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全国第13届分子光谱学术报告会

作者：程建波徐蔚青赵冰张刚宫宝安吉林大学超分子结构与材料教育部重点实验室烟台大学化学生物理工学院吉林大学理论化学计算国家重点实验室

4-巯基吡啶(4MPY)具有双活性基团,本身结构又相对简单,因而一直是各种研究的模型化合物之一。它在溶液和金属基底上的Raman光谱被广泛的研究。理论计算,特别是用DFT方法研究其二水合体的结构尚未见报道。本文用DFT方法,计算了4-巯基吡... 详细信息

4-巯基吡啶(4MPY)具有双活性基团,本身结构又相对简单,因而一直是各种研究的模型化合物之一。它在溶液和金属基底上的Raman光谱被广泛的研究。理论计算,特别是用DFT方法研究其二水合体的结构尚未见报道。本文用DFT方法,计算了4-巯基吡啶及二水合体的结构,并计算了其振动光谱,初步分析了水对4-巯基吡啶结构及振动光谱的影响。

关键词： 4-巯基吡啶二水合体振动光谱 DFT 分子结构

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4-巯基吡啶及其二水合体振动光谱的DFT研究

4-巯基吡啶及其二水合体振动光谱的DFT研究

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第十三届全国分子光谱学学术会议

作者：程建波徐蔚青赵冰张刚宫宝安吉林大学超分子结构与材料教育部重点实验室吉林长春130023 烟台大学化学生物理工学院山东烟台264005 吉林大学超分子结构与材料教育部重点实验室吉林长春130023 吉林大学理论化学计算国家重点实验室吉林长春130023 烟台大学化学生物理工学院山东烟台264005

4-巯基吡啶(4MPY)具有双活性基团,本身结构又相对简单,因而一直是各种研究的模型化合物之一.它在溶液和金属基底上的Raman光谱被广泛的研究[1-3].理论计算,特别是用DFT方法研究其二水合体的结构尚未见报道.本文用DFT方法,计算了4-巯基... 详细信息

4-巯基吡啶(4MPY)具有双活性基团,本身结构又相对简单,因而一直是各种研究的模型化合物之一.它在溶液和金属基底上的Raman光谱被广泛的研究[1-3].理论计算,特别是用DFT方法研究其二水合体的结构尚未见报道.本文用DFT方法,计算了4-巯基吡啶及二水合体的结构,并计算了其振动光谱,初步分析了水对4-巯基吡啶结构及振动光谱的影响.

关键词： 4-巯基吡啶二水合体振动光谱 DFT 分子结构

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4-巯基吡啶及其二聚体振动光谱的DFT研究

4-巯基吡啶及其二聚体振动光谱的DFT研究

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第十三届全国分子光谱学学术会议

4-巯基吡啶(4MPY)具有双活性基团,本身结构又相对简单,因而一直是各种研究的模型化合物之一.它在溶液和金属基底上的Raman光谱被广泛的研究[1-3].理论计算,特别是用DFT方法研究其二聚体的结构尚未见报道.用DFT方法,计算了4-巯基吡啶单... 详细信息

4-巯基吡啶(4MPY)具有双活性基团,本身结构又相对简单,因而一直是各种研究的模型化合物之一.它在溶液和金属基底上的Raman光谱被广泛的研究[1-3].理论计算,特别是用DFT方法研究其二聚体的结构尚未见报道.用DFT方法,计算了4-巯基吡啶单体及二聚体的结构,并计算了其振动光谱,对形成二聚体的作用力做了初步分析.

关键词： 4-巯基吡啶二聚体振动光谱 DFT 分子结构

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鳞状上皮细胞癌抗原2与组蛋白G的柔性对接研究

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高等学校化学学报 2003年第10期24卷 1883-1884页

作者：高雪峰黄旭日孙延波吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室理论化学计算国家重点实验室长春130023

The most softwares for protein-protein docking are regarded as two proteins being rigid, and take no account of the flexibility of proteins, which causes conformation variety of the interface because of interaction of the interface amino acids. On the premise of the rigidity of protein-protein docking, by the method of molecular dynamic simulation, we search the protein-protein interface conformations of the complexes which grounded on the rigid docking. Since the interaction of the amino acid was taken into account, to a certain extent, the complex conformations are more perfect.

关键词：对接柔性动力学模拟 FTDOCK

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嘧啶核苷磷酸化酶的α和α/β结构域刚性移动的动力学模拟

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高等学校化学学报 2003年第10期24卷 1885-1886页

作者：高雪峰黄旭日孙延波吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室理论化学计算国家重点实验室长春130023

Pyrimidine nucleoside phosphorylase(PYNP) catalyzes the reversible phosphorolysis of pyrimidines in the nucleotide synthesis salvage pathway. The enzyme has two structure states: non-active opened structure and active closed structure. During change from non-active opened structure to active closed structure, the protein loop connecting domain α to domain α/β becomes bent remarkablely, which results in two domains closed up, and binding pocket reduce obviously. Setting about from the inactive-open X-ray structure, applying the method of molecular dynamic simulation, putting the ligand in the active-pocket, we carry out a dynamic simulation in the CVFF force-field for the entire system. The structures obstained are more approximately to the active-close X-ray structures, it proves that the rigid movement of the domains is arouse by the inducing effect of the ligand molecules.

