检索结果-内蒙古大学图书馆

基础医学与临床 2016年第7期36卷 929-933页

作者：武天慧彭睿孙艳文利易红李爱玲彭惠民张政重庆医科大学细胞生物学及遗传学教研室重庆400016 重庆医科大学生物信息学教研室重庆400016 重庆医科大学实验教学中心重庆400016

目的探讨miR-150对糖尿病肾病小鼠骨髓间充质干细胞(MSCs)中趋化因子受体4(CXCR4)蛋白表达的影响。方法提取糖尿病肾病(DN)小鼠与正常小鼠MSCs,通过成骨、成脂诱导及表面分子的特征鉴定MSCs;通过RT-PCR检测DN小鼠与正常小鼠MSCs中miR-15... 详细信息

目的探讨miR-150对糖尿病肾病小鼠骨髓间充质干细胞(MSCs)中趋化因子受体4(CXCR4)蛋白表达的影响。方法提取糖尿病肾病(DN)小鼠与正常小鼠MSCs,通过成骨、成脂诱导及表面分子的特征鉴定MSCs;通过RT-PCR检测DN小鼠与正常小鼠MSCs中miR-150的表达情况;Western blot检测CXCR4和基质细胞衍生因子-1(SDF-1)蛋白的表达;Transwell实验检测细胞迁移能力。结果 MSCs诱导分化为脂肪细胞和骨细胞,并且其CD29(97.6%±2.2%)和CD90(99.1%±0.6%)表达阳性,CD45呈阴性表达(17.3%±4.5%),符合干细胞特性。miR-150在DN组MSCs中呈低表达(P<0.05),在正常小鼠MSCs中,抑制miR-150表达后,CXCR4蛋白表达明显增加;过表达miR-150后,CXCR4及SDF-1的表达显著降低(P<0.05)。结论 DN组MSCs中miR-150表达异常可能是其表达迁移相关蛋白异常的重要原因。

关键词： miR-150 骨髓间充质干细胞 CXCR4

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多发性硬化外周全血mRNA差异表达的来源及其特异性分析

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国际免疫学杂志 2017年第5期40卷 485-488页

作者：王雯郭有李兆瀛敬佳关庆洲孙博哈尔滨医科大学神经生物学教研室 150081 福建医科大学生物信息学系福州350108

目的探究多发性硬化外周全血mRNA差异表达的来源及其特异性。方法利用外周全血mRNA表达谱数据，分别筛选多发性硬化和炎症性疾病（感染性休克、肺结核）患者相对正常人群的差异表达基因并进行比较。筛选正常外周血中髓系相对淋巴系... 详细信息

目的探究多发性硬化外周全血mRNA差异表达的来源及其特异性。方法利用外周全血mRNA表达谱数据，分别筛选多发性硬化和炎症性疾病（感染性休克、肺结核）患者相对正常人群的差异表达基因并进行比较。筛选正常外周血中髓系相对淋巴系细胞的差异表达基因，并与多发性硬化患者相对正常人群的差异表达基因作比较。结果比较多发性硬化患者与两种炎症性疾病（感染性休克、肺结核）患者相对正常人群的差异表达基因，发现交叠基因上/下调方向的一致性分别为91.32%（P〈0.05），93.23%（P〈0.05）。比较多发性硬化患者相对正常人群的差异表达基因及正常人群髓系相对淋巴系细胞的差异表达基因，发现交叠基因上/下调方向的一致性为96.82%（P〈0.05）。结论多发性硬化患者相对于正常人群的差异表达基因与炎症性疾病患者相对正常人群的差异表达基因高度一致，同时与髓系相对淋巴系细胞的差异表达基因同样高度一致。上述结果表明多发性硬化患者外周全血中观察到的基因表达的改变可能是由于髓系/淋巴系细胞构成比例改变所致，是非特异的炎症性改变。

关键词：多发性硬化炎症性疾病差异表达基因

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大数据时代生物信息学课程体系改革研究

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中国继续医学教育 2023年第7期15卷 6-9页

作者：兰雨佳肖云哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院生物信息学教研室黑龙江哈尔滨150081

