检索结果-内蒙古大学图书馆

生物信息学 2008年第4期6卷 145-147页

作者：李彦辉马文财郭政龚雪张敏姚晨王靖哈尔滨医科大学生物信息学系与生物医药省部共建国家重点实验室培育基地哈尔滨150086 电子科技大学生命科学与技术学院生物信息学中心成都610054

对于功能部分已知的前列腺癌相关蛋白质,提出了一种基于Gene Ontology的功能特异的子网构建方法来细化其功能注释。结果显示该方法能够以很高的精确率为前列腺癌相关蛋白质预测更为精细的功能。预测的相关蛋白质的功能对于指导实验研究... 详细信息

对于功能部分已知的前列腺癌相关蛋白质,提出了一种基于Gene Ontology的功能特异的子网构建方法来细化其功能注释。结果显示该方法能够以很高的精确率为前列腺癌相关蛋白质预测更为精细的功能。预测的相关蛋白质的功能对于指导实验研究前列腺癌的分子机制具有重要的价值。

关键词：前列腺癌蛋白质功能蛋白质互作网络 Gene Ontology

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生命科学跨学科整合实验教学的改革和探索

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基础医学教育 2024年第3期26卷 244-248页

作者：陈奇刘刚滕衍斌潘林鑫丁锐申传璞刘晓颖安徽医科大学生命科学学院细胞生物学教研室合肥230032 安徽医科大学生命科学学院生物信息学教研室安徽医科大学生命科学学院生物化学与分子生物学教研室安徽医科大学生命科学学院微生物学与生物工程教研室安徽医科大学药学院中药学教研室

放线菌一直以来都是药物发现的重要来源。学习和掌握放线菌蕴含活性物质的发现、分离等相关专业知识和技能是医科院校生物技术专业的学生的基本要求。鉴于安徽医科大学微生物学实验存在的不足,该校细胞生物学教研室设计开展了以菌株资... 详细信息

放线菌一直以来都是药物发现的重要来源。学习和掌握放线菌蕴含活性物质的发现、分离等相关专业知识和技能是医科院校生物技术专业的学生的基本要求。鉴于安徽医科大学微生物学实验存在的不足,该校细胞生物学教研室设计开展了以菌株资源为主线、实验技能培训为目的跨学科整合实验项目,以项目中药植物土大黄内生放线菌的分离、鉴定为例,采用线上线下混合式以及PBL教学模式,以学生为主体,并采用了相对细化和量化的考核体系对学生进行综合评价。该改革实践有效提升了学生的学习兴趣、动手操作能力、团队协作能力、逻辑思维能力、科研设计能力以及创新能力,可为相关课程改革提供参考。

关键词：生命科学实验教学课程整合教学改革跨学科整合

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微丝骨架结合蛋白在未成熟树突状细胞抗原吞噬过程中的差异表达分析

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医用生物力学 2024年第5期39卷 814-822页

作者：李道红罗代琴曾宪琳张帅徐朴吴翠芳王赟叶远浓胡祖权龙金华曾柱贵州医科大学基础医学院、贵州省细胞免疫治疗工程技术中心/贵州省感染免疫与抗体工程特色重点实验室贵阳550025 贵州医科大学生物与工程学院(健康医药现代产业学院、贵州省高等学校免疫细胞与抗体工程研究中心生物与医学工程重点实验室)贵阳550025 贵州医科大学附属医院介入科贵阳550004 贵州医科大学大健康学院医学信息学教研室生物信息学与生物医学大数据智能挖掘实验室贵阳550025 贵州医科大学附属肿瘤医院头颈肿瘤科贵阳550000

