检索结果-内蒙古大学图书馆

中国医学科学院学报 2021年第5期43卷 696-705页

作者：柳江枫杨晔宏武乐杨俊涛中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005 南开大学统计与数据科学学院天津300071

目的获取自然衰老C57BL/6J雄性小鼠肝脏的蛋白质组学与乙酰化修饰蛋白质组学特征。方法采用串联质谱标签标记定量与液相色谱-串联质谱联用技术,获取生理状况下2月龄与18月龄C57BL/6J雄性小鼠肝脏的蛋白质组学与乙酰化修饰蛋白质组学数据... 详细信息

目的获取自然衰老C57BL/6J雄性小鼠肝脏的蛋白质组学与乙酰化修饰蛋白质组学特征。方法采用串联质谱标签标记定量与液相色谱-串联质谱联用技术,获取生理状况下2月龄与18月龄C57BL/6J雄性小鼠肝脏的蛋白质组学与乙酰化修饰蛋白质组学数据,开展生物信息学分析。结果蛋白质组学共定量4712个蛋白质,其中,年轻、年老小鼠中有195个差异表达蛋白质;乙酰化修饰蛋白质组学共定量4818个位点,对应1367个蛋白质,其中,年轻、年老小鼠中有113个表达位点有差异,对应76个蛋白质。衰老相关的上调蛋白质主要与脂肪酸代谢、环氧合酶P450途径、药物分解代谢、有机羟基化合物代谢、花生四烯酸代谢等生物学过程相关,下调蛋白质主要与基因沉默、核小体组装、蛋白质异源四聚、干扰素反应、蛋白质-DNA复合物组装等生物学过程相关。伴随衰老上调的乙酰化修饰位点所在蛋白质主要与辅因子代谢、小分子分解代谢、磷酸核糖代谢、核糖核苷酸代谢、嘌呤代谢等生物学过程相关,含下调乙酰化位点的蛋白质主要与含硫化合物代谢、未折叠蛋白反应、氨基酸代谢等生物学过程相关。结论本研究客观展示了自然衰老C57BL/6J雄性小鼠肝脏的定量和乙酰化修饰蛋白质组学特征,为衰老相关机制探索和干预研究提供了可资参考的数据集。

关键词：衰老小鼠肝脏蛋白质组学乙酰化修饰

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E3泛素连接酶RNF138抑制溃疡性结肠炎的发生及进展

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基础医学与临床 2023年第6期43卷 941-947页

作者：邓博雅路亚岚羽思张旖垚黄婧怡李玥刘长征中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院、生物化学与分子生物学系、医学分子生物学国家重点实验室北京100005 中国医学科学院、北京协和医学院医学实验动物研究所、国家卫生健康委员会人类比较医学重点实验室北京100021 中国医学科学院、北京协和医学院北京协和医院消化内科北京100730

目的研究E3泛素连接酶RNF138在溃疡性结肠炎(UC)中的作用。方法利用GEO数据库分析活动期、缓解期以及经免疫抑制剂治疗后UC样本中RNF138的表达水平;利用RNF138基因敲除小鼠构建UC模型,对模型小鼠进行病理学观察及组织学分析;取小鼠结肠... 详细信息

目的研究E3泛素连接酶RNF138在溃疡性结肠炎(UC)中的作用。方法利用GEO数据库分析活动期、缓解期以及经免疫抑制剂治疗后UC样本中RNF138的表达水平;利用RNF138基因敲除小鼠构建UC模型,对模型小鼠进行病理学观察及组织学分析;取小鼠结肠组织进行转录组测序,初步探究RNF138敲除促进UC进展的可能机制;利用免疫组化和Western blot检测小鼠结肠组织中RNF138和phospho-NF-κB p65(p-p65)的表达水平;通过qPCR实验检测核因子NF-кB通路靶基因的表达水平;利用免疫组化对临床样本中RNF138和p-p65的表达进行检测。结果GEO数据库及临床样本分析显示,与缓解期相比,活动期UC组织中RNF138表达下调(P<0.05);敲除RNF138促进DSS诱导的UC发生及进展(P<0.05);敲除RNF138促进p-p65及其靶基因表达(P<0.05),提示NF-кB信号通路激活。结论RNF138通过阻断NF-кB通路活化抑制UC发生及进展。

