检索结果-内蒙古大学图书馆

高等学校化学学报 2006年第3期27卷 535-537页

作者：王嵩黄旭日高雪峰赵熹孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

应用AutoDock程序将SARS冠状病毒3CL蛋白酶及其抑制剂配体和受体进行了对接,并用InsightⅡ中的Discover3模块进行了分子动力学模拟,分析了蛋白酶活性口袋的形状,讨论了其亚基的氢键、静电、疏水等相互作用,为进一步设计药物提供了重要... 详细信息

应用AutoDock程序将SARS冠状病毒3CL蛋白酶及其抑制剂配体和受体进行了对接,并用InsightⅡ中的Discover3模块进行了分子动力学模拟,分析了蛋白酶活性口袋的形状,讨论了其亚基的氢键、静电、疏水等相互作用,为进一步设计药物提供了重要的参考信息.

关键词： SARS冠状病毒3CL蛋白酶抑制剂对接分子动力学模拟

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SiNP分子结构及稳定性的理论研究

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高等学校化学学报 2005年第5期26卷 894-896,F007页

作者：于健康陈广慧黄旭日李卓孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用B3LYP/6-311G(d),QCISD和CCSD(T)方法,对单重态和三重态SiNP体系的异构化进行了研究.在QCISD/6-311G(d)水平下,得到了7个稳定的异构体,它们由4个过渡态所连接,其中三重态线型异构体SiNP(31,3Σ1),单重态环状异构体SiNP(14,1A′)和... 详细信息

采用B3LYP/6-311G(d),QCISD和CCSD(T)方法,对单重态和三重态SiNP体系的异构化进行了研究.在QCISD/6-311G(d)水平下,得到了7个稳定的异构体,它们由4个过渡态所连接,其中三重态线型异构体SiNP(31,3Σ1),单重态环状异构体SiNP(14,1A′)和单重态线型异构体SiNP(11,1Σ)都具有较大的热力学及动力学稳定性.

关键词： B3LYP SiNP 异构体势能面结构

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二氧化三氮(N_3O_2)中性分子和离子的一些重要反应过程的理论研究

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高等学校化学学报 2007年第1期28卷 132-135页

作者：张浩孙延波李泽生孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

二重态的N3O2中性分子作为中间体,在N3O2阴离子的光解离反应和NO+N2O N2+NO2反应中均起重要作用.在CCSD(T)/6-311G(d,p)//B3LYP/6-311G(d,p)+ZPE的水平上,对这两个反应进行了理论计算.结果表明,在N3O2阴离子的光解离反应中,该阴离子先... 详细信息

二重态的N3O2中性分子作为中间体,在N3O2阴离子的光解离反应和NO+N2O N2+NO2反应中均起重要作用.在CCSD(T)/6-311G(d,p)//B3LYP/6-311G(d,p)+ZPE的水平上,对这两个反应进行了理论计算.结果表明,在N3O2阴离子的光解离反应中,该阴离子先在光照下解离为与其具有相同的W构型的中性分子和一个电子,这个中性分子是一个过渡态,它将打破C2v构型变成具有Cs对称性的W型中间异构体,然后再经过一个过渡态,裂解成N2O+NO两个小分子.这个裂解过程的能垒非常低(5.96 kJ/mol),因此在实验中很难检测到W型的中间异构体.在另一个重要的[N3O2]体系的反应(NO+N2O N2+NO2)中,找到了两条反应通道,其中不经过中间异构体的一步转化通道更为可行.