目的探讨未成熟树突状细胞(immature dendritic cells,imDCs)发挥抗原吞噬功能时关键微丝骨架结合蛋白(microfilament cytoskeleton-binding proteins,MCBPs)的差异表达情况。方法从健康人外周血中分离单核细胞(monocytes,MOs),经重组人粒-巨噬细胞集落刺激因子(recombinant human granulocyte-macrophage colony stimulating factor,rhGM-CSF)、重组人白介素-4(recombinant human interleukin-4,rhIL-4)诱导培养6天获得imDCs;将imDCs与低分子量(40 kDa)和高分子量(150 kDa)的右旋糖酐分别孵育1、3和6 h,流式细胞仪检测imDCs吞噬右旋糖酐的比率及免疫表型分子的表达;免疫荧光检测丝状肌动蛋白(filamentous actin,F-actin)及PFN1、WASP、α-actinin在细胞中的定位情况;qPCR和Western blotting分别检测MCBPs在mRNA和蛋白水平的表达差异;最后,基于系统生物学算法中的逐步回归和主成分分析方法筛选成分系数最大的MCBPs。结果在吞噬抗原的过程中,imDCs对低分子量抗原的吞噬速度更快,吞噬时长可维持约3 h,其细胞表型和细胞形态逐渐向mDCs分化,且F-actin发生明显的重塑,PFN1、CDM、WASP、CAPZB、Filamin A、α-actinin等MCBPs的表达下调,WAVE1、Arp2/3复合体、Fascin的表达上调;信号蛋白Rac1的mRNA表达上调,CDC42和RhoA的mRNA表达下调;免疫荧光结果显示,PFN1、WASP、α-actinin在imDCs吞噬抗原过程中发生转位;逐步回归和主成分分析结果显示PFN1的成分系数最大。结论PFN1可能是imDCs吞噬抗原过程中的关键MCBPs,这对于深入理解imDCs细胞骨架结构变化与免疫学功能之间的关系具有重要意义。

关键词：未成熟树突状细胞吞噬微丝骨架微丝骨架结合蛋白系统生物学

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微粒体环氧化物水解酶1和谷胱甘肽S-转移酶P1与中国北方汉族慢性阻塞性肺疾病及其肺功能表型的相关性

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中国老年学杂志 2019年第8期39卷 1860-1865页

作者：安立林英翔张鸿逯勇张曙华琳首都医科大学附属北京朝阳医院呼吸与危重症医学科北京市呼吸疾病研究所北京市呼吸与危重症诊治工程技术研究中心北京100020 首都医科大学生物医学工程学院数学与生物信息学教研室

目的研究微粒体环氧化物水解酶(EPHX)1和谷胱甘肽S-转移酶(GST)P1在中国北方汉族人群中对慢性阻塞性肺疾病(COPD)易感性及其肺功能表型的影响。方法 310例中国北方汉族COPD患者和203例健康对照者进行肺功能表型测定,应用等位基因特异性... 详细信息

目的研究微粒体环氧化物水解酶(EPHX)1和谷胱甘肽S-转移酶(GST)P1在中国北方汉族人群中对慢性阻塞性肺疾病(COPD)易感性及其肺功能表型的影响。方法 310例中国北方汉族COPD患者和203例健康对照者进行肺功能表型测定,应用等位基因特异性杂交法对EPHX1和GSTP1两个基因的13个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因分型。采用Logistic回归和直线回归分析分别在显性、隐性和加性遗传模型下明确13个SNPs与COPD易感性及其肺功能表型之间的关系。结果 (1)EPHX1的1个SNP位点(rs3766934)和GSTP1的1个SNP位点(rs36211088)的等位基因分布在COPD组和对照组中有明显差别(P<0.05);(2)经过年龄、性别和吸烟指数的校正,并经Bonferroni多重检验后未发现与COPD易感性显著相关的SNPs位点;(3)EPHX1的rs3766934及GSTP1的rs36211088分别与较高的第1秒用力呼气容积(FEV1)值明显相关(P_(Bon)<0.05);EPHX1上的rs3766934和rs3738040分别与较高的FEV1/用力肺活量(FVC)显著相关(P_(Bon)<0.05);(4)单体型分析发现EPHX1的2个单体型及GSTP1的1个单体型分别与COPD易感性相关(P_(specific)<0.05);EPHX1的4个单体型及GSTP1的1个单体型分别与基线FEV1和FEV1/FVC显著相关(P<0.05)。其中相关性最强的单体型中包含有前述与COPD易感和肺功能表型相关的阳性位点。结论在中国北方汉族中EPHX1和GSTP1的基因多态性可能与肺功能表型相关。

