检索结果-内蒙古大学图书馆

生物医学工程学杂志 2007年第3期24卷 650-653页

作者：姜洋金晓明屠康哈尔滨医科大学病理学教研室哈尔滨150086 哈尔滨医科大学生物信息学教研室哈尔滨150086

借助于计算机图像分析系统,使用平均阳性染色面积百分比(APSAP)法分析免疫组化切片结果,并与人工技术方法相比较,从而验证图像分析APSAP法与人工计数方法在免疫组化染色结果判定方面的符合程度。实验结果表明,采用APSAP法分析免疫组化... 详细信息

借助于计算机图像分析系统,使用平均阳性染色面积百分比(APSAP)法分析免疫组化切片结果,并与人工技术方法相比较,从而验证图像分析APSAP法与人工计数方法在免疫组化染色结果判定方面的符合程度。实验结果表明,采用APSAP法分析免疫组化切片结果与人工计数分析方法的符合程度较高。我们简要介绍以平均阳性染色面积所占测量面积的百分比来衡量免疫组化切片结果的方法。此外,我们还对APSAP法的理论基础、特点等问题进行了深入的讨论。

关键词：阳性染色面积百分比免疫组化图像分析

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表观调控rDNA转录的研究进展

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生物化学与生物物理进展 2018年第5期45卷 485-493页

作者：程香荣魏艳军黄星卫王楠姜琦刘惠雷蕾哈尔滨医科大学组织学与胚胎学教研室哈尔滨150081 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150081

rDNA是控制细胞核糖体生物合成的串联重复基因,影响着整体蛋白质的翻译水平,与细胞生长代谢息息相关.由于rDNA序列具有多拷贝的重复特征,其转录除了受一般转录机制的调节外,还受多重表观调控机制的调节,精细调控着rDNA的转录状态.一般认... 详细信息

rDNA是控制细胞核糖体生物合成的串联重复基因,影响着整体蛋白质的翻译水平,与细胞生长代谢息息相关.由于rDNA序列具有多拷贝的重复特征,其转录除了受一般转录机制的调节外,还受多重表观调控机制的调节,精细调控着rDNA的转录状态.一般认为rDNA分为活跃和沉默两种状态,分别与活跃染色质标记和异染色质标记相关.近些年来,发现一种平衡态rDNA的存在,更加丰富了rDNA表观机制的研究.H3.3是一种H3组蛋白变体,是近些年来的研究热点,已有报道H3.3可能在分子伴侣HIRA的介导下整合进入活跃rDNA,然而沉默rDNA的维持是否也与H3.3的作用相关需要更多的探索.CTCF是rDNA重复单元间的绝缘子成分,与H3.3相关但并不清楚是否也调控着rDNA的转录.该综述讨论了几种调控rDNA表观状态的机制,并对可能参与该过程的新机制提出了设想.

关键词： rDNA 表观遗传调控 H3.3 分子伴侣 CTCF

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血管内皮生长因子D和血管内皮生长因子受体3在人结肠癌中的表达及淋巴道转移中的作用

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解剖学报 2007年第1期38卷 56-60页

作者：刘宝全张雅芳马晶宿菲李益民赵玲辉哈尔滨医科大学解剖学教研室哈尔滨150081 哈尔滨医科大学生物信息教研室哈尔滨150081

目的观察血管内皮生长因子D(VEGF-D)和血管内皮生长因子受体3(VEGFR-3)在人结肠癌组织中的表达,检测结肠癌组织中的微淋巴管密度(LMVD),探讨VEGF-D和VEGFR-3在淋巴管生成以及结肠癌淋巴道转移中的作用。方法选择55例不同时期,不同分化... 详细信息

