检索结果-内蒙古大学图书馆

化学学报 2011年第14期69卷 1639-1644页

作者：于辉李卓赵熹黄旭日吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130061

五聚体门控离子通道是一个重要膜蛋白家族,在生理学过程中起到重要作用.我们以来自无类囊体蓝藻(Gloebacter violaceus:GLIC)的五聚体门控离子通道X-ray结构为模型,进行总共1.05μs的粗粒化分子模拟,并结合原子级分子模拟方法,观察到其... 详细信息

五聚体门控离子通道是一个重要膜蛋白家族,在生理学过程中起到重要作用.我们以来自无类囊体蓝藻(Gloebacter violaceus:GLIC)的五聚体门控离子通道X-ray结构为模型,进行总共1.05μs的粗粒化分子模拟,并结合原子级分子模拟方法,观察到其离子通道的闭合和相应的四级结构扭转.我们发现其位于跨膜区组成通道的M2螺旋通过倾斜-旋转(指向通道中心)的协调运动来完成通道闭合.进一步分析并结合前人的实验结果,我们提出了该离子通道门控过程的可能的"连锁反应"机理:由单独亚基的M2螺旋前部构象变化引发,使该亚基发生整体的构象变化,并且将这种变化传递到了邻近的亚基,进而带动整个通道的构象变化,最终完成通道的闭合.

关键词：五聚体门控离子通道门控粗粒化

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从头算量子化学计算方法对高氯酸镁溶液中存在的离子缔合物种及缔合过程的研究

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化学学报 2010年第14期68卷 1363-1369页

作者：张浩于健康孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

使用了量子化学计算方法在HF/6-31+G*水平下对高氯酸镁溶液中的高氯酸根水合,可能存在的离子缔合物种以及离子缔合过程进行了研究.高氯酸根的第一水合层至少需要6个水分子才能填满,在水合数6以下时,每增加一个水分子可以造成v1-ClO-4频... 详细信息

使用了量子化学计算方法在HF/6-31+G*水平下对高氯酸镁溶液中的高氯酸根水合,可能存在的离子缔合物种以及离子缔合过程进行了研究.高氯酸根的第一水合层至少需要6个水分子才能填满,在水合数6以下时,每增加一个水分子可以造成v1-ClO-4频率1.7cm-1的蓝移.高氯酸根与第一个无水镁离子结合可以造成较大的红移,与第二个和第三个镁离子结合后,可使v1-ClO-4频率连续的反向蓝移,这种变化与镁离子的极化作用相关.高氯酸根与水合镁离子可形成水合的缔合物种,包括溶剂共享离子对、接触离子对、溶剂共享型三离子团簇和接触型三离子团簇,其中溶剂共享型离子对和含有两个高氯酸根和一个镁离子的三离子团簇,可对v1-ClO-4频率造成较小的蓝移,与实验的拉曼光谱符合较好.高氯酸镁在溶液浓度升高时发生的离子缔合过程被推测为:自由水合离子→溶剂共享型离子对→含有两个高氯酸根的溶剂共享型三离子团簇→六水合高氯酸镁晶体,这一过程与硫酸镁有较大不同而与硝酸镁接近.

关键词：量子化学计算高氯酸镁缔合物种缔合过程

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乙炔基自由基C_2H与氧气反应的密度泛函理论研究

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化学学报 2004年第5期62卷 461-466页

作者：白洪涛黄旭日于健康孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

应用量子化学从头算和密度泛函理论 (DFT)对C2 H自由基和O2 的反应进行了研究 .在B3LYP/6 3 11G 水平上优化了反应通道上各驻点 (反应物、中间体、过渡态和产物 )的几何构型 ,并计算出它们的振动频率和零点振动能 (ZPVE) .各物种的总... 详细信息

应用量子化学从头算和密度泛函理论 (DFT)对C2 H自由基和O2 的反应进行了研究 .在B3LYP/6 3 11G 水平上优化了反应通道上各驻点 (反应物、中间体、过渡态和产物 )的几何构型 ,并计算出它们的振动频率和零点振动能 (ZPVE) .各物种的总能量由CCSD(T) /6 3 11G //B3LYP/6 3 11G 给出 ,并对能量进行了零点能校正 .计算结果表明 ,反应物中自由基C2 H中的边端C进攻O2 形成了中间体 1(HCCOO) ,中间体 1是一个加合产物 .由中间体 1经过不同的反应通道可以生成不同的产物P1(HCO +CO) ,P2 (HCCO +O) ,P3 (CO2 +CH) ,P4(C2 O +OH)和P5( 2CO +H) .反应通道之间存在着竞争机制 .其中P1,P2 是主要产物 ,其次还有一定比例的P5生成 ,而产物P3 ,P4的生成几率较低 .

