检索结果-内蒙古大学图书馆

生物工程学报 2022年第2期38卷 620-631页

作者：李哲凌虹哈尔滨医科大学微生物学教研室黑龙江哈尔滨150081 哈尔滨医科大学免疫学教研室黑龙江哈尔滨150081

遗传密码扩充(genetic code expansion,GCE)技术利用终止密码子将非天然氨基酸掺入到蛋白质中,再结合点击反应对蛋白质实现定点标记。相较于荧光蛋白、标签抗体等其他标记工具,该技术在蛋白标记中使用的化合物分子较小、对蛋白空间结构... 详细信息

遗传密码扩充(genetic code expansion,GCE)技术利用终止密码子将非天然氨基酸掺入到蛋白质中,再结合点击反应对蛋白质实现定点标记。相较于荧光蛋白、标签抗体等其他标记工具,该技术在蛋白标记中使用的化合物分子较小、对蛋白空间结构影响较小,且能通过点击反应实现蛋白分子与染料分子1︰1的化学计量比,从而能够依据荧光强度对蛋白质定量。因此,在活细胞单分子追踪和超分辨率显微成像等需要细胞长时间暴露在高激光功率下的研究中,GCE技术具有极大的优势。同时,该技术也为提高活细胞成像过程中的定位精度和分子计数准确度奠定了基础。文中旨在总结近年来GCE技术在蛋白质研究中的应用进展,特别是在蛋白质标记成像方面的应用进展。

关键词：遗传密码扩充非天然氨基酸活细胞成像蛋白质

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FSHR基因多态性、BMI及性激素与多囊卵巢综合征发病风险的相关性分析

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解放军医学杂志 2024年第1期49卷 50-56页

作者：昝志芳土增荣王淇蓉段毓刘建兵李莉山西医科大学基础医学院医学细胞生物与遗传学教研室山西太原030001 山西医科大学第一医院生殖医学科山西太原030001

目的探讨体重指数(BMI)、性激素及卵泡刺激素受体(FSHR)基因rs2268361和rs2349415位点的单核苷酸多态性(SNP)与多囊卵巢综合征(PCOS)发病风险的相关性。方法收集2021年3-8月山西医科大学第一医院生殖医学科门诊就诊的213例PCOS患者(PCOS... 详细信息

目的探讨体重指数(BMI)、性激素及卵泡刺激素受体(FSHR)基因rs2268361和rs2349415位点的单核苷酸多态性(SNP)与多囊卵巢综合征(PCOS)发病风险的相关性。方法收集2021年3-8月山西医科大学第一医院生殖医学科门诊就诊的213例PCOS患者(PCOS组)与207名健康对照者(对照组)的外周血,随机收集PCOS组与对照组各32例卵泡液。计算PCOS组与对照组的BMI;采用免疫化学发光法检测两组外周血卵泡刺激素(FSH)、黄体生成素(LH)、雌二醇(E_(2))、睾酮(T)、孕酮(P)和泌乳素(PRL)水平;采用聚合酶链式反应(PCR)和高分辨熔解曲线(HRM)分析两组FSHR基因rs2268361和rs2349415位点多态性;采用实时定量PCR检测两组外周血及卵巢颗粒细胞FSHR mRNA表达水平。结果LH与LH/FSH呈明显正相关(r=0.88,P<0.05);PCOS组BMI、E2、LH、LH/FSH、T水平明显高于对照组(P<0.05),FSH水平明显低于对照组(P<0.001);HRM分析显示,PCOS组rs2349415位点CC、CT、TT基因型频率分别为55.9%、34.3%和9.8%,对照组分别为68.6%、23.2%和8.2%,PCOS组C、T等位基因频率分别为73.0%、27.0%,对照组分别为80.2%、19.8%,两组基因型频率及等位基因频率比较差异均有统计学意义(P<0.05);PCOS组卵巢颗粒细胞中FSHR mRNA表达水平明显高于对照组(P=0.004),其中rs2349415 TT基因型FSHR mRNA表达水平高于CC(P=0.002)和CT基因型(P=0.035)。结论高水平的BMI、LH、E2及rs2349415位点T等位基因可增加PCOS的发病风险。