关键词： RNF138 溃疡性结肠炎 NF-кB

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组胺刺激棕色和米色脂肪产热

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生理学报 2021年第5期73卷 821-827页

作者：冯月瑶张玉洁常永生天津医科大学基础医学院生理与病理生理学系天津300070 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础医学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

3-肾上腺素受体激动剂能够刺激棕色脂肪适应性产热,并能促进白色脂肪米色化。然而到目前为止,有哪些代谢产物参与介导β3-肾上腺素受体激动剂促进脂肪产热作用尚不清楚。本研究通过给予8周龄C57/BL6J雄性小鼠腹腔注射β3-肾上腺素受体... 详细信息

3-肾上腺素受体激动剂能够刺激棕色脂肪适应性产热,并能促进白色脂肪米色化。然而到目前为止,有哪些代谢产物参与介导β3-肾上腺素受体激动剂促进脂肪产热作用尚不清楚。本研究通过给予8周龄C57/BL6J雄性小鼠腹腔注射β3-肾上腺素受体激动剂CL316,243,分离提取小鼠脂肪组织进行RNA-Seq检测,结果显示组胺合成限速酶组氨酸脱羧酶(histidine decarboxylase, HDC)在脂肪中被CL316,243强烈诱导,因此推测HDC的代谢产物组胺可能参与了脂肪组织的产热过程。通过给予正常饮食与高脂饮食C57BL/6J小鼠静脉注射组胺,以明确组胺促进脂肪产热的生理作用和机制。结果显示,组胺可刺激正常饮食小鼠棕色脂肪和皮下白色脂肪中产热基因的表达,包括过氧化物酶体增殖物激活受体γ-辅活化因子-1α(peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator-1α, PGC-1α)和解耦联蛋白1 (uncoupling protein 1, UCP1)。HE染色表明,组胺处理降低了脂肪细胞中脂滴的大小。此外,组胺还可以促进高脂饮食诱导的肥胖小鼠脂肪产热,改善糖耐量和脂肪肝表型。最后,我们通过脂肪原代前体细胞实验验证了组胺促进产热是细胞的自主特性。本研究结果表明,组胺可能参与介导了β3-肾上腺素受体激动剂促进脂肪的产热。

关键词：组胺产热肥胖 UCP1 PGC-1α

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Sirt6基因脑特异性敲除对老年小鼠大脑皮层的影响

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中华行为医学与脑科学杂志 2021年第6期30卷 481-488页

作者：王新寰侯琳阴彬刘伟彭小忠中国医学科学院基础医学研究所(北京协和医学院基础学院)医学分子生物学国家重点实验室生物化学与分子生物学系医学灵长类研究中心神经科学中心北京100005 中国医学科学院医学生物学研究所昆明650118

目的研究衰老基因沉默信息调节因子6(silent information regulator 6,Sirt6)敲除后对于老年小鼠大脑皮层的影响。方法构建Sirt6-flox转基因小鼠,利用Emx1-Cre工具鼠对小鼠脑组织进行特异性Sirt6基因敲除。根据基因分型,将11只野生型小... 详细信息

目的研究衰老基因沉默信息调节因子6(silent information regulator 6,Sirt6)敲除后对于老年小鼠大脑皮层的影响。方法构建Sirt6-flox转基因小鼠,利用Emx1-Cre工具鼠对小鼠脑组织进行特异性Sirt6基因敲除。根据基因分型,将11只野生型小鼠作为对照组(WT组),10只Sirt6基因敲除小鼠作为条件敲除组(cKO组)。对老年小鼠的体型和体质量进行测量,HE染色比较大脑皮层厚度;EdU标记分析大脑神经再生,Western blot检测衰老相关RNA结合蛋白HuR和凋亡相关蛋白Caspase-3的表达,同时检测皮层内组蛋白乙酰化水平。结果成功构建Sirt6脑组织特异性敲除小鼠,12月龄组实验中,与WT组小鼠脑组织面积[(2.07±0.22)cm^(2)]和皮层厚度[(970.56±80.91)μm]相比,Sirt6 cKO组脑组织面积[(1.61±0.14)cm^(2)]和皮层厚度[(822.88±53.94)μm]均偏小,均差异有统计学意义(均P<0.05);EdU掺入神经细胞实验显示,与WT组每100个室管膜区神经细胞中EdU掺入细胞数目[(10.29±1.93)个]相比,Sirt6 cKO组室管膜区神经细胞EdU掺入数目偏少[(4.75±1.48)个],且差异具有统计学意义(P<0.001);在17月龄组实验中,与WT组体型、体质量[(35.25±4.17)g]和脑组织面积[(1.98±0.18)cm^(2)]相比,Sirt6 cKO组小鼠体型偏小、体质量[(29.00±1.08)g]偏低且脑组织面积[(1.54±0.55)cm^(2)]偏小,差异具有统计学意义(均P<0.05)。这两个月龄段小鼠脑皮层蛋白中Caspase-3、HuR表达降低(t=2.95,5.38,均P<0.05),且H3K9ac、H3K56ac的表达增高(t=3.53,2.78,均P<0.05),但同源基因Sirt1表达无变化(t=1.26,P>0.05)。结论Sirt6的脑组织特异性缺失会导致老年小鼠大脑神经再生减少,衰老加剧,凋亡增加,这可能是导致其大脑皮层变薄,脑组织萎缩的原因,推测其分子机制与Sirt6敲除后乙酰化水平升高有关。