关键词：乙炔基自由基 C2H自由基氧气密度泛函理论量子化学从头算几何构型振动频率零点振动能反应通道反应热

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7-氮杂吲哚衍生物分子基态和激发态性质的理论研究

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高等学校化学学报 2006年第6期27卷 1091-1095页

作者：范建训任爱民封继康薄冬生吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室吉林大学化学学院

用从头算HF和密度泛函B3LYP方法对7-氮杂吲哚衍生物1,3-二(N-7-氮杂吲哚基)苯、1,3,5-三(N-7-氮杂吲哚基)苯和4,4′-二(N-7-氮杂吲哚基)联苯进行全优化,计算分子的电离势IP和电子亲和势EA等相关能量,并用ZINDO和TDDFT方法计算吸收光谱,... 详细信息

用从头算HF和密度泛函B3LYP方法对7-氮杂吲哚衍生物1,3-二(N-7-氮杂吲哚基)苯、1,3,5-三(N-7-氮杂吲哚基)苯和4,4′-二(N-7-氮杂吲哚基)联苯进行全优化,计算分子的电离势IP和电子亲和势EA等相关能量,并用ZINDO和TDDFT方法计算吸收光谱,用C IS优化三种化合物分子的S1激发态结构,并分析其能量与发射光谱的关系,计算溶剂中分子的吸收和发射光谱,并与实验结果对照.计算结果表明,从7-氮杂吲哚到上述三种衍生物依次愈来愈容易接受空穴,吸收和发射光谱红移.

关键词：氮杂吲哚衍生物发光性质从头算密度泛函理论

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五原子平面四配位碳分子[CAl_3X]和[CAl_3X]^-(X=Sn,Pb)的理论研究

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化学学报 2010年第1期68卷 13-18页

作者：贺海鹏丁益宏吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

在B3LYP计算水平下,使用混合基组6-311+G(d)&LANl2dz首次对含Sn,Pb的五原子平面四配位碳分子[CAl3X]和[CAl3X]-(X=Sn,Pb)两个体系(分别具有17和18价电子)的异构体结构及能量进行了量子化学计算研究,并与文献已经报道的[CAl3X]和[CAl... 详细信息

在B3LYP计算水平下,使用混合基组6-311+G(d)&LANl2dz首次对含Sn,Pb的五原子平面四配位碳分子[CAl3X]和[CAl3X]-(X=Sn,Pb)两个体系(分别具有17和18价电子)的异构体结构及能量进行了量子化学计算研究,并与文献已经报道的[CAl3X]和[CAl3X]-(X=Si,Ge)作了比较.结果表明,具有平面四配位碳结构的异构体int1是能量的全局最小点.相对于17e的[CAl3X]体系来说,在得到一个电子以后形成18e的[CAl3X]-int1异构体在热力学上变得更稳定.本项研究将进一步丰富五原子平面四配位碳化学.

关键词： [CAl3X] [CAl3X]- 五原子平面四配位碳异构体热力学稳定性

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大环炔基噻吩衍生物的结构和UV-Vis光谱的理论研究

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高等学校化学学报 2010年第3期31卷 553-558页

作者：黄双任爱民李卓赵杨闵春刚吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

用DFT和TDDFT方法对大环炔基噻吩衍生物的结构和UV-Vis光谱进行了理论研究.对分子不同的对称性结构(C1,C5,C5v)进行了优化,得到了稳定的几何构型.以优化构型为基础计算了分子的UV-Vis光谱,结果表明,C5,C5v对称性下丁基取代的分子构型(C[... 详细信息

用DFT和TDDFT方法对大环炔基噻吩衍生物的结构和UV-Vis光谱进行了理论研究.对分子不同的对称性结构(C1,C5,C5v)进行了优化,得到了稳定的几何构型.以优化构型为基础计算了分子的UV-Vis光谱,结果表明,C5,C5v对称性下丁基取代的分子构型(C[3T_DA]5-Bu)都是较稳定的;当分子构型具有C5对称性时,得到的光谱数据与实验值符合的较好.对于大环噻吩C[3T_DA]5衍生物,性质相同取代基的体积大小及分子对称性都将影响结构的稳定性.

关键词：含时密度泛函理论对称性紫外可见光谱

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系列二亚胺Os(Ⅱ)配合物[Os(L)_2(CN)_2(phen)](L=PH_3,DMSO;phen=1,10-邻二氮杂菲)及[Os(PH_3)_2(phen)Br_2]电子结构和光谱性质的理论研究

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化学学报 2009年第3期67卷 197-202页

作者：吴玉辉周欣张红星吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用自旋限制和非限制B3LYP/UB3LYP方法分别优化了系列Os(Ⅱ)二亚胺配合物[Os(L)2(CN)2(phen)][phen=1,10-邻二氮杂菲;L=PH3(1),二甲基亚砜(DMSO)(2)]及[Os(PH3)2(phen)Br2](3)的基态和激发态几何构型.通过TD-DFT方法结合PCM溶剂化模型计算了配合物1～3在二氯甲烷溶液中的吸收和发射光谱并指认了相应的跃迁性质.通过理论化学计算,揭示了π酸配体及π碱配体对配合物磷光发射性质的影响及原因.并进一步解释了配合物3易于在Os—Br键处断裂而发生反应的量子化学机理.对配合物在不同溶剂中的磷光发射性质的计算表明,溶剂对配合物的量子产率存在着影响并且配合物具有溶剂化显色效应。