关键词：多囊卵巢综合征卵泡刺激素受体单核苷酸多态性性激素

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山奈酚调控细胞衰老治疗类风湿性关节炎的体外研究

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陆军军医大学学报 2023年第12期45卷 1281-1291页

作者：先梦麟! 耿娜娜邓琳邝彪范梦恬郭风劲重庆医科大学基础医学院细胞生物学与遗传学教研室重庆400016 重庆医科大学附属第二医院骨科重庆400010

目的基于网络药理学以及体外实验探讨山奈酚治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的机制。方法通过TCMSP及SwissTarget数据库查询山奈酚靶点,检索GeneCards和DisGeNET数据库,获得RA相关功能靶点。山奈酚与RA靶点通过Venny2.... 详细信息

目的基于网络药理学以及体外实验探讨山奈酚治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的机制。方法通过TCMSP及SwissTarget数据库查询山奈酚靶点,检索GeneCards和DisGeNET数据库,获得RA相关功能靶点。山奈酚与RA靶点通过Venny2.1.0交叉后,利用STRING数据库进行蛋白互作(protein-protein interaction, PPI)分析,并对山奈酚和靶点进行分子对接。随后用脂多糖(lipopolysaccharide, LPS)与山奈酚处理小鼠单核细胞白血病细胞RAW264.7进行验证,分组为:Control组、LPS组、LPS+Kaempferol组。MTT法检测山奈酚对RAW264.7细胞毒性的影响。使用LPS诱导RAW264.7细胞构建炎症细胞模型,检测各个处理组衰老和衰老相关炎症因子表达的影响。通过SA-β-Gal检测各组RAW264.7细胞β-半乳糖苷酶水平的变化。细胞免疫荧光检测各组IL-6的表达。结果共得到138个山奈酚的作用靶点,山奈酚抗RA的潜在作用靶点76个。PPI分析结果显示TNF、EGFR、PTGS2、AKT1可能是山奈酚抗RA的核心靶点。分子对接结果表明,山奈酚与核心靶点TNF、EGFR、PTGS2、AKT1能形成较稳定的复合物。MTT结果证明,在24 h时,0.125~16μmol/L山奈酚对RAW264.7细胞增殖均具有促进作用(P<0.05)。在48 h时,0.125~8μmol/L山奈酚能够促进RAW264.7细胞增殖(P<0.05)。而72 h时,0.125~16μmol/L山奈酚对RAW264.7细胞增殖没有显著影响。qPCR和Westerm blot结果表明山奈酚能够降低LPS诱导的IL-1β、IL-6以及TNF-α的表达(P<0.05)。山奈酚也降低了细胞衰老标志基因p16和p21的表达,同时促进细胞周期标志物CCND1和CCNE1的表达(P<0.05)。免疫荧光结果表明山奈酚能够降低IL-6表达水平(P<0.05)。SA-β-Gal染色结果显示,LPS处理可以促进RAW264.7细胞β-半乳糖苷酶的水平(P<0.05),而山奈酚可以缓解LPS诱导的β-半乳糖苷酶水平增加(P<0.05)。结论山奈酚可能通过调控炎症因子IL-1β、IL-6和TNF-α与p16/p21衰老相关基因,防止免疫细胞过早衰老,发挥治疗RA的作用。

关键词：山奈酚类风湿性关节炎网络药理学分子对接炎性衰老衰老相关分泌表型

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香豆素调控SASP抑制细胞衰老缓解骨关节炎的试验研究

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重庆医科大学学报 2024年第12期49卷 1556-1565页

