检索结果-内蒙古大学图书馆

生物信息学 2019年第3期17卷 161-166页

作者：黄劲王洁高霄雷依丽杨光红冯永红秦莲花贵州医科大学环境污染与疾病监控教育部重点实验室贵阳550025 贵州医科大学基础医学院贵阳550025 同济大学医学院附属上海市肺科医院上海市结核病重点实验室上海200433 贵州医科大学公共卫生学院贵阳550025

结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原。而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素。随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需... 详细信息

结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原。而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素。随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需克隆整个蛋白,具有简便、经济、特异性高等特点。因此,本研究应用生物信息学方法,预测结核分枝杆菌Rv1385蛋白的抗原表位并分析其优势表位,对了解Rv1385蛋白的免疫学特性及其与结核分枝杆菌致病的关系具有重要意义。首先,从NCBI数据库下载Rv1385的氨基酸序列,然后采用生物信息学软件PSIPRED Server预测蛋白质二级结构;BepiPred 1.0 Server和ABCpred预测该蛋白的B细胞抗原表位;BIMAS、SYFPEITHI及NetCTLpan 1.1 Server预测该蛋白的CTL表位;SYFPEITHI和NetMHCIIpan 3.2 Server预测该蛋白的Th细胞表位。最后综合分析预测结核分枝杆菌Rv1385的优势候选抗原表位。结果显示,Rv1385蛋白二级结构中,α螺旋占51.8%,β折叠占41.6%,无规卷曲占6.6%;共有4个B细胞抗原位点,位于109~124、152~169、178~192、198~209氨基酸区段;3个CTL表位,位于263~271、87~95、240~248氨基酸区段;5个Th表位,位于77~91、87~101、234~247、70~84、46~60氨基酸区段。生物信息学分析显示Rv1385含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,为该蛋白抗原表位的进一步研究及应用奠定了基础。

关键词：结核分枝杆菌生物信息学 Rv1385 抗原性

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积雪草苷对膝骨关节炎大鼠软骨损伤的影响及机制研究

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中国中医骨伤科杂志 2022年第9期30卷 7-13,19页

作者：丁平张岱阳李贺伟吴燕茹张光恒恩施土家族苗族自治州中心医院脊柱外科湖北恩施445000 华中科技大学同济医学院附属梨园医院华中科技大学同济医学院附属梨园医院中心实验室

目的:探讨积雪草苷(ASS)对膝骨关节炎(KOA)大鼠软骨损伤和骨保护素(OPG)/核因子κB受体活化因子(RANK)/RANK配体(RANKL)信号通路的影响。方法:采用前交叉韧带切断术(ACLT)加内侧半月板切除术(MMx)诱导建立膝骨关节炎大鼠模型,建模后分为... 详细信息

目的:探讨积雪草苷(ASS)对膝骨关节炎(KOA)大鼠软骨损伤和骨保护素(OPG)/核因子κB受体活化因子(RANK)/RANK配体(RANKL)信号通路的影响。方法:采用前交叉韧带切断术(ACLT)加内侧半月板切除术(MMx)诱导建立膝骨关节炎大鼠模型,建模后分为KOA组、ASS低剂量组(ASS-L组,16 mg/kg)、ASS高剂量组(ASS-H组,32 mg/kg)、ASS+si-NC组(32 mg/kg ASS+100 ng LV-si-NC载体)、ASS+si-OPG组(32 mg/kg ASS+100 ng LV-si-OPG载体),另设假手术(Sham)组,每组12只。给予相应的药物干预2周后,通过机械缩爪阈值(PWT)和热缩爪潜伏期(PWL)评估大鼠疼痛行为,酶联免疫吸附(ELISA)法检测血清炎性细胞因子白细胞介素(IL)-1β、IL-6和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平,苏木精-伊红(HE)和番红O/固绿染色观察关节软骨组织病理学变化,实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测软骨组织基质金属蛋白酶(MMP-13)、Ⅱ型胶原蛋白(COL2A1)、聚集蛋白聚糖(Aggrecan)mRNA表达,蛋白质印迹(Western Blot)检测软骨组织OPG、RANK、RANKL蛋白表达。结果:与Sham组相比,KOA组大鼠的PWT和PWL值、COL2A1 mRNA、Aggrecan mRNA和OPG蛋白水平显著降低,血清IL-1β、IL-6和TNF-α水平、软骨组织Mankin评分和OARSI评分、MMP-13 mRNA和RANK、RANKL蛋白水平显著升高,差异有统计学意义(P<0.05);与KOA组相比,ASS-L组和ASS-H组大鼠的PWT和PWL值、COL2A1 mRNA、Aggrecan mRNA和OPG蛋白水平显著升高,血清IL-1β、IL-6和TNF-α水平、Mankin评分和OARSI评分、MMP-13 mRNA和RANK、RANKL蛋白水平显著降低,差异有统计学意义(P<0.05);抑制OPG可明显逆转积雪草苷对膝骨关节炎大鼠软骨损伤的保护作用。结论:积雪草苷可减少促炎细胞因子的释放,抑制MMP-13表达和增加Ⅱ型胶原沉积,抑制关节软骨退变,并可能通过调节OPG/RANK/RANKL信号通路,发挥抗膝骨关节炎作用。