关键词：慢性阻塞性肺疾病肺功能遗传学

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临床标本呼吸道病毒感染检测与腺病毒分离鉴定

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哈尔滨医科大学学报 2019年第2期53卷 116-121页

作者：曲丽欣李烨张哲董妥王迎晨商蕾高虹 O.N.Reva V.I.Zlobin 曲章义哈尔滨医科大学卫生微生物学教研室黑龙江哈尔滨150081 比勒陀利亚大学生物信息学与计算生物学部生物化学系比勒陀利亚南非0002 俄罗斯伊尔库茨克国立医科大学生物医学技术研究所俄罗斯伊尔库茨克664003

目的了解哈尔滨地区住院患者呼吸道病毒感染状况及流行趋势,为疾病防治和腺病毒流行监测提供参考。方法采用直接免疫荧光法,检测2017年3月~2018年2月哈尔滨地区住院患者痰液标本呼吸道病毒的感染情况。选择1例腺病毒阳性标本利用空斑实... 详细信息

目的了解哈尔滨地区住院患者呼吸道病毒感染状况及流行趋势,为疾病防治和腺病毒流行监测提供参考。方法采用直接免疫荧光法,检测2017年3月~2018年2月哈尔滨地区住院患者痰液标本呼吸道病毒的感染情况。选择1例腺病毒阳性标本利用空斑实验进行分离纯化,利用PCR扩增六邻体L1区、纤突和E1A区并进行PCR产物序列测定和Blast比对分析鉴定型别。结果七种常见呼吸道病毒检测总体阳性率为14.36%。呼吸道合胞病毒阳性率最高为4.18%,腺病毒阳性率为1.82%。不同季节病毒检测阳性率差异有统计学意义(P<0.05)。从腺病毒检测阳性标本中分离到一株人腺病毒毒株,进行PCR产物测序和分析,初步鉴定该毒株为人腺病毒3型。结论哈尔滨地区呼吸道病毒感染的病原体主要以呼吸道合胞病毒为主。呼吸道病毒感染流行季节为冬春季节,应加强哈尔滨地区呼吸道病毒流行情况监测。

关键词：呼吸道病毒直接免疫荧光腺病毒病毒培养

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从巨量基因数据中提取有效信息的研究

从巨量基因数据中提取有效信息的研究

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2003年中国博士后生命科学学术研讨会暨院士论坛

作者：江荣才浦佩玉喻辉屠康郭政李霞解放军254医院神经外科天津 300142 天津医科大学总医院神经外科天津 300000 哈尔滨医科大学生物信息学研究室哈尔滨150086

目的：探讨从巨量微阵列基因数据中提取有效信息的方法。方法：以人肿瘤cDNA微阵列1.2分析并获得间变性星形细胞瘤和正常脑组织的差异表达基因数据,进行CityBlock距离和平均距离法的聚类分析,然后将所获得的各类基因信息以超几何分... 详细信息

目的：探讨从巨量微阵列基因数据中提取有效信息的方法。方法：以人肿瘤cDNA微阵列1.2分析并获得间变性星形细胞瘤和正常脑组织的差异表达基因数据,进行CityBlock距离和平均距离法的聚类分析,然后将所获得的各类基因信息以超几何分布计算概率法链接到GO数据库中,以基因通路方式对这些基因在GO数据库中的差异显著程度进行评价。结果：从数以千计的基因数据中获得了121个差异显示基因并分成6类,这6类基因的生物学功能基本与该肿瘤的生物学特点符合。链接到GO数据库中后,提示Rho蛋白信号转导、蛋白区域特异结合基因、磷脂酶抑制子、Rho小单体GTP酶、3磷酸肌醇依赖蛋白激酶和一组分子功能未知基因等6个基因通路差异表达最显著。结论：应用生物信息学方法对微阵列研究获得的基因信息进行进一步分析,有利于提取巨量基因数据中的有效信息。

