检索结果-内蒙古大学图书馆

哈尔滨医科大学学报 2025年第1期 23-28页

作者：杨楠温福东刘丹王玉鹏哈尔滨医科大学卫生统计学教研室

目的识别与玉米不耐受发生相关的差异表达蛋白，并探讨其蛋白组学发病机制。方法选取2015年6月～2019年4月于哈尔滨医科大学第一附属医院就诊的7例玉米不耐受患者作为病例组，按年龄、性别匹配同期该院7例健康体检成人作为对照组。采... 详细信息

目的识别与玉米不耐受发生相关的差异表达蛋白，并探讨其蛋白组学发病机制。方法选取2015年6月～2019年4月于哈尔滨医科大学第一附属医院就诊的7例玉米不耐受患者作为病例组，按年龄、性别匹配同期该院7例健康体检成人作为对照组。采集两组血清样本，使用串联质量标记(tandem mass tags, TMT)定量蛋白质组学技术分析蛋白含量，获得蛋白表达数据；利用压缩感知、随机森林、偏最小二乘法计算出所有蛋白的重要度，为平衡不同算法的影响将各算法得到的蛋白重要度分别进行标准化，并将三个标准化后的序列相加，构建一个新的序列；利用Hampel滤波法筛选出与玉米不耐受发生相关的蛋白，并进行基因本体论(Gene Ontology, GO)功能注释和京都基因和基因组数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析。结果排序融合方法共筛选出31个与玉米不耐受发生相关的蛋白，导入STRING数据库构建蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络，筛选出18个差异蛋白。GO富集分析发现差异蛋白主要参与核小体组装、自然杀伤细胞分化调控等生物学通路；KEGG富集分析得到5条通路，分别为中性粒细胞外陷阱形成、酗酒、系统性红斑狼疮通路、补体与凝血级联通路、上皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)酪氨酸激酶抑制剂耐药性。结论玉米不耐受的发生与免疫调节、脂质代谢、染色体结构成分、补体调节等过程的改变密切相关。

关键词：食物不耐受蛋白质组学生物标志物变量筛选

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基于特异性增强子的低级别胶质瘤分型研究

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中国医院统计 2021年第6期28卷 502-507页

作者：严光灿田伟刘美娜哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计教研室黑龙江哈尔滨150081

目的低级别胶质瘤(LGG)患者异质性高、预后差异大,本研究利用特异性增强子调控的靶基因对LGG进行分型研究,以期为LGG临床治疗及相关机制研究提供参考。方法获取TCGA、CGGA数据库LGG患者数据;筛选特异性增强子调控的靶基因,利用K-means... 详细信息

目的低级别胶质瘤(LGG)患者异质性高、预后差异大,本研究利用特异性增强子调控的靶基因对LGG进行分型研究,以期为LGG临床治疗及相关机制研究提供参考。方法获取TCGA、CGGA数据库LGG患者数据;筛选特异性增强子调控的靶基因,利用K-means算法进行LGG分型,外部数据验证分型结果的稳定性;进一步比较各型间差异:GSVA比较基因通路活性、CIBERSORT算法比较免疫微环境、生存分析比较预后。结果筛选出50个特异性增强子调控的靶基因,LGG分型获得5个亚型,分别记为A1~A5;各型间基因通路活性、免疫微环境存在明显差异;A5亚型患者预后最差,A3和A4预后最好。结论本研究LGG分型获得5个亚型,分型结果稳定;各亚型在通路活性及临床特征等方面差异有统计学意义;研究结果可为患者精细化治疗和管理提供参考。

关键词：低级别胶质瘤增强子免疫相关基因

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基于两水平logistic随机效应模型的乳腺癌术后并发症影响因素分析

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中国医院统计 2021年第3期28卷 200-205页

作者：刘梦洋田园安宁张丽媛魏丽刘美娜哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计教研室黑龙江哈尔滨150081

目的利用两水平logistic随机效应模型,基于医院水平和患者水平分析乳腺癌术后并发症的影响因素,为医院乳腺癌治疗质量的提高、改善患者预后提供依据。方法制定乳腺癌患者病案信息调查表,收集乳腺癌患者病例信息;利用t检验或χ^(2)检验... 详细信息