关键词：积雪草苷膝骨关节炎骨保护素核因子κB受体活化因子核因子κB受体活化因子配体

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boosting在多分类高维组学不平衡数据中的应用

boosting在多分类高维组学不平衡数据中的应用

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2017年中国卫生统计学学术年会

作者：张圆圆侯艳李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研哈尔滨医科大学卫生统计学教研室

背景与目的:相比于常见的二分类问题,实际应用中多分类问题如不同癌症的诊断,同种癌症不同亚型的鉴别等问题更加复杂,数据的不平衡性对模型分类预测结果影响较大。本研究基于传统的Adaboost框架采用一种新的欠抽样boosting方法,用于处... 详细信息

背景与目的:相比于常见的二分类问题,实际应用中多分类问题如不同癌症的诊断,同种癌症不同亚型的鉴别等问题更加复杂,数据的不平衡性对模型分类预测结果影响较大。本研究基于传统的Adaboost框架采用一种新的欠抽样boosting方法,用于处理高维组学多分类不平衡数据。方法:在Adaboost的基础上,每次迭代时,对现有样本按最小类别样本量进行欠抽样产生平衡数据,然后在此平衡数据上建立基础分类模型,同时改进样本及

关键词：多分类欠抽样不平衡数据 boosting

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新型冠状病毒肺炎药物预防与治疗研究进展

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中国现代医药杂志 2020年第5期22卷 99-104页

作者：胡娟孟祥云汪星辉安徽医科大学附属合肥医院合肥市第二人民医院药学部安徽合肥230011

自2019年12月以来,湖北省武汉市陆续开始出现不明原因肺炎患者,经实验室病原学检测,从患者上皮细胞中分离出一种从未见过的冠状病毒,初步判定本次不明原因肺炎的病原体为新型冠状病毒,此种病毒对人类具有很强的感染力。2020年1月12日,... 详细信息

自2019年12月以来,湖北省武汉市陆续开始出现不明原因肺炎患者,经实验室病原学检测,从患者上皮细胞中分离出一种从未见过的冠状病毒,初步判定本次不明原因肺炎的病原体为新型冠状病毒,此种病毒对人类具有很强的感染力。2020年1月12日,世界卫生组织(WHO)将其命名为2019新型冠状病毒(2019…Novel…Coronavirus,2019-nCoV).

关键词：新型冠状病毒不明原因肺炎药物预防治疗研究进展上皮细胞病原学检测病原体

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2019-nCoV肺炎的研究现状与未来展望

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福建医药杂志 2020年第1期42卷 1-7页

作者：郑泽宇(综述) 陈刚(审校) 福建医科大学省立临床医学院福州350001 福建省医学科学研究院福建省医学测试重点实验室福州350001

病毒或细菌引起的呼吸道感染是人类最常见的疾病之一,而由新型冠状病毒引起的呼吸道病毒感染,如最近在中国武汉引发肺炎爆发的新型冠状病毒(2019-nCoV)对我国公共卫生健康构成了威胁。这篇综述简要介绍了冠状病毒的基因结构、传播的多... 详细信息