生物信息学是一门涵盖人类基因组学、精准医疗、计算机科学、数学分析以及生物统计学等多个方面的新兴交叉学科。近年来随着"精准医疗"战略计划的开启,生物信息学作为生命科学领域研究手段,迎来了井喷式发展。生物信息学具有... 详细信息

生物信息学是一门涵盖人类基因组学、精准医疗、计算机科学、数学分析以及生物统计学等多个方面的新兴交叉学科。近年来随着"精准医疗"战略计划的开启,生物信息学作为生命科学领域研究手段,迎来了井喷式发展。生物信息学具有内容更新快、实践性强等特点,但我国的生物信息学尚处于起步阶段。这也意味着生物信息学专业现有的教学模式、教学内容和教学体系等已不能满足现在的科研和社会的需求,需要进行改革以跟上时代发展。结合现在生物信息学课程体系、科研创新与实践等方面存在的弊端和不足,以及生物信息学课程教学面临的困境,文章提出对该课程教学体系的建设、改革和创新进行探讨,为促进大数据时代生物信息学课程体系的高质量、持续性发展提供参考,以期培养更符合社会需求的生物信息学优质人才。

关键词：大数据时代生物信息学课程体系改革研究人才培养

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DNA修复酶XPA基因多态性与肿瘤易感性关系的研究进展

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广东医学 2014年第18期35卷 2947-2950页

作者：丁大鹏张英郭云波南方医科大学基因工程研究所广州510515 暨南大学药学院广州510632 南方医科大学生物信息学教研室广州510515

DNA修复系统是人体抵御内外环境因素造成DNA损伤的重要系统，当DNA损伤不能及时修复，积累到一定程度导致基因组不稳定性升高，引起细胞增殖和分化失控，导致肿瘤发生［1-2］。因此，DNA 修复与肿瘤发生有着密不可分的联系。参与DNA修... 详细信息

DNA修复系统是人体抵御内外环境因素造成DNA损伤的重要系统，当DNA损伤不能及时修复，积累到一定程度导致基因组不稳定性升高，引起细胞增殖和分化失控，导致肿瘤发生［1-2］。因此，DNA 修复与肿瘤发生有着密不可分的联系。参与DNA修复的基因主要分为核苷酸切除修复（ nucleotide excision repair， NER ）基因、碱基切除修复（ base excision repair）基因、错配修复基因、双链断裂修复基因等。着色性干皮病基因A（ XPA）的主要作用是识别损伤DNA，在NER通路中， XPA 与 RPA、XPC、转录因子ⅡH （ TFⅡH ）、ERCC1-XPF复合体以及DNA聚合酶一起共同作用，完成损伤DNA的修复［3］。研究资料表明，DNA修复基因的多态性是决定肿瘤易感性的一个重要因素。目前XPA多态性与肿瘤发生之间的关系尚不明确，虽然目前国内外有关XPA基因多态性和肿瘤发病风险展开了关联研究，但是未能得到一致性的研究结果，在不同类型的肿瘤中其多态性与肿瘤的相关性也不同，考虑到XPA在DNA修复途径中的重要作用，本文对近年来XPA单核苷酸多态性与肿瘤易感性关系的相关研究进展综述如下。

关键词：基因多态性 DNA损伤肿瘤易感性修复酶 DNA修复系统错配修复基因基因组不稳定性核苷酸切除修复

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两种过滤特征基因选择算法的有效性研究

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生命科学研究 2003年第4期7卷 369-373,376页

作者：李丽李霞郭政汪强虎王海芸哈尔滨医科大学生物医学工程学教研室与生物信息学研究室中国黑龙江哈尔滨150086

对基因表达谱进行特征基因选择不仅能改善疾病分类方法的效能,而且为寻找与疾病相关的特征基因提供新的途径.通过比较用调整p值的t检验、非参数评分两种特征基因选择算法后和未进行选择时支持向量机(SVM)分类器的分类性能、支持向量(SV... 详细信息

对基因表达谱进行特征基因选择不仅能改善疾病分类方法的效能,而且为寻找与疾病相关的特征基因提供新的途径.通过比较用调整p值的t检验、非参数评分两种特征基因选择算法后和未进行选择时支持向量机(SVM)分类器的分类性能、支持向量(SV)的吻合度、错分样本ID的吻合度和对样本均匀翻倍后的稳定性.结果发现:特征选择后线性、核函数为二阶多项式和径向基的SVM分类性能明显提高;特征选择前后的SV及错分样本ID的吻合度均较高;SVM的稳定性较好.由此得出结论:这两种特征选择算法具有一定的有效性.