目的观察血管内皮生长因子D(VEGF-D)和血管内皮生长因子受体3(VEGFR-3)在人结肠癌组织中的表达,检测结肠癌组织中的微淋巴管密度(LMVD),探讨VEGF-D和VEGFR-3在淋巴管生成以及结肠癌淋巴道转移中的作用。方法选择55例不同时期,不同分化程度的人结肠癌组织样本,应用免疫组织化学染色的方法,观察VEGF-D和VEGFR-3在人结肠癌组织中的表达,应用Podoplanin标记淋巴管,检测结肠癌组织中的淋巴管密度。结果在55例结肠癌组织中,VEGF-D的阳性表达率为54.5%,明显高于在癌周正常组织内的表达(P<0.05);结肠癌组织中VEGFR-3表达的阳性率为69.1%,明显高于在癌周正常组织内的表达(P<0.01);并且VEGFR-3的表达与VEGF-D的表达具有显著相关性(P<0.01)。在结肠癌组织中,淋巴结转移阳性组,浸润深度超过肌层组,DukeC、D期的VEGF-D的表达水平和LMVD明显高于淋巴结转移阴性组,浸润深度未超过肌层组,Duke A、B期(P<0.01),经计数淋巴管数量,癌组织中的LMVD明显高于癌周正常组织(P<0.01),并且LMVD与VEGF-D的表达显著相关(P<0.01)。结论结肠癌组织中VEGF-D的表达水平随着癌的浸润和转移程度的增强而增高,并且通过上调其受体VEGFR-3的表达而促进癌组织中淋巴管的生成,从而促进癌的浸润和转移。

关键词：结肠癌血管内皮生长因子D 血管内皮生长因子受体3 淋巴管密度免疫组织化学人

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功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub

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哈尔滨工业大学学报 2005年第5期37卷 599-603页

作者：郭政张田文李霞屠康喻辉徐建震王辰光哈尔滨工业大学计算机科学系哈尔滨医科大学生物信息学研究室黑龙江哈尔滨150086 哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司黑龙江哈尔滨150086 哈尔滨医科大学生物信息学研究室

介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists... 详细信息

介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?

关键词：基因芯片基因表达基因功能相关数据库

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特征代谢通路上的基因表达相关性及共调控表达模式

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生物工程学报 2008年第9期24卷 1643-1648页

作者：华琳郑卫英刘红林慧高磊首都医科大学生物信息学实验室与数学教研室北京100069

利用随机森林-通路分析法,通过袋外样本OOB的分类错误率筛选特征代谢通路,在特征通路上作基因表达相关性研究并对通路上的基因采用MAP(Mining attribute profile)算法挖掘不同实验条件下基因的共调控表达模式,对共调控表达模式进行聚类... 详细信息

利用随机森林-通路分析法,通过袋外样本OOB的分类错误率筛选特征代谢通路,在特征通路上作基因表达相关性研究并对通路上的基因采用MAP(Mining attribute profile)算法挖掘不同实验条件下基因的共调控表达模式,对共调控表达模式进行聚类。分析结果显示同一特征代谢通路上的基因表达倾向相似,有2条特征代谢通路存在共表达模式,其中一条通路含108个表达模式,对这些模式进行聚类,其最低聚类的相似系数仍高达0.623,说明同一特征代谢通路上的基因共表达模式在不同实验条件下仍具有高度的相似性。对以通路作为基因模块进行复杂疾病的研究具有借鉴意义。

关键词：基因表达通路模式关联

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血管内皮生长因子受体3和Podoplanin在人结肠癌组织中的表达

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解剖学杂志 2007年第1期30卷 22-24页

作者：刘宝全张雅芳宿菲马晶李雪梅杨树才哈尔滨医科大学解剖学教研室哈尔滨150086 哈尔滨医科大学生物信息学系哈尔滨150086

目的:观察血管内皮生长因子受体3(vascular endothelial growth factor receptor-3,VEGFR-3)和Podoplanin在人结肠癌组织中的表达,以探讨二者标记淋巴管的特异性。方法:选择55例人结肠癌组织标本,应用免疫组织化学法观察VEGFR-3和Podopl... 详细信息