病毒或细菌引起的呼吸道感染是人类最常见的疾病之一,而由新型冠状病毒引起的呼吸道病毒感染,如最近在中国武汉引发肺炎爆发的新型冠状病毒(2019-nCoV)对我国公共卫生健康构成了威胁。这篇综述简要介绍了冠状病毒的基因结构、传播的多样性等特点,以及此次新型冠状病毒感染患者的临床表现和流行病学特征。这将有助我们了解此次新型冠状病毒肺炎,并对此次疫情的防控提供帮助。

关键词：新型冠状病毒研究进展

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基于排序融合模型的紫癜性肾炎差异变量筛选研究

基于排序融合模型的紫癜性肾炎差异变量筛选研究

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2017年中国卫生统计学学术年会

作者：谢彪刘美娜哈尔滨医科大学卫生统计学教研室

背景与目的:利用融合排序思想,结合四种变量筛选方法建立排序融合模型,使用该模型所获得的变量融合排序进行紫癜性肾炎差异变量的筛选。方法:将t检验、Wilcoxon秩和检验、PLS、随机森林四种变量筛选方法所获得的变量重要性排序进行融合... 详细信息

背景与目的:利用融合排序思想,结合四种变量筛选方法建立排序融合模型,使用该模型所获得的变量融合排序进行紫癜性肾炎差异变量的筛选。方法:将t检验、Wilcoxon秩和检验、PLS、随机森林四种变量筛选方法所获得的变量重要性排序进行融合,获得最终变量排序,利用交叉验证获得最优模型并进行差异变量的筛选;通过模拟实验评价排序融合模型变量筛选的能力并与LASSO进行比较;将排序融合模型用于紫癜性肾炎代谢组学数据差异变量的筛

关键词：排序融合 AUC 变量筛选紫癜性肾炎筛选研究

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基于偏最小二乘分析的FDR估计研究

基于偏最小二乘分析的FDR估计研究

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2017年中国卫生统计学学术年会

作者：张帆侯艳李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研室

背景与目的:阳性错误发现率(FDR)的概念由Benjamini和Hochberg提出,这一概念的提出,有效地解决了高维组学数据多重比较中假阳性错误的控制问题,并且能够显著提高假设检验的效能。目前,FDR的估计方法很多,其中最具代表性的有LBE、qvalue... 详细信息

背景与目的:阳性错误发现率(FDR)的概念由Benjamini和Hochberg提出,这一概念的提出,有效地解决了高维组学数据多重比较中假阳性错误的控制问题,并且能够显著提高假设检验的效能。目前,FDR的估计方法很多,其中最具代表性的有LBE、qvalue和fdrtool等,这些方法都是在贝叶斯公式的框架下进行的,使用两成分模型构建p值的分布函数,进而求得FDR的估计值。然而,这些方法主要基于单变量分析方法,要求变量间独立或弱相关,如果变量高度相关,将

关键词： FDR PLS 偏最小二乘分析估计方法

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ARTIVA在时间序列基因表达数据网络构建中的应用

ARTIVA在时间序列基因表达数据网络构建中的应用

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2017年中国卫生统计学学术年会

作者：刘会娟侯艳李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研室

背景与目的:基于时间序列(time series)实验的基因表达数据记录了基因表达在诸多生理过程中随时间推移发生的变化。依据时间序列基因表达数据构建调控网络,将直观地反映基因之间的相互作用关系,全面深入地阐述生物学过程。本研究旨在探... 详细信息

背景与目的:基于时间序列(time series)实验的基因表达数据记录了基因表达在诸多生理过程中随时间推移发生的变化。依据时间序列基因表达数据构建调控网络,将直观地反映基因之间的相互作用关系,全面深入地阐述生物学过程。本研究旨在探讨ARTIVA(auto regressive time varying models)网络模型应用于时间序列基因表达数据网络构建中的相关特性。

关键词：基因表达数据 ARTIVA 时间序列网络构建

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平均血小板体积在砷暴露与动脉粥样硬化性心血管疾病风险中的潜在作用