关键词：沉默信息调节因子6 条件性基因敲除组蛋白乙酰化神经再生衰老

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多组学分析发现LAMC2是调节泛癌微环境的关键因子

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基础医学与临床 2022年第4期42卷 545-552页

作者：苏路瑛黄容邹定峰许富李凯卢艳缪时英王琳芳宋伟中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的利用多种数据库对多黏连细胞外基质蛋白LAMC2进行了系统分析,多组学数据证明LAMC2是影响患者肿瘤发生和临床预后的关键分子。方法利用数据库分析了各种肿瘤及正常组织中LAMC2的蛋白质和RNA的表达量。并且比较了不同肿瘤类型间的LAMC... 详细信息

目的利用多种数据库对多黏连细胞外基质蛋白LAMC2进行了系统分析,多组学数据证明LAMC2是影响患者肿瘤发生和临床预后的关键分子。方法利用数据库分析了各种肿瘤及正常组织中LAMC2的蛋白质和RNA的表达量。并且比较了不同肿瘤类型间的LAMC2表达量与肿瘤患者生存间的关系,并进行免疫浸润分析;比较了在不同肿瘤类型中LAMC2的表达量与肿瘤微环境免疫浸润的关系。结果通过对LAMC2进行泛癌分析,发现LAMC2的mRNA和蛋白表达在多种肿瘤中表达量高于癌旁组织,并在部分肿瘤中集中表达于恶性肿瘤细胞上。此外,还发现LAMC2的表达不利于泛癌的临床预后,并跟多种肿瘤免疫浸润相关。结论LAMC2是一种重要的致癌基因,可能是有效治疗肿瘤的重要靶点。该结果为后续的分子靶向治疗提供理论依据。

关键词： LAMC2 泛癌分析预后分析

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SIRT5通过调控ALDH5A1的琥珀酰化促进人乳腺癌细胞的增殖

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基础医学与临床 2022年第7期42卷 1099-1107页

作者：康有力赵丹杜文静李莉中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的利用多种数据库分析SIRT5在泛癌中的表达及与预后的关系并探究SIRT5通过醛脱氢酶5家族成员A1(ALDH5A1)调控乳腺癌增殖的机制。方法使用cBioPortal、TNMplot、GEPIA与The Kaplan-Meier Plotter等数据库分析SIRT5在多种肿瘤中的基因... 详细信息

目的利用多种数据库分析SIRT5在泛癌中的表达及与预后的关系并探究SIRT5通过醛脱氢酶5家族成员A1(ALDH5A1)调控乳腺癌增殖的机制。方法使用cBioPortal、TNMplot、GEPIA与The Kaplan-Meier Plotter等数据库分析SIRT5在多种肿瘤中的基因改变、差异表达及与预后的相关性。利用质谱分析与SIRT5相互作用的蛋白质。使用Metascape对相互作用蛋白质组进行通路富集,并与酰化组学结果进行共分析。通过内外源免疫沉淀(IP)确定SIRT5与ALDH5A1间的相互作用。过表达或敲降SIRT5检测ALDH5A1的酰化水平与酶活改变。通过细胞增殖与克隆实验确定SIRT5与ALDH5A1对乳腺癌增殖的影响。结果SIRT5在乳腺癌等多种肿瘤中高表达并与不良预后成正相关(P<0.05)。SIRT5相互作用蛋白与酰化组学结果存在多个重叠,并主要富集到氨基酸代谢等代谢通路上。SIRT5与ALDH5A1存在相互作用。SIRT5可通过促进ALDH5A1的去琥珀酰化从而提高其酶活,进而促进乳腺癌细胞增殖(P<0.05)。结论SIRT5在肿瘤中的功能可能具有异质性,在乳腺癌中可通过ALDH5A1发挥促癌作用,为后续的临床靶向治疗提供理论基础。

