNO向R2NOH转换的能垒介于27.0～56.3 kcal/mol之间,表明在气相条件下极有可能观测到双取代铵氧化物(R2HNO).

关键词： R2HNO R2NOH 同分异构体热力学稳定性动力学稳定性

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二聚体C_2H_(4-n)F_n…LiH(n=0,1,2)中π锂键的性质和弱方向性

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物理化学学报 2012年第12期28卷 2817-2823页

作者：王树建李莹吴迪吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用二级微扰理论(MP2)量子化学研究方法,对C2H4-nFn…LiH(n=0,1,2)二聚体的结构和π锂键性质进行了分析.结果表明氟原子的取代改变了乙烯分子的π电子云形状,从而使二聚体体系中的π锂键发生偏移、伸长和弯曲.通过与类似的π氢键体系C2... 详细信息

采用二级微扰理论(MP2)量子化学研究方法,对C2H4-nFn…LiH(n=0,1,2)二聚体的结构和π锂键性质进行了分析.结果表明氟原子的取代改变了乙烯分子的π电子云形状,从而使二聚体体系中的π锂键发生偏移、伸长和弯曲.通过与类似的π氢键体系C2H4-nFn…HF(n=0,1,2)比较,发现π锂键在二级弱相互作用的影响下,发生了明显的弯曲,表现出弱的方向性.在CCSD(T)/6-311++G(3df,3pd)理论水平下,二聚体的相互作用能强弱顺序为:33.85kJ·mol-1(C2H4-LiH)>27.32kJmol-1(C2H3F-LiH)>21.34kJ·mol-1(cis-C2H2F2-LiH)>20.25kJ·mol-1(g-C2H2F2-LiH),说明氟取代削减了乙烯分子与LiH之间的相互作用.

关键词： π锂键 π氢键弱相互作用二级微扰理论取代效应

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