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第十二届全国计算(机)化学学术会议

作者：薛峤郑清川张红星吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

DEAD-box蛋白家族是一种RNA解旋酶，这个家族的蛋白质可以修饰几乎所有涉及RNA生理过程的RNA以及RNA-蛋白复合物结构，例如转运，翻译，核糖体聚集，降解等.DEAD-box蛋白质家族有一个保守的催化核心，其包含两个类Rec区域(D1区与D2区).... 详细信息

DEAD-box蛋白家族是一种RNA解旋酶，这个家族的蛋白质可以修饰几乎所有涉及RNA生理过程的RNA以及RNA-蛋白复合物结构，例如转运，翻译，核糖体聚集，降解等.DEAD-box蛋白质家族有一个保守的催化核心，其包含两个类Rec区域(D1区与D2区).很多蛋白也包含N-/C-端延展，这些将有助于通过RNA-蛋白或者蛋白-蛋白相互作用来对底物进行特异性识别.DEAD-box蛋白通过局部非进行性链分解方式来解旋RNA双链.这与一般的进行性的RNA解旋酶是有很大差异的，这种解旋机制有助于修补局部RNA结构而不影响整体的结构.

关键词： Mss116p RNA 分子动力学模拟

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CYP2家族重要蛋白对底物及抑制剂选择性的动力学模拟研究

CYP2家族重要蛋白对底物及抑制剂选择性的动力学模拟研究

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第十二届全国计算(机)化学学术会议

作者：崔颖璐郑清川张红星吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

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[C,N],[C,C]二齿配位Cp*M(Ir,Ru)催化剂催化的无接收醇去氢反应机制研究

[C,N],[C,C]二齿配位Cp*M(Ir,Ru)催化剂催化的无接收醇去氢反应机...

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第十二届全国计算(机)化学学术会议

作者：张丹丹黄旭日吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

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铁二聚体在碳纳米管上的吸附结构和电子性质的理论研究

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青岛大学学报（自然科学版） 2013年第2期26卷 13-18页

作者：张耀吕文彩夏临华青岛大学物理科学学院青岛266071 吉林大学理论与化学计算国家重点实验室长春130021

应用第一性原理计算了双铁原子链吸附在单臂扶手椅纳米管上所形成的二聚体的结构、总能量和电子性质。由于曲率因素,单个铁原子在纳米管内部和外部具有不同的有效配位数,使铁原子在纳米管内外侧吸附在不同的位置。铁原子吸附在单臂纳米... 详细信息

应用第一性原理计算了双铁原子链吸附在单臂扶手椅纳米管上所形成的二聚体的结构、总能量和电子性质。由于曲率因素,单个铁原子在纳米管内部和外部具有不同的有效配位数,使铁原子在纳米管内外侧吸附在不同的位置。铁原子吸附在单臂纳米管上的稳定性,能带,费米能量,电子及能态密度分布主要依赖于铁原子在纳米管表面的吸附位置。计算结果显示,纳米管外层更有利于铁原子的吸附,并且两个铁原子分别在两个对立的C—C键中心的位置是最稳定的结构。纳米管的内侧,由于纳米管的管状结构,内侧铁原子可以同更多的碳原子保持相对较短的键长,因此碳原子六元环中心成为更稳定的吸附位置。吸附铁二聚体之后,纳米管的导电性明显增强,但是不同的吸附位置会对纳米管产生不同的影响,对纳米管电子性质的改变也会略有差异。

关键词： Fe2 C纳米管态密度电子性质

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多管藻藻红蛋白生色团的理论计算

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青岛大学学报（自然科学版） 2013年第2期26卷 19-24页

作者：宋苗苗吕文彩赵丽珍秦薇薛旭艳杨文华娄椿杰青岛大学物理科学学院青岛266071 吉林大学理论与化学计算国家重点实验室长春130021

采用密度泛函B3LYP/6-31G(d,p)对多管藻(1LIA)藻红蛋白中的一对(αβ)亚基中的5种生色团进行了固定骨架优化,采用含时密度泛函TD-B3LYP/6-31G(d,p)对优化后的结构进行紫外-可见(UV-Vis)光谱的计算。结果表明,藻红胆素的电子转移均为从... 详细信息

采用密度泛函B3LYP/6-31G(d,p)对多管藻(1LIA)藻红蛋白中的一对(αβ)亚基中的5种生色团进行了固定骨架优化,采用含时密度泛函TD-B3LYP/6-31G(d,p)对优化后的结构进行紫外-可见(UV-Vis)光谱的计算。结果表明,藻红胆素的电子转移均为从结构的一边流向另一边,而藻尿胆素的电子绝大多数是从结构的两边转移到中间,推测这两种特殊的电子转移方式决定了藻红胆素要比藻尿胆素更容易吸收光。通过对结果的分析,推测出光能的可能传播途径由α亚基传播到β亚基上,具体路径为:α140a(A)→α84(A)→β84(B)β50/β61(E)β155(B)

关键词：多管藻藻红蛋白生色团吸收光谱电子转移

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关于染料敏化太阳能电池中卟啉类敏化剂吸附于二氧化钛模型体系的光谱性质的理论研究

关于染料敏化太阳能电池中卟啉类敏化剂吸附于二氧化钛模型体系的...