关键词：特征基因选择算法有效性支持向量机 DNA芯片技术

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多囊卵巢综合征合并卵巢储备功能低下病人的内分泌特征

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首都医科大学学报 2017年第4期38卷 515-520页

作者：金婧阮祥燕华琳田玄玄李杨璐王利娟赵越 Alfred O.Mueck 首都医科大学附属北京妇产医院内分泌科北京100026 德国图宾根大学妇女医院妇女保健科首都医科大学生物信息学教研室北京100069

目的了解中国多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)合并卵巢储备功能低下(diminished ovarian reserve,DOR)病人的发生率及内分泌特征。方法选取2015年1月至2017年1月就诊的多囊卵巢综合征病人338例及同期就诊的单纯DOR病人6... 详细信息

目的了解中国多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)合并卵巢储备功能低下(diminished ovarian reserve,DOR)病人的发生率及内分泌特征。方法选取2015年1月至2017年1月就诊的多囊卵巢综合征病人338例及同期就诊的单纯DOR病人68例,记录所有研究对象的年龄、月经情况,测量其身高、体质量、腰围、臀围,测定基础血清卵泡刺激素(follicle stimulation hormone,FSH)、黄体生成素(luteinizing hormone,LH)、雌二醇(estradiol,E2)、睾酮(testosterone,T)、抗苗勒管激素(antiMüllerian hormone,AMH)及基础窦卵泡数(baseline antral follicle count,b AFC)。对PCOS合并DOR病人、单纯PCOS及单纯DOR病人的各指标进行方差分析。结果 1)PCOS合并DOR的病人发生率为16.9%。2)在PCOS合并DOR病人中,基础FSH>10IU/L且<40IU/L、FSH/LH>3、基础E2>80pg/m L、b AFC≤4的发生率分别为38.6%、35.1%、35.1%及36.8%。3)PCOS合并DOR病人基础FSH及睾酮浓度与单纯PCOS及单纯DOR病人之间的差异均具有统计学意义(P<0.05),PCOS合并DOR病人基础E2、FSH/LH、AMH与单纯PCOS之间的差异有统计学意义(P<0.05),而与单纯DOR之间的差异无统计学意义(P>0.05)。4)在单纯PCOS组,AMH与睾酮呈正相关(P<0.01)。在PCOS合并DOR组,AMH与FSH呈负相关,与LH呈正相关(P<0.01)。在单纯DOR组,AMH与年龄、FSH、LH、FSH/LH均呈负相关(P<0.01)。结论 PCOS合并DOR病人的内分泌特征既不同于单纯PCOS组,也不同于单纯DOR病人。

关键词：多囊卵巢综合征卵巢储备功能低下性激素抗苗勒管激素

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利用GeneHub软件分析人类染色体相邻基因的表达相关性

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生物信息学 2003年第1期1卷 11-14页

作者：郭政张田文李霞杨剑徐建震屠康哈尔滨医科大学生物信息学研究室哈尔滨医科大学生物信息学研究室哈尔滨基太生物芯片开发有限责任公司哈尔滨 150086 哈尔滨工业大学计算机系

利用我们研制的基因信息融合分析软件GeneHub,按染色体开窗的方法将人类基因组沿着染色体划分为一系列基因群,用不同的相关测度(Pearson相关、Spearman秩相关、欧氏距离)考察这些基因群中所有基因间在二套独立的基因表达谱数据中的平均... 详细信息

利用我们研制的基因信息融合分析软件GeneHub,按染色体开窗的方法将人类基因组沿着染色体划分为一系列基因群,用不同的相关测度(Pearson相关、Spearman秩相关、欧氏距离)考察这些基因群中所有基因间在二套独立的基因表达谱数据中的平均表达相关性。实验结果表明,与随机基因群相比,染色体上的邻近基因具有显著的表达相关性。约有40％的被检测基因包含于我们检测到的邻近相似表达基因群中。该现象提示真核生物中的基因存在模块化的共表达趋势。