目的利用两水平logistic随机效应模型,基于医院水平和患者水平分析乳腺癌术后并发症的影响因素,为医院乳腺癌治疗质量的提高、改善患者预后提供依据。方法制定乳腺癌患者病案信息调查表,收集乳腺癌患者病例信息;利用t检验或χ^(2)检验对乳腺癌术后并发症的相关因素进行单因素分析;以医院作为水平2单位,患者作为水平1单位,患者是否发生术后并发症为结局变量,并发症的影响因素为解释变量,纳入单因素分析结果有统计学意义的因素,利用两水平logistic随机效应模型进行多因素分析。结果收集患者3224例,乳腺癌术后并发症发生率为22.52%。两水平logistic随机效应模型结果显示,医院水平随机效应在零模型中有统计学意义(P<0.05);医院水平的解释变量中,医院类型(OR=0.130,95%CI:0.027~0.638)具有统计学意义;患者水平的解释变量中,年龄(OR=0.983,95%CI:0.972~0.994)、居住地(OR=0.671,95%CI:0.534~0.843)、术前细胞学检查(OR=1.973,95%CI:1.397~2.787)以及腋窝淋巴结转移(OR=1.435,95%CI:1.168~1.762)均有统计学意义(P<0.05)。结论年龄越小、居住在城市的女性是乳腺癌术后发生并发症的高危人群;乳腺癌患者的术后治疗及护理过程中,应对有淋巴结转移、接受过术前细胞学检查的乳腺癌患者加以关注,降低术后并发症的发生几率。

关键词：乳腺癌影响因素随机效应模型并发症

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新冠病毒变异株奥密克戎的变异特点及对免疫学特性的影响

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国际免疫学杂志 2022年第1期45卷 1-4页

作者：李宇张哲杜溪乔王迎晨董妥曲章义哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生微生物学教研室哈尔滨医科大学中俄医学研究中心环境相关疾病研究所自然疫源性疾病研究室哈尔滨150081

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome-coronavirus 2,SARS-CoV-2)新变异株奥密克戎(Omicron)的出现加剧了新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)疫情的传播。奥密克戎变异株首先在非洲发现,Pango lineage进化分类系统将该变异株划分为B.1.1.529变异株,世界卫生组织(World Health Organization,WHO)将该变异株确定为"关切病毒株",命名为Omicron变异株。与以前的"关切病毒株"相比,奥密克戎变异株突变位点多,传播速度快,在感染性和免疫学特性上都有很大的变化,存在着免疫逃逸和突破现有疫苗免疫保护作用的风险。在被发现以来的一个多月时间内,该变异株已在全球77个国家和地区迅速传播,引起了全球的广泛关注。文章就奥密克戎变异株发现过程、流行现状、变异特点、免疫逃逸及防控策略等进行概述。

关键词：严重急性呼吸综合征冠状病毒2 奥密克戎免疫逃逸疫苗

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基于降噪风险基因网络的生存风险基因筛选

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中国医院统计 2021年第2期28卷 126-130页

作者：陆震刘艳李婧惟哈尔滨医科大学卫生统计学教研室黑龙江哈尔滨150081

目的对基于降噪风险基因网络的生存风险基因筛选算法CoxLASSO-ISIS-N的表现作出评价,并与其他5种算法进行比较,分析算法的优劣,以期为高维基因表达数据的生存风险基因筛选提供一种新的思路。方法针对带有噪声的高维基因表达数据的生存... 详细信息

目的对基于降噪风险基因网络的生存风险基因筛选算法CoxLASSO-ISIS-N的表现作出评价,并与其他5种算法进行比较,分析算法的优劣,以期为高维基因表达数据的生存风险基因筛选提供一种新的思路。方法针对带有噪声的高维基因表达数据的生存风险基因筛选问题,分别利用模拟数据和真实数据,对6种算法(CoxLASSO、CoxLASSO-N、CoxLASSO-SIS、CoxLASSO-SIS-N、CoxLASSO-ISIS和CoxLASSO-ISIS-N)进行比较,分析算法的优劣。结果算法CoxLASSO-ISIS-N在模型的整体估计效果(LR和CS)、解释信息的比例(R2)以及一致性(CI)上均表现最优且最稳定。结论基于降噪风险基因网络的生存风险基因筛选算法CoxLASSO-ISIS-N可以对带有噪声的高维基因表达数据实现降噪,从而更精确地筛选生存风险基因,较好地反映死亡或其他结局发生与高维基因表达数据之间的关系,为临床诊断以及预后管理提供依据。

关键词：基因网络基因表达数据基因筛选噪声

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基于免疫相关lncRNAs的胃癌早期诊断和预后风险模型的构建和验证

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实用肿瘤学杂志 2022年第2期36卷 119-126页

作者：王洪英李岩韩鑫浩魏孝礼贾慧珣袁文娟张秋菊哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计教研室哈尔滨150086 哈尔滨医科大学附属肿瘤医院消化内科第一病房上海交通大学附属第一人民医院桦川县悦来镇卫生院

目的基于胃癌免疫相关lncRNAs,建立早期诊断模型和预后风险模型,为胃癌早期诊断和预后预测提供数据支持。方法利用TCGA-STAD数据集与immport数据库筛选胃癌相关免疫lncRNAs。将TCGA-STAD作为训练集,利用logistic回归分析构建胃癌早期诊... 详细信息

