为了解云南省核桃的种质资源信息,本研究以21个泡核桃品种资源为试验材料,使用SSR技术进行遗传多样性分析和聚类分析。结果表明,在21个泡核桃品种样本中使用的12对引物平均等位基因数目为7.9167,平均每个位点有效等位基因数目、香农指数(Shannon wiener index)、多态信息含量(Polymorphism information content)分别为4.3516、1.6436、0.7055。12对引物多态信息含量(PIC)高于0.25,说明这12对引物对样本均有良好多态性。亲缘关系分析中,21个泡核桃品种被分为7个类群,说明这21个泡核桃品种遗传多样性较为丰富,在品种选育过程中基因交流广泛,遗传背景较为复杂。
【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性,为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序,并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云...
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【目的】分析油麦吊云杉cpDNA的特征和密码子偏好性,为云杉属植物叶绿体基因组学提供研究依据。【方法】通过Ilumina HiSeq测序平台对油麦吊云杉cpDNA进行测序,并利用Codon W 1.4.2和CUSP软件对其密码子偏性进行分析。【结果】油麦吊云杉cpDNA是一个全长为124161 bp的环状DNA分子,与典型的具有保守的四分体cpDNA结构不同,油麦吊云杉cpDNA中存在反向重复区域的丢失,其cpDNA的GC含量为38.7%。油麦吊云杉cpDNA包含113个基因,其中蛋白质编码基因76个,核糖体RNA基因4个,转运RNA基因33个,系统发育分析显示,油麦吊云杉和西加云杉聚为一个独特的分支,油麦吊云杉cpDNA密码子不同位置上的GC含量从低到高依次是GC_(3)(49.39%)45的占86%,表明其密码子的偏性较弱;GC_(12)和GC_(3)的相关性不显著(r=0.1664,b=-0.1577);ENC频数比值分布在-0.05~0.05的基因频率占比57%,说明油麦吊云杉叶绿体基因组CUB受选择影响的同时也受到其他因素影响;油麦吊云杉cpDNA中大部分基因分布在PR2平面图的右下方,即T>A、G>C,说明在油麦吊云杉绿体基因组密码子的偏好性受选择、突变等因素的影响。最终UCU、AAA、GGU、GCA、GUU、UGU、UCC、CAU、GCU、CGU、GAA和AUU等12个密码子被确定为油麦吊云杉绿体基因组的最优密码子。【结论】油麦吊云杉cpDNA密码子偏好使用A或U结尾的密码子,选择和突变是其CUB的主要影响因素。
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