关键词：染色体基因表达相关模块

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生物信息学预测GPIIb/IIIa抗体CTL、Th的混合表位

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中国组织工程研究与临床康复 2009年第4期13卷 709-712页

作者：李章球胡海燕刘顺会张梅霞陆志刚南方医科大学附属珠江医院血液科广东省广州市520282 暨南大学生物信息学教研室广东省广州市510632 南方医科大学附属珠江医院输血科广东省广州市520282

背景:GPIIb/IIIa是特发性血小板减少性紫癜患者最常见的血小板糖蛋白,已证实该蛋白独特型抗体结合血小板后会激活补体,破坏血小板。目的:以GPIIb/IIIa抗体为靶抗原,应用生物信息学软件对其CTL、Th细胞表位进行多参数预测。设计、时间及... 详细信息

背景:GPIIb/IIIa是特发性血小板减少性紫癜患者最常见的血小板糖蛋白,已证实该蛋白独特型抗体结合血小板后会激活补体,破坏血小板。目的:以GPIIb/IIIa抗体为靶抗原,应用生物信息学软件对其CTL、Th细胞表位进行多参数预测。设计、时间及地点:开放性实验,于2008-03/08在珠江医院血液科实验室完成。材料:GPIIb/IIIa抗体的氨基酸序列由GENBANK公司提供。方法:分别应用SYFPEITHI,RANKPEP,BIMAS,SVMHC,PREDEP,MHCPRED,PROPRED软件对人和鼠源的血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体蛋白进行HLA-A*0201,HLA-A*1101,HLA-A*2401限制性表位预测,经去除能引起自身免疫的已发表的多肽,取前者覆盖后二者的多肽为混合CTL表位,再联合软件predTAP、TAPPred的TAP结合预测结果,以及NetChop、MAPPP、PAProC软件的蛋白酶切位点预测结果,取能包含二者的多肽为CTL修正表位。用基于肽MHC-Ⅱ结合的算法Syfpeithi,RANKPEP,Mhcpred,HLAPRED进行HLA-DR的Th表位预测,最后取Th表位覆盖CTL修正表位,得到CTL、Th细胞混合表位。结果:从1740条多肽中筛选出5条人源抗人血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体的CTL、Th细胞混合表位肽,即Anti-GPIIb/IIIa-Human的第1-15,24-38,50-64,65-81,109-121位;筛选出5条鼠源抗人血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体的CTL、Th细胞混合表位肽,即Anti-GPIIb/IIIa-Mice的第1-15,26-40,46-60,68-82,93-107位。结论:根据血小板糖蛋白GPIIb/IIIa抗体预测的CTL、Th细胞优势抗原表位,可用于制备特异性抗体,可成为特发性血小板减少性紫癜新疫苗研究的靶点。

关键词：抗原表位生物信息学特发性血小板减少性紫癜

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多囊卵巢综合征卵巢储备功能降低患者肥胖及糖脂代谢特征

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首都医科大学学报 2018年第4期39卷 505-511页

作者：金婧阮祥燕华琳李杨璐王利娟王虎生赵越 Alfred O.Mueck 首都医科大学附属北京妇产医院内分泌科北京100026 德国图宾根大学妇产医院妇女健康部与妇女健康研究中心首都医科大学生物信息学教研室北京100069

目的探讨中国多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)合并卵巢储备功能降低(diminished ovarian reserve,DOR)患者肥胖及糖脂代谢特征。方法选取2015年1月至2017年1月在首都医科大学附属北京妇产医院内分泌科就诊的多囊卵巢综... 详细信息