关键词：中性二氧化三氮(N3O2)分子光解离稳定中间体多步转化一步转化

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聚偏二氯乙烯构象分布的理论研究

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高等学校化学学报 2008年第11期29卷 2273-2276页

作者：张志杰吕中元李泽生孙家锺吉林大学理论化学研究所理论与计算化学国家重点实验室长春130023

在MP2/6-311++G**水平下,对2,2,4,4-四氯戊烷与2,2,4,4,6,6-六氯庚烷旋转异构体构象进行几何优化和能量计算.结果表明,对于2,2,4,4-四氯戊烷,采用gauche-gauche排列的旋转异构体的能量较低;2,2,4,4,6,6-六氯庚烷旋转异构体中,采用trans-... 详细信息

在MP2/6-311++G**水平下,对2,2,4,4-四氯戊烷与2,2,4,4,6,6-六氯庚烷旋转异构体构象进行几何优化和能量计算.结果表明,对于2,2,4,4-四氯戊烷,采用gauche-gauche排列的旋转异构体的能量较低;2,2,4,4,6,6-六氯庚烷旋转异构体中,采用trans-gauche-trans-gauche排列的构象能量较低.反之,完全采用trans-trans排列的旋转异构体构象能量较高,不稳定.通过比较模型分子不同旋转异构体构象的能量差值可以得到一级和二级特征的相互作用能差,进而计算统计权重参数.在此基础上,应用计算得到的模型分子的几何构型与统计权重参数,分别构建针对—CH2—和—CCl2—中心的聚偏二氯乙烯的6态旋转异构态模型.通过旋转异构态模型可以计算聚偏二氯乙烯分子中各种构象的分布.

关键词：从头算聚偏二氯乙烯构象分布

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设计非线性光学材料的新思路:质子转移增强光学非线性

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高等学校化学学报 2001年第11期22卷 1869-1872页

作者：付伟封继康潘革波吉林大学理论化学计算国家重点实验室理论化学研究所长春130023

从酸的电子给体 HO— C6H4— CH CH— C6H4— NO2 ( OSN )可以向碱的电子受体Me2 N—C6H4—CH CH—C5H4N( DAMS)发生质子转移 ,质子转移后形成的相应离子与其中性分子相比 ,光学非线性增强 .采用 ZINDO-SOS,FF/PM3及 CPHF/PM3三种方法... 详细信息

从酸的电子给体 HO— C6H4— CH CH— C6H4— NO2 ( OSN )可以向碱的电子受体Me2 N—C6H4—CH CH—C5H4N( DAMS)发生质子转移 ,质子转移后形成的相应离子与其中性分子相比 ,光学非线性增强 .采用 ZINDO-SOS,FF/PM3及 CPHF/PM3三种方法对其进行了系统的理论研究 .三种方法研究结果均表明 ,质子转移后所产生的离子和相应的中性分子相比 ,其第一超极化率 β和第二超极化率

关键词：质子转移第一超极化率第二超极化率优化设计有机非线性光学材料光学非线性几何构型

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C_(40)异构体的结构和稳定性的理论研究

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高等学校化学学报 2003年第1期24卷 105-108页

作者：刘桂霞张红星孙家锺唐敖庆吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用 Gaussian98程序 ,采用密度泛函 ( DFT)方法中的 B3LYP,选用 6 -31 G基组对富勒烯 ( Fullerene)C40 的 6种异构体 [D5d,Td,D2 h,C3 v,D2 ( ) ,D2 ( ) ]进行了几何构型优化 ,其中 ,对于 Td 对称性的 C40 由于易发生 Jahn-Teller... 详细信息

利用 Gaussian98程序 ,采用密度泛函 ( DFT)方法中的 B3LYP,选用 6 -31 G基组对富勒烯 ( Fullerene)C40 的 6种异构体 [D5d,Td,D2 h,C3 v,D2 ( ) ,D2 ( ) ]进行了几何构型优化 ,其中 ,对于 Td 对称性的 C40 由于易发生 Jahn-Teller畸变 ,则降低其对称性为 D2 d,再进行优化 .对它们的平衡几何和电子结构进行了比较具体的分析 ,同时 ,根据计算得到的总能量推断出这 6种异构体的稳定性顺序是 D2 ( ) >D5d>Td>C3 v>D2 h>D2 ( ) .