目的基于胃癌免疫相关lncRNAs,建立早期诊断模型和预后风险模型,为胃癌早期诊断和预后预测提供数据支持。方法利用TCGA-STAD数据集与immport数据库筛选胃癌相关免疫lncRNAs。将TCGA-STAD作为训练集,利用logistic回归分析构建胃癌早期诊断模型;单因素Cox和LASSO回归分析用于筛选影响患者总生存期的免疫lncRNAs并构建预后基因标签,最后结合基因标签和患者临床指标,构建胃癌预后风险模型。胃癌基因芯片数据集GSE54129和GSE62254分别作为诊断和预后模型的验证集进行外部验证。结果筛选出9个免疫相关lncRNAs用于构建胃癌早期诊断模型,模型构建和验证的Hosmer-Lemeshow检验P值分别为0.9982和1.0000,ROC曲线下面积分别为0.991和0.958。获得6个影响患者总生存期的免疫lncRNAs用于构建基因标签。根据标签风险得分中位数将患者分为高、低风险组,生存分析表明高风险组患者总生存率低于低风险组患者(训练集及验证集,P<0.05)。生存状态预测基因标签构建构建及验证的C-index分别为0.61和0.59,1、3、5年总生存率ROC曲线下面积分别为0.623、0.623、0.677和0.581、0.613、0.622。多因素Cox回归分析表明基因标签、年龄、肿瘤分期是影响胃癌患者总生存率的独立预后因素,以此构建预后风险模型。C-index、ROC曲线和校准曲线分析表明,预后风险模型的预测效能优于基因标签。结论早期诊断模型可以有效协助胃癌早期筛查;基因标签是影响胃癌患者总生存率的独立因素,可以中等程度地预测患者的预后,相比而言,预后风险模型可以进一步提高模型的预测能力。

关键词：胃癌诊断预后免疫相关长链非编码RNAs

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基于层次聚类的保乳手术患者治疗质量评价及影响因素分析

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中国医院统计 2021年第5期28卷 395-400页

作者：魏丽王超刘美娜哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室黑龙江哈尔滨150081

目的利用层次聚类将保乳手术患者分组,结合评价指标平均使用率确定各组治疗质量高低,分析治疗质量的影响因素,为提高保乳手术患者治疗质量提供依据。方法选择乳腺癌保乳手术治疗质量评价指标,收集保乳手术患者病历数据;利用Jaccard相似... 详细信息

目的利用层次聚类将保乳手术患者分组,结合评价指标平均使用率确定各组治疗质量高低,分析治疗质量的影响因素,为提高保乳手术患者治疗质量提供依据。方法选择乳腺癌保乳手术治疗质量评价指标,收集保乳手术患者病历数据;利用Jaccard相似系数对患者进行聚类分组,结合分母权重法计算平均使用率确定高低质量组;应用多因素logistic回归分析保乳手术治疗质量的影响因素。结果收集保乳手术患者279人。层次聚类将患者分为2组:组1患者108人,占比38.7%,评价指标平均使用率68.4%,为低质量组;组2患者171人,占比61.3%,评价指标平均使用率89.1%,为高质量组。2组间指标使用率差异较大的指标是保乳手术后进行放射治疗、病理报告记录手术切缘情况、术前细胞学或组织学诊断(P<0.001),高低质量组的差值分别为86.46%、30.09%和20.74%。多因素logistic回归分析显示:居住在城市(OR=2.461,95%CI:1.259~4.812)、高收入(OR=2.580, 95%CI:1.520~4.380)、有合并症(OR=1.990, 95%CI:1.104~3.587)、肿瘤病理分期为Ⅱ期(OR=2.511, 95%CI:1.474~4.278)、在专科医院治疗(OR=8.407,95%CI:4.738~14.917)的患者往往有更高的治疗质量(P<0.05)。结论层次聚类结合评价指标平均使用率可以很好地区分患者治疗质量的高低;提高保乳手术后进行放射治疗、病理报告记录手术切缘情况、术前细胞学或组织学诊断的使用率可能会更好地改善治疗质量。医生应在临床诊疗中更关注居住在农村、低收入、无合并症、肿瘤病理分期较高患者的治疗质量。

关键词：保乳手术治疗质量评价 Jaccard相似系数层次聚类分母权重法

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儿童紫癜性肾炎进展的功能模块和关键基因的筛选研究

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中国医院统计 2021年第2期28卷 118-125页

作者：张奇孙琳刘美娜哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生统计学教研室黑龙江哈尔滨150081

目的构建儿童紫癜性肾炎(HSPN)差异基因的共表达网络,筛选HSPN进展相关的功能模块和关键基因,为HSPN的诊断、治疗和预后探寻安全、无创的肾脏损伤生物标志物。方法分析临床指标与HSPN进展的相关性;筛选HSP和HSPN患者的差异表达基因;通... 详细信息

