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一株引起严重急性呼吸道感染病例的A亚型人呼吸道合胞病毒全基因组基因特征分析

病毒学报 2019年第1期35卷 27-36页

作者：杜佳徐瑾崔爱利许文波张燕国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室(中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所)世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室北京102206 河南省疾病预防控制中心郑州450016

人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是导致儿童急性呼吸道感染的最重要的呼吸道病毒之一。根据对单克隆抗体的反应,HRSV分为A、B两个亚型。为探讨严重急性呼吸道感染(Severe acute respi-ratory infection,SARI... 详细信息

人呼吸道合胞病毒(Human respiratory syncytial virus,HRSV)是导致儿童急性呼吸道感染的最重要的呼吸道病毒之一。根据对单克隆抗体的反应,HRSV分为A、B两个亚型。为探讨严重急性呼吸道感染(Severe acute respi-ratory infection,SARI)病例中HRSV全基因组基因特征,本研究对2017年河南省漯河市住院SARI病例中检测到的1株HRSV A亚型病毒通过Sanger测序方法对其全基因组序列进行了测定和分析。通过Sequencher 5.4.5、MEGA 5.05、BioEdit 7.0.5等生物信息学软件进行序列拼接和比对,进行了基因亲缘性关系分析、氨基酸变异和糖基化位点分析。基于HRSV全基因组序列和11个单个蛋白基因序列构建的亲缘性关系分析结果提示本研究中检测到的这株HRSVA病毒(RSVAs/***/CHN/42.17)属于ON1基因型,该型是我国近年流行的优势基因型。该病毒全基因组序列与35条全球代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别为92.69%～99.82%和93.63%～99.67%;G蛋白编码区氨基酸变异最高,而F蛋白相对保守。糖基化位点分析发现,该病毒的F蛋白有6个N-糖基化位点,未发现O-糖基化位点,此结果与原型株long株相同;G蛋白N-糖基化位点有6个,O-糖基化位点为82个,而原型株long株有11个N-糖基化位点,15个O-糖基化位点。本研究对2017年河南省漯河市SARI病例中一株HRSVA病毒全基因组序列进行了测定,与世界其他地区报道的HRSVA亚型病毒全基因组序列进行了对比分析,揭示了SARI病例中我国HRSV优势流行ON1基因型病毒全基因组的核苷酸和氨基酸变异特征,以及G蛋白和F蛋白编码区糖基化情况,丰富了我国HRSV基因数据库,也为HRSV的核酸检测方法的建立、疫苗研发和预防性单克隆抗体的评价提供了核苷酸和氨基酸的基础数据。

关键词：人呼吸道合胞病毒(HRSV) 全基因组基因特征糖基化

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2018年中国发热伴血小板减少综合征流行特征分析

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中国病毒病杂志 2020年第6期10卷 417-420页

作者：黄晓霞李阿茜李德新李建东王世文中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学和病毒病重点实验室北京102206 中国科学院生物安全大科学研究中心湖北武汉430071

目的了解2018年我国发热伴血小板减少综合征(severe fever with thrombocytopenia syndrom,SFTS)流行特征,为该病的科学防控提供基础数据。方法对来源于中国疾病预防控制信息系统传染病监测系统报告的2018年发病的全国(不含香港、澳门... 详细信息

目的了解2018年我国发热伴血小板减少综合征(severe fever with thrombocytopenia syndrom,SFTS)流行特征,为该病的科学防控提供基础数据。方法对来源于中国疾病预防控制信息系统传染病监测系统报告的2018年发病的全国(不含香港、澳门特别行政区和台湾地区)SFTS病例数据进行空间、人群和时间等流行特征描述和分析。结果 2018年,全国共有17个省份的936个乡镇报告发热伴血小板减少综合征病例1 848例,死亡114例,病死率为6.17%(114/1 848)。病例仍主要集中在山东、安徽、河南、湖北、辽宁、浙江和江苏7个既往高发省份,占全国总报告病例数的98.8%(1 825/1 848)。全年均有病例报告,主要集中在4-10月,占96.4%(1 781/1 848);5月达高峰,5-7月病例占62.9%(1 162/1 848)。发病年龄集中在40~84岁,占93.1%(1 721/1 848);女性略多于男性;职业分布以农民为主(86.3%,1 594/1 848)。死亡病例出现在40岁以上人群,随年龄增长年龄别病死率呈上升趋势。不同地区病死率存在差异,山东(11.1%,82/737)和浙江(10.8%,9/83)较高,而辽宁(0.8%,1/123)和河南(0.4%,1/272)较低。结论发热伴血小板减少综合征病例仍主要分布于山东等既往高发省份,但地区分布有逐渐扩大趋势;病例高度散发,高发人群为中老年农民,发病时间集中在4-10月,总体三间分布与既往类似。