关键词： SIRT5 ALDH5A1 乳腺癌增殖

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基于单细胞转录组测序分析描绘人类早期胚胎红细胞发育图谱

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基础医学与临床 2022年第5期42卷 776-781页

作者：陈仲扬马艳妮余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的利用单细胞转录组测序(scRNA-seq)在单细胞水平系统描绘人早期红系发育的细胞图谱及分子轨迹。方法通过对人妊娠第36天CS15后期的胚胎卵黄囊组织scRNA-seq数据进行主成分分析(PCA);聚类分析以及拟时序分析;观察标记基因在不同细胞... 详细信息

目的利用单细胞转录组测序(scRNA-seq)在单细胞水平系统描绘人早期红系发育的细胞图谱及分子轨迹。方法通过对人妊娠第36天CS15后期的胚胎卵黄囊组织scRNA-seq数据进行主成分分析(PCA);聚类分析以及拟时序分析;观察标记基因在不同细胞群体中的表达情况;预测红系细胞发生时间和发育路径。结果在CS15的卵黄囊的不同细胞群体中,红细胞及其祖细胞、前体细胞等的标记基因存在差异性表达,不同细胞的发生时序不同,且卵黄囊内的红细胞存在一定的异质性。CS15的卵黄囊内存在类型丰富的细胞,可能包括血管内皮细胞、造血前体细胞、粒细胞、不同状态的红细胞以及单核细胞等。结论推测人早期红系发育路径大致为血管内皮细胞分化产生造血前体细胞,进一步分化成为红髓祖细胞,最终产生巨核细胞和红细胞。

关键词：单细胞转录组测序早期红系发育胚胎期卵黄囊

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非酒精性脂肪肝病模型小鼠的肝脏病理变化及肝细胞获取方法

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基础医学与临床 2022年第6期42卷 890-895页

作者：史冬雪原佳琪丁宝锋王小爽余佳中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室北京100005

目的检测非酒精性脂肪肝病(NAFLD)模型小鼠的肝脏病理变化,并探索一种获得大量高活性、高纯度的NAFLD小鼠原代肝细胞的实验方法。方法60只小鼠随机分为正常组(正常饲料,CD)和高脂组(高脂饲料,HFD),分饮食饲养20周。定期检测小鼠的体质量... 详细信息

目的检测非酒精性脂肪肝病(NAFLD)模型小鼠的肝脏病理变化,并探索一种获得大量高活性、高纯度的NAFLD小鼠原代肝细胞的实验方法。方法60只小鼠随机分为正常组(正常饲料,CD)和高脂组(高脂饲料,HFD),分饮食饲养20周。定期检测小鼠的体质量,苏木精-伊红(HE)染色和天狼猩红染色观察肝脏组织病理特点。高脂饮食15周时,原位灌注Ⅳ型胶原酶6~8 mL消化得到混合肝细胞,铺于40%的Percoll分离液上,进行密度梯度离心获得纯化的肝细胞,锥虫蓝染色确定细胞的活性,显微镜观察其形态。结果随着建模时间的延长,HFD组小鼠的体质量逐渐增加,且增幅显著高于CD组;HFD组小鼠肝脏脂肪变性程度增加,在第20周伴随出现了纤维化;建模15周时,每只NAFLD小鼠可获得5×10^(7)~7×10^(7)个肝细胞,细胞存活率≥85%,细胞纯度≥95%,细胞呈圆形或椭圆形,其边缘平滑,且聚团少;通过精准控制温度、降低胶原酶浓度、使用低速离心和低速密度梯度离心等优化条件后,获得的细胞数量和质量均有显著提高。结论成功构建了NAFLD小鼠模型,并揭示了不同疾病阶段肝脏的病理特点。探索了一种高效、稳定的获取NAFLD小鼠原代肝细胞的方法。所得肝细胞的数量和活性都符合大多数实验的要求。

