检索结果-内蒙古大学图书馆

刍议化学信息软件在药物设计学教学中的应用

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知音励志 2016年第10期 132-132页

作者：解鸿波张德楠刘磊庞林陈秀杰哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院药物基因组学教研室

药物设计学是药学领域中的一门综合性学科,从药学的基本理论入手开发新型药物。药物化学结构的介绍是药物设计学课程中必不可少的内容,本文介绍了几种主要的化学信息软件,并探讨了这些软件在药物设计学教学中的实际应用。

关键词：化学信息学药物设计化学结构

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Tau蛋白激酶及其抑制剂的研究进展

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中国药物化学杂志 2015年第3期25卷 221-230页

作者：解鸿波陈秀杰刘磊杨瑞智张德楠哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院药物基因组教研室黑龙江哈尔滨150086

阿尔茨海默病是一种常见的原发性中枢神经系统退行性疾病,其病理学机制较为复杂。研究发现,过度磷酸化的Tau蛋白聚集是阿尔茨海默病神经病理学损伤的一个标志性特征,因此利用药物调节Tau蛋白的过度磷酸化成为治疗阿尔茨海默病的一种有... 详细信息

阿尔茨海默病是一种常见的原发性中枢神经系统退行性疾病,其病理学机制较为复杂。研究发现,过度磷酸化的Tau蛋白聚集是阿尔茨海默病神经病理学损伤的一个标志性特征,因此利用药物调节Tau蛋白的过度磷酸化成为治疗阿尔茨海默病的一种有效策略。本文重点介绍了影响Tau蛋白过度磷酸化的两种重要蛋白激酶GSK-3β(糖原合成酶激酶-3β)和CDK5(细胞周期素依赖蛋白激酶5),以及近年来针对这两种激酶设计的不同结构类型的小分子抑制剂,并对其构效关系进行综述。

关键词： Tau蛋白阿尔茨海默病糖原合成酶激酶-3β 细胞周期素依赖蛋白激酶5

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人类CD4^+T细胞核小体定位模式及其与TFBS分布特征关系研究

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哈尔滨医科大学学报 2014年第1期48卷 36-39页

作者：蓝贤梅黄艳崔颖哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院系统生物学教研室

目的研究人类CD4+T细胞全基因组核小体抑制和激活状态下的定位模式,转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)分布特征以及两者之间的关系。方法采用生物信息学软件R、Java等通过编写比对算法进行统计学分析。结果人类... 详细信息

目的研究人类CD4+T细胞全基因组核小体抑制和激活状态下的定位模式,转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)分布特征以及两者之间的关系。方法采用生物信息学软件R、Java等通过编写比对算法进行统计学分析。结果人类CD4+T细胞中核小体定位在染色质上的分布比例为0.6,从休眠到激活状态核小体定位发生位置改变,呈现稳定定位模式和动态定位模式,且比例分别为2%和98%,核小体定位具有较大的动态变化性;核小体定位与TFBS位置关系研究中,发现分布在核小体内的TFBS数目较大,但总体长度较短;而分布在连接DNA上的TFBS数目相对较少,但总体长度较长。结论人类CD4+T细胞休眠和激活状态下全基因组的核小体定位模式基本一致,核小体定位与TFBS关系有明显特征。

关键词：核小体定位 CD4+T细胞转录因子结合位点定位模式

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基于人类信号转导网络与Toll样受体信号通路挖掘心血管疾病风险基因

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国际免疫学杂志 2014年第1期37卷 69-73页

作者：侯敏徐松杜悠雯黄昊李琬陈丽娜哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院生物物理教研室 150081

目的挖掘潜在的心血管疾病风险基因，为疾病的预防、诊断和治疗提供一定的参考。方法根据人类信号转导网络、心血管疾病相关的Toll样受体信号通路以及相关的表达谱信息，以网络motif及其包含的基因为研究对象，采用基因芯片显著性分析... 详细信息

目的挖掘潜在的心血管疾病风险基因，为疾病的预防、诊断和治疗提供一定的参考。方法根据人类信号转导网络、心血管疾病相关的Toll样受体信号通路以及相关的表达谱信息，以网络motif及其包含的基因为研究对象，采用基因芯片显著性分析、网络motif筛选以及基因功能富集分析等方法对候选基因进行分析。结果经分析得到21个潜在的心血管疾病风险基因，有12个为已知心血管疾病风险基因。结论对所发现的潜在心血管疾病风险基因进行研究，以阐明心血管疾病发病机制有重要的生物学意义。