关键词：发热伴血小板减少综合征流行特征监测预防控制

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肠道病毒D组68型流行情况研究进展

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中国病毒病杂志 2020年第6期10卷 471-475页

作者：李飞沈军谭文杰国家儿童医学中心复旦大学附属儿科医院感染传染科上海201102 复旦大学附属中山医院青浦分院儿科上海201700 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒学与病毒病重点实验室北京102206

肠道病毒D组68型(enterovirus D68, EV-D68)是人肠道病毒D组中在人群中流行最广泛的病毒,且近年的流行趋势明显增强,病毒基因组也在快速进化。本文主要对EV-D68的分子流行病学、病毒进化和基因型地理分布等研究进展进行综述。

关键词：肠道病毒 EV-D68 基因型致病性地理分布流行病学

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2016—2017年宁夏手足口病的病原构成及流行的EV-A71和CV-A16基因特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2019年第1期33卷 10-15页

作者：李婕马江涛刘俐张勇冀天娇许文波严冬梅武桂珍国家卫生健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所中国疾病预防控制中心北京102206 宁夏疾病预防控制中心病毒科银川750004 北京市海淀区疾病预防控制中心 100089

目的了解引起2016—2017年宁夏自治区(宁夏)手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)的病原构成,分析主要病原体肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CV-A16)的基因特征。方法分析2016—2017年宁夏HFMD的核酸检测结果,确定HFMD的病原构成;对2016—2017年宁夏上送至国家HFMD网络监测实验室的肠道病毒毒株利用RT-PCR方法扩增VP1编码区并进行基因序列测定,BLAST分析确定毒株的血清型别,同时选取EV-A71和CV-A16分离株分别构建系统进化树。结果核酸检测结果显示,2016和2017年宁夏HFMD中阳性检出率最高的病原体分别为其他肠道病毒(enterovirus,EV)(397,43.72%)和EV-A71(918,56.18%),且不同月份检测出的优势病原体有差异。2017和2016年相比HFMD的病原构成由其他EV和CV-A16为主转变成EV-A71和其他EV为主。2016—2017年宁夏上送至国家HFMD网络监测实验室的EV-A71均属于C4基因亚型的C4a进化分支,CV-A16均属于B1基因亚型的B1b进化分支。结论宁夏HFMD的病原构成中,2017年EV-A71、CV-A16和其他EV的构成与2016年相比发生了动态变化,持续开展宁夏HFMD的病原构成中EV-A71的动态变化,对指导EV-A71疫苗的使用策略、集中优势医疗资源加强救治重症病例,降低重症HFMD的病死率具有重要意义。

关键词：手足口病病原构成公共卫生分子流行病学

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P型猪C组轮状病毒Por2011 VP8*蛋白的表达及糖结合特征研究

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病毒学报 2019年第3期35卷 497-504页

作者：党蕾孙晓曼李丹地高筱惠黄秋玉白瑞霞段招军内蒙古医科大学呼和浩特010059 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 内蒙古自治区人民医院呼和浩特010017

轮状病毒(Rotaviruses,RVs)是引起人和动物病毒性腹泻的重要病原,本文旨在研究猪C组轮状病毒(Group C rotaviruses,RVCs)VP8*蛋白的受体结合特征。本研究合成一株P[5]型猪C组轮状病毒(Por2011)的VP8*基因,经体外原核表达,采用亲和层析... 详细信息

轮状病毒(Rotaviruses,RVs)是引起人和动物病毒性腹泻的重要病原,本文旨在研究猪C组轮状病毒(Group C rotaviruses,RVCs)VP8*蛋白的受体结合特征。本研究合成一株P[5]型猪C组轮状病毒(Por2011)的VP8*基因,经体外原核表达,采用亲和层析纯化获得VP8*目的蛋白,利用糖点阵实验、寡糖结合实验研究其寡糖结合特征,再通过序列比对和突变分析确定其潜在受体结合位点。结果显示猪C组轮状病毒Por2011 VP8*蛋白与P1抗原特异性结合,但第108位氨基酸突变后的蛋白则不能与P1抗原结合。本研究表明猪C组轮状病毒的某些型别可能以P1抗原为潜在受体,该受体结合位点与人C组轮状病毒的受体结合位点较为接近,这为猪C组轮状病毒感染机制的研究提供了一定的依据和基础。

关键词： C组轮状病毒(RVCs) VP8^*蛋白 P1抗原受体结合特征

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一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化分析

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国际病毒学杂志 2020年第3期27卷 205-209页

作者：李利利徐亚陇刘蒙蒙段招军国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所北京102206 陕西中医药大学公共卫生学院西安712046 青岛大学医学部基础医学院病原生物学系 266021

