检索结果-内蒙古大学图书馆

实用医技杂志 2025年第3期32卷 218-221,F0003页

作者：李晓明赖煜灵张奕陈明慧哈佳慧康小文哈尔滨医科大学附属第二医院临床医学院哈尔滨150081 哈尔滨医科大学口腔医学院哈尔滨150007 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150086 哈尔滨医科大学附属第一医院临床医学院哈尔滨150007 哈尔滨医科大学附属第二医院呼吸内科哈尔滨150081

目的设计新型支气管镜检查麻醉用喷雾喷头及装置。方法设计喷雾装置结构,将喷雾装置应用于支气管镜检查中,并进行实验测试喷头性能。结果可形成有效喷雾,实现黏膜表面麻醉,其效率高、成本低、结构简单,操作方便,可长期、重复使用,符合... 详细信息

目的设计新型支气管镜检查麻醉用喷雾喷头及装置。方法设计喷雾装置结构,将喷雾装置应用于支气管镜检查中,并进行实验测试喷头性能。结果可形成有效喷雾,实现黏膜表面麻醉,其效率高、成本低、结构简单,操作方便,可长期、重复使用,符合患者及家属的期望,可节约资源。结论在传统支气管镜检查麻醉方法效果不佳的临床背景下,本麻醉装置因其高效性、便捷性、舒适度等综合优势,支气管镜检查麻醉用喷雾喷头及装置具有极大的潜在竞争优势和应用前景。

关键词：支气管镜检查黏膜表面麻醉不良反应新型麻醉喷雾装置

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DNMT1在人类肿瘤中致癌作用的泛癌分析

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生命的化学 2025年第2期45卷 349-365页

作者：董鑫宇宿菲李明刘琪高巍哈尔滨医科大学附属第一医院哈尔滨150006 哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150081 中国疾病预防控制中心地方病控制中心哈尔滨150081 哈尔滨医科大学大庆校区医学检验与技术学院大庆163000 中国遗传资源保存与疾病控制重点实验室(哈尔滨医科大学) 哈尔滨150081 哈尔滨医科大学基础医学院医学遗传学实验室哈尔滨150081 阿拉巴马大学伯明翰分校儿科美国阿拉巴马州35294

本文采用泛癌分析研究DNA甲基转移酶1(DNA methyltransferase 1,DNMT1)基因在不同肿瘤组织中的表达与变异情况,总结其对肿瘤组织影响的证据及其与患者肿瘤发生、预后、免疫微环境等方面之间的关系,并探讨其临床意义,确定了DNMT1在癌症... 详细信息

本文采用泛癌分析研究DNA甲基转移酶1(DNA methyltransferase 1,DNMT1)基因在不同肿瘤组织中的表达与变异情况,总结其对肿瘤组织影响的证据及其与患者肿瘤发生、预后、免疫微环境等方面之间的关系,并探讨其临床意义,确定了DNMT1在癌症研究中的潜在价值。通过对TCGA数据库、GEO数据库和cBioPortal数据库等进行挖掘,利用TIMER2、STRING、GEPIA2、Venn等工具将DNMT1基因在不同肿瘤组织中的突变和表达、患者预后、免疫浸润等进行可视化分析。结果显示,与正常组织相比,15种肿瘤组织中的DNMT1表达显著升高,且表达水平随着分期级别的增加而升高,差异具有显著性(P<0.05)。此外,研究人员还发现了DNMT1表达与各种肿瘤预后的相关性。在人乳头状瘤病毒阳性头颈鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma-human papillomavirus,HNSC-HPV)中观察到成纤维细胞免疫浸润与DNMT1的表达之间存在强烈的正相关关系(P<0.05,R>0.8);另外,在大量肿瘤组织中DNMT1的表达与Th2细胞的免疫浸润呈正相关(P<0.05,R>0.5)。DNMT1的泛癌分析确定了其在多种肿瘤组织中表达情况呈现异常状态,且DNMT1基因与癌症患者的基因突变、临床预后、免疫细胞浸润等均有相关性。因此,DNMT1被认为是一个有效的肿瘤预后生物标志物,可能为临床治疗方案提供指导。

关键词： DNA甲基转移酶1 泛癌分析预后生物标志物

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GO功能类与基因差异表达的关联规则挖掘算法

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生物化学与生物物理进展 2004年第8期31卷 705-711页