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第十二届全国计算(机)化学学术会议

作者：谢淼王建张红星吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室吉林长春130021

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二聚体C_2H_(4-n)F_n…LiH(n=0,1,2)中π锂键的性质和弱方向性

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物理化学学报 2012年第12期28卷 2817-2823页

作者：王树建李莹吴迪吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用二级微扰理论(MP2)量子化学研究方法,对C2H4-nFn…LiH(n=0,1,2)二聚体的结构和π锂键性质进行了分析.结果表明氟原子的取代改变了乙烯分子的π电子云形状,从而使二聚体体系中的π锂键发生偏移、伸长和弯曲.通过与类似的π氢键体系C2... 详细信息

采用二级微扰理论(MP2)量子化学研究方法,对C2H4-nFn…LiH(n=0,1,2)二聚体的结构和π锂键性质进行了分析.结果表明氟原子的取代改变了乙烯分子的π电子云形状,从而使二聚体体系中的π锂键发生偏移、伸长和弯曲.通过与类似的π氢键体系C2H4-nFn…HF(n=0,1,2)比较,发现π锂键在二级弱相互作用的影响下,发生了明显的弯曲,表现出弱的方向性.在CCSD(T)/6-311++G(3df,3pd)理论水平下,二聚体的相互作用能强弱顺序为:33.85kJ·mol-1(C2H4-LiH)>27.32kJmol-1(C2H3F-LiH)>21.34kJ·mol-1(cis-C2H2F2-LiH)>20.25kJ·mol-1(g-C2H2F2-LiH),说明氟取代削减了乙烯分子与LiH之间的相互作用.

关键词： π锂键 π氢键弱相互作用二级微扰理论取代效应

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萤火虫氧化荧光素类似物电子光谱的理论研究

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高等学校化学学报 2012年第12期33卷 2757-2764页

作者：李作盛邹陆一任爱民封继康吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021

对萤火虫氧化荧光素(S)-2-(6-羟基-2-苯并噻唑基)-2-噻唑啉-4-酮(BTZ)中苯并噻唑环的N和S原子进行取代,形成一系列萤火虫氧化荧光素类似物,并采用TD B3LYP/6-31+G(d)方法,通过计算氧化物中性态与羟基去质子化后的负一价态在气相、水溶... 详细信息

对萤火虫氧化荧光素(S)-2-(6-羟基-2-苯并噻唑基)-2-噻唑啉-4-酮(BTZ)中苯并噻唑环的N和S原子进行取代,形成一系列萤火虫氧化荧光素类似物,并采用TD B3LYP/6-31+G(d)方法,通过计算氧化物中性态与羟基去质子化后的负一价态在气相、水溶液和模拟生物环境下的吸收与发射光谱,讨论环内不同取代原子对光谱的影响.结果表明,X1位以O原子取代S原子的化合物的最大吸收值发生蓝移,以N原子取代S原子的化合物的最大吸收值发生红移.去质子化可增加苯环上π轨道成份,降低能隙,从而有利于提高电子跃迁几率,使荧光发射波长红移;通过取代X1和X2位杂原子,可调节发射光谱红移达44 nm,蓝移达41 nm(在模拟蛋白中).6种化合物荧光发光范围较宽,振子强度较大,可以作为潜在的化学发光材料用于生物成像研究.

关键词：萤火虫氧化荧光素类似物光谱性质密度泛函理论

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碱金属化物M＋@H6Aza222M′-·2MeNH2(M，M′=Li，Na，K)一阶超极化率的理论研究

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高等学校化学学报 2012年第10期33卷 2320-2325页

作者：樊丽涛李莹吴迪李志儒孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130021

采用B3LYP/6-31G方法优化得到具有有机笼状配体的碱金属化物M+@H6Aza222M'-·2MeNH2(M,M'=Li,Na,K)的9个实频结构,并发现配体内部的碱金属原子M的位置随其原子序数的逐渐减小而具有偏向笼状配体一侧的趋势.在优化的结构基础... 详细信息

采用B3LYP/6-31G方法优化得到具有有机笼状配体的碱金属化物M+@H6Aza222M'-·2MeNH2(M,M'=Li,Na,K)的9个实频结构,并发现配体内部的碱金属原子M的位置随其原子序数的逐渐减小而具有偏向笼状配体一侧的趋势.在优化的结构基础上,使用BHandHLYP方法计算了该体系的非线性光学性质.结果表明,该体系具有很大的一阶超极化率(β0),其中Na+@H6Aza222K-·2MeNH2的一阶超极化率高达1280342 a.u.,且体系的β0值随着配体外部的碱金属M'的原子序数的增大呈单调递增趋势.

关键词：碱金属化物密度泛函理论一阶超极化率

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碱金属化物M^+aza222M′^-(M,M′=Li,Na,K)的结构及非线性光学性质

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物理化学学报 2012年第3期28卷 555-560页

作者：樊丽涛李莹吴迪李志儒孙家钟吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

采用密度泛函理论(DFT)B3LYP方法得到具有有机穴状配体的碱金属化物M+aza222M′-(M,M′=Li,Na,K)的几何结构.并使用了BHandHLYP方法计算了此体系的非线性光学(NLO)性质.结果表明:该体系具有很大的一阶超极化率(β0),对于Li+aza222K-体系... 详细信息

采用密度泛函理论(DFT)B3LYP方法得到具有有机穴状配体的碱金属化物M+aza222M′-(M,M′=Li,Na,K)的几何结构.并使用了BHandHLYP方法计算了此体系的非线性光学(NLO)性质.结果表明:该体系具有很大的一阶超极化率(β0),对于Li+aza222K-体系,β0值达到1.0×106a.u.;体系的β0值及配体aza222内外的碱金属之间距离与碱金属的原子序数均存在着依赖关系.通过与其它碱金属化物的β0值对比发现,aza222配体能够显著增大碱金属化物的一阶超极化率.

关键词：密度泛函理论非线性光学碱金属化物一阶超极化率穴状配体

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