目的构建儿童紫癜性肾炎(HSPN)差异基因的共表达网络,筛选HSPN进展相关的功能模块和关键基因,为HSPN的诊断、治疗和预后探寻安全、无创的肾脏损伤生物标志物。方法分析临床指标与HSPN进展的相关性;筛选HSP和HSPN患者的差异表达基因;通过权重基因共表达网络分析获得与临床指标相关的网络模块,并进行模块内基因的GO富集分析;根据MM和GS筛选模块的关键基因,分析关键基因在HSP、HSPN type I、HSPN type II和HSPN type III 4个进展组中的表达情况。结果血尿/蛋白尿水平、血清IgA、CRP和C3水平与HSPN进展有关。2399个基因在紫癜性肾炎患者中差异表达,利用权重基因共表达网络分析获得10个网络模块,3个模块与临床指标相关程度最高;模块基因主要富集在中性粒细胞介导的免疫反应、细胞因子活性、白细胞迁移、血小板α颗粒和细胞粘附等通路中;模块中筛选出8个HSPN进展的关键基因,分别为GPX1-201,INHBA-201,PHLDA1-201,VEGFA-205,CALM2-201,CDKN2D-202,LDLRAP1-201和MAP1LC3B-201,其中4个与炎症和免疫反应、细胞周期调控等生物学过程有关。结论本文获得的3个功能模块通过参与炎症、免疫反应和凝血反应等生物学过程影响HSPN进展相关的临床指标;筛选出的8个关键基因具有生物学意义,可能成为HSPN进展和肾脏损伤程度的潜在分子标志物,为深入研究HSPN的进展机制和发掘潜在的生物标志物提供指导和方向。

关键词：紫癜性肾炎疾病进展权重基因共表达网络功能模块关键基因

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基于概率校准的弥漫性大B细胞淋巴瘤患者死亡风险预测

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中国卫生统计 2021年第5期38卷 670-674页

作者：范双龙赵志强余红梅王蕾郑楚楚黄雪倩阳桢寰邢蒙吕庆罗艳虹山西医科大学公共卫生学院卫生统计教研室 030001 重大疾病风险评估山西省重点实验室山西省肿瘤医院血液科密歇根州立大学流行病与生物统计系

目的基于概率校准,预测弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma, DLBCL)患者两年内的死亡风险,为医生决策和临床治疗提供参考。方法使用Cox回归筛选DLBCL患者两年内死亡的影响因素。选择logistic回归(logistic regression, ... 详细信息

目的基于概率校准,预测弥漫性大B细胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma, DLBCL)患者两年内的死亡风险,为医生决策和临床治疗提供参考。方法使用Cox回归筛选DLBCL患者两年内死亡的影响因素。选择logistic回归(logistic regression, logit)、随机森林(random forest, RF)、支持向量机(support vector machines, SVM)、前馈神经网络(feedforward neural network, FNN)构建风险预测模型。同时,使用三种概率校准方法对上述模型进行校准:platt scaling(Platt)、isotonic regression(IsoReg)、shape-restricted polynomial regression(RPR)。使用ROC曲线下的面积(AUC)评价模型的区分性能,使用Hosmer-Lemeshow(H-L)goodness-of-fit test、expected calibration error(ECE)、maximum calibration error(MCE)评价模型的校准性能。结果 logit和FNN能够提供准确的概率估计,校准后其预测性能无提升;RF和SVM的预测概率与真实概率的差异具有统计学意义。除SVM-IsoReg外,三种概率校准方法都能对有偏预测进行良好的校准,且RPR校准效果最好。结论 logit和FNN具有良好的校准性能,而RF和SVM校准性能较差,概率校准能够有效降低它们的预测误差。基于概率校准所构建的风险预测模型达到预期效果。

关键词：弥漫性大B细胞淋巴瘤风险预测概率校准区分度校准度

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新型冠状病毒变异株对新冠病毒疫苗免疫效力的影响

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国际免疫学杂志 2021年第5期44卷 487-492页

作者：张哲马莹董妥王迎晨曲章义哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生微生物学教研室 150081 哈尔滨医科大学附属第三医院 150081 哈尔滨医科大学中俄医学研究中心环境相关疾病研究所自然疫源性疾病研究室 150081

随着严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome-coronavirus 2,SARS-CoV-2)疫苗的研发上市,接种疫苗已成为阻断新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)传播的最有效途径。然而,SARS-CoV-2变异株的不断出现对疫苗的免疫效力带来了一定影响,引起了人们的广泛关注。文章对目前主要出现的SARS-CoV-2变异株及其变异位点进行了总结,分析了SARS-CoV-2变异株对疫苗免疫保护效力的影响。

关键词：急性呼吸综合征冠状病毒2 新型冠状病毒肺炎2019 病毒突变疫苗效力刺突蛋白

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