目的:观察血管内皮生长因子受体3(vascular endothelial growth factor receptor-3,VEGFR-3)和Podoplanin在人结肠癌组织中的表达,以探讨二者标记淋巴管的特异性。方法:选择55例人结肠癌组织标本,应用免疫组织化学法观察VEGFR-3和Podoplanin在人结肠癌组织中的表达。结果:Podoplanin主要表达于淋巴管内皮细胞上,微血管极少着色;VEGFR-3主要表达于淋巴管内皮细胞上,另外在小血管内皮也有较丰富的表达。结论:Podoplanin在淋巴管内皮细胞的表达具有较高特异性,可以用来标记淋巴管。

关键词：结肠肿瘤血管内皮生长因子受体3 Podoplanin

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血管内皮生长因子C及其受体3在人恶性黑色素瘤组织内的表达及意义

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解剖学报 2009年第2期40卷 219-222页

作者：马晶刘宝全王晓蕾宿菲李雪梅张雅芳哈尔滨医科大学解剖教研室哈尔滨150081 哈尔滨医科大学附属第二医院超声科哈尔滨150081 哈尔滨医科大学生物信息学系哈尔滨150081

目的观察人恶性黑色素瘤组织内血管内皮生长因子C（VEGF-C）及其受体3（VEGFR-3）的表达,探讨VEGF-C和VEGFR-3在恶性黑色素瘤淋巴管生成及淋巴道转移中的作用。方法取人恶性黑色素瘤组织48例（石蜡标本30例,术后新鲜组织18例）,应用免... 详细信息

目的观察人恶性黑色素瘤组织内血管内皮生长因子C（VEGF-C）及其受体3（VEGFR-3）的表达,探讨VEGF-C和VEGFR-3在恶性黑色素瘤淋巴管生成及淋巴道转移中的作用。方法取人恶性黑色素瘤组织48例（石蜡标本30例,术后新鲜组织18例）,应用免疫组织化学和RT-PCR技术,观察VEGF-C和VEGFR-3蛋白及mRNA在恶性黑色素瘤组织内的表达情况。以淋巴管内皮透明质酸受体（LYVE-1）标记淋巴管,计数恶性黑色素瘤组织淋巴管数密度。结果VEGF-C和VEGFR-3蛋白主要表达于恶性黑色素瘤细胞胞浆内,在肿瘤周围的血管和淋巴管内皮上也可见VEGFR-3蛋白表达,VEGF-C和VEGFR-3蛋白在淋巴结转移组恶性黑色素瘤组织内的表达水平明显高于无淋巴结转移组（P〈0.05）。在18例新鲜恶性黑色素瘤中,淋巴结转移组VEGF-C和VEGFR-3mRNA的表达明显高于无淋巴结转移组（P〈0.01）。LYVE-1表达于肿瘤间质内的淋巴管内皮细胞,淋巴结转移组恶性黑色素瘤组织中的淋巴管数密度（LMVD）为9.845±2.454,无淋巴结转移组恶性黑色素瘤组织中的淋巴管数密度为6.534±2.193,淋巴结转移组恶性黑色素瘤组织内的淋巴管数密度明显高于无淋巴结转移组（P〈0.01）。结论恶性黑色素瘤组织内VEGF-C表达明显增高,并通过上调其受体VEGFR-3的表达促进恶性黑色素瘤组织内淋巴管的生成,从而促进恶性黑色素瘤的淋巴道转移。

关键词：血管内皮生长因子C 淋巴管生成淋巴管内皮透明质酸受体恶性黑色素瘤免疫组织化学反转录-聚合酶链式反应人

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GPⅡb/Ⅲa抗体的二级结构及T、B细胞表位的预测

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生物医学工程学杂志 2010年第5期27卷 1146-1151页

作者：李章球张梅霞胡海燕刘顺会陆志刚南方医科大学附属珠江医院血液科广州510282 暨南大学生物信息学教研室广州510632

应用SYFPEITHI等七种软件对人、鼠源血小板糖蛋白GPⅡb/Ⅲa抗体蛋白进行HLA-A*0201、HLA-A*1101和HLA-A*2401限制性表位预测,经去除已发表多肽,取前者覆盖后两者多肽为混合CTL表位;再联合predTAP等TAP结合预测软件结果及NetChop等蛋白... 详细信息