关键词：聚类分析 GO数据库 cDNA微阵列间变性星形细胞瘤

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应用聚类分析和GO数据库分析间变性星形细胞瘤的微阵列数据

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中国实验诊断学 2004年第1期8卷 8-11页

作者：江荣才喻辉浦佩玉屠康郭政李霞焦宝华于士柱申长虹天津医科大学总医院神经外科天津300052 哈尔滨医科大学生物信息学中心和哈尔滨基太生物芯片有限责任公司河北医科大学第二附属医院神经外科天津医科大学总医院神经病理研究室

目的　探讨从巨量的微阵列基因数据中挖掘肿瘤相关分子机理及功能信息 ;方法　以人肿瘤cDNA微阵列1 2分析并获得间变性星形细胞瘤和正常脑组织的差异表达基因数据 ,进行基于CityBlock距离和平均距离法的聚类分析 ,应用超几何分布的概率... 详细信息

目的　探讨从巨量的微阵列基因数据中挖掘肿瘤相关分子机理及功能信息 ;方法　以人肿瘤cDNA微阵列1 2分析并获得间变性星形细胞瘤和正常脑组织的差异表达基因数据 ,进行基于CityBlock距离和平均距离法的聚类分析 ,应用超几何分布的概率模型计算聚类分析所得的各基因类与GO数据库注释的各基因功能类之间的随机关联概率 ,给各基因类标以显著关联的GO数据库的功能类标签。结果　从数以千计的基因数据中获得了 12 1个差异显示基因并分成 6类 ,这 6类基因的生物学功能基本与该肿瘤的生物学特点符合。GO数据库中 6个基因通路功能类分别与该分类相关度最大。结论　应用聚类分析方法和GO数据库对微阵列研究获得的基因信息进行进一步分析 ,有利于提取巨量基因数据中的有效信息 ,可能提供进一步研究的有价值线索。

关键词： GO数据库星形细胞瘤微阵列数据 eDNA微阵列聚类分析生物信息学

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人腺病毒六邻体高变区蛋白的亚克隆表达及纯化

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国际免疫学杂志 2019年第3期42卷 229-234页

作者：李烨曲丽欣董妥王迎晨张哲杜溪乔路冰高虹商蕾李宇 O.N.Reva V.I.Zlobin 曲章义哈尔滨医科大学公共卫生学院卫生微生物学教研室 150081 哈尔滨医科大学中俄医学研究中心环境相关疾病研究所自然疫源性疾病研究室 150081 比勒陀利亚大学生物信息学与计算生物学部生物化学系南非比勒陀利亚0002 俄罗斯伊尔库茨克国立医科大学生物医学技术研究所俄罗斯伊尔库茨克664003

目的克隆表达人腺病六邻体高变区片段,了解其结构和功能,为研发腺病毒基因工程重组疫苗奠定基础。方法根据生物信息学软件预测的腺病毒六邻体的高变区域,选择目标基因,设计其对应的引物,并以团队保存的人腺病毒六邻体核酸序列为模板,聚... 详细信息