目的研究一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化关系。方法采集221只山东省鼠类肠道内容物,采用高通量测序方法进行病毒组研究。结果发现一株新型星状病毒,并获得该病毒接近全长基因组,命名为RoAstV/CHN/S3。RoAstV/CHN/S3具有典型的... 详细信息

目的研究一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化关系。方法采集221只山东省鼠类肠道内容物,采用高通量测序方法进行病毒组研究。结果发现一株新型星状病毒,并获得该病毒接近全长基因组,命名为RoAstV/CHN/S3。RoAstV/CHN/S3具有典型的星状病毒基因组结构,相似性分析表明与啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型关系最为相近。ORF2的氨基酸遗传距离结果显示,RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物和猪星状病毒4型的遗传距离为0.557~0.655,哺乳星状病毒属内种之间的遗传距离为0.338~0.783,推断其可能为新种。根据ORF1a、ORF1b和ORF2的系统发育树结果,RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物星状病毒、猪星状病毒4型聚为一簇,表明这些啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型具有共同祖先,也提示潜在的祖先跨种传播。对221只鼠类的肠道内容物筛查结果显示,4只鼠类为阳性,阳性率为1.8%,其中3只为褐家鼠,1只为黑线姬鼠,均来自山东省济宁市。结论新型星状病毒RoAstV/CHN/S3的发现丰富了星状病毒的多样性,为新发突发传染病的防控提供了重要的数据信息。

关键词：鼠类星状病毒基因组特点进化

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吐根碱抗病毒作用及机制研究进展

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中国病毒病杂志 2019年第5期9卷 389-393页

作者：牛军伟谭文杰中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒学与病毒病重点实验室

吐根碱(emetine)是从茜草科植物吐根中提取的一种生物碱成分,是吐根的主要成分之一,分子式C29H40N2O4。抗病毒研究表明,吐根碱对多种DNA和RNA病毒均具有抑制活性且抗病毒机制不同。本文主要对其抗病毒作用及其机制进行综述。

关键词：吐根碱抗病毒作用 DNA病毒 RNA病毒作用机制

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2020年我国风疹流行病学和病毒基因特征分析

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病毒学报 2021年第3期37卷 638-647页

作者：刘莹崔爱利郭晋源邓丽丽范丽霞魏欢刘李丛艳丽唐小敏雷玥周淑洁彭晓放周珺冯燕张燕毛乃颖许文波朱贞中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒学和病毒病重点实验室北京102206 广西壮族自治区疾病预防控制中心南宁530028 青海省疾病预防控制中心南宁810007 甘肃省疾病预防控制中心兰州730000 四川省疾病预防控制中心成都610041 河北省疾病预防控制中心石家庄050021 贵州省疾病预防控制中心贵阳550004 天津市疾病预防控制中心天津300011 安徽省疾病预防控制中心合肥230601 广东省疾病预防控制中心广州511430 江西省疾病预防控制中心南昌330029 浙江省疾病预防控制中心杭州310051

为了解2020年我国风疹流行病学特征以及流行风疹病毒(Rubella virus,RV)的基因特征,本研究收集整理全国麻疹/风疹监测信息报告管理系统中2020年中国风疹发病数据,分析其流行病学特征;同时,依托全国麻疹/风疹实验室网络获得RV分离株,经... 详细信息

为了解2020年我国风疹流行病学特征以及流行风疹病毒(Rubella virus,RV)的基因特征,本研究收集整理全国麻疹/风疹监测信息报告管理系统中2020年中国风疹发病数据,分析其流行病学特征;同时,依托全国麻疹/风疹实验室网络获得RV分离株,经鉴定后扩增并测定阳性RV分离株的靶基因序列——E1基因的739个核苷酸片段,并与WHO推荐的基因型参考株序列以及已发表的基因亚型参考株序列进行比对确定基因型和亚型,同时与我国2000-2019年间流行的RV进行亲缘性关系分析。结果显示,2020年中国风疹报告发病率为0.18/10万,继2018-2019年风疹的复发和暴发后出现大幅下降,发病人群年龄组主要为10-29岁无免疫史的青少年和成人;2020年我国RV流行的主要基因亚型为1E-L2与2B-L2c,为2018-2019年间检测到的境外输入性病毒。因此,在实施有效的风疹疫苗免疫后,我国本土流行的病毒逐渐被阻断,然而由于我国风疹易感人群的累积和输入性病毒的持续传播导致了我国近些年风疹疫情的回升。鉴于此,我国应根据现状制定更加切实有效的风疹疫苗免疫策略,消除青少年和成年人中的易感人群;同时应进一步加强风疹流行病学和病毒学监测,从而科学地阻断输入病毒的传播。