关键词：嘧啶核苷磷酸化酶动力学模拟诱导作用

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C_(72)的结构、电子光谱及非线性光学性质的理论研究

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化学学报 2003年第4期61卷 541-546页

作者：程红封继康任爱民刘建军吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室

用密度泛函 (DFT)方法 (BLYP/3 2 1g )研究了C72 的三种几何构型 .用ZINDO及abinitioCIS两种方法对C72 的电子光谱进行了计算 ,预测C72 在 13 5 0nm处的光谱吸收是由HOMO→LUMO的跃迁引起的 ,在 2 3 0nm左右 ,存在最强吸收峰 .计算了... 详细信息

用密度泛函 (DFT)方法 (BLYP/3 2 1g )研究了C72 的三种几何构型 .用ZINDO及abinitioCIS两种方法对C72 的电子光谱进行了计算 ,预测C72 在 13 5 0nm处的光谱吸收是由HOMO→LUMO的跃迁引起的 ,在 2 3 0nm左右 ,存在最强吸收峰 .计算了三种构型的C72 的二阶、三阶非线性光学系数 ,并分别进行了比较 .

关键词： C72 结构电子光谱非线性光学性质密度泛函非线性光学系数碳笼富勒烯

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C_(40)异构体的结构和稳定性的理论研究

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高等学校化学学报 2003年第1期24卷 105-108页

作者：刘桂霞张红星孙家锺唐敖庆吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

利用 Gaussian98程序 ,采用密度泛函 ( DFT)方法中的 B3LYP,选用 6 -31 G基组对富勒烯 ( Fullerene)C40 的 6种异构体 [D5d,Td,D2 h,C3 v,D2 ( ) ,D2 ( ) ]进行了几何构型优化 ,其中 ,对于 Td 对称性的 C40 由于易发生 Jahn-Teller... 详细信息

利用 Gaussian98程序 ,采用密度泛函 ( DFT)方法中的 B3LYP,选用 6 -31 G基组对富勒烯 ( Fullerene)C40 的 6种异构体 [D5d,Td,D2 h,C3 v,D2 ( ) ,D2 ( ) ]进行了几何构型优化 ,其中 ,对于 Td 对称性的 C40 由于易发生 Jahn-Teller畸变 ,则降低其对称性为 D2 d,再进行优化 .对它们的平衡几何和电子结构进行了比较具体的分析 ,同时 ,根据计算得到的总能量推断出这 6种异构体的稳定性顺序是 D2 ( ) >D5d>Td>C3 v>D2 h>D2 ( ) .

关键词：理论研究 C40 异构体电子结构稳定性富勒烯密度泛函

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新型过渡金属Co,Rh和Ir硅硼烷夹心化合物的理论研究

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高等学校化学学报 2003年第10期24卷 1880-1882页

作者：张坚张明瑜孙延波孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室长春130023

New transition metal sandwich compounds, [(η 5-C 5H 5)M(MeSiB 10H 10)] -(M=Co, Rh and Ir) have been investigated by using DFT/B3LYP method with relativistic pseudopotentials to study the optimized geometry and the electronic *** results obtained are in good agreement with the experimental *** is concluded that silaborane cage has stronger coordination abilities and the metal-Si bond length is very *** electronic structure characters indicate that these sandwich cpmplexes satisfy the 18-electron rule, although they are thermally stable, and they may be photochemically active.

关键词：过渡金属夹心化合物 Co Rh Ir 量子化学计算 [(η5-C5Me5)M(MeSiB10H10)]- 笼状硅硼烷电子规则密度泛函相对论赝势

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SARS病毒蛋白水解酶的三维结构模建及可能的小肽抑制剂研究

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高等学校化学学报 2003年第12期24卷 2279-2281页

作者：高雪峰赵熹黄旭日孙家锺吉林大学理论化学研究所理论化学计算国家重点实验室理论化学计算国家重点实验室长春130023

SARS is a positive-stranded virus featuring the largest viral RNA genomes today. The viral main proteinase(Hydrolase), controlling the activities of SARS virus replication , is an attractive target for therapy. We determined crystal structure for transmissible gastroenteritis virus(TGEV) hydrolase, and constructed a homology model for SARS coronavirus proteinase on Silicon Graphics station by Insight Ⅱ molecule simulation software. The structure may reveal remarkable degree of conservation of the substrate binding sites. We design an imaginable peptide precursor for inhibitor, and the base shape of pocket and property of the residues may be used as a basis for designing anti-SARS drugs.

关键词：同源模建生物信息学活性中心水解酶抑制剂对接

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乙炔基自由基(C2H~·)与二氧化氮(NO2)气体反应势能面的理论研究

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高等学校化学学报 2003年第12期24卷 2224-2226页

作者：魏志钢黄旭日孙延波孙家锺理论化学计算国家重点实验室理论化学计算国家重点实验室长春130023 吉林大学理论化学研究所

在 CCSD( T) / 6-3 1 1 G( d,p) / / B3 LYP/ 6-3 1 1 G( d,p) +ZPE水平上对反应 C2 H+NO2 进行了计算 ,建立了反应势能面并得到了 3种产物 .利用 RRKM理论估算了反应的总速率和分支比 .总速率为 1 .42 7×1 0 -12 × T0 .556&#... 详细信息

在 CCSD( T) / 6-3 1 1 G( d,p) / / B3 LYP/ 6-3 1 1 G( d,p) +ZPE水平上对反应 C2 H+NO2 进行了计算 ,建立了反应势能面并得到了 3种产物 .利用 RRKM理论估算了反应的总速率和分支比 .总速率为 1 .42 7×1 0 -12 × T0 .556× exp( 1 90 .5 47/ T) cm3 · molecule-1· s-1,其中主要产物 P1 ( HCCO+NO)比例大于 96% ,次要产物 P2 ( HCNO+CO)和 P3 ( HCN+CO2 )小于 4% .

关键词：乙炔自由基(C2H·) 二氧化氮(NO2) 反应势能面速率

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