应用SYFPEITHI等七种软件对人、鼠源血小板糖蛋白GPⅡb/Ⅲa抗体蛋白进行HLA-A*0201、HLA-A*1101和HLA-A*2401限制性表位预测,经去除已发表多肽,取前者覆盖后两者多肽为混合CTL表位;再联合predTAP等TAP结合预测软件结果及NetChop等蛋白酶切位点预测软件结果,取包含这两者的多肽为CTL修正表位。用基于肽MHC-Ⅱ结合算法Syfpeithi等软件进行HLA-DR Th表位预测,最后取Th表位覆盖CTL修正表位而得T细胞混合表位。用DNAstar软件子程序Protean软件对两条蛋白链进行二级结构、B细胞表位预测。从1 740条多肽中筛选出人源GPⅡb/Ⅲa抗体5条T细胞混合表位肽:1-15、24-38、50-64、65-81、109-121,7条B细胞表位肽:5-9、22-30、40-46、55-71、80-90、100-105、110-115;鼠源GPⅡb/Ⅲa抗体5条T细胞混合表位肽:1-15、26-40、46-60、68-82、93-107,5条B细胞表位肽:5-10、38-43、58-70、77-84、99-105。

关键词：特发性血小板减少性紫癜抗原表位生物信息学

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随机森林的变量捕获方法在高维数据变量筛选中的应用

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中国卫生统计 2015年第1期32卷 49-53页

作者：宋欠欠李轶群侯艳李康哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 150081 哈尔滨医科大学生物信息教研室

目的探讨随机森林(RF)的变量捕获方法在高维数据变量筛选中的应用。方法通过模拟实验和实际数据分析,对两种变量捕获(***,***)和逐步剔除方法(var SelRF)进行比较,并通过选入变量的数目、模型预测错误率(PE)和受试者工作特征曲线下面积(... 详细信息

目的探讨随机森林(RF)的变量捕获方法在高维数据变量筛选中的应用。方法通过模拟实验和实际数据分析,对两种变量捕获(***,***)和逐步剔除方法(var SelRF)进行比较,并通过选入变量的数目、模型预测错误率(PE)和受试者工作特征曲线下面积(AUC)对其进行评价。结果模拟实验表明,在变量具有联合作用、交互作用和弱独立作用情况下,变量捕获方法均明显优于var SelRF方法和全变量VIMP排序方法;实际数据分析结果表明,变量捕获方法筛选变量结果稳定,并能够保证良好的预测效果。结论变量捕获方法适用于高维数据的变量筛选,具有实用价值。

关键词：随机森林变量筛选变量捕获

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同一代谢通路上基因表达相关性分析

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中国卫生统计 2006年第1期23卷 83-85页

作者：杜磊李霞郭政宫滨生闻凤霞哈尔滨医科大学生物信息学系 150086 包头医学院数学教研室 014010

基因芯片技术是近年来发展起来的一种可以快速、高通量的探测基因在同一时刻表达水平的新技术。可用于研究生命体系中不同部位、不同生长发育阶段的基因表达,研究比较正常和疾病状态下基因表达及其表达的差异等。人们已经发展多种方法,... 详细信息

基因芯片技术是近年来发展起来的一种可以快速、高通量的探测基因在同一时刻表达水平的新技术。可用于研究生命体系中不同部位、不同生长发育阶段的基因表达,研究比较正常和疾病状态下基因表达及其表达的差异等。人们已经发展多种方法,包括多元统计分析、机器学习方法和模式识别方法等研究分析基因表达谱数据,探测基因表达调控网络及与疾病发生发展的关系等。[第一段]

关键词：基因表达谱相关性分析代谢通路基因芯片技术多元统计分析模式识别方法疾病状态不同部位生命体系发育阶段

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