关键词：风疹流行病学基因特征

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2017～2018年河南省漯河市儿童严重急性呼吸道感染病例中人副流感病毒3型基因特征分析

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病毒学报 2019年第5期35卷 730-740页

作者：周杉杉毛乃颖姬奕昕张燕崔爱利许文波扈瑞平内蒙古医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室呼和浩特010110 国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室(中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所) 世界卫生组织西太平洋地区麻疹/风疹参比实验室北京102206

严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)是引起婴幼儿就诊和住院的常见原因,也是该年龄段人群发病的主要原因,而病毒感染占呼吸道感染病例的60%以上,其中人副流感病毒(Human parainfluenza viruses,HPIVs)是引起... 详细信息

严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)是引起婴幼儿就诊和住院的常见原因,也是该年龄段人群发病的主要原因,而病毒感染占呼吸道感染病例的60%以上,其中人副流感病毒(Human parainfluenza viruses,HPIVs)是引起呼吸道感染的常见病原。为分析河南省漯河市儿童严重急性呼吸道感染(SARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV-3)检出状况及血凝素-神经氨酸酶蛋白(Hemagglutinin-neuraminidase,HN)基因特征,采用实时荧光定量聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)方法对河南省漯河市中心医院于2017年10月10日至2018年12月27日送检的627份SARI病例咽拭子进行核酸检测,筛查HPIV-3阳性标本,对HPIV-3阳性标本用反转录聚合酶链反应(Reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增其HN基因,并对扩增产物进行序列测定,与GenBank数据库中的国内外HPIV-3 HN基因进行对比分析,绘制系统进化树,并分析基因特征。627份咽拭子标本中,HPIV-3阳性有27份,检出率为4.3%。59%的HPIV-3阳性病例分布于春夏季,发病人群中,6岁以下儿童占96.3%。通过RT-PCR方法共获得18株HPIV-3的HN基因,经过序列测定及对比分析可划分为两个基因亚型:C3a和C3b。C3a亚型有10株,C3b亚型有8株。18株HPIV-3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.1%~100.0%和98.8%~100%。与原型株Wash/47885/57相比,本次扩增18株HPIV-3 HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为94.5%~95.0%和97.0%~97.7%。与GenBank中国内外的HPIV-3 HN基因的代表株比较,其核苷酸及氨基酸同源性分别为94.1%~98.5%和96.8%~97.0%。本研究提示HPIV-3是河南省漯河市儿童SARI病例中检出的病原之一,2017年10月至2018年12月期间,至少有C3a、C3b两个基因亚型的HPIV-3毒株在漯河市共流行。

关键词：人副流感病毒(HPIVs) 血凝素-神经氨酸酶蛋白(HN)基因基因特征同源性分析

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2017年吉林省水痘-带状疱疹病毒分子特征分析

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中华实验和临床病毒学杂志 2019年第4期33卷 342-346页

作者：闵小雨王爽吴秋华从宪玲周剑惠许松涛许文波安徽理工大学淮南232001 吉林省疾病预防控制中心长春130000 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家卫生健康委员会医学病毒和病毒病重点实验室北京102206 吉林大学中日联谊医院长春130000

目的分析2017年吉林省水痘-带状疱疹病毒(varicella zoster virus,VZV)基因型别,区分疫苗株与野毒株。方法2017年1~3月在吉林省收集到的10份疑似水痘患者的疱疹液或咽拭子样本,采用实时荧光定量PCR方法检测病毒核酸,用普通PCR扩增病毒的... 详细信息

目的分析2017年吉林省水痘-带状疱疹病毒(varicella zoster virus,VZV)基因型别,区分疫苗株与野毒株。方法2017年1~3月在吉林省收集到的10份疑似水痘患者的疱疹液或咽拭子样本,采用实时荧光定量PCR方法检测病毒核酸,用普通PCR扩增病毒的ORF22、ORF38和ORF62的特定区域。用ORF22的5个SNPs确定病毒株的基因型别,用ORF38和ORF62的4个SNPs区分疫苗株与野毒株。使用MEGA5和BioEdit软件分析序列结果。结果10份疑似样本均为VZV阳性,Clade 2遗传支。其中JL17-7样本在38 048位发生了C→T的同义突变。ORF22核苷酸的亲缘性关系树分析发现,10份样本均和Clade 2代表株在同一个分支上,与Clade 2代表株的核苷酸与氨基酸同源性分别为99.5%~100%和99.3%~100%。10份样本的ORF38和ORF62的4个特异SNPs均为A-T-T-T,与野毒株一致。结论2017年吉林省流行的VZV均属Clade 2遗传支,且均为野毒株。

关键词：水痘-带状疱疹病毒基因型疫苗株野毒株

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