作者：屠康喻辉郭政李霞哈尔滨医科大学生物信息系哈尔滨150086

针对基因功能分类体系GeneOntology的层次结构特点 ,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发“挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合”软件 (RuleGO) .RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入 ,输出组合特征功能... 详细信息

针对基因功能分类体系GeneOntology的层次结构特点 ,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发“挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合”软件 (RuleGO) .RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入 ,输出组合特征功能类与基因差异表达现象的关联规则 ,有助于解释基因差异表达现象的本质原因 ,如疾病发病机制、药物作用机理等 .将RuleGO和OntoExpress应用在结肠癌和腺癌表达谱数据集上 ,结果显示 ,RuleGO比OntoExpress能发现更多的与差异表达现象关联的特征功能类 ,更能看到在OntoExpress上不能发现的组合特征功能类 .另外 ,结果显示 ,将规则的置信度和支持度要求设置较高时 ,一般只有组合功能类才能满足要求 ,这提示在基因表达谱分析中不宜采用单个角度的单个功能分类单元。

关键词：基因表达谱差异表达关联规则 Gene Ontology 基因芯片技术

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基于表达及网络拓扑结构挖掘动脉粥样硬化风险疾病基因

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生物化学与生物物理进展 2010年第8期37卷 916-922页

作者：王宏曲晓莉赵研张静陈丽娜哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150086

基于功能基因组信息、网络拓扑结构信息整合分析方法,利用基因表达谱数据和蛋白质互作数据挖掘动脉粥样硬化(AS)风险疾病基因,为从基因组层面研究动脉粥样硬化提供了新的视角.经过差异表达分析,支持向量机(SVM)的机器学习方法双重筛选,... 详细信息

基于功能基因组信息、网络拓扑结构信息整合分析方法,利用基因表达谱数据和蛋白质互作数据挖掘动脉粥样硬化(AS)风险疾病基因,为从基因组层面研究动脉粥样硬化提供了新的视角.经过差异表达分析,支持向量机(SVM)的机器学习方法双重筛选,可以鉴别出可信度水平较高的风险疾病基因,对于研究动脉粥样硬化疾病基因在网络中的拓扑性质,建立基因与疾病发生发展过程的联系,提供了新的思路.得到了巨噬细胞样本中59个风险疾病基因,泡沫细胞中61个风险疾病基因.这些风险基因与已知疾病基因共享大部分动脉粥样硬化病变相关生物学过程及信号通路.并应用到对其他复杂疾病致病机理的研究中。

关键词：动脉粥样硬化差异表达网络拓扑特征支持向量机

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基于全局角度网络策略的复杂疾病风险通路识别

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生物化学与生物物理进展 2015年第3期42卷 286-296页

作者：邓莉莉许艳军张春龙姚茜岚冯丽李春权哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150081

复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组... 详细信息

复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组成信息构建复杂的蛋白质-通路网.然后,基于表达谱数据,通过随机游走算法从全局层面优化疾病风险通路.最终,通过扰动方式识别统计学显著的风险通路.将该网络运用于结肠直肠癌风险通路识别,识别出15个与结肠直肠癌发生与发展过程显著相关的通路.通过与其他通路识别方法(超几何检验,SPIA)相比较,该方法能够更有效识别出疾病相关的风险通路.

关键词：风险通路蛋白质-通路网蛋白质互作随机游走

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基于功能一致性和网络拓扑属性预测冠心病致病基因

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生物化学与生物物理进展 2009年第6期36卷 781-786页

作者：赵研陈丽娜张良才王倩尚玉奎王宏李琬哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150081

基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要.基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并... 详细信息

基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要.基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因.预测出了51个新的冠心病致病基因,分析发现大部分基因参与了冠心病的致病过程.为疾病基因的挖掘提出一个新的思路,从而有助于复杂疾病致病机理的研究.

关键词：网络拓扑性质共定位特性功能富集分析功能一致性

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基于基因表达变异性的通路富集方法研究

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生物化学与生物物理进展 2013年第12期40卷 1256-1264页

作者：贾晓东陈秀杰吴欣徐建凯谭福建刘香琼刘磊杨瑞智哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院哈尔滨150086 哈尔滨医科大学附属第三医院哈尔滨150086

当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同... 详细信息

当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同表型中存在差异.本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响.研究结果表明:5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法 11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA).综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角.