作者：刘恺文叶元兰郭风劲重庆医科大学基础医学院细胞生物学与遗传学教研室重庆400016

目的:探究香豆素(coumarin)对骨关节炎(osteoarthritis,OA)疾病的影响及其具体作用机制。方法:在Venny2.1.0网站将香豆素与OA的作用靶点交叉后,利用STRING数据库进行蛋白互作PPI分析,并利用Autodock vina1.1.2对筛选到的香豆素和OA疾病... 详细信息

目的:探究香豆素(coumarin)对骨关节炎(osteoarthritis,OA)疾病的影响及其具体作用机制。方法:在Venny2.1.0网站将香豆素与OA的作用靶点交叉后,利用STRING数据库进行蛋白互作PPI分析,并利用Autodock vina1.1.2对筛选到的香豆素和OA疾病的靶点进行分子对接。接下来进行体外实验验证,实验分组设置为对照组、IL-1β组和IL-1β+coumarin组。CCK-8法检测香豆素对C28/I2细胞的细胞毒性,qPCR及免疫荧光检测各组OA相关标志物及SASP因子表达情况,并利用β-半乳糖苷酶染色检测细胞衰老水平。结果:共筛选到香豆素作用靶点196个,其中香豆素与OA共同作用靶点127个。PPI分析筛选到了CCND1、EGFR、ERBB2、MAPK14等4个香豆素治疗OA的可能的核心靶点。分子对接结果显示,香豆素与核心靶点CCND1、EGFR、ERBB2、MAPK14能形成较稳定的复合物。CCK-8结果显示,5~15μmol/L香豆素处理C28/I2细胞促进细胞增殖,而高于20μmol/L的香豆素处理则会抑制细胞活性(P<0.05);其中10μmol/L香豆素在24 h、48 h、72 h均会促进细胞增殖(P<0.05),且处理48 h增殖最为明显(P<0.05)。qPCR结果显示,10μmol/L的香豆素处理48 h能降低C28/I2细胞中细胞衰老标志基因p16、p21的mRNA水平,β-半乳糖苷酶染色的结果与qPCR的结果一致。香豆素处理后SASP因子IL-1β、IL-6、TNF-α、MMP9、MMP13的mRNA水平降低(P<0.05)。同样地,免疫荧光结果也显示香豆素处理后部分SASP因子表达水平降低。结论:香豆素可能通过作用于p38/MAPK14通路,抑制SASP导致的细胞衰老及软骨分解,从而治疗骨关节炎。

关键词：细胞衰老衰老相关分泌表型骨关节炎香豆素衰老相关分泌表型因子

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ATG5通过细胞自噬调控Ⅱ型胶原表达的实验研究

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陆军军医大学学报 2023年第17期45卷 1828-1837页

作者：邓琳先梦麟杨玉有耿娜娜邝彪郭风劲重庆医科大学基础医学院细胞生物学与遗传学教研室重庆400016 重庆医科大学附属第二医院骨科重庆400010

目的探究自噬相关蛋白ATG5通过影响自噬功能调控软骨细胞中Ⅱ型胶原的表达水平。方法 GEO数据库下载13例人软骨组织样本的转录组数据分析ATG5和COL2A1表达的相关性。雷帕霉素(Rapamycin, Rapa)和巴佛洛霉素A1(Bafilomycin A1,BafA1)处... 详细信息