目的探讨中国多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome,PCOS)合并卵巢储备功能降低(diminished ovarian reserve,DOR)患者肥胖及糖脂代谢特征。方法选取2015年1月至2017年1月在首都医科大学附属北京妇产医院内分泌科就诊的多囊卵巢综合征患者338名(包括PCOS合并DOR功能降低患者57名及单纯PCOS患者281名)及同期就诊的正常对照组70名,记录研究对象的年龄、月经情况,测量其身高、体质量、腰围、臀围,测定基础血清卵泡刺激素(follicle stimulating hormone,FSH)、黄体生成素(luteinizing hormone,LH)、雌二醇(estradiol,E2)、睾酮(testosterone,T)、抗苗勒管激素(anti-Müllerian hormone,AMH)、空腹血糖(fasting plasma glucose,FPG)、空腹胰岛素(fasting insulin,FINS)、三酰甘油(triglyceride,TG)、总胆固醇(total cholesterol,TC)、高密度脂蛋白胆固醇(high density lipoprotein-cholesterol,HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(low density lipoprotein-cholesterol,LDL-C),测量基础窦卵泡数(baseline antral follicle count,b AFC)。对多囊卵巢综合征合并卵巢储备功能低下患者、单纯多囊卵巢综合征及正常对照组的各指标进行比较,并对各组AMH与其他指标进行相关性分析。结果 (1)单纯PCOS患者、PCOS合并DOR患者及正常对照组全身型肥胖(≥25 kg/m2)的发生率分别为38.1%、40.4%及22.9%,腹型肥胖[腰臀比(waist hip ratio,WHR)≥0.85]的发生率分别为46.6%、21.1%及28.6%。PCOS合并DOR患者全身型肥胖率与单纯PCOS患者及正常对照组间的差异均无统计学意义(P>0.05),而腹型肥胖率低于单纯PCOS患者(P<0.05)。(2)PCOS合并DOR患者FPG、FINS、自我平衡模型分析法(homeostasis model assessment,HOMA)-计算胰岛素抵抗(insulin resistivity,IR)与单纯PCOS患者的差异均无统计学意义(P>0.05),而FPG、HOMA-IR均高于正常对照组(P<0.05)。(3)单纯PCOS患者、PCOS合并DOR患者TC、HDL-C及LDL-C均高于正常对照组(P<0.05),PCOS合并DOR患者TC、TG、HDL-C及LDL-C与单纯PCOS患者的差异均无统计学意义(P>0.05)。(4)单纯PCOS患者,AMH与FPG、HOMA-IR呈负相关关系(P<0.05),与HDL-C呈正相关关系(P<0.01);PCOS合并DOR患者AMH与肥胖及糖脂代谢指标均无相关关系(P>0.05);正常对照组AMH仅与HDL-C呈正相关关系(P<0.01)。结论 PCOS合并DOR患者腹型肥胖率低于单纯PCOS患者,其糖脂代谢特征与单纯PCOS患者相似,但AMH与糖脂代谢指标的相关性不同于单纯PCOS患者及正常对照组。

关键词：多囊卵巢综合征卵巢储备功能降低抗苗勒管激素肥胖胰岛素抵抗

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108例汉族人群let-7a基因调控区多态性与糖尿病肾病的相关性分析

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第三军医大学学报 2014年第12期36卷 1312-1316页

作者：周吉彭睿罗勇军李天驹孙艳尹频彭惠民张政重庆医科大学分子医学与肿瘤研究中心细胞生物学及遗传学教研室重庆400016 重庆医科大学生物信息学教研室重庆400016 第三军医大学高原军事医学系军事医学地理学教研室重庆400038 重庆医科大学附属第一医院感染科重庆400016 重庆医科大学实验教学中心重庆400016

目的探寻循环miRNA let-7a与糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)的关系,分析并评估let-7a调控区域单核甘酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)对DN疾病的易感性。方法 Real-time PCR检测病例组及对照组中let-7a的表达水平。生物信息学方法预测并筛选3个位于let-7a前体(let-7a-2)启动子调控区域标签SNP(Tag SNP),采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(RFLP-PCR)法对108例糖尿病肾病(DN)、104例糖尿病(DM)患者及62例健康人对照(CON)3个SNP进行基因分型。结果 Real-time PCR结果显示let-7a在DN、DM、CON三组中表达水平有显著差异(P<0.05)。let-7a-2基因调控区域rs1143770多态位点的CT杂合子基因型在DN、DM、CON三组间有显著差异(P<0.05),且在DM组和DN组CT+TT两基因型均依次较CON组显著升高(P=0.049;P=0.001)。结论 miRNA let-7a可能参与调控DN疾病,其启动子调控区rs1143770多态与中国汉族人群糖尿病肾病相关,可能是个潜在的功能位点。

关键词：糖尿病肾病 miRNA let-7a 单核苷酸多态性

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