关键词：非酒精性脂肪肝病小鼠模型病理学

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TPX2的表达对胰腺癌预后的影响

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基础医学与临床 2023年第6期43卷 875-881页

作者：苏靓誉张振西杜文静中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院细胞生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005 山西医科大学基础医学院细胞生理学教育部重点实验室山西太原030606

目的研究Xklp2靶蛋白(TPX2)在胰腺癌中的表达情况及其预测预后的潜在价值。方法基于200个糖酵解代谢相关基因,从TCGA和GEO数据库获取胰腺患者的信息,对后者的糖酵解代谢特征进行评价,同时综合患者代谢特征及差异基因,采用Cox回归和Lass... 详细信息

目的研究Xklp2靶蛋白(TPX2)在胰腺癌中的表达情况及其预测预后的潜在价值。方法基于200个糖酵解代谢相关基因,从TCGA和GEO数据库获取胰腺患者的信息,对后者的糖酵解代谢特征进行评价,同时综合患者代谢特征及差异基因,采用Cox回归和Lasso回归分析建立风险模型,获得关键糖酵解相关基因TPX2,并用GEO数据库验证该模型的预后有效性。基于预后基因的表达分析胰腺癌患者的生存期,并分析正常胰腺组织和胰腺癌中预后基因的表达差异,最后在细胞水平验证预后基因的功能。结果病例队列被分为高、中、低3个糖酵解代谢特征组,低速率糖酵解代谢患者存在一定生存优势,TPX2是该模型的关键基因,胰腺癌患者显示高表达TPX2,具有较差的预后。细胞水平上敲降TPX2可抑制胰腺癌细胞增殖和集落形成。结论本研究基于糖酵解代谢模型有效地预测了胰腺癌患者的预后,TPX2有望成为胰腺癌预后预测的潜在标志性基因。

关键词： TPX2 糖酵解胰腺癌增殖

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p53转录调控靶基因 GGT6 对人结肠癌的影响

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基础医学与临床 2023年第6期43卷 953-959页

作者：柳子朝杜文静李莉中国医学科学院基础医学研究所、北京协和医学院基础学院细胞生物学系医学分子生物学国家重点实验室北京100005 山西医科大学基础医学院细胞生理学教育部重点实验室山西太原030606

目的筛选出p53转录调控靶基因,并利用生物信息学分析该基因在结肠癌(COAD)中的作用。方法对p53蛋白稳定剂Nutlin处理的结肠癌细胞系HCT116的RNA-seq数据进行基因差异分析及GO、KEGG和GSEA富集分析;在HCT116及HCT8细胞中加入Nutlin稳定... 详细信息

目的筛选出p53转录调控靶基因,并利用生物信息学分析该基因在结肠癌(COAD)中的作用。方法对p53蛋白稳定剂Nutlin处理的结肠癌细胞系HCT116的RNA-seq数据进行基因差异分析及GO、KEGG和GSEA富集分析;在HCT116及HCT8细胞中加入Nutlin稳定或转染siRNA敲降p53的表达,利用实时荧光定量PCR检测候选靶基因的mRNA表达;双荧光素酶报告实验验证p53对靶基因的转录调控;利用TCGA数据库中的结肠癌数据分析靶基因在结肠癌组织中的表达及患者预后情况。结果Nutlin处理结肠癌细胞系HCT116后细胞周期、DNA复制及染色体分离等生物过程基因表达发生变化,同样p53信号通路也被激活。在HCT116及HCT8细胞中γ-谷氨酰转移酶(GGT6)的mRNA水平与p53蛋白表达呈正相关。双荧光素酶报告实验确定了GGT6是p53转录调控的靶基因。TCGA-COAD数据分析表明GGT6在结肠癌组织中表达高于癌旁组织(P<0.001),且GGT6高表达患者的总体生存时间较GGT6低表达患者更长(P<0.01),推测GGT6是结肠癌的抑癌因素。结论GGT6是一个p53正调控转录靶基因,在结肠癌中可能是一个抑癌因素。

关键词： p53 转录调控 γ-谷氨酰转移酶结肠癌

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