关键词：心血管疾病 Toll样受体信号转导网络风险基因

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序列和功能信息介导的蛋白质互作特征评价与数据库构建

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国际遗传学杂志 2014年第5期37卷 230-235页

作者：李晋陈曦林效宗杨欢张瑞杰王丽美哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院统计遗传学教研室哈尔滨医科大学附属第二医院急诊创伤外科哈尔滨医科大学基础医学院计算机教研室

目的蛋白质相互作用研究对于理解DNA功能、基因组元件作用机制有重要意义。已有大量工作在从蛋白质-蛋白质互作的计算预测方向展开,其中蛋白质-蛋白质互作的特征起着很重要的作用。互作特征的评价及相关数据库构建仍是蛋白质互作预测的... 详细信息

目的蛋白质相互作用研究对于理解DNA功能、基因组元件作用机制有重要意义。已有大量工作在从蛋白质-蛋白质互作的计算预测方向展开,其中蛋白质-蛋白质互作的特征起着很重要的作用。互作特征的评价及相关数据库构建仍是蛋白质互作预测的一项重要工作。方法该文从基因、蛋白质序列、功能信息层面提取出人类蛋白质-蛋白质对的27个特征,并应用于多种分类器,利用ROC曲线对特征的性能给出了科学的评价。结果通过研究发现逻辑回归和贝叶斯网络分类效果最好,生物过程、细胞组分、分子功能、基因表达值、组织、域间互作的可用性明显高于其他特征,同时构建了人类蛋白质互作特征数据库,供广大科研工作者使用。结论从多角度评价了特征可用性,得到了表现较优的特征,但是对于其中一些特征,还需要进一步提高覆盖率,从而达到更好的效果。

关键词：蛋白质-蛋白质互作机器学习特征评价数据库

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VEGF-A和C在人结肠癌淋巴管生成和淋巴道转移中的作用

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解剖科学进展 2014年第5期20卷 425-428页

作者：陈一凡宿菲陈明伟马晶张雅芳刘宝全哈尔滨医科大学解剖学教研室哈尔滨150081 哈尔滨市第五医院哈尔滨150040 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150081

目的分析血管内皮生长因子(VEGF)-A和VEGF-C在人结肠癌组织的表达及与结肠癌淋巴管生成和淋巴道转移的关系。方法取人结肠癌组织91例,应用免疫组化方法检测VEGF-A和VEGF-C在结肠癌组织中的表达。应用D2-40标记结肠癌组织的淋巴管,观察... 详细信息

目的分析血管内皮生长因子(VEGF)-A和VEGF-C在人结肠癌组织的表达及与结肠癌淋巴管生成和淋巴道转移的关系。方法取人结肠癌组织91例,应用免疫组化方法检测VEGF-A和VEGF-C在结肠癌组织中的表达。应用D2-40标记结肠癌组织的淋巴管,观察结肠癌组织的淋巴管生成情况。结果结肠癌组织中VEGF-A和VEGF-C的表达水平明显高于正常组织,VEGF-A和VEGF-C表达阳性的结肠癌组织的淋巴管密度(LVD)明显高于阴性组织,VEGF-A和VEGF-C的表达及LVD均与淋巴结转移及Duke's分期相关。结论结肠癌组织VEGF-A和VEGF-C过表达与结肠癌的淋巴管生成和淋巴道转移相关。

关键词：血管内皮生长因子人结肠癌淋巴管转移

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三臂非劣效性设计生存时间数据的半参数统计推断方法

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中国卫生统计 2013年第4期30卷 476-479,483页

作者：李轶群吴莹侯艳哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院 150086 哈尔滨医科大学卫生统计学教研室

目的推荐并改进一种用于新药临床试验中生存分析三臂非劣效性设计的半参数统计推断方法。方法采用Cox比例风险模型建立用于生存时间数据的三臂非劣效检验方法,通过模拟试验验证该方法的有效性,并给出样本含量估计的R语言程序。结果模拟... 详细信息

目的推荐并改进一种用于新药临床试验中生存分析三臂非劣效性设计的半参数统计推断方法。方法采用Cox比例风险模型建立用于生存时间数据的三臂非劣效检验方法,通过模拟试验验证该方法的有效性,并给出样本含量估计的R语言程序。结果模拟试验结果证实,在样本删失风险率维持在一定水平时,三臂Cox模型能有效地控制I类错误发生概率,并保证较高的检验效能,实际应用简单有效。结论本文推荐的方法,可以有效地应用于三臂生存时间数据的非劣效性研究。