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环境与职业医学 2019年第10期36卷 934-941页

作者：朱春梅王彬肖丽丽曹丽敏周敏陈卫红华中科技大学同济医学院公共卫生学院劳动卫生与环境卫生学系环境与健康教育部重点实验室国家环境保护环境与健康重点实验室

[背景]动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)是我国居民致死致残的首要原因。研究表明砷暴露会增加ASCVD的发病风险。目前对于砷暴露和ASCVD十年风险间的关联以及其中可能的机制并不清楚。[目的]分析砷暴露与平均血小板体积(MPV)及ASCVD十... 详细信息

[背景]动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)是我国居民致死致残的首要原因。研究表明砷暴露会增加ASCVD的发病风险。目前对于砷暴露和ASCVD十年风险间的关联以及其中可能的机制并不清楚。[目的]分析砷暴露与平均血小板体积(MPV)及ASCVD十年风险的相关性,探讨MPV在砷暴露与ASCVD十年风险间的潜在作用。[方法]在2011-2012年分别于武汉和珠海各选取两个社区,招募年龄在18~80岁的居民作为研究对象建立武汉-珠海社区队列,通过面对面的问卷调查和专业医生的体格检查收集研究对象的人口学信息和人体学指标,并采集其空腹血样和尿样。本次研究排除年龄不在35~74岁者、生物样本和人体测量学指标缺失者以及肾炎患者,最终纳入了3 081名研究对象。应用电感耦合等离子体质谱仪检测尿砷水平,应用全自动生化分析仪检测血中MPV水平。ASCVD十年风险得分采用由中国心血管疾病项目组改进的ASCVD风险预测研究模型计算,根据得分将研究对象分为高风险(≥0.05)和低风险(<0.05)两类。采用logistic回归模型分析尿砷和ASCVD十年风险间的相关性,采用限制性立方样条回归分析尿砷和MPV以及MPV和ASCVD十年风险的相关性,并应用中介模型探讨MPV在尿砷和ASCVD十年风险间的中介作用。[结果]研究人群平均年龄54.05岁,尿砷和MPV的中位数水平分别为2.69μg/mmol(经肌酐校正)、8.80 fL。logistic回归分析显示,在校正相关混杂因素后,尿砷和ASCVD十年风险呈正向的剂量-反应关系,尿砷每增加一个自然对数单位,研究对象进入ASCVD高风险组的概率增加16.3%(95%CI:0.8%~34.2%)。限制性立方样条回归分析显示,尿砷和MPV以及MPV和ASCVD十年风险均呈正向线性相关(非线性检验P>0.05)。此外,中介分析结果表明,MPV在尿砷和ASCVD十年风险间起中介作用,中介比例为20.9%。[结论]砷暴露可能与MPV升高和ASVD十年风险增加有关。MPV可能在砷暴露导致的ASCVD十年风险增加中起中介作用。

关键词：砷平均血小板体积动脉粥样硬化性心血管疾病中介作用

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结构方程模型和纵向多分类项目反应理论在阿尔茨海默病生命质量反应转移评价中的应用

结构方程模型和纵向多分类项目反应理论在阿尔茨海默病生命质量反...

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2017年中国卫生统计学学术年会

作者：许晓萌余红梅山西医科大学卫生统计学教研室

背景与目的:将结构方程模型和纵向多分类项目反应理论用于阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)患者生命质量评价中的反应转移现象研究,分析反应转移的类型并评价生命质量真实的改变,促进对痴呆患者生命质量变化的正确认识,同时为... 详细信息

背景与目的:将结构方程模型和纵向多分类项目反应理论用于阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)患者生命质量评价中的反应转移现象研究,分析反应转移的类型并评价生命质量真实的改变,促进对痴呆患者生命质量变化的正确认识,同时为其他疾病患者生命质量评价中的反应转移现象研究提供统计学方法借鉴。方法:分别介绍结构方程模型和纵向多分类项目反应理论的基本原理、模型操作

关键词：阿尔茨海默病多分类项目反应理论内在评价结构方程模型

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