目的探究自噬相关蛋白ATG5通过影响自噬功能调控软骨细胞中Ⅱ型胶原的表达水平。方法 GEO数据库下载13例人软骨组织样本的转录组数据分析ATG5和COL2A1表达的相关性。雷帕霉素(Rapamycin, Rapa)和巴佛洛霉素A1(Bafilomycin A1,BafA1)处理人软骨细胞C28/I2,Western blot及免疫荧光检测Ⅱ型胶原(CollagenⅡ,COL2)的表达水平。构建人源COL2A1启动子质粒,双荧光素酶报告实验检测过表达ATG5对COL2A1启动子转录活性的影响。mRFP-GFP-LC3自噬双标腺病毒动态监测过表达和敲低ATG5后自噬流的变化。Western blot检测过表达或敲低ATG5后Rapa及BafA1对COL2、LC3Ⅱ/LC3Ⅰ表达水平的影响。结果 GEO数据库相关性分析结果显示在人软骨组织中ATG5和COL2A1的mRNA表达呈现正相关;Rapa和BafA1分别显著促进和抑制C28/I2细胞COL2的表达(P<0.05);成功构建人源COL2A1启动子质粒,并用双荧光素酶报告实验证实过表达ATG5上调COL2A1启动子转录活性(P<0.01);自噬双荧光病毒处理后,过表达ATG5组LC3-GFP荧光淬灭(P<0.01),自噬激活;敲低ATG5后,LC3-GFP荧光增强(P<0.05),自噬抑制;Rapa促进过表达ATG5上调的COL2和LC3Ⅱ/LC3Ⅰ的表达(P<0.05),BafA1显示与Rapa相反的作用(P<0.05)。结论过表达ATG5上调Ⅱ型胶原的表达,且ATG5调控Ⅱ型胶原的表达依赖于细胞自噬。

关键词：骨关节炎软骨细胞 Ⅱ型胶原细胞自噬 ATG5

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中华微生物学和免疫学杂志 2025年第1期45卷 53-63页

作者：汤婷李钰博张昕彤胡艳芬吴昊朱剑军李莉刘铭山西医科大学基础医学院医学细胞生物与遗传学教研室太原030001 济宁医学院附属医院生殖医学科济宁272000

目的在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中构建线粒体相关基因(mitochondria-related genes,Mito-RGs)模型,基于模型预测HCC免疫、预后和治疗特征,为HCC的诊断和治疗提供新思路。方法从癌症基因组图谱数据库中获得肝细胞癌的表... 详细信息

目的在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中构建线粒体相关基因(mitochondria-related genes,Mito-RGs)模型,基于模型预测HCC免疫、预后和治疗特征,为HCC的诊断和治疗提供新思路。方法从癌症基因组图谱数据库中获得肝细胞癌的表达谱和相应的临床信息。采用单变量Cox回归、最小绝对收缩和选择算子回归和多变量Cox回归构建基于Mito-RGs的HCC预后模型并在国际癌症基因组协会的日本乙型肝炎病毒/丙型肝炎病毒患者项目数据集中进行验证。GO和KEGG富集分析研究高低危组差异表达基因富集的信号通路。使用CIBERSORT对免疫浸润进行评估。单细胞数据研究HCC样本高低危组中免疫细胞的比例及与细胞增殖之间的关系。Cellminer评估风险评分模型与药物敏感性之间的关系。结果构建了包含7个Mito-RGs(DTYMK、ACADS、HMGCS2、CYP27A1、TOMM40L、STOM和AKR1B10)的HCC风险预后模型,高危组HCC患者预后更差。高低危组差异表达基因中上调的基因富集在细胞周期和代谢相关通路。单细胞数据显示,高危组中CD8^(+)T细胞、巨噬细胞和单核细胞及增殖细胞占比更高。CIBERSORT分析结果提示Tregs细胞、M0巨噬细胞在高危组中的丰度较高,而CD8^(+)T、CD4^(+)记忆T细胞等丰度较低。药物敏感性预测在高危组对髓系细胞白血病-1蛋白抑制剂、长春新碱、磷脂酰肌醇激酶β亚型抑制剂和极光激酶A抑制剂更敏感,而曲美替尼、司美替尼、细胞外调节蛋白激酶抑制剂和丝裂原活化的细胞外信号调节激酶抑制剂则在低风险组更有效。结论构建的Mito-RGs模型能较好地评估HCC患者预后及免疫细胞浸润程度。

关键词：肝细胞癌线粒体相关基因癌症基因组图谱转录组测序预后

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不同B细胞亚群在多发性硬化中的作用

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中国免疫学杂志 2022年第4期38卷 488-494页