关键词： Os(Ⅱ)配合物激发态密度泛函理论 TD—DFT 溶剂化效应

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海萤荧光素类似物发光反应机理的理论研究

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高等学校化学学报 2011年第11期32卷 2586-2592页

作者：孙颖任爱民李作盛闵春刚任雪峰封继康吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021

选取海萤类似物6-芳基-2-甲基咪唑[1,2-α]吡嗪-3(7H)酮环的C6位取代物(命名为MIPa～MIPd)进行理论研究.采用密度泛涵理论B3LYP方法在气相和二甲亚砜(DMSO)及二甘醇二甲醚(DG)两种溶剂中,对这些类似物在脱去二氧化碳反应过程中所涉及的... 详细信息

选取海萤类似物6-芳基-2-甲基咪唑[1,2-α]吡嗪-3(7H)酮环的C6位取代物(命名为MIPa～MIPd)进行理论研究.采用密度泛涵理论B3LYP方法在气相和二甲亚砜(DMSO)及二甘醇二甲醚(DG)两种溶剂中,对这些类似物在脱去二氧化碳反应过程中所涉及的2个反应路径的反应活化能和产物激发态的荧光寿命进行了计算,结果表明,取代吡嗪酮的过氧化四元环在DMSO溶剂中的反应活化能较低,给电子基团作为取代基时反应更快.在DMSO溶剂中,路径Ⅱ的荧光量子效率比路径Ⅰ的高,但在DG溶剂中,路径Ⅰ的荧光效率高于路径Ⅱ的荧光效率.

关键词：海萤荧光素化学发光活化能荧光寿命密度泛函理论

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CnSi(n=28,29)各种可能结构的理论研究

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化学学报 1999年第7期57卷 645-652页

作者：葛茂发封继康崔勐王素凡田维全吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用量子化学从头计算方法研究了C_nSi(n=28,29)各种可能的结构,研究结果表明:C_(29)Si为硅取代碳笼(Fullerenes)中一个碳原子而形成的骨架硅杂碳笼(Fullerenes),而且C_(29)Si最稳定结构是通过硅取代碳笼(C_(30))最稳定结构中一个碳原... 详细信息

利用量子化学从头计算方法研究了C_nSi(n=28,29)各种可能的结构,研究结果表明:C_(29)Si为硅取代碳笼(Fullerenes)中一个碳原子而形成的骨架硅杂碳笼(Fullerenes),而且C_(29)Si最稳定结构是通过硅取代碳笼(C_(30))最稳定结构中一个碳原子而得到.C_(29)Si比C_(30)有较低的稳定性和较高的化学活性.C_(28)Si有两种类型结构:(Ⅰ)外接,(Ⅱ)缺位(hole-defect)型,即硅四连接型.计算结果表明,对C_(28)Si,外接硅型化合物更稳定,即(Ⅰ)为主要成分.而且C_(28)Si最稳定结构是由C_(28)最稳定结构外接硅而形成.计算结果与实验观测一致.

关键词： C28Si C29Si 结构硅掺杂碳笼富勒烯

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萤火虫氧化荧光素类似物电子光谱的理论研究

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高等学校化学学报 2012年第12期33卷 2757-2764页

作者：李作盛邹陆一任爱民封继康吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021

对萤火虫氧化荧光素(S)-2-(6-羟基-2-苯并噻唑基)-2-噻唑啉-4-酮(BTZ)中苯并噻唑环的N和S原子进行取代,形成一系列萤火虫氧化荧光素类似物,并采用TD B3LYP/6-31+G(d)方法,通过计算氧化物中性态与羟基去质子化后的负一价态在气相、水溶... 详细信息

对萤火虫氧化荧光素(S)-2-(6-羟基-2-苯并噻唑基)-2-噻唑啉-4-酮(BTZ)中苯并噻唑环的N和S原子进行取代,形成一系列萤火虫氧化荧光素类似物,并采用TD B3LYP/6-31+G(d)方法,通过计算氧化物中性态与羟基去质子化后的负一价态在气相、水溶液和模拟生物环境下的吸收与发射光谱,讨论环内不同取代原子对光谱的影响.结果表明,X1位以O原子取代S原子的化合物的最大吸收值发生蓝移,以N原子取代S原子的化合物的最大吸收值发生红移.去质子化可增加苯环上π轨道成份,降低能隙,从而有利于提高电子跃迁几率,使荧光发射波长红移;通过取代X1和X2位杂原子,可调节发射光谱红移达44 nm,蓝移达41 nm(在模拟蛋白中).6种化合物荧光发光范围较宽,振子强度较大,可以作为潜在的化学发光材料用于生物成像研究.

关键词：萤火虫氧化荧光素类似物光谱性质密度泛函理论

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