关键词：变异性通路富集分析预处理方法

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Oligo基因芯片的异常值处理对有监督疾病分类的影响

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中国生物医学工程学报 2008年第1期27卷 69-75页

作者：吕莹丽王栋郭政于梁梁李彦辉朱晶王晨光哈尔滨医科大学生物信息学系哈尔滨150086

基因芯片实验产生的表达谱数据中存在大量不合格的检测点,对异常值的不同处理,对于有监督疾病分类结果的影响很大。针对此问题,在Oligo芯片数据中,在表达水平层面,通常对检测值做最大值和最小值的预处理后,进行后续分析。本研究选取了四... 详细信息

基因芯片实验产生的表达谱数据中存在大量不合格的检测点,对异常值的不同处理,对于有监督疾病分类结果的影响很大。针对此问题,在Oligo芯片数据中,在表达水平层面,通常对检测值做最大值和最小值的预处理后,进行后续分析。本研究选取了四套Oligo芯片数据集,采用不同限定芯片数据中最大值和最小值的方法,考察支持向量机、K近邻、决策树三种分类器对分类疾病样本效能的影响程度。结果显示:Dudoit等限定最大值和最小值分别为16000和100是一种合理的策略,可以达到很好的分类效果。同时发现对于小于100的检测值较多的数据集,采用限定最小值为10的策略同样能得到很好的分类效果,并可以为后续分析保留更多的原始数据。因此,合理限制Oligo芯片中的异常值,对于提高疾病分型是一种较好的策略。进一步采用功能表达谱方法,构造反映功能结点中全部注释基因的总体表达状态的均值或中值指标,利用构建的功能表达谱进行分类分析。发现不同异常值的限定方法对基于功能表达谱进行分类得到的准确率的影响较小,可以获得较稳定的分类结果。

关键词：基因表达谱异常值分类功能表达谱

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基因功能预测问题中的样本不平衡处理

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中国生物医学工程学报 2006年第2期25卷 158-162,177页

作者：朱明珠郭政李霞刘帅李彦辉高磊哈尔滨医科大学生物信息学系哈尔滨150086

应用机器学习进行分类是基因功能预测的一种重要手段。但是许多预测集中的阳性样本过少,会降低功能预测的效果。针对此问题,本研究对结合支持向量机(SVM)算法的几种常用非平衡数据分类方法进行实验比较,包括投票整合分类器和移动分类面... 详细信息

应用机器学习进行分类是基因功能预测的一种重要手段。但是许多预测集中的阳性样本过少,会降低功能预测的效果。针对此问题,本研究对结合支持向量机(SVM)算法的几种常用非平衡数据分类方法进行实验比较,包括投票整合分类器和移动分类面等。在此基础上提出通过加权修正投票的整合策略,以提高预测效果。实验结果显示,结合多数类样本限数取样及整合思想的投票整合法预测效果优于移动分类面法,而在投票整合法基础上的加权修正整合方法在所有方法中获得更好更稳定的结果。

关键词：支持向量机功能预测基因表达谱不平衡

来源：评论

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四种模式分类方法应用于基因表达谱分析的比较研究

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生物医学工程学杂志 2005年第3期22卷 505-509页

作者：王海芸李霞郭政张瑞杰哈尔滨医科大学生物信息学系

利用基因表达谱数据借助于模式分类的方法识别癌症等疾病的类型及不同亚型是DNA芯片技术的一个应用方面。在这篇文章中,我们研究比较了在不同的特征基因选择方法的情况下,Fisher线性判别,Logit非线性判别,最小距离和K-最近邻四种模式分... 详细信息

利用基因表达谱数据借助于模式分类的方法识别癌症等疾病的类型及不同亚型是DNA芯片技术的一个应用方面。在这篇文章中,我们研究比较了在不同的特征基因选择方法的情况下,Fisher线性判别,Logit非线性判别,最小距离和K-最近邻四种模式分类方法对疾病分型效能的影响及四种模式分类方法的泛化能力,同时研究了在样本构成变化的情况下,模式分类方法的稳定性。结果发现:运用t检验法和分类树选择的特征基因,明显优于随机选择的基因在四种不同的分类器中分类效果;四种分类器中,K最近邻分类器的分类效能最优;基于最小距离的分类器和K最近邻分类器有较强的泛化能力;四种模式分类对样本构成的变化呈较好的稳定性。

关键词：分类方法基因表达谱癌症统计分类器 DNA芯片生物学技术

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