关键词：理论研究 C40 异构体电子结构稳定性富勒烯密度泛函

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人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(ACMSD)与底物及抑制剂作用模型的理论研究

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高等学校化学学报 2008年第12期29卷 2398-2402页

作者：楚慧郢郑清川赵勇山张红星吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)... 详细信息

利用同源模建和分子动力学模拟方法构建了人类2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶(hACMSD)的三维结构,并利用Profile-3D和Procheck等方法评估了模型的可靠性.在此基础上,用分子对接程序(Affinity),将其底物2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛(ACMS)和抑制剂喹啉酸(QA)分别与hACMSD进行对接,获得了复合物结构的理论模型.通过配体与受体之间相互作用能和结构分析给出了底物和抑制剂的具体结合方式,明确了hACMSD与底物和抑制剂结合时起重要作用的氨基酸残基.

关键词： 2-氨基3-羧基粘康酸6-半醛脱羧酶分子动力学模拟分子对接同源模建

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烯丙基自由基（C3H5）与一氧化氮（NO）反应势能面的理论研究

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高等学校化学学报 2006年第12期27卷 2390-2393页

作者：张浩孙延波李泽生孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在CCSD(T)/6-311G(d,p)//B3LYP/6-311G(d,p)+ZPE水平上对反应·CHCHCH3+NO进行了计算,并建立了其单重态的反应势能面.在该反应中,分别找到生成P1(CH3CHO+HCN),P2(CH3CHO+HNC),P3(CH3CN+HCHO),P4(CH3CCH+HNO)的4条产物通道,其中·CHCHCH3和NO中的氮原子直接连接形成m1(trans-CH3CHCHNO),m1经过顺反异构形成m2(cis-CH3CHCHNO),m2再经过CCNO四元环合,然后发生环解离,最后生成产物P1(CH3CHO+HCN)是最可行的产物通道,其余三条通道为次要产物通道.该体系中生成P1的反应路径与同类体系·C2H3+NO的主要反应路径相类似,两者的差别是前者为动力学可行的反应,而后者为动力学不可行反应,这使得·CHCHCH3+NO反应比·C2H3+NO反应更具有实际意义.

关键词：烯丙基自由基(C3H5) 一氧化氮(NO) 势能面

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He_2F^-体系的分子间相互作用势能面

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高等学校化学学报 2007年第5期28卷 960-963页

作者：孙晓颖王钦李志儒吴迪孙家锺唐敖庆吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

使用高水平的从头算CCSD(T)/aug-cc-pVTZ方法,经过Counterpoise校正,计算了He2F-体系的分子间相互作用势能面.在He2F-体系的相互作用势能面的最小值处,发现了一个等腰三角形的稳定结构.在这个结构中,He…F-距离是0.334nm,He…He的距离是... 详细信息

使用高水平的从头算CCSD(T)/aug-cc-pVTZ方法,经过Counterpoise校正,计算了He2F-体系的分子间相互作用势能面.在He2F-体系的相互作用势能面的最小值处,发现了一个等腰三角形的稳定结构.在这个结构中,He…F-距离是0.334nm,He…He的距离是0.295nm,∠HeF-He为52.5°.计算了此稳定结构的频率、相互作用能、二体相互作用能和三体相互作用能.在CCSD(T)/d-aug-cc-pVTZ水平下,相互作用能为-1.727kJ/mol.

关键词：相互作用势能面从头算方法三体相互作用能 He2F^-

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NC3O分子体系的异构化及其结构和性能的理论研究

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高等学校化学学报 2008年第12期29卷 2457-2461页

作者：赵莹孙家锺黄旭日吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用DFT,QCISD及CCSD(T)方法,对NC3O分子体系的异构化进行了系统的研究,得到了5个稳定的异构体,其中包括4个链状异构体和1个带有支链的平面结构异构体.这5个稳定异构体都具有较高的动力学和热力学稳定性.

关键词： NC3O 势能面异构体结构

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