目的克隆表达人腺病六邻体高变区片段,了解其结构和功能,为研发腺病毒基因工程重组疫苗奠定基础。方法根据生物信息学软件预测的腺病毒六邻体的高变区域,选择目标基因,设计其对应的引物,并以团队保存的人腺病毒六邻体核酸序列为模板,聚合酶链反应扩增目标基因,定向插入载体pQE32中构建工程质粒。通过酶切和基因测序鉴定阳性工程质粒,并诱导其在大肠杆菌M15中高效表达带有组氨酸标记的靶蛋白,应用镍树脂亲和层析的方法分离纯化靶蛋白。结果构建了含有人腺病毒六邻体高变区片段的重组质粒,同时探索出其在大肠杆菌M15中高效表达的条件,纯化目标蛋白,其分子量约为188000,与应用生物信息学分析预测的结果相同。结论成功地克隆、表达和纯化了人腺病毒六邻体高变区片段。

关键词：人腺病毒六邻体高变区片段蛋白质表达蛋白质纯化

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血清miR-34a表达水平预测乳腺癌新辅助化疗疗效

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解剖科学进展 2017年第5期23卷 467-470,474页

作者：何春波宿菲齐秀英游凯刘利华张雅芳张建国刘宝全哈尔滨医科大学附属第四医院放化疗科黑龙江哈尔滨150081 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院黑龙江哈尔滨150081 哈尔滨医科大学解剖学教研室黑龙江哈尔滨150081 哈尔滨医科大学附属第二医院乳腺外科黑龙江哈尔滨150081 西藏藏医学院现代医药学教研室西藏拉萨850000

目的探讨血清miR-34a对乳腺癌新辅助化疗疗效的预测价值。方法本研究包括78名确诊的原发性乳腺癌患者和30名健康志愿者。每位患者在化疗开始前,第二个周期结束和新辅助化疗结束时抽取6ml静脉血。实时定量PCR检测血清miR-34a的表达,其与... 详细信息

目的探讨血清miR-34a对乳腺癌新辅助化疗疗效的预测价值。方法本研究包括78名确诊的原发性乳腺癌患者和30名健康志愿者。每位患者在化疗开始前,第二个周期结束和新辅助化疗结束时抽取6ml静脉血。实时定量PCR检测血清miR-34a的表达,其与化疗响应的关系被分析。结果血清miR-34a的表达水平在乳腺癌患者化疗开始前显著高于健康志愿者。在治疗有效组和无效组,血清miR-34a的表达水平在化疗开始前,两周期结束时和化疗结束时均无显著差异。而血清miR-34a表达水平的变化是与治疗反应显著相关的。在治疗有效组,患者的血清miR-34a水平在化疗第二周期后和化疗结束时均低于化疗开始前(P=0.023和P=0.036),而无效组无显著变化。ROC曲线显示血清miR-34a表达水平的变化能准确地预测新辅助化疗的疗效。结论血清miR-34a是一个新的、非侵入性的生物标记物,能够准确地预测乳腺癌新辅助化疗的疗效。

关键词：乳腺癌新辅助化疗血清miR-34a

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阻塞性睡眠呼吸暂停综合征的危险因素

阻塞性睡眠呼吸暂停综合征的危险因素

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首都医科大学生物医学工程学科学术年会

作者：冯丹刘红首都医科大学09级七年制临床专业3班北京100069 首都医科大学生物医学工程学院数学与生物信息学教研室

阻塞性睡眠呼吸暂停综合征(Obstructive sleep apnea syndrome,OSAS)是一种常见、易被人们忽视的睡眠障碍疾病.OSAS可引起患者心、脑、肺血管的并发症及导致多脏器损伤,严重影响患者的生活质量和寿命.OSAS的危险因素很多,从解剖特征、... 详细信息

阻塞性睡眠呼吸暂停综合征(Obstructive sleep apnea syndrome,OSAS)是一种常见、易被人们忽视的睡眠障碍疾病.OSAS可引起患者心、脑、肺血管的并发症及导致多脏器损伤,严重影响患者的生活质量和寿命.OSAS的危险因素很多,从解剖特征、遗传、肥胖、年龄和性别及吸烟、酗酒与OSAS发生的关系进行综述,让人们了解相关的预防知识.

关键词：阻塞性睡眠呼吸暂停综合征发病机制疾病预防

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