作者：孙美丽李呼伦(指导) 哈尔滨医科大学神经生物学教研室哈尔滨150081

多发性硬化(MS)是一种以中枢神经系统(CNS)脱髓鞘及持续的炎症反应为特征的神经自身免疫性疾病。长期以来MS被认为是由T细胞介导的疾病,然而,临床上MS抗CD20 B细胞耗竭治疗(BCDT)效果出人意料,凸显了B细胞在MS中的重要作用。但随着BCDT... 详细信息

多发性硬化(MS)是一种以中枢神经系统(CNS)脱髓鞘及持续的炎症反应为特征的神经自身免疫性疾病。长期以来MS被认为是由T细胞介导的疾病,然而,临床上MS抗CD20 B细胞耗竭治疗(BCDT)效果出人意料,凸显了B细胞在MS中的重要作用。但随着BCDT在MS中的应用,治疗后的副作用也显现出来。随着人们对B细胞知识的不断加深,了解不同B细胞亚群在疾病中的不同作用或许是找到解决临床副作用的关键。已知B细胞发育过程中不同B细胞亚群对MS的相对贡献目前还只是部分阐明。为此,本文主要从B细胞发育过程中不同B细胞亚群在MS中的相对贡献进行阐述,为深入探讨B细胞在MS发病机制和临床治疗策略中的作用提供科学思路。

关键词： B细胞亚群多发性硬化抗CD20 B细胞耗竭治疗(BCDT)

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原发性骨髓纤维化相关基因和信号通路的生物信息学分析及临床验证

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白血病．淋巴瘤 2024年第10期33卷 610-616页

作者：许晶万雪莹任方刚冯劲宜王宏伟山西医科大学医学细胞生物与遗传学教研室太原030001 山西医科大学第二医院血液病研究所太原030001

目的探讨原发性骨髓纤维化(PMF)相关基因和信号通路及其可能临床意义。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载3个PMF的mRNA表达数据集(GSE26049、GSE61629、GSE53482),包括55个PMF患者和58个对照者外周血样本数据,应用在线工具GEO2R鉴定PM... 详细信息

目的探讨原发性骨髓纤维化(PMF)相关基因和信号通路及其可能临床意义。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载3个PMF的mRNA表达数据集(GSE26049、GSE61629、GSE53482),包括55个PMF患者和58个对照者外周血样本数据,应用在线工具GEO2R鉴定PMF患者和对照者间差异表达基因(DEG),对3个数据集共同DEG进行基因本体(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并构建蛋白互作(PPI)网络,通过cytoHubba程序中MCC方法和Degree方法分别计算PPI网络中各共同DEG的关键节点,选取排名前10的核心(hub)基因,从中获得两种方法共同hub基因。回顾性收集2017年9月至2021年6月就诊于山西医科大学第二医院的25例PMF患者和10例对照者(造血干细胞移植正常供体或缺铁性贫血患者)的外周血样本,采用反转录-荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测各样本中上述筛选的共同hub基因表达水平,对两组间各基因在转录水平上的表达进行比较。结果从3个数据集中筛选出PMF患者和对照者间239个共同DEG,包括153个下调DEG和86个上调DEG。GO富集分析显示,共同的下调DEG在转录、翻译和成纤维细胞增殖的负调控等生物过程显著富集,上调DEG主要富集在蛋白泛素化和泛素依赖的蛋白分解代谢等过程。KEGG通路分析显示,上调的共同DEG和下调的共同DEG富集在PI3K/Akt信号通路、癌症通路和癌症转录调控异常等方面。MCC方法和Degree方法排名前10的hub基因中有8个是两方法共有的,包括6个下调共同DEG(TP53、MYC、ATM、FYN、PTPRC、ATRX)和2个上调共同DEG(VEGFA、FOXO3)。这8个共同hub基因主要参与PI3K/Akt信号通路、细胞周期和癌症转录调控信号通路。对临床样本进行RT-qPCR检测显示,与对照组相比,PMF患者6个下调的共同DEG mRNA相对表达量低,但差异均无统计学意义(均P>0.05);PMF组2个上调的共同DEG mRNA相对表达量高,差异均有统计学意义(U值分别为33.00、36.00,P值分别为0.021、0.033)。结论通过生物信息学和临床标本验证发现PMF患者VEGFA和FOXO3上调,2个基因主要参与PI3K/Akt信号通路、细胞周期和癌症转录调控信号通路,可能与PMF发生相关,可能成为潜在的治疗靶点。

