为分析非洲菊叶绿体基因组密码子使用模式,本研究从其叶绿体基因组中去除重复CDS(Coding DNA sequence)和序列长度小于300 bp后得到53条基因序列,利用Codon W和在线程序CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,非洲菊叶绿体基因组密码子第...
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为分析非洲菊叶绿体基因组密码子使用模式,本研究从其叶绿体基因组中去除重复CDS(Coding DNA sequence)和序列长度小于300 bp后得到53条基因序列,利用Codon W和在线程序CUSP分析其密码子偏好性。结果显示,非洲菊叶绿体基因组密码子第3位的GC含量为27.94%,偏向于以碱基A和U结尾;ENC范围36.02~57.43,平均值为47.66,ENC值>45的基因有40条,密码子的偏性较弱;RSCU值>1.00的密码子有29个。中性绘图、ENC-plot及PR2-plot分析结果显示,自然选择是非洲菊叶绿体基因组密码子使用偏性的主要影响因素。最优密码子为UUG、CUU、AAU、AGA、GGA、UAU、CAU。本研究结果为非洲菊重要经济性状的遗传改良、叶绿体遗传和进化分析提供必要的基础数据。
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