检索结果-内蒙古大学图书馆

哈尔滨工业大学学报 2005年第5期37卷 599-603页

作者：郭政张田文李霞屠康喻辉徐建震王辰光哈尔滨工业大学计算机科学系哈尔滨医科大学生物信息学研究室黑龙江哈尔滨150086 哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司黑龙江哈尔滨150086 哈尔滨医科大学生物信息学研究室

介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists... 详细信息

介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?

关键词：基因芯片基因表达基因功能相关数据库

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利用GeneHub软件多角度分析基因功能相关与表达相关的联系

引用

生物医学工程学杂志 2006年第6期23卷 1157-1161页

作者：王晨光郭政李霞余辉徐建震哈尔滨医科大学生物信息学研究室哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院哈尔滨150001 哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司哈尔滨150090

我们研制的GeneHub软件可以用来评价基因功能分类体系中各个功能单元的表达相关性的显著性,从而筛选与实验条件相关的功能单元。采用不同的相似性测度与不同的数据集,使用GeneHub研究了分别按染色体定位、蛋白质细胞位置与互作、代谢通... 详细信息

我们研制的GeneHub软件可以用来评价基因功能分类体系中各个功能单元的表达相关性的显著性,从而筛选与实验条件相关的功能单元。采用不同的相似性测度与不同的数据集,使用GeneHub研究了分别按染色体定位、蛋白质细胞位置与互作、代谢通路、信号传导通路等五个方面分类的基因的表达相关性,结果显示按照这些不同的方面分类的基因显著共表达,并且这种共表达现象往往受相关实验条件影响。为基因表达谱分析中广泛采用的假设“功能相关的基因表达相关”提供了进一步的实验证据。

关键词：基因芯片基因表达基因功能相关数据库

来源：评论

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利用GeneHub软件分析人类染色体相邻基因的表达相关性

引用

生物信息学 2003年第1期1卷 11-14页

作者：郭政张田文李霞杨剑徐建震屠康哈尔滨医科大学生物信息学研究室哈尔滨医科大学生物信息学研究室哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司哈尔滨 150086 哈尔滨工业大学计算机系

利用我们研制的基因信息融合分析软件GeneHub,按染色体开窗的方法将人类基因组沿着染色体划分为一系列基因群,用不同的相关测度(Pearson相关、Spearman秩相关、欧氏距离)考察这些基因群中所有基因间在二套独立的基因表达谱数据中的平均... 详细信息

利用我们研制的基因信息融合分析软件GeneHub,按染色体开窗的方法将人类基因组沿着染色体划分为一系列基因群,用不同的相关测度(Pearson相关、Spearman秩相关、欧氏距离)考察这些基因群中所有基因间在二套独立的基因表达谱数据中的平均表达相关性。实验结果表明,与随机基因群相比,染色体上的邻近基因具有显著的表达相关性。约有40％的被检测基因包含于我们检测到的邻近相似表达基因群中。该现象提示真核生物中的基因存在模块化的共表达趋势。

关键词：染色体基因表达相关模块

来源：评论

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应用聚类分析和GO数据库分析间变性星形细胞瘤的微阵列数据

引用

中国实验诊断学 2004年第1期8卷 8-11页

作者：江荣才喻辉浦佩玉屠康郭政李霞焦宝华于士柱申长虹天津医科大学总医院神经外科天津300052 哈尔滨医科大学生物信息学中心和哈尔滨基太生物芯片有限责任公司河北医科大学第二附属医院神经外科天津医科大学总医院神经病理研究室

目的　探讨从巨量的微阵列基因数据中挖掘肿瘤相关分子机理及功能信息 ;方法　以人肿瘤cDNA微阵列1 2分析并获得间变性星形细胞瘤和正常脑组织的差异表达基因数据 ,进行基于CityBlock距离和平均距离法的聚类分析 ,应用超几何分布的概率... 详细信息

目的　探讨从巨量的微阵列基因数据中挖掘肿瘤相关分子机理及功能信息 ;方法　以人肿瘤cDNA微阵列1 2分析并获得间变性星形细胞瘤和正常脑组织的差异表达基因数据 ,进行基于CityBlock距离和平均距离法的聚类分析 ,应用超几何分布的概率模型计算聚类分析所得的各基因类与GO数据库注释的各基因功能类之间的随机关联概率 ,给各基因类标以显著关联的GO数据库的功能类标签。结果　从数以千计的基因数据中获得了 12 1个差异显示基因并分成 6类 ,这 6类基因的生物学功能基本与该肿瘤的生物学特点符合。GO数据库中 6个基因通路功能类分别与该分类相关度最大。结论　应用聚类分析方法和GO数据库对微阵列研究获得的基因信息进行进一步分析 ,有利于提取巨量基因数据中的有效信息 ,可能提供进一步研究的有价值线索。

关键词： GO数据库星形细胞瘤微阵列数据 eDNA微阵列聚类分析生物信息学

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