关键词：临床试验三臂非劣效生存分析 Cox模型

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卵巢癌发生过程中microRNA作用机制的研究进展

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国际遗传学杂志 2013年第3期36卷 128-132页

作者：王乐天宁尚伟李亦学哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院生物信息学教研室

MicroRNA(miRNA)是一类进化上高度保守的内源性非编码RNA,具有重要的转录后调控功能,参与生物体发育、生理代谢等重要的生物学过程,并在肿瘤等复杂疾病的发生发展过程中起关键性作用。作为严重威胁女性健康的恶性肿瘤,卵巢癌的发病率逐... 详细信息

MicroRNA(miRNA)是一类进化上高度保守的内源性非编码RNA,具有重要的转录后调控功能,参与生物体发育、生理代谢等重要的生物学过程,并在肿瘤等复杂疾病的发生发展过程中起关键性作用。作为严重威胁女性健康的恶性肿瘤,卵巢癌的发病率逐年递增。研究表明,miRNA在卵巢癌的发生发展过程中往往呈现异常表达状态,这提示miRNA可能与卵巢癌的发病机制密切相关。探索miRNA在卵巢癌中的作用方式,对于阐明卵巢癌的发病机制具有重要的意义,也将对卵巢癌的早期筛查及诊疗方法提供重要的理论依据。该文就miRNA在卵巢癌中的研究进展作一综述,从转录后调控层面阐释卵巢癌的发病机制。

关键词： MicroRNA 卵巢癌转录后调控表达抑制

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以学生为主体的医学统计学教学实践

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基础医学教育 2013年第12期15卷 1064-1066页

作者：李晋姜永帅张瑞杰张明明吕洪超尚振伟李霞哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院统计遗传学教研室哈尔滨150081

医学统计学是基础医学七年制专业的专业基础课之一。为了提高学生的理论基础和实践能力,解决以往重理论轻实践的问题,强调以学生为主体,通过让学生自学、讨论、试讲、提问,教师补充讲解的方式来改革课程教学方式。实践证明,该方法大大... 详细信息

医学统计学是基础医学七年制专业的专业基础课之一。为了提高学生的理论基础和实践能力,解决以往重理论轻实践的问题,强调以学生为主体,通过让学生自学、讨论、试讲、提问,教师补充讲解的方式来改革课程教学方式。实践证明,该方法大大提高了学生的学习积极性,得到了很好的教学效果。

关键词：医学统计学教学实践以学生为主体教学

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血管内皮生长因子D在小鼠碱烧伤后角膜的表达及其作用

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解剖科学进展 2013年第6期19卷 542-544页

作者：刘宝全王建堃付志军马晶张雅芳宿菲肖建兵哈尔滨医科大学人体解剖学教研室黑龙江哈尔滨150081 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院黑龙江哈尔滨150081

目的观察血管内皮生长因子D(VEGF-D)在小鼠角膜碱烧伤后不同时间角膜组织内的表达,探讨VEGF-D在小鼠角膜碱烧伤后新生淋巴管形成过程中的作用。方法制作小鼠角膜碱烧伤模型,分别于碱烧伤后1d、3d、5d、7d、12d和18d取材。应用免疫组化S... 详细信息

目的观察血管内皮生长因子D(VEGF-D)在小鼠角膜碱烧伤后不同时间角膜组织内的表达,探讨VEGF-D在小鼠角膜碱烧伤后新生淋巴管形成过程中的作用。方法制作小鼠角膜碱烧伤模型,分别于碱烧伤后1d、3d、5d、7d、12d和18d取材。应用免疫组化SP法观察VEGF-D在正常角膜和碱烧伤后不同时间角膜内的表达,应用淋巴管内皮透明质酸受体1(LYVE-1)标记淋巴管,观察小鼠碱烧伤角膜内新生淋巴管的形成情况。结果碱烧伤后1d、3d、5d,角膜内VEGF-D表达水平明显高于正常角膜(P<0.01),于碱烧伤后3d,表达达到高峰。碱烧伤后7d,VEGF-D的表达下降至正常水平。在碱烧伤角膜内,可见阳性表达LYVE-1的新生淋巴管。结论 VEGF-D过表达可能参与小鼠角膜碱烧伤后新生淋巴管形成过程。

关键词：血管内皮生长因子D 角膜碱烧伤淋巴管新生小鼠

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