关键词：原发性骨髓纤维化分子生物学计算生物学

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姜黄素通过下调NEDD4抑制黑素瘤细胞增殖的分子机制研究

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哈尔滨医科大学学报 2023年第5期57卷 485-490+534页

作者：沃晓嫚张泽鹏王永晨哈尔滨医科大学细胞生物学教研室

目的探索姜黄素通过调节神经前体细胞表达发育下调蛋白4(neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 4,NEDD4)信号通路抑制黑素瘤增殖的分子机制。方法将对数生长的黑素瘤细胞用不同浓度姜黄素处理。... 详细信息

目的探索姜黄素通过调节神经前体细胞表达发育下调蛋白4(neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 4,NEDD4)信号通路抑制黑素瘤增殖的分子机制。方法将对数生长的黑素瘤细胞用不同浓度姜黄素处理。采用噻唑蓝(MTT)法及集落形成实验检测姜黄素对黑素瘤细胞增殖的影响；流式细胞术检测姜黄素对黑素瘤细胞周期的影响；蛋白免疫印迹(Western blot)检测姜黄素对NEDD4、Cyclin A2、Cyclin D1、PTEN/AKT信号通路相关蛋白表达的影响；RT-PCR和免疫组化法检测NEDD4的mRNA及蛋白表达水平。结果姜黄素对体外黑素瘤细胞的增殖抑制呈浓度和时间依赖性，且具有周期阻滞的特点；NEDD4在黑色素瘤患者的癌组织中高表达；姜黄素通过下调NEDD4的表达，显著抑制PI3K/AKT通路的激活。结论姜黄素对黑素瘤生长有抑制作用且阻滞细胞周期，其分子机制可能与其对NEDD4的表达调控有关。

关键词：姜黄素黑素瘤神经前体细胞表达发育下调蛋白4 第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因

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长非编码RNA PART1抑制喉鳞癌细胞增殖和侵袭

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中国生物化学与分子生物学报 2024年第7期40卷 976-986页

作者：吴昊张文桃贾峰峰刘铭朱剑军山西医科大学基础医学院医学细胞生物与遗传学教研室太原030001 太原市技术转移促进中心太原030006

长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)PART1可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNA),在多种肿瘤的发生发展中发挥关键作用,然而PART1在喉鳞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)中的研究尚属空白。我们基于前期lncRNA测序数据发现,PART1在LSCC组织中显著低表达。进一步分析TCGA等公共数据库中的测序和临床数据,共发现了LSCC癌/癌旁组织中146个差异表达的lncRNA(95个上调,51个下调)和2424个差异表达的mRNA,结果显示,PART1在LSCC中普遍低表达(P<0.0001),且PART1高表达组预后明显更好(P<0.05)。本文采用生物信息学手段构建了LSCC中PART1的ceRNA调控网络,并确定与之相互作用的miRNA与mRNA。在体外验证了PART1对LSCC细胞的重要性。通过过表达载体,显著提高了PART1在LSCC细胞中的表达量(P<0.001);5-乙炔基-20-脱氧尿苷染色实验、凋亡分析、划痕愈合实验、Transwell实验和鬼笔环肽染色等研究结果显示,体外过表达PART1可以显著影响LSCC细胞的增殖、凋亡、迁移和侵袭(P<0.001)。因此,PART1可能参与并抑制LSCC的发生和发展。本研究将为阐明PART1在LSCC中的作用提供理论依据。

关键词：喉鳞癌 PART1 TCGA数据库长非编码RNA 生物信息学分析

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